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- La classificació estructural de proteïnes (Structural Classification of Proteins, SCOP) de bases de dades és en gran part una classificació manual dels dominis de basats en les similituds de les seves estructures i seqüències d'aminoàcids. Una de les motivacions per aquesta classificació és determinar les relacions evolutives entre les proteïnes. Les proteïnes amb les mateixes formes però que tenen poc o seqüència de similitud funcional es col·loquen en diferents "superfamilies", i se suposa que només tenen un avantpassat comú molt llunyà. Les proteïnes que tenen la mateixa forma i una similitud de seqüència i/o funció es col·loquen en "famílies", i se suposa que tenen un ancestre comú més prop. La base de dades SCOP és de lliure accés a Internet. SCOP va ser creat el 1994. És mantingut per Alexei G. Murzin i els seus col·legues en el Laboratori de Biologia Molecular de Cambridge, Anglaterra. Al setembre de 2012, la versió actual de l'SCOP és 1,75 (publicada al juny de 2009). Una instantània de la propera versió de la SCOP, que es diu pre-SCOP (versió preliminar), és accessible des de la pàgina principal de la SCOP. (ca)
- قاعدة بيانات التصنيف الهيكلي للبروتينات (بالإنجليزية: Structural Classification of Proteins database) (مختصرها سكوب أو SCOP) هو دليل تصنيفي إلى حد كبير في على أساس تشابه هياكلها الأحماض الأمينية. الدافع وراء هذا التصنيف هو تحديد العلاقة التطورية بين البروتينات. توضع البروتينات التي تتصف بأشكال متشابهة ولكنها تتصف بوجود القليل من التشابه في التسلسل أو الوظيفة في عوائل رئيسية مختلفة، لكن توضع فرضية أن السلف المشترك بعيد جداً، كما توضع البروتينات التي لها نفس الشكل وبعض التشابه في التسلسل أو الوظيفة في الأسر ذاتها، ويفترض أن يكون لها سلف مشترك أوثق. قاعدة بيانات التصنيف الهيكلي للبروتينات يمكن الوصول إليها بحرية على شبكة الإنترنت. أنشئت قاعدة البيانات في عام 1994. يصونها أليكسي مورزين وزملاؤه في في كامبريدج في إنجلترا. في آب 2013، كان الإصدار الحالي من قاعدة بيانات التصنيف الهيكلي للبروتينات هو 1.75 (والذي صدر حزيران 2009). نسخة من الإصدار التالي من قاعدة بيانات التصنيف الهيكلي للبروتينات، وهو ما يسمى بري-سكوب (pre-SCOP)، يمكن الوصول إليها من الصفحة الرئيسية لقاعدة بيانات التصنيف الهيكلي للبروتينات. بري-سكوب (pre-SCOP) يقصد بها نظرة عامة أو معاينة لقاعدة البيانات وأصلها من كلمة (preview) الإنجليزية. (ar)
- Base de datos de clasificación estructural de proteínas (SCOP Structural Classification Of Protein) es una clasificación en gran parte manual de dominios estructurales de proteínas basada en similitudes de sus estructuras y secuencias de aminoácidos. Un objetivo de esta clasificación es determinar la relación evolutiva entre proteínas. Las proteínas con las mismas formas pero con poca secuencia o similitud funcional se colocan en diferentes superfamilias , y se supone que solo tienen un ancestro común muy distante. Las proteínas que tienen la misma forma y alguna similitud de secuencia y / o función se colocan en "familias" y se supone que tienen un ancestro común más cercano.Similar a las bases de datos y Pfam , SCOP proporciona una clasificación de dominios estructurales individuales de proteínas, en lugar de una clasificación de las proteínas completas que pueden incluir un número significativo de dominios diferentes.La base de datos SCOP es de libre acceso en Internet. SCOP fue creado en 1994 en el Centro de Ingeniería de Proteínas y el Laboratorio de Biología Molecular . Estuvo mantenida por Alexey G. Murzin y sus colegas en el Centro de Ingeniería de Proteínas hasta su cierre en 2010 y posteriormente en el Laboratorio de Biología Molecular en Cambridge, Inglaterra. El trabajo en SCOP 1.75 se interrumpió en 2014. Desde entonces, el equipo de SCOPe de UC Berkeley ha sido responsable de actualizar la base de datos de manera compatible, con una combinación de métodos automáticos y manuales. En abril de 2019 , fue la última versión es SCOPe 2.07 (marzo de 2018). La nueva base de datos Structural Classification of Proteins versión 2 (SCOP2) se lanzó a principios de 2020. La nueva actualización incluía un esquema de base de datos mejorado, una nueva API y una interfaz web modernizada. Esta fue la actualización más significativa del grupo de Cambridge desde SCOP 1.75 y se basa en los avances en el esquema del prototipo SCOP 2. (es)
