About: Sequence alignment     Goto   Sponge   NotDistinct   Permalink

An Entity of Type : yago:Event100029378, within Data Space : dbpedia.org associated with source document(s)
QRcode icon
http://dbpedia.org/describe/?url=http%3A%2F%2Fdbpedia.org%2Fresource%2FSequence_alignment

In bioinformatics, a sequence alignment is a way of arranging the sequences of DNA, RNA, or protein to identify regions of similarity that may be a consequence of functional, structural, or evolutionary relationships between the sequences. Aligned sequences of nucleotide or amino acid residues are typically represented as rows within a matrix. Gaps are inserted between the residues so that identical or similar characters are aligned in successive columns.Sequence alignments are also used for non-biological sequences, such as calculating the distance cost between strings in a natural language or in financial data.

AttributesValues
rdf:type
rdfs:label
  • تراصف تسلسلي
  • Alineament de seqüències
  • Alignment (biologie)
  • Sequenzalignment
  • Στοίχιση ακολουθιών
  • Sequence alignment
  • Alineamiento de secuencias
  • Alignement de séquences
  • Allineamento di sequenze
  • シーケンスアラインメント
  • 서열 정렬
  • Sequentie-alignering
  • Dopasowanie sekwencji
  • Alinhamento de sequências
  • Выравнивание последовательностей
  • Linjering
  • Вирівнювання послідовностей
  • 序列比對
rdfs:comment
  • Alignment (někdy ekvivalentně sekvenční alignment) je základní bioinformatický nástroj, spočívající v seřazení dvou i více sekvencí DNA, RNA nebo proteinu pod sebe tak, aby odpovídající si nukleotidové báze či aminokyselinové zbytky ležely pod sebou. Pro krátké a/nebo velmi podobné sekvence je možné vytvořit alignment ručně, alignment delších a méně podobných sekvencí je obvykle vytvářen počítačem za použití specializovaných algoritmů. Cílem alignmentu je nalézt ve srovnávaných sekvencích podobné úseky, které mohou poukazovat na jejich sekvenční, strukturní či funkční příbuznost.
  • Sequenzalignment (von lateinisch sequentia, „Aufeinanderfolge“ und englisch alignment, „Abgleich, Anordnung, Ausrichtung“) bezeichnet den methodischen Vergleich zweier oder mehrerer Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen in linearer Abfolge. Sequenzalignment ist ein Teilgebiet des Pattern Matching. Es wird in der verwendet, um die funktionelle oder evolutionäre Verwandtschaft (Homologie) von Nukleotidsequenzen oder Aminosäuresequenzen zu untersuchen. In der Fachsprache werden anstelle des Anglizismus „alignment“ auch die eingedeutschten Begriffe Alignierung oder Alinierung benutzt.
  • In bioinformatics, a sequence alignment is a way of arranging the sequences of DNA, RNA, or protein to identify regions of similarity that may be a consequence of functional, structural, or evolutionary relationships between the sequences. Aligned sequences of nucleotide or amino acid residues are typically represented as rows within a matrix. Gaps are inserted between the residues so that identical or similar characters are aligned in successive columns.Sequence alignments are also used for non-biological sequences, such as calculating the distance cost between strings in a natural language or in financial data.
  • バイオインフォマティクスにおいて、シーケンスアラインメントとは、DNAやRNA、タンパク質の配列(一次構造)の類似した領域を特定できるように並べたもので、機能的、構造的、あるいは進化的な配列の関係性を知る手がかりを与える。 アラインメントされたヌクレオチド残基やアミノ酸残基の配列は、典型的には行列の行として表現され、同一あるいは類似性質の配列が同じ列に並ぶようギャップが挿入される。 アラインメントの二配列が祖先を共有する場合、分岐後の一方または両方の系統において、不一致部分は点変異が、ギャップ部分はインデル(indel=挿入欠失; 挿入変異または欠失変異)が生じたものと解釈される。タンパク質の配列アラインメントでは、特定位置におけるアミノ酸の類似度は特定領域、あるいは配列モチーフが系統間でどのくらい保存されているかを示す大まかな目安と解釈できる。置換がないか、保守的置換(類似の生化学的特性を持った側鎖との置換)しかないとき、その領域は構造的、あるいは機能的に重要であると示唆される。DNAとRNAの塩基は、アミノ酸の場合よりも互いに類似しているものの、塩基対の保存は、構造的、機能的重要性を示唆している。シーケンスアラインメントは、自然言語や金融データなどの非生物配列にも用いられる。
  • 서열정렬은 유전자나 단백질의 서열을 다이내믹 프로그래밍 기반의 컴퓨터 스트링 정렬 알고리즘을 이용하여 배열하는 것을 말한다. 주로 생정보학에서 많이 쓰인다. 서열정렬은 (pairwise sequence alignment)와 다중서열정렬(Multiple sequence alignment)로 나뉘고, 복서열정열은 클러서틀계열의 프로그램으로 정렬을 한다. 최근의 오믹스 경향에 의해, 서열과 서열정렬의 총합을 서열체라고 하고 그것을 전문으로 연구하는 생정보학의 분과를 서열체학이라 한다.
