A multiple sequence alignment (MSA) is a sequence alignment of three or more biological sequences, generally protein, DNA, or RNA. In many cases, the input set of query sequences are assumed to have an evolutionary relationship by which they share a lineage and are descended from a common ancestor. From the resulting MSA, sequence homology can be inferred and phylogenetic analysis can be conducted to assess the sequences' shared evolutionary origins. Visual depictions of the alignment as in the image at right illustrate mutation events such as point mutations (single amino acid or nucleotide changes) that appear as differing characters in a single alignment column, and insertion or deletion mutations (indels or gaps) that appear as hyphens in one or more of the sequences in the alignment.

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  • Un alineamiento múltiple de secuencias (MSA, por sus siglas en inglés) es un alineamiento de tres o más secuencias biológicas, generalmente proteínas, ADN o ARN. En general, se asume que el conjunto de secuencias de consulta que se ingresa como entrada (conjunto problema) tienen una relación evolutiva por la cual comparten un linaje y descienden de un ancestro común. Del MSA resultante, se puede inferir la homología, y puede llevarse a cabo el análisis filogenético para evaluar los orígenes evolutivos compartidos por las secuencias. Las representaciones visuales del alineamiento ilustran mutaciones tales como mutaciones puntuales (un solo cambio de aminoácidos o nucleótidos) que aparecen como diferentes caracteres en una sola columna del alineamiento, y la inserción o supresión de mutaciones (o indels) que aparecen como huecos en una o varias de las secuencias en la alineación. El alineamiento múltiple de secuencias a menudo se utiliza para evaluar la conservación de los dominios proteicos, las estructuras terciarias y secundarias, e incluso aminoácidos o nucleótidos individuales. Los alineamientos múltiples de secuencias también se refieren al proceso de alinearlas como un conjunto de secuencias. Como puede ser difícil alinear a mano tres o más secuencias de longitud biológicamente relevante, y casi siempre consume mucho tiempo, se utilizan algoritmos computacionales para producir y analizar los alineamientos. Los MSA requieren metodologías más sofisticadas que los alineamiento de pares porque son computacionalmente más complejos de producir. La mayor parte de los programas de alineamiento múltiple de secuencias usan métodos heurísticos en lugar de optimización global, porque identificar el alineamiento óptimo entre más de unas pocas secuencias de longitud moderada es prohibitivamente costoso computacionalmente. (es)
  • A multiple sequence alignment (MSA) is a sequence alignment of three or more biological sequences, generally protein, DNA, or RNA. In many cases, the input set of query sequences are assumed to have an evolutionary relationship by which they share a lineage and are descended from a common ancestor. From the resulting MSA, sequence homology can be inferred and phylogenetic analysis can be conducted to assess the sequences' shared evolutionary origins. Visual depictions of the alignment as in the image at right illustrate mutation events such as point mutations (single amino acid or nucleotide changes) that appear as differing characters in a single alignment column, and insertion or deletion mutations (indels or gaps) that appear as hyphens in one or more of the sequences in the alignment. Multiple sequence alignment is often used to assess sequence conservation of protein domains, tertiary and secondary structures, and even individual amino acids or nucleotides. Multiple sequence alignment also refers to the process of aligning such a sequence set. Because three or more sequences of biologically relevant length can be difficult and are almost always time-consuming to align by hand, computational algorithms are used to produce and analyze the alignments. MSAs require more sophisticated methodologies than pairwise alignment because they are more computationally complex. Most multiple sequence alignment programs use heuristic methods rather than global optimization because identifying the optimal alignment between more than a few sequences of moderate length is prohibitively computationally expensive. (en)
  • 多重整列(たじゅうせいれつ、英: multiple sequence alignment)とは、DNAの塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列について、3つ以上の配列間で対応する部分が並ぶように整列したもの、また整列すること。通常、整列する配列群は進化的類縁性を持っていることが仮定される。多重整列の結果に基づいて分子系統樹を推定することができる。 (ja)
  • Um alinhamento múltiplo de sequências é um alinhamento de três ou mais sequências biológicas, geralmente proteínas, ADN ou ARN. De modo geral, assume-se que o conjunto de sequências de consulta que se coloca como entrada (conjunto problema) tem uma relação evolutiva pela qual compartilham uma linhagem e descendem de um ancestral comum. Do alinhamento resultante, pode-se inferir a homologia, e pode levar-se a cabo a análise filogenética para avaliar as origens evolutivas compartilhadas pelas sequências. As representações visuais do alinhamento ilustram mutações tais como mutações puntuais (uma só mudança de aminoácidos ou nucleótidos) que aparecem como diferentes caracteres numa só coluna do alinhamento, e a inserção ou supressão de mutações que aparecem como ocos numa ou várias das sequências no alinhamento. O alinhamento múltiplo de sequências utiliza-se para avaliar a conservação dos domínios proteicos, as estruturas terciárias e secundárias, e também aminoácidos ou nucleótidos individuais. Os alinhamentos múltiplos de sequências também se referem ao processo de alinhá-las como um conjunto de sequências. Como pode ser difícil alinhar à mão três ou mais sequências de comprimento biologicamente relevante, e quase sempre consome muito tempo, utilizam-se algoritmos computacionais para produzir e analisar os alinhamentos. Os alinhamentos requerem metodologias mais sofisticadas que os alinhamentos de pares porque são computacionalmente mais complexos de produzir. A maior parte dos programas de alinhamento múltiplo de sequências usam métodos heurísticos em lugar de optimização global, porque identificar o alinhamento óptimo entre mais de umas poucas sequências de comprimento moderado é proibitivamente custoso computacionalmente. (pt)