- SCOP, de l'anglais Structural Classification of Proteins, est une base de données bio-informatique de classification structurelle des domaines protéiques à partir de similitudes entre leur séquence en acides aminés et leur structure tridimensionnelle. Elle a été créée en 1994 au (en) (CPE) puis a été maintenue à partir de 2010 par le Laboratoire de biologie moléculaire (LMB), tous deux situés à Cambridge, au Royaume-Uni. Le travail sur SCOP, essentiellement manuel, a été interrompu fin 2013 devant l'accélération exponentielle des publications de nouvelles structures protéiques, et la dernière version disponible est la 1.75, publiée en juin 2009, qui organisait quelque 38 000 entrées PDB de manière strictement hiérarchique. En 2012 était mise en ligne la version étendue SCOPe, développée à l'université de Californie à Berkeley, en Californie, qui prolonge SCOP avec un traitement des données automatisé permettant de faire face à l'explosion du volume des données à classer. Entièrement compatible avec SCOP, elle a évolué en 2014 avec la réintroduction de traitements manuels afin de garantir l'exactitude de l'allocation des structures identifiées, et la version SCOPe 2.06 classait 77 439 entrées PDB parmi près 120 000 entrées PDB disponibles en 2016. Le prototype d'une nouvelle classification structurelle des protéines, appelée SCOP2, a été mise en ligne, avec une approche différente, non hiérarchique, reposant au contraire sur un réseau reliant les superfamilles de protéines présentant des parentés structurelles et évolutives telles que des (en) ou des (en). Dans ce modèle, les domaines ne sont pas définis par des frontières précises et fixes, mais plutôt par les relations existantes avec d'autres motifs semblables. En février 2015, le prototype SCOP2 classait 995 entrées PDB. La classification de SCOP dépend davantage de décisions humaines que la classification semi-automatique de (en), sa principale concurrente. L'expertise humaine intervient pour évaluer dans quelle mesure certaines protéines présentent une relation évolutive et doivent par conséquent être rangées dans la même superfamille, et dans quelle mesure leur similitude résulte de contraintes structurelles, ce qui les fait alors ranger dans la même classe de repliement. (fr)
- The Structural Classification of Proteins (SCOP) database is a largely manual classification of protein structural domains based on similarities of their structures and amino acid sequences. A motivation for this classification is to determine the evolutionary relationship between proteins. Proteins with the same shapes but having little sequence or functional similarity are placed in different superfamilies, and are assumed to have only a very distant common ancestor. Proteins having the same shape and some similarity of sequence and/or function are placed in "families", and are assumed to have a closer common ancestor. Similar to CATH and Pfam databases, SCOP provides a classification of individual structural domains of proteins, rather than a classification of the entire proteins which may include a significant number of different domains. The SCOP database is freely accessible on the internet. SCOP was created in 1994 in the Centre for Protein Engineering and the Laboratory of Molecular Biology. It was maintained by Alexey G. Murzin and his colleagues in the Centre for Protein Engineering until its closure in 2010 and subsequently at the