| dbo:abstract
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- قاعدة بيانات عوائل البروتينات (بفام) (بالإنجليزية: Pfam) هي قاعدة بيانات تحتوي شروحاتها مولد بواسطة . (ar)
- Pfam és una àmplia col·lecció d' i models ocults de Màrkov cobrint bona part de dominis proteics i famílies comuns. Per a cada família en Pfam es pot:
* Veure alineaments múltiples
* Revisar les arquitectures i organització dels dominis proteics
* Examinar la distribució d'espècies
* Seguir enllaços a altres bases de dades
* Veure estructures proteiques conegudes Noteu que una única proteïna pot pertànyer a diverses famílies Pfam. Pfam-A és la porció de la base de dades de famílies de proteïnes manualment gestionada, i conté al voltant de 9.000 entrades. Per cadascuna d'elles s'emmagatzema un alineament múltiple de seqüències de proteïnes i un model ocult de Markov. Aquests models ocults de Markov poden usar-se per buscar en bases de dades de seqüències amb el paquet HMMER. Llocs que aquestes entrades en Pfam-A no cobreixen totes les proteïnes conegudes, es proporciona un suplement generat automàticament denominat Pfam-B. Pfam-B conté un bon nombre de famílies petites derivades de la base de dades PRODOM. Encara que de menor qualitat, les famílies Pfam-B poden resultar útils quan no es troben famílies Pfam-A. La base de dades iPfam es construeix sobre les descripcions de dominis de Pfam. Investiga si diferents proteïnes descrites conjuntament en la base de dades PDB d'estructura de proteïnes es troben prou properes per interaccionar potencialment. (ca)
- Pfam (Protein Families) ist eine frei zugängliche Datenbank für bioinformatische Zwecke. Es handelt sich zum einen um eine maschinelle Kategorisierung von Proteindomänen, die alle bekannten Proteine einschließt. Grundlage ist die Mustererkennung mittels Machine Learning der Aminosäuresequenz. Die so ermittelten Muster können zum anderen in neuen Proteinen wiedergefunden werden, was einen Hinweis auf die Zusammensetzung dieser Proteine aus Domänen, und damit auch auf ihre Funktion, bzw. bei Enzymen auf die enzymatische Aktivität gibt. Für diese Vorhersage stellt Pfam einen Webservice bereit. Pfam besteht aus zwei Teilen, Pfam-A und Pfam-B. In Pfam-A sind gut charakterisierte Domänen zusammengefasst, während sich Domänen mit unbekannter Funktion in Pfam-B befinden. Bei der Methode des maschinellen Clustering und der Mustererkennung handelt es sich um Hidden Markov Modelle. Pfam wurde 1997 von den Bioinformatikern Erik Sonnhammer (Karolinska Institutet bei Stockholm), Sean Eddy (Washington University in St. Louis, USA), und Richard Durbin (Wellcome Trust Sanger Institute bei Cambridge, UK) aufgebaut. Um etliche Funktionalitäten erweitert, kam Anfang 2006 die Aktualisierung 18 heraus. Im März 2013 wurde Pfam 27.0 veröffentlicht. (de)
- Pfam es una base de datos que reúne una amplia colección de alineamientos múltiples de secuencias y modelos ocultos de Márkov que cubre buena parte de dominios proteicos y familias comunes. Para cada familia en Pfam se puede:
* Ver alineamientos múltiples
* Revisar las arquitecturas y organización de los dominios proteicos
* Examinar la distribución de especies
* Seguir enlaces a otras bases de datos
* Ver estructuras proteicas conocidas Nótese que una única proteína puede pertenecer a varias familias Pfam. Pfam-A es la porción de la base de datos manualmente gestionada, y contiene alrededor de 9 000 entradas. Por cada una de ellas se almacena un alineamiento múltiple de secuencias de proteínas y un modelo oculto de Márkov. Estos modelos ocultos de Márkov pueden usarse para buscar en bases de datos de secuencias con el paquete HMMER. Puestos que estas entradas en Pfam-A no cubren todas las proteínas conocidas, se proporciona un suplemento generado automáticamente denominado Pfam-B. Pfam-B contiene un buen número de familias pequeñas derivadas de la base de datos PRODOM (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).. Aunque de menor calidad, las familias Pfam-B pueden resultar útiles cuando no se encuentran familias Pfam-A. La base de datos iPfam se construye sobre las descripciones de dominios de Pfam. Investiga si diferentes proteínas descritas conjuntamente en la base de datos PDB de estructura de proteínas se encuentran lo suficientemente cercanas para interactuar potencialmente. (es)