  • 多重序列比對(Multiple sequence alignment;MSA)是對三個以上的生物學序列(biological sequence),如蛋白質序列、DNA序列或RNA序列所作的序列比對。一般來說,是輸入一組假定擁有演化關係的序列。從MSA的結果可推導出序列的同源性,而種系發生關係也可引導出這些序列共同的演化始祖。如右圖般的視覺化敘述可描繪出各種突變事件,例如點突變的單格變化,或是如刪除突變與插入突變,可使各個序列之間產生鴻溝。MSA常用來研究序列的保守性(conservation),或是蛋白質結構域的三級結構與二級結構,甚至是個別的氨基酸或核苷酸。 (zh)
  • Мно́жественное выра́внивание после́довательностей (англ. multiple sequence alignment, MSA) — выравнивание трёх и более биологических последовательностей, обычно белков, ДНК или РНК. В большинстве случаев предполагается, что входной набор последовательностей имеет эволюционную связь. Используя множественное выравнивание, можно оценить эволюционное происхождение последовательностей, проведя филогенетический анализ. Визуальное представление выравнивания иллюстрирует мутационные события как точечные мутации (изменение одной аминокислоты или одного нуклеотида) в виде различающихся символов в одной колонке выравнивания, а также их вставки и делеции (изображаются знаком дефиса, гэпы). Множественное выравнивание последовательностей часто используется для оценки консервативности доменов белков, третичных и вторичных структур и даже отдельных аминокислотных остатков или нуклеотидов. Ввиду большей вычислительной сложности по сравнению с парным выравниванием множественное выравнивание требует более сложные алгоритмы. Многие соответствующие программы используют эвристические алгоритмы, поскольку поиск глобального оптимального выравнивания для многих последовательностей может занимать очень большое время. (ru)
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  • 多重整列(たじゅうせいれつ、英: multiple sequence alignment)とは、DNAの塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列について、3つ以上の配列間で対応する部分が並ぶように整列したもの、また整列すること。通常、整列する配列群は進化的類縁性を持っていることが仮定される。多重整列の結果に基づいて分子系統樹を推定することができる。 (ja)
  • 多重序列比對(Multiple sequence alignment;MSA)是對三個以上的生物學序列(biological sequence),如蛋白質序列、DNA序列或RNA序列所作的序列比對。一般來說,是輸入一組假定擁有演化關係的序列。從MSA的結果可推導出序列的同源性,而種系發生關係也可引導出這些序列共同的演化始祖。如右圖般的視覺化敘述可描繪出各種突變事件,例如點突變的單格變化,或是如刪除突變與插入突變,可使各個序列之間產生鴻溝。MSA常用來研究序列的保守性(conservation),或是蛋白質結構域的三級結構與二級結構,甚至是個別的氨基酸或核苷酸。 (zh)
  • A multiple sequence alignment (MSA) is a sequence alignment of three or more biological sequences, generally protein, DNA, or RNA. In many cases, the input set of query sequences are assumed to have an evolutionary relationship by which they share a lineage and are descended from a common ancestor. From the resulting MSA, sequence homology can be inferred and phylogenetic analysis can be conducted to assess the sequences' shared evolutionary origins. Visual depictions of the alignment as in the image at right illustrate mutation events such as point mutations (single amino acid or nucleotide changes) that appear as differing characters in a single alignment column, and insertion or deletion mutations (indels or gaps) that appear as hyphens in one or more of the sequences in the alignment. (en)
  • Un alineamiento múltiple de secuencias (MSA, por sus siglas en inglés) es un alineamiento de tres o más secuencias biológicas, generalmente proteínas, ADN o ARN. En general, se asume que el conjunto de secuencias de consulta que se ingresa como entrada (conjunto problema) tienen una relación evolutiva por la cual comparten un linaje y descienden de un ancestro común. Del MSA resultante, se puede inferir la homología, y puede llevarse a cabo el análisis filogenético para evaluar los orígenes evolutivos compartidos por las secuencias. Las representaciones visuales del alineamiento ilustran mutaciones tales como mutaciones puntuales (un solo cambio de aminoácidos o nucleótidos) que aparecen como diferentes caracteres en una sola columna del alineamiento, y la inserción o supresión de mutacion (es)
  • Um alinhamento múltiplo de sequências é um alinhamento de três ou mais sequências biológicas, geralmente proteínas, ADN ou ARN. De modo geral, assume-se que o conjunto de sequências de consulta que se coloca como entrada (conjunto problema) tem uma relação evolutiva pela qual compartilham uma linhagem e descendem de um ancestral comum. Do alinhamento resultante, pode-se inferir a homologia, e pode levar-se a cabo a análise filogenética para avaliar as origens evolutivas compartilhadas pelas sequências. As representações visuais do alinhamento ilustram mutações tais como mutações puntuais (uma só mudança de aminoácidos ou nucleótidos) que aparecem como diferentes caracteres numa só coluna do alinhamento, e a inserção ou supressão de mutações que aparecem como ocos numa ou várias das sequênc (pt)
  • Мно́жественное выра́внивание после́довательностей (англ. multiple sequence alignment, MSA) — выравнивание трёх и более биологических последовательностей, обычно белков, ДНК или РНК. В большинстве случаев предполагается, что входной набор последовательностей имеет эволюционную связь. Используя множественное выравнивание, можно оценить эволюционное происхождение последовательностей, проведя филогенетический анализ. (ru)
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  • Multiple sequence alignment (en)
  • Alineamiento múltiple de secuencias (es)
  • 多重整列 (ja)
  • Alinhamento múltiplo de sequências (pt)
  • Множественное выравнивание последовательностей (ru)
  • 多重序列比對 (zh)
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