FASTA is a DNA and Protein sequence alignment software package first described (as FASTP) by David J. Lipman and William R. Pearson in 1985 in the article Rapid and sensitive protein similarity searches. The original FASTP program was designed for protein sequence similarity searching. FASTA, described in 1988 added the ability to do DNA:DNA searches, translated protein:DNA searches, and also provided a more sophisticated shuffling program for evaluating statistical significance. There are several programs in this package that allow the alignment of protein sequences and DNA sequences. FASTA is pronounced "FAST-Aye", and stands for "FAST-All", because it works with any alphabet, an extension of "FAST-P" and "FAST-N" alignment.

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  • FASTA is a DNA and Protein sequence alignment software package first described (as FASTP) by David J. Lipman and William R. Pearson in 1985 in the article Rapid and sensitive protein similarity searches. The original FASTP program was designed for protein sequence similarity searching. FASTA, described in 1988 added the ability to do DNA:DNA searches, translated protein:DNA searches, and also provided a more sophisticated shuffling program for evaluating statistical significance. There are several programs in this package that allow the alignment of protein sequences and DNA sequences. FASTA is pronounced "FAST-Aye", and stands for "FAST-All", because it works with any alphabet, an extension of "FAST-P" and "FAST-N" alignment. The current FASTA package contains programs for protein:protein, DNA:DNA, protein:translated DNA, and ordered or unordered peptide searches. Recent versions of the FASTA package include special translated search algorithms that correctly handle frameshift errors when comparing nucleotide to protein sequence data.In addition to rapid heuristic search methods, the FASTA package provides SSEARCH, an implementation of the optimal Smith-Waterman algorithm. A major focus of the package is the calculation of accurate similarity statistics, so that biologists can judge whether an alignment is likely to have occurred by chance, or whether it can be used to infer homology. The FASTA package is available from fasta. bioch. virginia. edu. The web-interface to submit sequences for running a search of the European Bioinformatics Institute 's online databases is also available using the FASTA programs. The FASTA file format used as input for this software is now largely used by other sequence database search tools and sequence alignment programs (en)
  • FASTA es un programa para alineamiento de secuencias de ADN y de proteínas. Fue descripto por primera vez (como FASTP) por David J. Lipman y William R. Pearson en 1985 en el artículo Rapid and sensitive protein similarity searches El programa original fue diseñado para buscar similitudes de secuencias proteicas. FASTA, descripto en 1988 agregó la posibilidad de hacer búsquedas de ADN contra ADN, ADN contra proteínas traducidas y un programa más sofisticado de aleatorización para evaluar la significancia estadística de los resultados. El nombre FASTA viene de "FAST-ALL" porque busca con cualquier alfabeto, es una extensión de "FAST-P" y "FAST-N" . El paquete actual de FASTA incluye programas para búsquedas del tipo proteina/proteina, ADN/ADN, proteina/ADN traducido, y búsqueda ordenada y desordenadas de péptidos. Las versiones recientes incluyen un algoritmo para manejar errores de desplazamiento del marco de lectura, las cuales las búsquedas que traducen los seis marcos suelen tener problemas) cuando compara datos de secuencia de proteínas con los nucleotidos. Además de los métodos de búsqueda heurísticos rápidos, el paquete FASTA provee SSEARCH, una implementación del algoritmo Smith-Waterman. Uno de los principales objetivos del paquete es el cálculo estadístico de las similitures, para que los biologos puedan juzgar si un alineamiento ha ocurrido por azar o si se puede usar para inferir homología. El paquete FASTA está disponible en fasta. bioch. virginia. edu. La interfaz web para enviar secuencias para ejecutar una búsqueda en la base de datos del European Bioinformatics Institute 's también está disponible en fasta33 El formato de archivo FASTA que se usa como entrada a este programa es actualmente usado por otras herramientas de búsqueda y programas de alineamiento (es)
  • Der heuristische FASTA-Algorithmus wurde 1985 von David J. Lipman und William R. Pearson als FASTP für Proteine entwickelt. Das Programm wurde 1988 auf Nukleotide erweitert. FASTA sucht nach Ähnlichkeiten zwischen Sequenzen oder vergleicht eine gegebene Sequenz mit einer Sequenz-Datenbank. Die Speicherung der Sequenzdaten erfolgt im FASTA-Format. Eine Anwendung findet der Algorithmus beispielsweise beim SIMAP-Projekt (de)
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  • Pearson W.R. (en)
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  • Free for academic users (en)
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  • FASTA (en)
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  • FASTA is a DNA and Protein sequence alignment software package first described (as FASTP) by David J. Lipman and William R. Pearson in 1985 in the article Rapid and sensitive protein similarity searches. The original FASTP program was designed for protein sequence similarity searching. FASTA, described in 1988 added the ability to do DNA:DNA searches, translated protein:DNA searches, and also provided a more sophisticated shuffling program for evaluating statistical significance. There are several programs in this package that allow the alignment of protein sequences and DNA sequences. FASTA is pronounced "FAST-Aye", and stands for "FAST-All", because it works with any alphabet, an extension of "FAST-P" and "FAST-N" alignment. (en)
  • FASTA es un programa para alineamiento de secuencias de ADN y de proteínas. Fue descripto por primera vez (como FASTP) por David J. Lipman y William R. (es)
  • Der heuristische FASTA-Algorithmus wurde 1985 von David J. (de)
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  • FASTA (en)
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  • FASTA-Algorithmus (de)
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