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- L'algorisme de Smith-Waterman és un dels algorismes més emprats per a l'alineament local de seqüències proteiques o nucleotídiques, i en permet determinar les regions de major similitud. La primera versió d'aquest algorisme va ser proposada per i el 1981 i, de forma similar a l'algorisme de Needleman-Wunsch, es tracta d'un algorisme de programació dinàmica que garanteix que l'alineament trobat és òptim. Una implementació de l'algorisme de Smith-Waterman, SSEARCH, es troba disponible en el programa d'anàlisi de seqüències FASTA. (ca)
- Smithův-Watermanův algoritmus je jedním za základních algoritmů bioinformatiky. Provádí lokální zarovnání sekvencí (tedy takové, ve kterém jsou hledány nejpodobnější úseky všech možných délek mezi dvěma sekvencemi, oblasti na sekvencích vzdálené od těchto úseků jsou při hodnocení podobnosti zanedbány) dovolující mezery, nejčastěji jde o sekvence nukleotidů v nukleových kyselinách či sekvence aminokyselin v proteinech. Jde o algoritmus dynamického programování, sestavený Temple F. Smithem a Michaelem S. Watermanem v roce 1981. (cs)
- Der Smith-Waterman-Algorithmus ist ein Algorithmus, der den optimalen lokalen Alignment-Score (similarity score) bzw. das optimale lokale Alignment zwischen zwei Sequenzen berechnet. Ein Sequenzalignment ist eine Folge von Edit-Operationen (wie z. B. Zeichenersetzung, Einfügung, Löschung), die die eine Sequenz in die andere überführt. Die einzelnen Operationen haben einen Score und der Alignment-Score ist als die Summe der Edit-Operations-Scores definiert. Ein lokales Alignment ist eine Folge von Edit-Operationen um eine Teilsequenz der ersten Sequenz in eine Teilsequenz der anderen Sequenz zu überführen, d. h. bei der Optimierung kann eine Folge von Einfüge- und Lösch-Operationen am Anfang und Ende ignoriert werden, wenn dies den Alignment-Score verbessert. Diese ignorierten Operationen sind nicht Teil des lokalen Alignments. Die Eingabe-Sequenzen können Zeichenketten über verschiedenen Alphabeten sein, z. B. in der Bioinformatik wird der Smith-Waterman-Algorithmus auf DNA-Sequenzen oder Aminosäuresequenzen angewendet. Ein Anwendungsfall ist z. B. die Suche nach Genen (in neu-sequenzierten Genomen), deren Sequenz einer bekannten Gen-Sequenz in einem andern Organismus ähnelt, wobei das Edit-Operations-Modell biologische Veränderungen während der Evolution approximiert. Der Algorithmus verwendet die Methode der Dynamischen Programmierung und seine Laufzeit ist quadratisch. Er wurde 1981 von undMichael S. Waterman entwickelt und ist eine Variante des Needleman-Wunsch-Algorithmus, der das globale Alignment berechnet. (de)
- El algoritmo de Smith-Waterman es una reconocida estrategia para realizar de secuencias biológicas (ADN, ARN o proteínas); es decir que determina regiones similares entre un par de secuencias. El algoritmo SW fue propuesto por y en 1981. Está basado en el uso de algoritmos de programación dinámica, de tal forma que tiene la deseable propiedad de garantizar que el alineamiento local encontrado es óptimo con respecto a un determinado sistema de puntajes que se use (tales como matrices de substitución). Las alternativas básicas para realizar el alineamiento de un par de secuencias son: el alineamiento local y el . Los alineamientos globales pretenden alinear cada símbolo (o residuo) en cada secuencia. Esta estrategia es especialmente útil cuando las secuencias a alinear son altamente similares y aproximadamente del mismo tamaño. En contraste, los alineamientos locales son más útiles cuando las secuencias a alinear poseen grandes diferencias, pero se sospecha que existen regiones de similitud. (es)
- L'algorithme de Smith-Waterman est un algorithme d'alignement de séquences utilisé notamment en bioinformatique.Il a été inventé par (en) et Michael S. Waterman en 1981. L'algorithme de Smith-Waterman est un algorithme optimal qui donne un alignement correspondant au meilleur score possible de correspondance entre les acides aminés ou les nucléotides des deux séquences. Le calcul de ce score repose sur l'utilisation de matrices de similarité ou matrices de substitution. L'algorithme est par exemple utilisé pour aligner des séquences de nucléotides ou de protéines, notamment pour la prédiction de gènes, la phylogénie ou la prédiction de fonction. (fr)
