SAMtools is a set of utilities for interacting with and post-processing short DNA sequence read alignments in the SAM (Sequence Alignment/Map), BAM (Binary Alignment/Map) and CRAM formats, written by Heng Li. These files are generated as output by short read aligners like BWA. Both simple and advanced tools are provided, supporting complex tasks like variant calling and alignment viewing as well as sorting, indexing, data extraction and format conversion. SAM files can be very large (10s of Gigabytes is common), so compression is used to save space. SAM files are human-readable text files, and BAM files are simply their binary equivalent, whilst CRAM files are a restructured column-oriented binary container format. BAM files are typically compressed and more efficient for software to work
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| rdf:type
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| rdfs:label
| - SAMtools (ja)
- SAMtools (en)
- SAMtools (ru)
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| rdfs:comment
| - SAMtoolsは、DNAシークエンシングのショートリードシーケンスアラインメント後の処理に用いられるソフトウェアで、扱えるファイル形式はとBAMフォーマットである。によって開発された。SAM/BAM形式のファイルはBWA等のショートリードアライナーから出力される。主な機能としては、多型の検出やアライメントの表示、インデクシング、データ抽出、ファイル形式の変換などがある。一般的にSAM形式のファイルは非常に巨大（数十ギガバイト）になることが多いので、このソフトウェアを利用してBAM形式のファイルに変換してから解析に利用することになる。BAMファイルはSAMファイルの圧縮版と考えて良い。SAMtoolsはBAMファイルを圧縮したままの状態で直接扱うことができるので、毎回ファイルを展開する必要はない。また、SAM/BAM形式のファイルは複雑な構造をしておりファイル内には塩基配列やそのクオリティ情報、リファレンスゲノムの情報、アライメント、ユーザー定義情報などが含まれているが、SAMtoolsを使えばこれらの形式に関する詳細な知識がなくても簡単な操作で扱うことができる。 (ja)
- SAMtools — это набор утилит для обработки коротких фрагментов секвенированной ДНК в форматах или . Автор SAMtools — китайский биоинформатик Хэн Ли, который является также автором спецификаций форматов SAM и BAM. В настоящее время ведущими разработчиками SAMtools являются Петр Данечек (чеш. Petr Daněček) и Джон Маршалл (англ. John Marshall). (ru)
- SAMtools is a set of utilities for interacting with and post-processing short DNA sequence read alignments in the SAM (Sequence Alignment/Map), BAM (Binary Alignment/Map) and CRAM formats, written by Heng Li. These files are generated as output by short read aligners like BWA. Both simple and advanced tools are provided, supporting complex tasks like variant calling and alignment viewing as well as sorting, indexing, data extraction and format conversion. SAM files can be very large (10s of Gigabytes is common), so compression is used to save space. SAM files are human-readable text files, and BAM files are simply their binary equivalent, whilst CRAM files are a restructured column-oriented binary container format. BAM files are typically compressed and more efficient for software to work (en)
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| developer
| - John Marshall and Petr Danecek et al (en)
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| - SAMtools is a set of utilities for interacting with and post-processing short DNA sequence read alignments in the SAM (Sequence Alignment/Map), BAM (Binary Alignment/Map) and CRAM formats, written by Heng Li. These files are generated as output by short read aligners like BWA. Both simple and advanced tools are provided, supporting complex tasks like variant calling and alignment viewing as well as sorting, indexing, data extraction and format conversion. SAM files can be very large (10s of Gigabytes is common), so compression is used to save space. SAM files are human-readable text files, and BAM files are simply their binary equivalent, whilst CRAM files are a restructured column-oriented binary container format. BAM files are typically compressed and more efficient for software to work with than SAM. SAMtools makes it possible to work directly with a compressed BAM file, without having to uncompress the whole file. Additionally, since the format for a SAM/BAM file is somewhat complex - containing reads, references, alignments, quality information, and user-specified annotations - SAMtools reduces the effort needed to use SAM/BAM files by hiding low-level details. As third-party projects were trying to use code from SAMtools despite it not being designed to be embedded in that way, the decision was taken in August 2014 to split the SAMtools package into a stand-alone software library with a well-defined API (HTSlib), a project for variant calling and manipulation of variant data (BCFtools), and the stand-alone SAMtools package for working with sequence alignment data. (en)
- SAMtoolsは、DNAシークエンシングのショートリードシーケンスアラインメント後の処理に用いられるソフトウェアで、扱えるファイル形式はとBAMフォーマットである。によって開発された。SAM/BAM形式のファイルはBWA等のショートリードアライナーから出力される。主な機能としては、多型の検出やアライメントの表示、インデクシング、データ抽出、ファイル形式の変換などがある。一般的にSAM形式のファイルは非常に巨大（数十ギガバイト）になることが多いので、このソフトウェアを利用してBAM形式のファイルに変換してから解析に利用することになる。BAMファイルはSAMファイルの圧縮版と考えて良い。SAMtoolsはBAMファイルを圧縮したままの状態で直接扱うことができるので、毎回ファイルを展開する必要はない。また、SAM/BAM形式のファイルは複雑な構造をしておりファイル内には塩基配列やそのクオリティ情報、リファレンスゲノムの情報、アライメント、ユーザー定義情報などが含まれているが、SAMtoolsを使えばこれらの形式に関する詳細な知識がなくても簡単な操作で扱うことができる。 (ja)
- SAMtools — это набор утилит для обработки коротких фрагментов секвенированной ДНК в форматах или . Автор SAMtools — китайский биоинформатик Хэн Ли, который является также автором спецификаций форматов SAM и BAM. В настоящее время ведущими разработчиками SAMtools являются Петр Данечек (чеш. Petr Daněček) и Джон Маршалл (англ. John Marshall). (ru)
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