| dbo:abstract
|
- A la bioinformàtica, la matriu BLOSUM (Matriu de SUbstitució de BLOcs) és una matriu de substitució utilitzada per tal de puntuar alineaments de seqüències de proteïnes divergents evolutivament..Les matrius BLOSUM varen ser introduïdes per primer cop pels germans i a l'any 1992. Van ser creades a partir de l'alineació blocs, seqüències d'aminoàcids conservades en famílies de proteïnes, que permeten fer una anàlisi de proteïnes menys relacionades entre sí. (ca)
- في المعلوماتية الحيوية، البلوسم (مصفوفة كتل الاستبدال) المصفوفة هي مصفوفة الاستبدال تستخدم تسلسل المحاذاة من البروتينات. مصفوفات بلوسوم تستخدم ليسجل التحالفات بين متباينة التطوير لسلاسل البروتين. فهي تقوم على التحالفات المحلية. مصفوفات بلوسوم تم تقديمها لأول مرة في ورقة قدمها ستيفن هينيكوف وجورجا هينيكوف. أنها تفحص بيانات الكتل عن مناطق الحفظ من أسرالبروتين (التي ليس لديها ثغرات في تسلسل المحاذاة) ثم تحسب نسبة الترددات من الأحماض الأمينية واحتمالات استبدالها. ثم أنها تحسب سجل الاحتمالات درجة لكل من 210 من الازواج المحتمل استبدالها من الأحماض الأمينية القياسية العشرون. كل مصفوفات البلوسوم تستند إلى التحالفات الملحوظة؛ فهي ليست مأخوذة من المقارنات وثيقة الصلة من البروتينات مثل مصفوفات بام. (ar)
- In bioinformatics, the BLOSUM (BLOcks SUbstitution Matrix) matrix is a substitution matrix used for sequence alignment of proteins. BLOSUM matrices are used to score alignments between evolutionarily divergent protein sequences. They are based on local alignments. BLOSUM matrices were first introduced in a paper by Steven Henikoff and Jorja Henikoff. They scanned the for very conserved regions of protein families (that do not have gaps in the sequence alignment) and then counted the relative frequencies of amino acids and their substitution probabilities. Then, they calculated a log-odds score for each of the 210 possible substitution pairs of the 20 standard amino acids. All BLOSUM matrices are based on observed alignments; they are not extrapolated from comparisons of closely related proteins like the PAM Matrices. (en)
- BLOSUM (BLOcks SUbstitution Matrix; auch BlOSSUM) ist eine evidenzbasierte Substitutionsmatrix, die für Sequenzalignment von Proteinen benutzt wird und spielt neben der Point Accepted Mutation Matrix (PAM-Matrix) eine wichtige Rolle in der Bioinformatik. Die BLOSUM wurde 1992 von Jorja G. Henikoff und Steven Henikoff entwickelt. Es existieren verschiedene Matrizen für unterschiedliche evolutionäre Distanzen. (de)
- BLOSUM (BLOcks of Amino Acid SUbstitution Matrix, o matriz de sustitución de bloques de aminoácidos) es una matriz de sustitución utilizada para el alineamiento de secuencias de proteínas. BLOSUM se usa para puntuar alineamientos entre secuencias de proteínas evolutivamente divergentes. Se basa en alineamientos locales, y se introdujo en 1992 por primera vez en un artículo de Henikoff y Henikoff. Recorrieron la base de datos analizando regiones muy conservadas de familias de proteínas (sin huecos en el alineamiento de secuencias) y comprobaron las frecuencias relativas de aparición de los aminoácidos y las probabilidades de sustitución entre ellos. Seguidamente calcularon una puntuación de log-probabilidad para cada una de las 210 posibles sustituciones de los 20 aminoácidos estándar. Todas las BLOSUM se basan en alineamientos observados, y no son extrapoladas de comparaciones de proteínas cercanamente relacionadas (como es el caso de las matrices PAM, obtenidas al multiplicar por sí misma un determinado número de veces una matriz inicial). Existen bastantes conjuntos de matrices BLOSUM que utilizan diferentes bases de datos de alineamientos, y que se nombran con números. Las BLOSUM seguidas de un número alto están diseñadas para comparar secuencias cercanamente relacionadas, mientras que las BLOSUM con número bajo están diseñadas para comparar secuencias relacionadas de forma distante. Por