- Pfam is a database of protein families that includes their annotations and multiple sequence alignments generated using hidden Markov models. The most recent version, Pfam 35.0, was released in November 2021 and contains 19,632 families. (en)
- Pfam est une base de données bio-informatique de familles de protéines qui classe diverses propriétés des domaines protéiques sur la base de leurs (en). Créée en 1997 par les bio-informaticiens Erik Sonnhammer de l'institut Karolinska à Stockholm, Sean Eddy de l'université Washington à Saint-Louis (Missouri) et Richard Durbin du centre Sanger à Cambridge, elle fournit notamment des informations sur l'architecture des domaines protéiques, leur distribution parmi les espèces vivantes, les liens vers d'autres bases de données et les structures connues de protéines de ces familles. La classification des domaines protéiques par Pfam couvre près de 80 % des protéines répertoriées sur UniProt. Elle est construite par identification de séquences récurrentes à l'aide d'algorithmes d'apprentissage automatique par reconnaissance de formes utilisant un modèle de Markov caché. Cette base de données comprend deux sections, désignées par Pfam A et Pfam B. La section A est annotée manuellement en ligne et comptait, au 11 juin 2020 (version 33.1), 18 259 familles. Depuis la dernière version, 355 nouvelles familles ont été créés et 25 ont été supprimées. Chaque famille comprent des données d'alignement de séquences et un modèle de Markov caché, ce dernier pouvant être utilisé afin d'identifier de nouveaux alignements de séquences à l'aide du module (en). Jusqu'à la version 28.0, la section B complétait la précédente avec un grand nombre de familles de protéines plus petites et moins bien documentées. Elle était générée automatiquement par un algorithme appelé ADDA, pour Automatic Domain Decomposition Algorithm. Elle permettait de couvrir le plus grand nombre de domaines protéiques possible, au prix cependant d'une qualité inférieure à Pfam A. Sa dernière mise à jour remonte à 2015. (fr)
- Pfamは、タンパク質ファミリーのデータベースであり、アノテーションと隠れマルコフモデルを用いて生成された多重配列アライメントを含んでいる。最新版のPfam 33.1は、2020年5月にリリースされ、18,259件のファミリーを収録している。 (ja)
- Pfam은 은닉마르코프모델을 이용하여 단백질의 family들의 다중서열정렬을 모아놓은 데이터베이스이다.Pfam은 A와 B의 두개 클래스를 제공하는데 A는 사람이 직접 들여다 보고 만들고 B는 기계를 이용 자동으로 만들고 있다. 이들 각각을 Pfam-A와 Pfam-B라 칭한다. 2008년 7월 28일을 기점으로 하여 현재 9723개의 protein family들이 Pfam-A에 분류되어있다. (ko)
- Pfam è un database di che include le loro annotazioni e gli generati usando i modelli di Markov nascosti. (it)
- Pfam é uma base de dados de famílias de proteínas em que constam as sua anotações e alinhamentos múltiplos de sequências gerados com base nos modelos ocultos de Markov. (pt)
- Pfam — база даних сімейств білкових доменів. Кожне сімейство в ній представлено множинним вирівнюванням фрагментів білкових послідовностей і прихованої марковської моделлю (HMM). На березень 2017 року Pfam містилося 16 712 записів (сімейств), об'єднаних в 604 клани. (uk)
- Pfam — база данных семейств белковых доменов. Каждое семейство в ней представлено множественным выравниванием фрагментов белковых последовательностей и скрытой марковской моделью (HMM). На март 2021 года в Pfam содержалось 19 179 записей (семейств), объединённых в 645 кланов. (ru)
- Pfam是一個蛋白質家族資料庫。此資料庫會利用隱馬爾可夫模型進行多重序列比對以及加上蛋白腳註。 (zh)
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- The Pfam database provides alignments and hidden Markov models for protein domains. (en)
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- The Pfam database provides alignments and hidden Markov models for protein domains.