- The Smith–Waterman algorithm performs local sequence alignment; that is, for determining similar regions between two strings of nucleic acid sequences or protein sequences. Instead of looking at the entire sequence, the Smith–Waterman algorithm compares segments of all possible lengths and optimizes the similarity measure. The algorithm was first proposed by Temple F. Smith and Michael S. Waterman in 1981. Like the Needleman–Wunsch algorithm, of which it is a variation, Smith–Waterman is a dynamic programming algorithm. As such, it has the desirable property that it is guaranteed to find the optimal local alignment with respect to the scoring system being used (which includes the substitution matrix and the gap-scoring scheme). The main difference to the Needleman–Wunsch algorithm is that negative scoring matrix cells are set to zero, which renders the (thus positively scoring) local alignments visible. Traceback procedure starts at the highest scoring matrix cell and proceeds until a cell with score zero is encountered, yielding the highest scoring local alignment. Because of its quadratic complexity in time and space, it often cannot be practically applied to large-scale problems and is replaced in favor of less general but computationally more efficient alternatives such as (Gotoh, 1982), (Altschul and Erickson, 1986), and (Myers and Miller, 1988). (en)
- L'algoritmo di Smith–Waterman è un algoritmo di bioinformatica pensato per l'allineamento di sequenze, cioè la determinazione del grado di similarità (detta anche omologia) di sequenze o . (it)
- Алгоритм Смита — Ватермана предназначен для получения локального выравнивания последовательностей,то есть для выявления сходных участков двух нуклеотидных или белковых последовательностей.В отличие от алгоритма Нидлмана — Вунша, который осуществляет выравнивание последовательностей по всей длине,алгоритм Смита — Ватермана сравнивает отрезки всех возможных длин и оптимизирует меру сходства по всемотрезкам и всем выравниваниям этих отрезков. Алгоритм был предложен и в 1981. Подобно алгоритму Нидлмана — Вунша, алгоритм Смита — Ватермана использует принцип динамического программирования. Он гарантирует нахождение оптимального, относительно используемой им меры оценки качества, локального выравнивания. Эта мера оценки — так называемый вес, или счёт (Score) выравнивания, предусматривающий использование и (то есть вставки и делеции). (ru)
- O Algoritmo de Smith-Waterman é um algoritmo bem conhecido para a realização de alinhamento de seqüências local ; isto é, é elaborado para determinar as regiões similares entre duas seqüências de nucleotídeos ou duas seqüências de proteínas. Em vez de olhar a seqüência total, o algoritmo de Smith-Waterman compara segmentos de todos os comprimentos possíveis e otimiza a medida de similaridade. (pt)
- Algorytm Smitha-Watermana - algorytm bazujący na programowaniu dynamicznym umożliwiający poszukiwanie optymalnych lokalnych dopasowań sekwencji. Jest często wykorzystywany w bioinformatyce do poszukiwań dopasowań sekwencji nukleotydów i aminokwasów. (pl)
- 史密斯-沃特曼算法（Smith-Waterman algorithm）是一种进行局部序列比对（相对于全局比对）的算法，用于找出两个核苷酸序列或蛋白质序列之间的相似区域。该算法的目的不是进行全序列的比对，而是找出两个序列中具有高相似度的片段。 该算法由坦普尔·史密斯和迈克尔·沃特曼于1981年提出。史密斯-沃特曼算法是尼德曼-翁施算法的一个变体，二者都是动态规划算法。这一算法的优势在于可以在给定的打分方法下找出两个序列的最优的局部比对（打分方法使用了置换矩阵和空位罚分）。该算法和尼德曼-翁施算法的主要区别在于该算法不存在负分（负分被替换为零），因此局部比对成为可能。回溯从分数最高的矩阵元素开始，直到遇到分数为零的元素停止。分数最高的局部比对结果在此过程中产生。在实际运用中，人们通常使用该算法的优化版本。 (zh)
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- L'algorisme de Smith-Waterman és un dels algorismes més emprats per a l'alineament local de seqüències proteiques o nucleotídiques, i en permet determinar les regions de major similitud. La primera versió d'aquest algorisme va ser proposada per i el 1981 i, de forma similar a l'algorisme de Needleman-Wunsch, es tracta d'un algorisme de programació dinàmica que garanteix que l'alineament trobat és òptim. Una implementació de l'algorisme de Smith-Waterman, SSEARCH, es troba disponible en el programa d'anàlisi de seqüències FASTA. (ca)