ejemplo, BLOSUM 80 se usa para alineamientos menos divergentes, mientras que BLOSUM 45 se usa para alineamientos más divergentes. Las puntuaciones dentro de una matriz BLOSUM corresponden a log-probabilidades que reflejan, en un alineamiento, el logaritmo de la razón de la probabilidad de la aparición de dos aminoácidos de una forma biológicamente intencionada o aceptada (residuos homológos; este numerador es la probabilidad de la hipótesis que queremos contrastar) y la probabilidad de su aparición por casualidad (el denominador es la probabilidad de la hipótesis nula). Las matrices se basan en el máximo porcentaje de identidad de las secuencias de proteínas alineadas usadas al calcularlas (por ejemplo, BLOSUM 45 correspondería a alineamientos con un máximo de un 45% de identidad). A cada posible identidad o sustitución se le asigna una puntuación basada en las frecuencias observadas en el alineamiento de proteínas relacionadas. Se da una puntuación positiva a las sustituciones más probables, mientras que corresponde una puntuación negativa para sustituciones menos probables. BLOSUM 62 es la matriz calculada usando las sustituciones observadas entre proteínas que tienen, como máximo, el 62% de identidad en la secuencia, y se ha convertido en el estándar de la mayoría de los programas que utilizan este tipo de matrices. BLOSUM ha demostrado actuar mejor en la puntuación de secuencias distantemente relacionadas que las otrora ampliamente usadas matrices Point Accepted Mutation (PAM). Para calcular una matriz BLOSUM se usa la siguiente ecuación: Aquí, es la probabilidad de que dos aminoácidos y reemplacen uno al otro en una secuencia homóloga, mientras que y son las probabilidades últimas de encontrar los aminoácidos y en cualquier secuencia de proteína de forma aleatoria. El factor es un mero factor de escala para asegurar que, tras su aplicación y la de un necesario redondeo al entero más cercano, la matriz contenga valores enteros dispersos y fácilmente tratables. De acuerdo a la definición vista, el logaritmo de la ecuación (el resultado de la ecuación, en definitiva) será positivo siempre que el cociente sea mayor de uno. Esto significará que la probabilidad de alineamiento entre los dos aminoácidos en una determinada secuencia se dará con mayor frecuencia que la que podríamos esperar por la mera casualidad. En resumen: esta sustitución es aceptada (en mayor o menor grado, de acuerdo a sus resultados estadísticos) por la evolución. Por el contrario, un logaritmo nulo o negativo implica que las sustituciones se dan al mismo (o menor) ritmo que las esperadas aleatoriamente. (es)
- ( 다른 뜻에 대해서는 블로섬 문서를 참고하십시오.) 블로섬(BLOSUM: Blocks of Amino Acid Substitution Matrix)은 서열 정렬에 가장 많이 쓰이는 치환 행렬이다. 1992년 PNAS저널에 가 발표한 것이다 블로섬은 로컬 정렬에 기반한 매트릭스이다. 블로섬은 블록(벽돌)처럼 틈(갶)이 없는 서열 정렬에서 아미노산들의 치환의 정도를 표로 정리한 것이다. 블로섬을 만드는 데 쓰이는 서열 정렬은 사용된 서열들의 퍼센트 동일성에 따라, 단어의 끝에 숫자를 붙인다. 예를 들면, 블로섬60은 60%의 서열 동일성을 가진 다중 서열 정렬에서 아미노산들의 치환을 계산해 내서 만들었다. 그러면, 블로섬80과 블로섬45는 어떤 차이가 있을까? 서열의 퍼센트 동일성이 낮다는 것은 블로섬을 구하기 위해 정열을 한 단백질들이 서로 진화적으로 먼 것들을 모았다는 것을 말한다. 그러므로, 블로섬45는 진화적 거리가 먼 단백질 친족을 찾을 때 사용하면 더 좋을 결과를 가져 온다. 그에 반해, 블로섬80은 매우 비슷한 단백질들을 찾는 데 효용성이 있을 것이라고 예측할 수 있다. (ko)
- A matriz BLOSUM (BLOcks of Amino Acid SUbstitution Matrix) é uma matriz de substituição usada para o alinhamento de sequências de proteínas. Matrizes BLOSUM são usadas para pontuar alinhamentos entre sequências de proteínas divergentes. Elas são baseadas em alinhamentos locais. As matrizes BLOSUM foram introduzidas pela primeira vez em um artigo de Henikoff e Henikoff. Elas examinam o buscando regiões muito conservadas de famílias de proteínas (que não têm lacunas no alinhamento de sequências) e depois contam a freqüência relativa de aminoácidos e as suas probabilidades de substituição. Então, elas calculam a pontuação do logaritmo das razões de chance para