| dbo:abstract
|
- UGENE is computer software for bioinformatics. It works on personal computer operating systems such as Windows, macOS, or Linux. It is released as free and open-source software, under a GNU General Public License (GPL) version 2. UGENE helps biologists to analyze various biological genetics data, such as sequences, annotations, multiple alignments, phylogenetic trees, NGS assemblies, and others. The data can be stored both locally (on a personal computer) and on a shared storage (e.g., a lab database). UGENE integrates dozens of well-known biological tools, algorithms, and original tools in the context of genomics, evolutionary biology, virology, and other branches of life science. UGENE provides a graphical user interface (GUI) for the pre-built tools so biologists with no computer programming skills can access those tools more easily. Using UGENE Workflow Designer, it is possible to streamline a multi-step analysis. The workflow consists of blocks such as data readers, blocks executing embedded tools and algorithms, and data writers. Blocks can be created with command line tools or a script. A set of sample workflows is available in the Workflow Designer, to annotate sequences, convert data formats, analyze NGS data, etc. Beside the graphical interface, UGENE also has a command-line interface. Workflows may also be executed thereby. To improve performance, UGENE uses multi-core processors (CPUs) and graphics processing units (GPUs) to optimize a few algorithms. (en)
- UGENE — свободное биоинформационное программное обеспечение. UGENE может работать на персональном компьютере с Windows, Mac OS X или Linux. UGENE предоставляет графический интерфейс для работы с последовательностями, аннотациями, множественными выравниваниями, филогенетическими деревьями, данными секвенирования (NGS) и т.д. Данные могут храниться как локально (на персональном компьютере), так и в общем хранилище (в базе данных лаборатории). В состав UGENE включены десятки популярных биоинформационных алгоритмов и инструментов, а также собственные разработки для работы с этими данными в контексте геномики, эволюционной биологии, вирусологии и других дисциплин. Для всех инструментов также предоставляется графический интерфейс, что облегчает анализ этих данных биологами без опыта программирования. UGENE предоставляет возможность потокового анализа большого количества данных с помощью “Дизайнера вычислительных схем”. Вычислительная схема при этом составляется из различных блоков: считывания данных, применения встроенных алгоритмов/инструментов, записи данных. При необходимости, в схему могут быть добавлены блоки произвольных инструментов командной строки, скриптовые блоки и т. п. В дизайнере имеются уже готовые примеры схем (для аннотирования последовательностей, конвертирования форматов, анализа данных секвенирования и другие). Помимо графического интерфейса UGENE предоставляет интерфейс командной строки. В частности, составленная в дизайнере вычислительная схема также может быть запущена из командной строки. Чтобы обеспечить максимальное быстродействие вычислений, UGENE использует возможности многоядерных ЦПУ и графических процессоров для оптимизации некоторых вычислительных задач. (ru)
|
| rdfs:comment
|
- UGENE is computer software for bioinformatics. It works on personal computer operating systems such as Windows, macOS, or Linux. It is released as free and open-source software, under a GNU General Public License (GPL) version 2. UGENE helps biologists to analyze various biological genetics data, such as sequences, annotations, multiple alignments, phylogenetic trees, NGS assemblies, and others. The data can be stored both locally (on a personal computer) and on a shared storage (e.g., a lab database). (en)
- UGENE — свободное биоинформационное программное обеспечение. UGENE может работать на персональном компьютере с Windows, Mac OS X или Linux. UGENE предоставляет графический интерфейс для работы с последовательностями, аннотациями, множественными выравниваниями, филогенетическими деревьями, данными секвенирования (NGS) и т.д. Данные могут храниться как локально (на персональном компьютере), так и в общем хранилище (в базе данных лаборатории). (ru)
|