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- قاعدة بيانات عوائل البروتينات (بفام) (بالإنجليزية: Pfam) هي قاعدة بيانات تحتوي شروحاتها مولد بواسطة . (ar)
- Pfam is a database of protein families that includes their annotations and multiple sequence alignments generated using hidden Markov models. The most recent version, Pfam 35.0, was released in November 2021 and contains 19,632 families. (en)
- Pfamは、タンパク質ファミリーのデータベースであり、アノテーションと隠れマルコフモデルを用いて生成された多重配列アライメントを含んでいる。最新版のPfam 33.1は、2020年5月にリリースされ、18,259件のファミリーを収録している。 (ja)
- Pfam은 은닉마르코프모델을 이용하여 단백질의 family들의 다중서열정렬을 모아놓은 데이터베이스이다.Pfam은 A와 B의 두개 클래스를 제공하는데 A는 사람이 직접 들여다 보고 만들고 B는 기계를 이용 자동으로 만들고 있다. 이들 각각을 Pfam-A와 Pfam-B라 칭한다. 2008년 7월 28일을 기점으로 하여 현재 9723개의 protein family들이 Pfam-A에 분류되어있다. (ko)
- Pfam è un database di che include le loro annotazioni e gli generati usando i modelli di Markov nascosti. (it)
- Pfam é uma base de dados de famílias de proteínas em que constam as sua anotações e alinhamentos múltiplos de sequências gerados com base nos modelos ocultos de Markov. (pt)
- Pfam — база даних сімейств білкових доменів. Кожне сімейство в ній представлено множинним вирівнюванням фрагментів білкових послідовностей і прихованої марковської моделлю (HMM). На березень 2017 року Pfam містилося 16 712 записів (сімейств), об'єднаних в 604 клани. (uk)
- Pfam — база данных семейств белковых доменов. Каждое семейство в ней представлено множественным выравниванием фрагментов белковых последовательностей и скрытой марковской моделью (HMM). На март 2021 года в Pfam содержалось 19 179 записей (семейств), объединённых в 645 кланов. (ru)
- Pfam是一個蛋白質家族資料庫。此資料庫會利用隱馬爾可夫模型進行多重序列比對以及加上蛋白腳註。 (zh)
- Pfam és una àmplia col·lecció d' i models ocults de Màrkov cobrint bona part de dominis proteics i famílies comuns. Per a cada família en Pfam es pot:
* Veure alineaments múltiples
* Revisar les arquitectures i organització dels dominis proteics
* Examinar la distribució d'espècies
* Seguir enllaços a altres bases de dades
* Veure estructures proteiques conegudes Noteu que una única proteïna pot pertànyer a diverses famílies Pfam. (ca)
- Pfam (Protein Families) ist eine frei zugängliche Datenbank für bioinformatische Zwecke. Es handelt sich zum einen um eine maschinelle Kategorisierung von Proteindomänen, die alle bekannten Proteine einschließt. Grundlage ist die Mustererkennung mittels Machine Learning der Aminosäuresequenz. Die so ermittelten Muster können zum anderen in neuen Proteinen wiedergefunden werden, was einen Hinweis auf die Zusammensetzung dieser Proteine aus Domänen, und damit auch auf ihre Funktion, bzw. bei Enzymen auf die enzymatische Aktivität gibt. Für diese Vorhersage stellt Pfam einen Webservice bereit. (de)
- Pfam es una base de datos que reúne una amplia colección de alineamientos múltiples de secuencias y modelos ocultos de Márkov que cubre buena parte de dominios proteicos y familias comunes. Para cada familia en Pfam se puede:
* Ver alineamientos múltiples
* Revisar las arquitecturas y organización de los dominios proteicos
* Examinar la distribución de especies
* Seguir enlaces a otras bases de datos
* Ver estructuras proteicas conocidas Nótese que una única proteína puede pertenecer a varias familias Pfam. (es)
- Pfam est une base de données bio-informatique de familles de protéines qui classe diverses propriétés des domaines protéiques sur la base de leurs (en). Créée en 1997 par les bio-informaticiens Erik Sonnhammer de l'institut Karolinska à Stockholm, Sean Eddy de l'université Washington à Saint-Louis (Missouri) et Richard Durbin du centre Sanger à Cambridge, elle fournit notamment des informations sur l'architecture des domaines protéiques, leur distribution parmi les espèces vivantes, les liens vers d'autres bases de données et les structures connues de protéines de ces familles. (fr)
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- Pfam (en)
- قاعدة بيانات عوائل البروتينات (ar)
- Pfam (ca)
- Pfam (de)
- Pfam (es)
- Pfam (fr)
- Pfam (it)
- Pfam (ko)
- Pfamデータベース (ja)
- Pfam (pt)
- Pfam (ru)
- Pfam (uk)
- Pfam (zh)
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