cada uma das 210 possíveis substituições dos 20 aminoácidos-padrão. Todas as matrizes BLOSUM são baseadas em alinhamentos observados; não são extrapoladas a partir de comparações de proteínas intimamente relacionadas como as Matrizes PAM. Vários conjuntos de matrizes BLOSUM existem usando bases de dados de alinhamento diferentes, batizadas com números. As matrizes BLOSUM com números elevados são projetadas para comparar seqüências intimamente relacionadas, enquanto que aquelas com baixos números são projetadas para comparar seqüências distantemente relacionadas. Por exemplo, a BLOSUM80 é usada para alinhamentos menos divergentes, e a BLOSUM45 é usada para alinhamentos mais divergentes. As matrizes foram criadas pela fusão (clustering) de todas as seqüências que eram mais semelhantes do que uma determinada percentagem em uma única seqüência e depois comparando somente estas seqüências (aquelas que foram mais divergentes do que o valor percentual determinado); reduzindo assim a contribuição de seqüências estreitamente relacionadas. O percentual utilizado foi acrescentada ao nome, formando BLOSUM80, por exemplo, quando sequencias mais de 80% idênticas foram agrupadas. Escores dentro de uma BLOSUM são pontuações do logaritmo das razões de chance que medem, em um alinhamento, o logaritmo para a razão entre a probabilidade de dois aminoácidos aparecendo com um sentido biológico e a probabilidade dos mesmos aminoácidos aparecendo por acaso. As matrizes são baseadas no mínimo percentual de identidade das sequência de proteínas alinhadas usado para o cálculo delas. A cada identidade ou substituição possível é atribuída uma pontuação com base nas suas frequências observadas no alinhamento das proteínas relacionadas. Um escore positivo é dado para as substituições mais prováveis, enquanto uma pontuação negativa é dada para as substituições menos prováveis. Para calcular uma matriz BLOSUM, a seguinte equação é utilizada: Aqui, é a probabilidade de dois aminoácidos e estarem substituindo uns aos outros em uma seqüência homóloga, e e são as probabilidades de fundo de encontrar os aminoácidos e em qualquer seqüência de proteína de forma aleatória. O fator é um fator de escala, definido de tal forma que a matriz contenha valores inteiros facilmente computáveis. Um artigo na Nature Biotechnology revelou que o BLOSUM62, usado por tantos anos como um padrão, não é exatamente preciso de acordo com o algoritmo descrito por Henikoff e Henikoff. Surpreendentemente, o mal calculado BLOSUM62 melhora o desempenho da pesquisa. (pt)
- BLOSUM打分矩阵是一种在生物信息学中用于序列对比的氨基酸替换打分矩阵。BLOSUM 是“blocks substitution matrix”的缩写。它是目前常用的一种氨基酸替换打分矩阵。BLOSUM打分矩阵最早由 Steven Henikoff. 和 J.G Henikoff在他们的论文中被提出。其中，他们从BLOCKS数据库中对那些在高度保守序列中的蛋白质家族进行观察测量进而整理出了氨基酸替换的概率。他们继续使用对数胜算来计算矩阵中的分值。与相比，BLOSUM打分矩阵的内容皆由观察得出。在实际运用中，BLOSUM矩阵通常能获得更好的结果。 (zh)
|
| rdfs:comment
|
- A la bioinformàtica, la matriu BLOSUM (Matriu de SUbstitució de BLOcs) és una matriu de substitució utilitzada per tal de puntuar alineaments de seqüències de proteïnes divergents evolutivament..Les matrius BLOSUM varen ser introduïdes per primer cop pels germans i a l'any 1992. Van ser creades a partir de l'alineació blocs, seqüències d'aminoàcids conservades en famílies de proteïnes, que permeten fer una anàlisi de proteïnes menys relacionades entre sí. (ca)
- في المعلوماتية الحيوية، البلوسم (مصفوفة كتل الاستبدال) المصفوفة هي مصفوفة الاستبدال تستخدم تسلسل المحاذاة من البروتينات. مصفوفات بلوسوم تستخدم ليسجل التحالفات بين متباينة التطوير لسلاسل البروتين. فهي تقوم على التحالفات المحلية. مصفوفات بلوسوم تم تقديمها لأول مرة في ورقة قدمها ستيفن هينيكوف وجورجا هينيكوف. أنها تفحص بيانات الكتل عن مناطق الحفظ من أسرالبروتين (التي ليس لديها ثغرات في تسلسل المحاذاة) ثم تحسب نسبة الترددات من الأحماض الأمينية واحتمالات استبدالها. ثم أنها تحسب سجل الاحتمالات درجة لكل من 210 من الازواج المحتمل استبدالها من الأحماض الأمينية القياسية العشرون. كل مصفوفات البلوسوم تستند إلى التحالفات الملحوظة؛ فهي ليست مأخوذة من المقارنات وثيقة الصلة من البروتينات مثل مصفوفات بام. (ar)
