| dbo:abstract
|
- En termes de bioinformàtica i biologia evolutiva, una matriu de substitució descriu la velocitat a la qual un caràcter en una seqüència de nucleòtids o en una seqüència de proteïnes és canviat per altres caràcters al llarg del temps evolutiu. Els valors representats en aquesta matriu contenen el valor logarítmic associat cada mutació, és a dir la propensió de cada tipus de mutació a ser acceptada o rebutjada evolutivament. Per tant, és una aplicació d'una matriu estocàstica on veiem la possibilitat que un nucleòtid o un aminoàcid es transformi en un altre en un temps determinat. Les matrius de substitució se solen veure en el context d'alineaments de seqüències d'aminoàcids o d'ADN, on la similitud entre seqüències depèn del seu temps de divergència i de les taxes de substitució representades a la matriu. (ca)
- استبدال الحشوة (النسيج الغذائي) في المعلوماتية الحيوية والبيولوجيا التطورية، تصف مصفوفة الاستبدال المعدل الذي تتغير فيه إحدى الحروف في السلسة إلى حالات الأحرف الأخرى بمرور الوقت. عادة ما يتم النظر إلى مصفوفات الاستبدال في سياق محاذاة سلسلة الحمض الأميني أو الحمض النووي، حيث يعتمد التشابه بين المتواليات على وقت التباعد ومعدلات الاستبدال كما هو موضح في المصفوفة.في عملية التطور، من جيل إلى آخر، تتغير تسلسلات الأحماض الأمينية لبروتينات الكائن الحي تدريجيا من خلال تحور طفرات الدنا. على سبيل المثال، التسلسل على مدى فترة أطول من الزمن التطوري. كل الاحماض الامينية هي أكثر أو أقل احتمالا للتحور إلى مختلف الأحماض الأمينية الأخرى. على سبيل المثال، من المرجح أن يتم استبدال بقايا ماء مثل الأرجينين بآخر محبب للماء مثل الجلوتامين، من أن يتم تحوره إلى بقايا مسعور مثل الليوسين. (هنا، تشير المادة المتبقية إلى حمض أميني تم تجريده من الهيدروجين و / أو مجموعة الهيدروكسيل وإدخاله في السلسلة البوليمرية من بروتين.) ويرجع ذلك في المقام الأول إلى التكرار في الشفرة الوراثية، التي تترجم الكودونات المماثلة إلى أحماض أمينية مماثلة. . علاوة على ذلك، فإن تحور حمض أميني إلى بقايا ذات خصائص مختلفة بشكل كبير قد يؤثر على طي و / أو نشاط البروتين. لذلك، يكون هناك عادة ضغط انتقائي قوي لإزالة هذه التحولات بسرعة من السكان.إذا كان لدينا تسلسلان من الأحماض الأمينية أمامنا، فيجب أن نكون قادرين على قول شيء حول مدى احتمال اشتقاقها من سلف مشترك، أو متماثل. إذا تمكنا من ترتيب التسلسلتين باستخدام خوارزمية ترتيب تسلسل بحيث تكون الطفرات المطلوبة لتحويل تسلسل سلفي افتراضي إلى كل من المتواليات الحالية قابلة للتطبيق من الناحية التطورية، فعندئذ نود تعيين درجة عالية لمقارنة السلاسل..ولتحقيق هذه الغاية، سنقوم ببناء مصفوفة 20 × 20 حيث يساوي الإدخال احتمالية تحويل الحمض الأميني في كمية معينة مع تطور الوقت، هناك العديد من الطرق المختلفة لبناء مثل هذه المصفوفة تسمى استبدال الحشوة..وأبسط مصفوفة بديلة ممكنة هي تلك التي يعتبر فيها كل حمض أميني مشابهًا إلى حد بعيد لنفسه، ولكنه غير قادر على التحول إلى أي حمض أميني آخر.ستنجح تحديد هوية النسيج الغذائي هذه في محاذاة تسلسلات متشابهة من الأحماض الأمينية المتشابهة ولكنها ستكون بائسة عند محاذاة تسلسلين متصلين بعيدًا. نحن بحاجة لمعرفة جميع الاحتمالات بطريقة أكثر صرامة. وتبين أن إجراء فحص تجريبي للمتسلسلات المتحاذية السابقة أفضل ما يمكن.نعبر عن احتمالات التحول في ما يسمى درجات الأرجحيةالامتدادات والتحسيناتتم تطوير العديد من مصفوفات الاستبدال المتخصصة التي تصف معدلات استبدال الأحماض الأمينية في سياقات هيكلية أو تسلسلية محددة، كما هو الحال في خيرات ألفا عبر الغشاء، لمجموعات حالات البنية الثانوية وحالات الوصول إلى المذيبات، أو لسياقات البنية التسلسلية المحلية. تؤدي مصفوفات الاستبدال الخاصة بسياق معين إلى تحسين جودة المحاذاة بشكل عام عند بعض تكلفة السرعة ولكنها لا تستخدم على نطاق واسع بعد. في الآونة الأخيرة، تم اشتقاق تشابهات الأحماض الأمينية المتسلسلة الخاصة بالسياق والتي لا تحتاج إلى مصفوفات بديلة ولكنها تعتمد على مكتبة لسياقات التسلسل بدلاً من ذلك. باستخدام هذه الفكرة، تم توضيح امتداد لسياق برنامج BLAST الشهير لتحقيق تحسين حساسي ذي شقين للتسلسلات المتصلة عن بعد عبر BLAST بسرعة مماثلة (CS-BLAST)..