  • 序列比對指將兩個或多個序列排列在一起,標明其相似之處。序列中可以插入間隔(通常用短橫線“-”表示)。對應的相同或相似的符號(在核酸中是A, T(或U), C, G,在蛋白質中是氨基酸殘基的單字母表示)排列在同一列上。 tcctctgcctctgccatcat---caaccccaaagt |||| ||| ||||| ||||| |||||||||||| tcctgtgcatctgcaatcatgggcaaccccaaagt 这一方法常用于研究由共同祖先进化而来的序列,特别是如蛋白质序列或DNA序列等。在比对中,错配与突变相应,而空位与插入或缺失对应。序列比对还可用于语言进化或文本间相似性之类的研究。 术语“序列比对”也指构建上述比对或在潜在的不相关序列的数据库中寻找significant alignments。
  • تراصف السلاسل Sequence Alignment في المعلوماتية الحيوية، تعتبر طريقة التراصف التسلسلي إحدى طرق ترتيب السلاسل البدئية primary sequence للدنا والرنا أو حتى البروتينات لتمييز المناطق ذات التشابه المرشحة لتكون نتيجة علاقة وظيفية أو بنيوية أو تطورية بين هذه السلاسل. السلاسل النيكليوتيدية المتراصفة أو سلاسل الحموض الأمينية المتراصفة تمثل غالبا بصفوف ضمن مصفوفة. كما يتم إدخال فجوات بين الوحدات بحيث تكون الوحدات المتطابقة أو المتشابهة متراصفة في أعمدة متعاقبة. 2- طرق التراصف: 3- تمثيل تراصف السلاسل: 4- التراصف الإجمالي والتراصف الموضعي: 5- تراصف الأزواج: 5-2) البرمجة الديناميكية: 6- تراصف السلاسل المتعددة:
  • Un alineament de seqüències en bioinformàtica és una forma de representar i comparar dues o més seqüències o cadenes d'ADN, ARN, o estructures primàries proteiques per ressaltar les seves zones de similitud, que podrien indicar relacions funcionals o evolutives entre els gens o proteïnes consultades. Les seqüències alineades s'escriuen amb les lletres (representant aminoàcids o nucleòtids) en files d'una matriu en què, si cal, s'insereixen espais perquè les zones amb idèntica o similar estructura s'alineïn.
  • Η στοίχιση ακολουθιών (sequence alignment), είναι μια διαδικασία κατά την οποία δύο ακολουθίες ή αλλιώς συμβολοσειρές τοποθετούνται η μία κάτω από την άλλη, με τέτοιον τρόπο που τα κοινά τους σύμβολα να είναι τοποθετημένοι στην ίδια θέση. Σκοπός είναι να βρεθεί η "βέλτιστη στοίχιση", δηλαδή η στοίχιση στην οποία οι δύο ακολουθίες ταιριάζουν περισσότερο μεταξύ τους. Η διαδικασία αυτή χρησιμοποιείται ιδιαίτερα στη βιοπληροφορική (bioinformatics), όπου ως ακολουθίες χρησιμοποιούνται τμήματα DNA, RNA ή πρωτεΐνών.
  • Un alineamiento de secuencias en bioinformática es una forma de representar y comparar dos o más secuencias o cadenas de ADN, ARN, o estructuras primarias proteicas para resaltar sus zonas de similitud, que podrían indicar relaciones funcionales o evolutivas entre los genes o proteínas consultados. Las secuencias alineadas se escriben con las letras (representando aminoácidos o nucleótidos) en filas de una matriz en las que, si es necesario, se insertan espacios para que las zonas con idéntica o similar estructura se alineen.
  • En bio-informatique, l'alignement de séquences (ou alignement séquentiel) est une manière de représenter deux ou plusieurs séquences de macromolécules biologiques (ADN, ARN ou protéines) les unes sous les autres, de manière à en faire ressortir les régions homologues ou similaires. L'objectif de l'alignement est de disposer les composants (nucléotides ou acides aminés) pour identifier les zones de concordance. Ces alignements sont réalisés par des programmes informatiques dont l'objectif est de maximiser le nombre de coïncidences entre nucléotides ou acides aminés dans les différentes séquences. Ceci nécessite en général l'introduction de « trous » à certaines positions dans les séquences, de manière à aligner les caractères communs sur des colonnes successives. Ces trous correspondent à d
  • L'allineamento di sequenze è una procedura bioinformatica con cui vengono messe a confronto ed allineate due o più sequenze primarie di aminoacidi, DNA o RNA. L'allineamento permette di individuare regioni identiche o simili che possono avere relazioni funzionali, strutturali o filogenetiche (evolutive). Spesso l'allineamento viene utilizzato per verificare se una sequenza di interesse sia presente all'interno di un database di sequenze conosciute oppure se ne esista una simile.