- Smithův-Watermanův algoritmus je jedním za základních algoritmů bioinformatiky. Provádí lokální zarovnání sekvencí (tedy takové, ve kterém jsou hledány nejpodobnější úseky všech možných délek mezi dvěma sekvencemi, oblasti na sekvencích vzdálené od těchto úseků jsou při hodnocení podobnosti zanedbány) dovolující mezery, nejčastěji jde o sekvence nukleotidů v nukleových kyselinách či sekvence aminokyselin v proteinech. Jde o algoritmus dynamického programování, sestavený Temple F. Smithem a Michaelem S. Watermanem v roce 1981. (cs)
- L'algoritmo di Smith–Waterman è un algoritmo di bioinformatica pensato per l'allineamento di sequenze, cioè la determinazione del grado di similarità (detta anche omologia) di sequenze o . (it)
- O Algoritmo de Smith-Waterman é um algoritmo bem conhecido para a realização de alinhamento de seqüências local ; isto é, é elaborado para determinar as regiões similares entre duas seqüências de nucleotídeos ou duas seqüências de proteínas. Em vez de olhar a seqüência total, o algoritmo de Smith-Waterman compara segmentos de todos os comprimentos possíveis e otimiza a medida de similaridade. (pt)
- Algorytm Smitha-Watermana - algorytm bazujący na programowaniu dynamicznym umożliwiający poszukiwanie optymalnych lokalnych dopasowań sekwencji. Jest często wykorzystywany w bioinformatyce do poszukiwań dopasowań sekwencji nukleotydów i aminokwasów. (pl)
- 史密斯-沃特曼算法（Smith-Waterman algorithm）是一种进行局部序列比对（相对于全局比对）的算法，用于找出两个核苷酸序列或蛋白质序列之间的相似区域。该算法的目的不是进行全序列的比对，而是找出两个序列中具有高相似度的片段。 该算法由坦普尔·史密斯和迈克尔·沃特曼于1981年提出。史密斯-沃特曼算法是尼德曼-翁施算法的一个变体，二者都是动态规划算法。这一算法的优势在于可以在给定的打分方法下找出两个序列的最优的局部比对（打分方法使用了置换矩阵和空位罚分）。该算法和尼德曼-翁施算法的主要区别在于该算法不存在负分（负分被替换为零），因此局部比对成为可能。回溯从分数最高的矩阵元素开始，直到遇到分数为零的元素停止。分数最高的局部比对结果在此过程中产生。在实际运用中，人们通常使用该算法的优化版本。 (zh)
- Der Smith-Waterman-Algorithmus ist ein Algorithmus, der den optimalen lokalen Alignment-Score (similarity score) bzw. das optimale lokale Alignment zwischen zwei Sequenzen berechnet. Ein Sequenzalignment ist eine Folge von Edit-Operationen (wie z. B. Zeichenersetzung, Einfügung, Löschung), die die eine Sequenz in die andere überführt. Die einzelnen Operationen haben einen Score und der Alignment-Score ist als die Summe der Edit-Operations-Scores definiert. Ein lokales Alignment ist eine Folge von Edit-Operationen um eine Teilsequenz der ersten Sequenz in eine Teilsequenz der anderen Sequenz zu überführen, d. h. bei der Optimierung kann eine Folge von Einfüge- und Lösch-Operationen am Anfang und Ende ignoriert werden, wenn dies den Alignment-Score verbessert. Diese ignorierten Operationen s (de)
- El algoritmo de Smith-Waterman es una reconocida estrategia para realizar de secuencias biológicas (ADN, ARN o proteínas); es decir que determina regiones similares entre un par de secuencias. El algoritmo SW fue propuesto por y en 1981. Está basado en el uso de algoritmos de programación dinámica, de tal forma que tiene la deseable propiedad de garantizar que el alineamiento local encontrado es óptimo con respecto a un determinado sistema de puntajes que se use (tales como matrices de substitución). (es)
- The Smith–Waterman algorithm performs local sequence alignment; that is, for determining similar regions between two strings of nucleic acid sequences or protein sequences. Instead of looking at the entire sequence, the Smith–Waterman algorithm compares segments of all possible lengths and optimizes the similarity measure. (en)
- L'algorithme de Smith-Waterman est un algorithme d'alignement de séquences utilisé notamment en bioinformatique.Il a été inventé par (en) et Michael S. Waterman en 1981. L'algorithme de Smith-Waterman est un algorithme optimal qui donne un alignement correspondant au meilleur score possible de correspondance entre les acides aminés ou les nucléotides des deux séquences. Le calcul de ce score repose sur l'utilisation de matrices de similarité ou matrices de substitution. (fr)
- Алгоритм Смита — Ватермана предназначен для получения локального выравнивания последовательностей,то есть для выявления сходных участков двух нуклеотидных или белковых последовательностей.В отличие от алгоритма Нидлмана — Вунша, который осуществляет выравнивание последовательностей по всей длине,алгоритм Смита — Ватермана сравнивает отрезки всех возможных длин и оптимизирует меру сходства по всемотрезкам и всем выравниваниям этих отрезков. (ru)
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