المصطلح على الرغم من أن «انتقال الحشوة» غالباً ما تستخدم بالتبادل مع «استبدال الحشوة» في مجالات أخرى غير المعلوماتية الحيوية، فإن المصطلح السابق يمثل إشكالية في المعلوماتية الحيوية. فيما يتعلق بدائل النيوكليوتيد، يستخدم «الانتقال» أيضًا للإشارة إلى تلك البدائل التي توجد بين البيورين ذات الحلقتين (A → G و G → A) أو بين البيريميدينات ذات الحلقة الواحدة (C → T و T → C). ولأن هذه البدائل لا تتطلب تغييرًا في عدد الحلقات، فإنها تحدث بشكل متكرر أكثر من البدائل الأخرى. "Transversion" هو المصطلح المستخدم للإشارة إلى البدائل ذات معدل أبطأ التي تغير البيورين إلى pyrimidine أو العكس بالعكس (A ↔ C ، A ↔ T ، G ↔ C ، و G ↔ T). (ar)
- In der Bioinformatik beschreiben die Einträge in einer Substitutionsmatrix eine relative Rate, mit welcher im Laufe der Evolution eine Aminosäure in eine andere mutiert (für den Fall einer Protein-Matrix). Dabei gibt der Eintrag die relative Rate an, mit welcher die Aminosäure zu der Aminosäure mutiert. Manche Matrizen sind symmetrisch, es gilt also . Eine Substitutionsmatrix wird oft dazu verwendet, um einem bestimmten Sequenzalignment einen Score zuzuordnen und damit zu bestimmen, wie gut das Alignment ist. Häufig verwendete Substitutionsmatrizen sind BLOSUM und Point Accepted Mutation Matrix (PAM-Matrix).Algorithmen wie BLAST oder FASTA verwenden bei der Suche nach ähnlichen Proteinen in einer Datenbank eine Substitutionsmatrix. (de)
- En biología evolutiva una matriz de sustitución, o de puntuación, describe el ritmo al que un carácter en una secuencia cambia a otro carácter con el tiempo. Las matrices de sustitución se ven usualmente en el contexto de alineamiento de secuencias de aminoácidos o ADN, donde la similitud entre secuencias depende del tiempo desde su divergencia y de los ritmos de sustitución según se representan en la matriz. Estas matrices se utilizan como parámetros de los algoritmos de alineamiento (por ejemplo los de Needlemann-Wunsch o Smith-Waterman), en los cuales cumplen el papel de asignar una determinada puntuación a cada emparejamiento entre los aminoácidos de las secuencias a alinear, contribuyendo así a la puntuación global del alineamiento. Este tipo de matrices son más usuales en los alineamientos de secuencias de aminoácidos (proteínas) que en los de nucleótidos (ADN), ya que en este último caso suele utilizarse un sistema de puntuación mucho más simple para los emparejamientos entre los cuatro diferentes nucleótidos y que asigna, normalmente, una puntuación positiva para la coincidencia en el emparejamiento, una puntuación nula o negativa para la no coincidencia, y una puntuación negativa para los huecos o gaps. (es)
- Les matrices de similarité ou matrices de substitution sont des matrices utilisées en bioinformatique pour réaliser des alignements de séquences biologiques reliées évolutivement. Elles permettent de donner un score de similarité ou de ressemblance entre deux acides aminés. Ces matrices, M, sont des matrices 20 x 20 (pour les 20 acides aminés protéinogènes standards) qui recensent l'ensemble des scores M(a,b) obtenus lorsqu'on substitue l'acide aminé a à l'acide b dans un alignement. Plus le score M(a,b) est élevé, plus la similarité entre les deux acides aminés a et b est importante. Il existe plusieurs de ces matrices, basées sur des principes de construction différents. On peut citer les plus fréquemment utilisées :
* Les matrices de Dayhoff, appelées PAM (probability of acceptable mutations), basées sur des distances évolutives entre espèces
* Les matrices de Henikoff, appelées BLOSUM, basées sur le contenu en information des substitutions Dans chaque famille, il existe plusieurs séries de matrices, de stringence variable, et donc plus ou moins tolérantes aux substitutions d'acides aminés. (fr)
