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- En el campo de la genómica, el término pangenoma se refiere al conjunto completo de genes de todas las cepas que forman un clado filogenético. En otras palabras, un pangenoma es la unión de todos los genomas de los organismos que pertenecen a un mismo clado. El campo de estudio del pangenoma se llama ‘pangenómica’. La finalidad de los estudios pangenómicos es comprender la diversidad de la totalidad de los genes codificados en un grupo de organismos cercanos filogenéticamente. Para ello, mediante el uso de herramientas bioinformáticas especializadas, se clasifican cada uno de los genes presentes en cada uno de los genomas analizados en grupos o familias de genes ortólogos. El total de familias de genes identificados en esta comparación determina el tamaño del pangenoma de los organismos analizados. La mayoría de las herramientas de análisis pangenómicos entregan, como resultado, una matriz de presencia y ausencia de cada uno de los genes ortólogos para cada genoma analizado. A partir de esta matriz, se puede conocer cuáles de estas familias de genes ortólogos están presentes en todos los genomas analizados y cuáles solo están presentes en algunas cepas. Con base en estos conceptos, un pangenoma puede dividirse en un “genoma central” (también conocido como “core genome”) el cual representa al conjunto de genes que están presentes en todos los individuos del clado, un “genoma periférico” (o “shell pangenome”) que contiene los genes presentes en dos o más organismos pero que no pertenecen al genoma central y, un “genoma diferencial” ( o “cloud pangenome”) referente al conjunto de genes únicos los cuales están presentes sólo en un organismo del clado. Actualmente no existe una definición de consenso para las diferentes partes del pangenoma. Por ejemplo, algunos autores han propuesto una definición menos estricta para el genoma central, la cual considera a todos los genes presentes en el 99-100% de los individuos del clado de estudio. Por otro lado, algunos autores se refieren al genoma diferencial como "genoma accesorio", el cual contiene genes ‘dispensables’ o ‘innecesarios’ que solo están presentes en algunos de los organismos comparados. Sin embargo, el término ‘dispensable’ ha sido cuestionado por otros autores, al menos en el área de genómica de plantas, ya que se considera que los genes accesorios juegan “un papel importante en la evolución genómica así como en la compleja interacción genoma-medio ambiente”. En bacterias, el repertorio genético representativo de una especie generalmente es más grande que el contenido de genes de una sola cepa. Bajo este fundamento, a nivel de organismos o clados filogenéticos, también existe un criterio de clasificación para los pangenomas: abierto o cerrado. Cuando se asigna la clasificación de ‘pangenoma cerrado’ a una especie o grupo de organismos significa que muy pocos genes nuevos se añaden al pangenoma por genoma secuenciado (después de secuenciar muchas cepas), y que el tamaño real del pangenoma de la especie en cuestión puede ser calculado teóricamente. Por otro lado, la clasificación de ‘pangenoma abierto’ se utiliza para describir que el tamaño del pangenoma de una especie en particular no puede ser calculado teóricamente debido a que cuanto más se añaden genomas nuevos al pangenoma, el número de genes nuevos incrementa en gran medida. Originalmente, el término pangenoma fue construido para describir la diversidad genética de bacterias y arqueas. Sin embargo, actualmente este término también se utiliza para describir el contenido de genes diferenciales en genomas eucariotas. La importancia de los estudios pangenómicos surgió a partir de un contexto evolutivo y, actualmente, son considerados relevantes desde un contexto genómico más amplio, por ejemplo, en estudios de metagenómica. El libro “The Pangenome - Diversity, Dynamics and Evolution of Genomes” publicado en 2020 por Hervé Tettelin y Duccio Medini, incluye una descripción completa del concepto de pangenoma, su historia y principales avances en el área, así como importantes discusiones que han surgido en el área de la pangenómica en los últimos años. (es)