Laboratory of Molecular Biology in Cambridge, England. The work on SCOP 1.75 has been discontinued in 2014. Since then SCOPe team from UC Berkeley has been responsible for updating the database in a compatible manner, with a combination of automated and manual methods. As of April 2019, the latest release is SCOPe 2.07 (March 2018). The new Structural Classification of Proteins version 2 (SCOP2) database was released at the beginning of 2020. The new update featured an improved database schema, a new API and modernised web interface. This was the most significant update by the Cambridge group since SCOP 1.75 and builds on the advances in schema from the SCOP 2 prototype. (en)
- タンパク質立体構造分類データベース（タンパクしつりったいこうぞうデータベース、英: Structural Classification of Proteins (SCOP) database）は、タンパク質の構造ドメインを、その構造とアミノ酸配列の類似性に基づいて、主に手作業で分類したものである。この分類の動機は、タンパク質間の進化的関係を決定することである。同じ形状をしていても、配列や機能の類似性がほとんどないタンパク質は、異なるスーパーファミリーに分類され、非常に遠い共通の祖先を持っていると想定される。同じ形状で、配列や機能がある程度類似しているタンパク質は「ファミリー」に分類され、より近い共通の祖先を持っていると見なされる。 CATHデータベースやPfamデータベースと同様に、SCOPはタンパク質の個々の構造ドメインを分類するものであり、かなりの数の異なるドメインを含む可能性のあるタンパク質全体を分類するものではない。 SCOPデータベースは、インターネット上で自由にアクセスできる。SCOPは、1994年にイギリスのケンブリッジにあるとMRC分子生物学研究所で作成された。これは、2010年に閉鎖されるまではタンパク質工学センターのAlexey G. Murzin氏と彼の同僚によって維持され、その後は分子生物学研究所に引き継がれた。 SCOPバージョン1.75の作業は、2014年に終了した。それ以降、カリフォルニア大学バークレー校のSCOPeチームは、自動化された方法と手動の方法を組み合わせて、互換性のある方法でデータベースを更新する責任を持っている。2019年4月時点で、最新リリースはSCOPe 2.07（2018年3月）である。 2020年初頭、新たなデータベース「Structural Classification of Proteins version 2（SCOP2）」がリリースされた。新しいアップデートの特徴は、データベーススキーマの改善、新しいAPIの導入、最新のウェブインターフェイスである。これは、SCOPバージョン1.75以降のケンブリッジグループによる最も重要な更新であり、SCOP2プロトタイプからのスキーマの進歩に基づいている。 (ja)
- Baza danych SCOP (Structural Classification of Protein Database) zawiera przestrzenne struktury białkowe uporządkowane na podstawie zależności ewolucyjnych i strukturalnych białek. Opiera się w dużej mierze na ręcznej klasyfikacja strukturalnych domen białkowych w oparciu o podobieństwa ich struktur i sekwencji aminokwasowych. Jest dostępna w internecie do darmowego użytku. Baza została założona w 1994 roku przez Alexeya G. Murzina i współpracowników na Laboratorium Biologii Molekularnej i Centrum Inżynierii Białek, przy MRC (Medical Research Council) w Wielkiej Brytanii. Od 2010 roku baza SCOP została przejęta w całości przez Laboratorium Biologii Molekularnej w Cambridge, aż do jej oficjalnego zamknięcia w roku 2014. Ostatnia oficjalna wersja SCOP, dostępna obecnie, to 1.75 wydana w czerwcu 2009. Prototyp nowej bazy danych: jest dostępny publicznie od 2014 roku z ostatnią wersją z grudnia 2016 roku. SCOP2 klasyfikuje białka inaczej niż SCOP zachowując jednak najlepsze cechy poprzedniej wersji. (pl)
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- Alexey G. Murzin, Steven E. Brenner, Tim J. P. Hubbard, and Cyrus Chothia (en)
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- قاعدة بيانات التصنيف الهيكلي للبروتينات (بالإنجليزية: Structural Classification of Proteins database) (مختصرها سكوب أو SCOP) هو دليل تصنيفي إلى حد كبير في على أساس تشابه هياكلها الأحماض الأمينية. الدافع وراء هذا التصنيف هو تحديد العلاقة التطورية بين البروتينات. توضع البروتينات التي تتصف بأشكال متشابهة ولكنها تتصف بوجود القليل من التشابه في التسلسل أو الوظيفة في عوائل رئيسية مختلفة، لكن توضع فرضية أن السلف المشترك بعيد جداً، كما توضع البروتينات التي لها نفس الشكل وبعض التشابه في التسلسل أو الوظيفة في الأسر ذاتها، ويفترض أن يكون لها سلف مشترك أوثق. (ar)
- La classificació estructural de proteïnes (Structural Classification of Proteins, SCOP) de bases de dades és en gran part una classificació manual dels dominis de basats en les similituds de les seves estructures i seqüències d'aminoàcids. Una de les motivacions per aquesta classificació és determinar les relacions evolutives entre les proteïnes. Les proteïnes amb les mateixes formes però que tenen poc o seqüència de similitud funcional es col·loquen en diferents "superfamilies", i se suposa que només tenen un avantpassat comú molt llunyà. Les proteïnes que tenen la mateixa forma i una similitud de seqüència i/o funció es col·loquen en "famílies", i se suposa que tenen un ancestre comú més prop. (ca)