- In bioinformatics and evolutionary biology, a substitution matrix describes the frequency at which a character in a nucleotide sequence or a protein sequence changes to other character states over evolutionary time. The information is often in the form of log odds of finding two specific character states aligned and depends on the assumed number of evolutionary changes or sequence dissimilarity between compared sequences. It is an application of a stochastic matrix. Substitution matrices are usually seen in the context of amino acid or DNA sequence alignments, where they are used to calculate similarity scores between the aligned sequences. (en)
- Em bioinformática e biologia evolutiva uma matriz de substituição, ou de pontuação, descrive o ritmo em que um caráter em uma sequência altera-se a outro caráter com o tempo. As matrizes de substituição são vistas usualmente no contexto de alinhamento de sequências de aminoácidos ou ADN, onde a semelhança entre sequências depende do tempo desde sua divergência e dos ritmos de substituição segundo são representadas na matriz. Estas matrizes são utilizadas como parâmetros dos algoritmos de alinhamento (por exemplo os de Needlemann-Wunsch ou Smith-Waterman), nos quais cumprem o papel de assinalar uma determinada pontuação a cada emparelhamento entre os aminoácidos das sequências a alinhar, contribuindo assim à pontuação global do alinhamento. Este tipo de matrizes são mais usuais nos alinhamento de sequências de aminoácidos (proteínas) que nos de nucleotídeos (ADN), já que neste último caso um sistema de pontuação muito mais simples é geralmente usada para o emparelhamento entre os quatro diferentes nucleotídeos e geralmente atribui uma pontuação positiva para a coincidência no emparelhamento, uma pontuação nula ou negativa para a incompatibilidade e uma pontuação negativa para as lacunas ou gaps. (pt)
|
| dbo:wikiPageExternalLink
| |
| dbo:wikiPageID
| |
| dbo:wikiPageLength
|
- 15662 (xsd:nonNegativeInteger)
|
| dbo:wikiPageRevisionID
| |
| dbo:wikiPageWikiLink
| |
| dbp:wikiPageUsesTemplate
| |
| dcterms:subject
| |
| rdf:type
| |
| rdfs:comment
|
- In der Bioinformatik beschreiben die Einträge in einer Substitutionsmatrix eine relative Rate, mit welcher im Laufe der Evolution eine Aminosäure in eine andere mutiert (für den Fall einer Protein-Matrix). Dabei gibt der Eintrag die relative Rate an, mit welcher die Aminosäure zu der Aminosäure mutiert. Manche Matrizen sind symmetrisch, es gilt also . Eine Substitutionsmatrix wird oft dazu verwendet, um einem bestimmten Sequenzalignment einen Score zuzuordnen und damit zu bestimmen, wie gut das Alignment ist. Häufig verwendete Substitutionsmatrizen sind BLOSUM und Point Accepted Mutation Matrix (PAM-Matrix).Algorithmen wie BLAST oder FASTA verwenden bei der Suche nach ähnlichen Proteinen in einer Datenbank eine Substitutionsmatrix. (de)
- In bioinformatics and evolutionary biology, a substitution matrix describes the frequency at which a character in a nucleotide sequence or a protein sequence changes to other character states over evolutionary time. The information is often in the form of log odds of finding two specific character states aligned and depends on the assumed number of evolutionary changes or sequence dissimilarity between compared sequences. It is an application of a stochastic matrix. Substitution matrices are usually seen in the context of amino acid or DNA sequence alignments, where they are used to calculate similarity scores between the aligned sequences. (en)