- In the fields of molecular biology and genetics, a pan-genome (pangenome or supragenome) is the entire set of genes from all strains within a clade. More generally, it is the union of all the genomes of a clade. The pan-genome can be broken down into a "core pangenome" that contains genes present in all individuals, a "shell pangenome" that contains genes present in two or more strains, and a "cloud pangenome" that contains genes only found in a single strain. Some authors also refer to the cloud genome as "accessory genome" containing 'dispensable' genes present in a subset of the strains and strain-specific genes. Note that the use of the term 'dispensable' has been questioned, at least in plant genomes, as accessory genes play "an important role in genome evolution and in the complex interplay between the genome and the environment". The field of study of the pangenome is called pangenomics. The genetic repertoire of a bacterial species is much larger than the gene content of an individual strain. Some species have open (or extensive) pangenomes, while others have closed pangenomes. For species with a closed pan-genome, very few genes are added per sequenced genome (after sequencing many strains), and the size of the full pangenome can be theoretically predicted. Species with an open pangenome have enough genes added per additional sequenced genome that predicting the size of the full pangenome is impossible. Population size and niche versatility have been suggested as the most influential factors in determining pan-genome size. Pangenomes were originally constructed for species of bacteria and archaea, but more recently eukaryotic pan-genomes have been developed, particularly for plant species. Plant studies have shown that pan-genome dynamics are linked to transposable elements. The significance of the pan-genome arises in an evolutionary context, especially with relevance to metagenomics, but is also used in a broader genomics context. An open access book reviewing the pangenome concept and its implications, edited by Tettelin and Medini, was published in the spring of 2020. (en)
- Le pangénome décrit la gamme complète de gènes dans une espèce. Il s'agit d'un sur-ensemble de tous les gènes de toutes les souches d'une espèce. L'importance du pangénome se pose dans un contexte évolutif, en particulier en rapport avec la métagénomique, mais est également utilisé dans un contexte plus large de la génomique. Le pangénome comprend le génome "de base" (appelé "core genome") contenant des gènes présents dans toutes les souches et le génome accessoire (appelé "accessory genome"), lui-même composé des gènes spécifiques des environnements (appelée "shell genome") et des "gènes uniques" spécifiques aux souches uniques (appelé "cloud genome"). (fr)
- 범유전체학은 한 종의 한 개체만의 유전체를 해석하는 것이 아니라 흙이나, 갯벌, 바닷물, 강물등의 복합적인 환경에서 그속에 포함된 모든 생물종들의 유전자를 모두 서열해석하고 분석하는 유전체의 한 분야이다.기존의 생물종다양성을 연구하는 배양법에서 벗어나, PCR과 같은 증폭기술로 무작위로 대량으로 서열해석을 하는 것을 기본으로 한다. 한 인구집단내의 전체 유전체도 범유전체의 일종이다. 최근에 각 마다의 집단유전체를 해독하고, 각 집단내의 유전체 전체 변이를 데이터베이스화하는 연구가 활발하다. 예를 들어 한국인 표준게놈의 41명의 유전체의 합은 일종의 한국인 범유전체이다. (ko)
- Pan-genom supergenom – termin z dziedziny genetyki i biologii molekularnej wprowadzony w 2005 roku przez Tettelin i współpracowników. Oznacza pełny zestaw genów danego gatunku; składa się z genów rdzeniowych, które są obecne u wszystkich osobników, oraz genów zmiennych, które są obecne tylko u niektórych osobników. Jest to narzędzie służące do wizualizacji podobieństw i różnic między blisko spokrewnionymi osobnikami w obrębie gatunku lub rodzaju, badania zmienności genomu w konkretnym gatunku, ustalenia stopnia poziomego transferu genów (HGT), a także do zrozumienia różnic fenotypowych. Badaniem pan-genomów zajmuje się pangenomika. (pl)