- Base de datos de clasificación estructural de proteínas (SCOP Structural Classification Of Protein) es una clasificación en gran parte manual de dominios estructurales de proteínas basada en similitudes de sus estructuras y secuencias de aminoácidos. Un objetivo de esta clasificación es determinar la relación evolutiva entre proteínas. Las proteínas con las mismas formas pero con poca secuencia o similitud funcional se colocan en diferentes superfamilias , y se supone que solo tienen un ancestro común muy distante. Las proteínas que tienen la misma forma y alguna similitud de secuencia y / o función se colocan en "familias" y se supone que tienen un ancestro común más cercano.Similar a las bases de datos y Pfam , SCOP proporciona una clasificación de dominios estructurales individuales d (es)
- The Structural Classification of Proteins (SCOP) database is a largely manual classification of protein structural domains based on similarities of their structures and amino acid sequences. A motivation for this classification is to determine the evolutionary relationship between proteins. Proteins with the same shapes but having little sequence or functional similarity are placed in different superfamilies, and are assumed to have only a very distant common ancestor. Proteins having the same shape and some similarity of sequence and/or function are placed in "families", and are assumed to have a closer common ancestor. (en)
- SCOP, de l'anglais Structural Classification of Proteins, est une base de données bio-informatique de classification structurelle des domaines protéiques à partir de similitudes entre leur séquence en acides aminés et leur structure tridimensionnelle. Elle a été créée en 1994 au (en) (CPE) puis a été maintenue à partir de 2010 par le Laboratoire de biologie moléculaire (LMB), tous deux situés à Cambridge, au Royaume-Uni. Le travail sur SCOP, essentiellement manuel, a été interrompu fin 2013 devant l'accélération exponentielle des publications de nouvelles structures protéiques, et la dernière version disponible est la 1.75, publiée en juin 2009, qui organisait quelque 38 000 entrées PDB de manière strictement hiérarchique. (fr)
- タンパク質立体構造分類データベース（タンパクしつりったいこうぞうデータベース、英: Structural Classification of Proteins (SCOP) database）は、タンパク質の構造ドメインを、その構造とアミノ酸配列の類似性に基づいて、主に手作業で分類したものである。この分類の動機は、タンパク質間の進化的関係を決定することである。同じ形状をしていても、配列や機能の類似性がほとんどないタンパク質は、異なるスーパーファミリーに分類され、非常に遠い共通の祖先を持っていると想定される。同じ形状で、配列や機能がある程度類似しているタンパク質は「ファミリー」に分類され、より近い共通の祖先を持っていると見なされる。 CATHデータベースやPfamデータベースと同様に、SCOPはタンパク質の個々の構造ドメインを分類するものであり、かなりの数の異なるドメインを含む可能性のあるタンパク質全体を分類するものではない。 SCOPデータベースは、インターネット上で自由にアクセスできる。SCOPは、1994年にイギリスのケンブリッジにあるとMRC分子生物学研究所で作成された。これは、2010年に閉鎖されるまではタンパク質工学センターのAlexey G. Murzin氏と彼の同僚によって維持され、その後は分子生物学研究所に引き継がれた。 (ja)
- Baza danych SCOP (Structural Classification of Protein Database) zawiera przestrzenne struktury białkowe uporządkowane na podstawie zależności ewolucyjnych i strukturalnych białek. Opiera się w dużej mierze na ręcznej klasyfikacja strukturalnych domen białkowych w oparciu o podobieństwa ich struktur i sekwencji aminokwasowych. Jest dostępna w internecie do darmowego użytku. Prototyp nowej bazy danych: jest dostępny publicznie od 2014 roku z ostatnią wersją z grudnia 2016 roku. SCOP2 klasyfikuje białka inaczej niż SCOP zachowując jednak najlepsze cechy poprzedniej wersji. (pl)
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- قاعدة بيانات التصنيف الهيكلي للبروتينات (ar)
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- Structural Classification of Proteins database (en)
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