  • Sequentie-alignering (Engels: sequence alignment) is het bij elkaar zetten van twee of meer biologische sequenties op zo'n manier dat gelijkenissen en verschillen tussen de sequenties duidelijk worden. Dit soort alignering wordt binnen de biologie meestal aan computers overgelaten en vormt zo een bekend concept binnen de bio-informatica. De sequenties, sequenties van DNA of eiwitten, worden hierbij gewoonlijk onder elkaar geplaatst. Gelijke onderdelen, respectievelijk nucleotiden en aminozuren, worden daarbij met verticale streepjes aan elkaar gelinkt.
  • Dopasowanie sekwencji, uliniowienie sekwencji – sposób dopasowania sekwencji nukleotydów w kwasach nukleinowych lub sekwencji aminokwasów w białkach w celu identyfikacji rejonów wykazujących podobieństwo, będący konsekwencją funkcjonalnych, strukturalnych lub ewolucyjnych powiązań między sekwencjami. Zestawione sekwencje są zwykle przedstawiane jako wiersze macierzy. Między reszty wprowadza się przerwy w taki sposób, że reszty zbliżonych do siebie sekwencji tworzą kolejne kolumny.
  • Em Bioinformática, um alinhamento de sequências é uma forma de organizar estruturas primárias de DNA, RNA ou proteína para identificar regiões similares que possam ser consequência de relações funcionais, estruturais ou evolucionárias entre elas. Sequências alinhadas de nucleotídeos ou resíduos de aminoácidos são representadas tipicamente como linhas de uma matriz. Espaçamentos (gaps) podem ser inseridos entre os resíduos para que caracteres semelhantes (por algum critério) sejam alinhados em colunas sucessivas.
  • Выра́внивание после́довательностей — биоинформатический метод, основанный на размещении двух или более последовательностей мономеров ДНК, РНК или белков друг под другом таким образом, чтобы легко увидеть сходные участки в этих последовательностях. Сходство первичных структур двух молекул может отражать их функциональные, структурные или эволюционные взаимосвязи. Выровненные последовательности оснований нуклеотидов или аминокислот обычно представляются в виде строк матрицы. Добавляются разрывы между основаниями таким образом, чтобы одинаковые или похожие элементы были расположены в следующих друг за другом столбцах матрицы.
  • Вирівнювання послідовностей в біоінформатиці — метод порівняння нуклеотидних (ДНК, РНК) або пептидних (білки) послідовностей шляхом знаходження схожих ділянок, що може бути наслідком функціональних, структурних або еволюційних зв'язків між послідовностями. Вирівняні послідовності нуклеотидів або амінокислотних залишків зазвичай представляються у вигляді рядків в матриці. Між залишками вставляються пропуски таким чином, що залишки з ідентичними або подібними особливостями вирівнюються в послідовних колонках.
  • En linjering (Eng: alignment), ibland också kallad inpassning, används för att hitta likheter mellan biologiska sekvenser. Sekvenserna representerar oftast DNA- eller protein-molekyler. Linjeringen syftar till att identifiera vilka positioner i sekvenserna som är varandras motsvarighet.Till exempel är det nedanstående en enkel linjering av två korta DNA-sekvenser. AAACCACGT-GGAAAA--AAGTGGGA En multilinjering är en linjering av fler än två sekvenser. Metodik, algoritmer och hantering av linjeringar är ett viktigt område inom bioinformatiken.
foaf:depiction
  • External Image
foaf:isPrimaryTopicOf
thumbnail
dct:subject
Wikipage page ID
Wikipage revision ID
Link from a Wikipage to another Wikipage
Faceted Search & Find service v1.17_git51 as of Sep 16 2020


Alternative Linked Data Documents: PivotViewer | iSPARQL | ODE     Content Formats:       RDF       ODATA       Microdata      About   
This material is Open Knowledge   W3C Semantic Web Technology [RDF Data] Valid XHTML + RDFa
OpenLink Virtuoso version 08.03.3319 as of Dec 29 2020, on Linux (x86_64-centos_6-linux-glibc2.12), Single-Server Edition (61 GB total memory)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2021 OpenLink Software