| dbo:abstract
|
- In biology, a substitution model, also called models of DNA sequence evolution, are Markov models that describe changes over evolutionary time. These models describe evolutionary changes in macromolecules (e.g., DNA sequences) represented as sequence of symbols (A, C, G, and T in the case of DNA). Substitution models are used to calculate the likelihood of phylogenetic trees using multiple sequence alignment data. Thus, substitution models are central to maximum likelihood estimation of phylogeny as well as Bayesian inference in phylogeny. Estimates of evolutionary distances (numbers of substitutions that have occurred since a pair of sequences diverged from a common ancestor) are typically calculated using substitution models (evolutionary distances are used input for distance methods such as neighbor joining). Substitution models are also central to phylogenetic invariants since they can be used to predict the frequencies of site pattern frequencies given a tree topology. Substitution models are necessary to simulate sequence data for a group of organisms related by a specific tree. (en)
- Модель замен (в биологии) - набор теоретических или эмпирических правил, описывающих процесс замещения нуклеотидов или аминокислот в ходе эволюции последовательности ДНК или белка. Изменение нуклеотидных последовательностей в результате случайных замен нуклеотидов, инсерций и делеций ведет к дивергенции последовательностей в ходе эволюции. Такие изменения могут оставаться на уровне ДНК или же приводить к изменению белковой последовательности, в результате чего белок может утратить свою функциональность или приобрести новые свойства. Выбор правил, по которым одни нуклеотиды или аминокислоты замещаются другими с течением времени, является важной составляющей частью моделирования эволюции и тестирования филогенетических гипотез. (ru)
- У біології модель заміщення нуклеотидів, яку також називають модель еволюції послідовності ДНК, — модель Маркова, яка описує зміни протягом еволюційного часу. Ці моделі описують еволюційні зміни в макромолекулах (наприклад, послідовності ДНК), представлених у вигляді послідовності символів (A, C, G і T у випадку ДНК). Моделі заміщення використовуються для обчислення ймовірності отримання філогенетичних дерев з використанням даних вирівнювання кількох послідовностей. Таким чином, калькуляція моделі заміщення є важливим етапом для оцінки максимальної правдоподібності філогенезу, а також баєсового висновування. Оцінки еволюційних відстаней (кількість замін, які відбулися після того, як пара послідовностей розійшлися від спільного предка) зазвичай розраховуються з використанням моделей заміщення або ж підстановки (еволюційні відстані використовуються як вхідні дані для таких як приєднання сусідів). Моделі підстановки також є центральними для , оскільки їх можна використовувати для прогнозування частоти частот шаблону сайту з урахуванням топології дерева. Моделі заміни необхідні для моделювання даних послідовності для групи організмів, пов'язаних філогенетичними зв'язками. (uk)
|
| dbo:thumbnail
| |
| dbo:wikiPageExternalLink
| |
| dbo:wikiPageID
| |
| dbo:wikiPageLength
|
- 68780 (xsd:nonNegativeInteger)
|
| dbo:wikiPageRevisionID
| |
| dbo:wikiPageWikiLink
| |
| dbp:wikiPageUsesTemplate
| |
| dcterms:subject
| |
| rdf:type
| |
| rdfs:comment
|
- Модель замен (в биологии) - набор теоретических или эмпирических правил, описывающих процесс замещения нуклеотидов или аминокислот в ходе эволюции последовательности ДНК или белка. Изменение нуклеотидных последовательностей в результате случайных замен нуклеотидов, инсерций и делеций ведет к дивергенции последовательностей в ходе эволюции. Такие изменения могут оставаться на уровне ДНК или же приводить к изменению белковой последовательности, в результате чего белок может утратить свою функциональность или приобрести новые свойства. Выбор правил, по которым одни нуклеотиды или аминокислоты замещаются другими с течением времени, является важной составляющей частью моделирования эволюции и тестирования филогенетических гипотез. (ru)
- In biology, a substitution model, also called models of DNA sequence evolution, are Markov models that describe changes over evolutionary time. These models describe evolutionary changes in macromolecules (e.g., DNA sequences) represented as sequence of symbols (A, C, G, and T in the case of DNA). Substitution models are used to calculate the likelihood of phylogenetic trees using multiple sequence alignment data. Thus, substitution models are central to maximum likelihood estimation of phylogeny as well as Bayesian inference in phylogeny. Estimates of evolutionary distances (numbers of substitutions that have occurred since a pair of sequences diverged from a common ancestor) are typically calculated using substitution models (evolutionary distances are used input for distance methods suc (en)
- У біології модель заміщення нуклеотидів, яку також називають модель еволюції послідовності ДНК, — модель Маркова, яка описує зміни протягом еволюційного часу. Ці моделі описують еволюційні зміни в макромолекулах (наприклад, послідовності ДНК), представлених у вигляді послідовності символів (A, C, G і T у випадку ДНК). Моделі заміщення використовуються для обчислення ймовірності отримання філогенетичних дерев з використанням даних вирівнювання кількох послідовностей. Таким чином, калькуляція моделі заміщення є важливим етапом для оцінки максимальної правдоподібності філогенезу, а також баєсового висновування. Оцінки еволюційних відстаней (кількість замін, які відбулися після того, як пара послідовностей розійшлися від спільного предка) зазвичай розраховуються з використанням моделей заміщен (uk)
|
| rdfs:label
|
- Substitution model (en)
- Модель замен (ru)
- Модель заміщення нуклеотидів (uk)
|
| owl:sameAs
| |
| prov:wasDerivedFrom
| |
| foaf:depiction
| |
| foaf:isPrimaryTopicOf
| |
| is dbo:wikiPageRedirects
of | |
| is dbo:wikiPageWikiLink
of | |
| is foaf:primaryTopic
of | |