- Пангено́м, также супрагеном (англ. pan-genome, pangenome, supragenome) — совокупность всех генов рассматриваемой группы организмов (как правило, монофилетической), для которой возможно генетическое разнообразие между близкородственными штаммами или экотипами (Рис. 1). Пангеном объединяет набор генов всех штаммов, составляющих кладу: вид, род или таксон более высокого порядка. Традиционно понятие пангенома применяется к видам бактерий и архей. Обычно пангеном характеризуется U-кривой — графиком, показывающим зависимость между количеством штаммов и количеством групп генов, которые присутствуют ровно в этом числе штаммов (Рис. 2). (ru)
- 泛基因组是为描述一個物種基因组而提出的概念，指同一细菌物种中所有菌株中所有基因的集合，而不单纯以某个菌株为一个物种的全基因组。會需要使用泛基因組的原因是水平基因轉移造成不同菌株之間所擁有的基因相差甚大。 (zh)
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- 범유전체학은 한 종의 한 개체만의 유전체를 해석하는 것이 아니라 흙이나, 갯벌, 바닷물, 강물등의 복합적인 환경에서 그속에 포함된 모든 생물종들의 유전자를 모두 서열해석하고 분석하는 유전체의 한 분야이다.기존의 생물종다양성을 연구하는 배양법에서 벗어나, PCR과 같은 증폭기술로 무작위로 대량으로 서열해석을 하는 것을 기본으로 한다. 한 인구집단내의 전체 유전체도 범유전체의 일종이다. 최근에 각 마다의 집단유전체를 해독하고, 각 집단내의 유전체 전체 변이를 데이터베이스화하는 연구가 활발하다. 예를 들어 한국인 표준게놈의 41명의 유전체의 합은 일종의 한국인 범유전체이다. (ko)
- Pan-genom supergenom – termin z dziedziny genetyki i biologii molekularnej wprowadzony w 2005 roku przez Tettelin i współpracowników. Oznacza pełny zestaw genów danego gatunku; składa się z genów rdzeniowych, które są obecne u wszystkich osobników, oraz genów zmiennych, które są obecne tylko u niektórych osobników. Jest to narzędzie służące do wizualizacji podobieństw i różnic między blisko spokrewnionymi osobnikami w obrębie gatunku lub rodzaju, badania zmienności genomu w konkretnym gatunku, ustalenia stopnia poziomego transferu genów (HGT), a także do zrozumienia różnic fenotypowych. Badaniem pan-genomów zajmuje się pangenomika. (pl)
- 泛基因组是为描述一個物種基因组而提出的概念，指同一细菌物种中所有菌株中所有基因的集合，而不单纯以某个菌株为一个物种的全基因组。會需要使用泛基因組的原因是水平基因轉移造成不同菌株之間所擁有的基因相差甚大。 (zh)
- En el campo de la genómica, el término pangenoma se refiere al conjunto completo de genes de todas las cepas que forman un clado filogenético. En otras palabras, un pangenoma es la unión de todos los genomas de los organismos que pertenecen a un mismo clado. El campo de estudio del pangenoma se llama ‘pangenómica’. La finalidad de los estudios pangenómicos es comprender la diversidad de la totalidad de los genes codificados en un grupo de organismos cercanos filogenéticamente. Para ello, mediante el uso de herramientas bioinformáticas especializadas, se clasifican cada uno de los genes presentes en cada uno de los genomas analizados en grupos o familias de genes ortólogos. El total de familias de genes identificados en esta comparación determina el tamaño del pangenoma de los organism (es)
- In the fields of molecular biology and genetics, a pan-genome (pangenome or supragenome) is the entire set of genes from all strains within a clade. More generally, it is the union of all the genomes of a clade. The pan-genome can be broken down into a "core pangenome" that contains genes present in all individuals, a "shell pangenome" that contains genes present in two or more strains, and a "cloud pangenome" that contains genes only found in a single strain. Some authors also refer to the cloud genome as "accessory genome" containing 'dispensable' genes present in a subset of the strains and strain-specific genes. Note that the use of the term 'dispensable' has been questioned, at least in plant genomes, as accessory genes play "an important role in genome evolution and in the complex in (en)
- Le pangénome décrit la gamme complète de gènes dans une espèce. Il s'agit d'un sur-ensemble de tous les gènes de toutes les souches d'une espèce. L'importance du pangénome se pose dans un contexte évolutif, en particulier en rapport avec la métagénomique, mais est également utilisé dans un contexte plus large de la génomique. (fr)
- Пангено́м, также супрагеном (англ. pan-genome, pangenome, supragenome) — совокупность всех генов рассматриваемой группы организмов (как правило, монофилетической), для которой возможно генетическое разнообразие между близкородственными штаммами или экотипами (Рис. 1). Пангеном объединяет набор генов всех штаммов, составляющих кладу: вид, род или таксон более высокого порядка. Традиционно понятие пангенома применяется к видам бактерий и архей. (ru)
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