- BLOSUM (BLOcks SUbstitution Matrix; auch BlOSSUM) ist eine evidenzbasierte Substitutionsmatrix, die für Sequenzalignment von Proteinen benutzt wird und spielt neben der Point Accepted Mutation Matrix (PAM-Matrix) eine wichtige Rolle in der Bioinformatik. Die BLOSUM wurde 1992 von Jorja G. Henikoff und Steven Henikoff entwickelt. Es existieren verschiedene Matrizen für unterschiedliche evolutionäre Distanzen. (de)
- ( 다른 뜻에 대해서는 블로섬 문서를 참고하십시오.) 블로섬(BLOSUM: Blocks of Amino Acid Substitution Matrix)은 서열 정렬에 가장 많이 쓰이는 치환 행렬이다. 1992년 PNAS저널에 가 발표한 것이다 블로섬은 로컬 정렬에 기반한 매트릭스이다. 블로섬은 블록(벽돌)처럼 틈(갶)이 없는 서열 정렬에서 아미노산들의 치환의 정도를 표로 정리한 것이다. 블로섬을 만드는 데 쓰이는 서열 정렬은 사용된 서열들의 퍼센트 동일성에 따라, 단어의 끝에 숫자를 붙인다. 예를 들면, 블로섬60은 60%의 서열 동일성을 가진 다중 서열 정렬에서 아미노산들의 치환을 계산해 내서 만들었다. 그러면, 블로섬80과 블로섬45는 어떤 차이가 있을까? 서열의 퍼센트 동일성이 낮다는 것은 블로섬을 구하기 위해 정열을 한 단백질들이 서로 진화적으로 먼 것들을 모았다는 것을 말한다. 그러므로, 블로섬45는 진화적 거리가 먼 단백질 친족을 찾을 때 사용하면 더 좋을 결과를 가져 온다. 그에 반해, 블로섬80은 매우 비슷한 단백질들을 찾는 데 효용성이 있을 것이라고 예측할 수 있다. (ko)
- BLOSUM打分矩阵是一种在生物信息学中用于序列对比的氨基酸替换打分矩阵。BLOSUM 是“blocks substitution matrix”的缩写。它是目前常用的一种氨基酸替换打分矩阵。BLOSUM打分矩阵最早由 Steven Henikoff. 和 J.G Henikoff在他们的论文中被提出。其中，他们从BLOCKS数据库中对那些在高度保守序列中的蛋白质家族进行观察测量进而整理出了氨基酸替换的概率。他们继续使用对数胜算来计算矩阵中的分值。与相比，BLOSUM打分矩阵的内容皆由观察得出。在实际运用中，BLOSUM矩阵通常能获得更好的结果。 (zh)
- In bioinformatics, the BLOSUM (BLOcks SUbstitution Matrix) matrix is a substitution matrix used for sequence alignment of proteins. BLOSUM matrices are used to score alignments between evolutionarily divergent protein sequences. They are based on local alignments. BLOSUM matrices were first introduced in a paper by Steven Henikoff and Jorja Henikoff. They scanned the for very conserved regions of protein families (that do not have gaps in the sequence alignment) and then counted the relative frequencies of amino acids and their substitution probabilities. Then, they calculated a log-odds score for each of the 210 possible substitution pairs of the 20 standard amino acids. All BLOSUM matrices are based on observed alignments; they are not extrapolated from comparisons of closely related pr (en)
- BLOSUM (BLOcks of Amino Acid SUbstitution Matrix, o matriz de sustitución de bloques de aminoácidos) es una matriz de sustitución utilizada para el alineamiento de secuencias de proteínas. BLOSUM se usa para puntuar alineamientos entre secuencias de proteínas evolutivamente divergentes. Se basa en alineamientos locales, y se introdujo en 1992 por primera vez en un artículo de Henikoff y Henikoff. Recorrieron la base de datos analizando regiones muy conservadas de familias de proteínas (sin huecos en el alineamiento de secuencias) y comprobaron las frecuencias relativas de aparición de los aminoácidos y las probabilidades de sustitución entre ellos. Seguidamente calcularon una puntuación de log-probabilidad para cada una de las 210 posibles sustituciones de los 20 aminoácidos estándar. To (es)
- A matriz BLOSUM (BLOcks of Amino Acid SUbstitution Matrix) é uma matriz de substituição usada para o alinhamento de sequências de proteínas. Matrizes BLOSUM são usadas para pontuar alinhamentos entre sequências de proteínas divergentes. Elas são baseadas em alinhamentos locais. As matrizes BLOSUM foram introduzidas pela primeira vez em um artigo de Henikoff e Henikoff. Elas examinam o buscando regiões muito conservadas de famílias de proteínas (que não têm lacunas no alinhamento de sequências) e depois contam a freqüência relativa de aminoácidos e as suas probabilidades de substituição. Então, elas calculam a pontuação do logaritmo das razões de chance para cada uma das 210 possíveis substituições dos 20 aminoácidos-padrão. Todas as matrizes BLOSUM são baseadas em alinhamentos observados; (pt)
|