- استبدال الحشوة (النسيج الغذائي) في المعلوماتية الحيوية والبيولوجيا التطورية، تصف مصفوفة الاستبدال المعدل الذي تتغير فيه إحدى الحروف في السلسة إلى حالات الأحرف الأخرى بمرور الوقت. عادة ما يتم النظر إلى مصفوفات الاستبدال في سياق محاذاة سلسلة الحمض الأميني أو الحمض النووي، حيث يعتمد التشابه بين المتواليات على وقت التباعد ومعدلات الاستبدال كما هو موضح في المصفوفة.في عملية التطور، من جيل إلى آخر، تتغير تسلسلات الأحماض الأمينية لبروتينات الكائن الحي تدريجيا من خلال تحور طفرات الدنا. على سبيل المثال، التسلسل على مدى فترة أطول من الزمن التطوري. كل الاحماض الامينية هي أكثر أو أقل احتمالا للتحور إلى مختلف الأحماض الأمينية الأخرى. على سبيل المثال، من المرجح أن يتم استبدال بقايا ماء مثل الأرجينين بآخر محبب للماء مثل الجلوتامين، من أن يتم تحوره إلى بقايا مسعور مثل الليوسين. (هنا، تشير المادة المتبقية إ (ar)
- En termes de bioinformàtica i biologia evolutiva, una matriu de substitució descriu la velocitat a la qual un caràcter en una seqüència de nucleòtids o en una seqüència de proteïnes és canviat per altres caràcters al llarg del temps evolutiu. Els valors representats en aquesta matriu contenen el valor logarítmic associat cada mutació, és a dir la propensió de cada tipus de mutació a ser acceptada o rebutjada evolutivament. Per tant, és una aplicació d'una matriu estocàstica on veiem la possibilitat que un nucleòtid o un aminoàcid es transformi en un altre en un temps determinat. (ca)
- En biología evolutiva una matriz de sustitución, o de puntuación, describe el ritmo al que un carácter en una secuencia cambia a otro carácter con el tiempo. Las matrices de sustitución se ven usualmente en el contexto de alineamiento de secuencias de aminoácidos o ADN, donde la similitud entre secuencias depende del tiempo desde su divergencia y de los ritmos de sustitución según se representan en la matriz. Estas matrices se utilizan como parámetros de los algoritmos de alineamiento (por ejemplo los de Needlemann-Wunsch o Smith-Waterman), en los cuales cumplen el papel de asignar una determinada puntuación a cada emparejamiento entre los aminoácidos de las secuencias a alinear, contribuyendo así a la puntuación global del alineamiento. (es)
- Les matrices de similarité ou matrices de substitution sont des matrices utilisées en bioinformatique pour réaliser des alignements de séquences biologiques reliées évolutivement. Elles permettent de donner un score de similarité ou de ressemblance entre deux acides aminés.
* Les matrices de Dayhoff, appelées PAM (probability of acceptable mutations), basées sur des distances évolutives entre espèces
* Les matrices de Henikoff, appelées BLOSUM, basées sur le contenu en information des substitutions (fr)
- Em bioinformática e biologia evolutiva uma matriz de substituição, ou de pontuação, descrive o ritmo em que um caráter em uma sequência altera-se a outro caráter com o tempo. As matrizes de substituição são vistas usualmente no contexto de alinhamento de sequências de aminoácidos ou ADN, onde a semelhança entre sequências depende do tempo desde sua divergência e dos ritmos de substituição segundo são representadas na matriz. Estas matrizes são utilizadas como parâmetros dos algoritmos de alinhamento (por exemplo os de Needlemann-Wunsch ou Smith-Waterman), nos quais cumprem o papel de assinalar uma determinada pontuação a cada emparelhamento entre os aminoácidos das sequências a alinhar, contribuindo assim à pontuação global do alinhamento. (pt)
|
| rdfs:label
|
- استبدال المصفوفة (ar)
- Matriu de substitució (ca)
- Substitutionsmatrix (de)
- Matriz de sustitución (es)
- Matrice de similarité (fr)
- Matriz de substituição (pt)
- Substitution matrix (en)
|
| owl:sameAs
| |
| prov:wasDerivedFrom
| |
| foaf:isPrimaryTopicOf
| |
| is dbo:knownFor
of | |
| is dbo:wikiPageWikiLink
of | |
| is dbp:knownFor
of | |
| is foaf:primaryTopic
of | |
