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- الالتحام الجزيئي (بالإنجليزية: molecular docking) في مجال النمذجة الجزئية هي طريقة تتنبأ بالاتجاه المفضل لأحد الجزيئين بالنسبة للثاني عند ارتباطهما ببعضهما لتشكيل مركب. معرفة الاتجاه المفضل قد تُستخدم في التنبؤ بقوة الاقتران أو ألفة الارتباط بين الجزيئات باستخدام دوال الحرز مثلا. يلعب الارتباط بين الجزيئات الحيوية ذات الصلة مثل البروتينات، الببتيدات، الأحماض النووية، السكريات والليبيدات دورا رئيسا في توصيل الإشارة. فضلا عن ذلك، يمكن أن يؤثر الاتجاه النسبي للجزيئين المتآثرين على نوع الإشارة الناتجة (كمثال: ناهضة ومناهضة) وعليه فإن الالتحام مفيد في التنبؤ بكل من قوة ونوع الإشارة المنتجة. الالتحام الجزيئي هي إحدى الطرق الأكثر استخداما في تصميم الداوء المبني على البنية نظرا لقدرتها على التنبؤ بهيئة الارتباط الخاصة بالربائط الجزيئية الصغيرة بالنسبة لموقع الارتباط المستهدف المناسب. يلعب توصيف سلوك الارتباط دورا مهما في التصميم المنطقي للدواء وكذلك في توضيح العمليات الكيميائية الحيوية الأساسية. (ar)
- En el camp de la simulació molecular, l'acoblament molecular (o docking) és un mètode que prediu l'orientació i la conformació preferida que adopta una molècula en interaccionar amb una altra. L'acoblament es fa servir freqüentment per predir com una molècula petita s'uneix de forma no covalent a una proteïna i també l'afinitat i l'activitat de la molècula petita. Per aquesta utilitat, l'acoblament molecular té un paper molt important en la indústria farmacèutica com a eina per a desenvolupar un disseny racional de molècules actives. (ca)
- Dokování je v oblasti molekulárního modelování in silico metodou, která předpovídá preferovanou orientaci jedné molekuly k druhé při vzájemné vazbě (dochází ke stavbě komplexu). Znalost preferované orientace může být použita k predikci síly asociace molekul, popř. mezi těmito molekulami. Tuto předpověď lze kvantifikovat pomocí skórovací funkce. Asociace mezi biologicky aktivními molekulami, jako jsou proteiny, peptidy, nukleové kyseliny, sacharidy a lipidy hraje významnou roli především při přenosu signálu. Kromě toho může interakce dvou interagujících partnerů ovlivnit typ produkovaného signálu (agonismus vs. antagonismus). Dokování je tedy důležité i z pohledu predikce produkovaného signálu. Dokování malé molekuly (zeleně) do krystalové struktury Beta-2 adrenergického receptoru Molekulární dokování je jednou z nejčastěji používaných metod při návrhu nových léčiv založeného na struktuře, a to především díky možnosti predikce ligandu na vhodné aktivní místo. Charakterizace vazebného chování hraje důležitou roli při racionálním návrhu léčiv, i při objasňování základních biochemických procesů. (cs)
- Molekulares Docking (kurz Docking, dt.: Ankuppeln, Einpassen) ist ein bioinformatisches/chemoinformatisches Verfahren, mit dem der Bindungsmodus und idealerweise auch die Bindungsenergie zweier aneinanderbindender Biomoleküle vorhergesagt wird. Docking wird typischerweise in der molekularbiologischen und der pharmazeutischen Forschung eingesetzt. Ein Hauptanwendungsgebiet ist die Suche nach Wirkstoffkandidaten für ein pharmazeutisch relevantes Problem. Mit Hilfe von Dockingmethoden können große Substanzmengen virtuell auf Bindung an ein Zielmolekül getestet werden. Diese in silico Bindungsstudien sind deutlich schneller und kostengünstiger als vergleichbare Verfahren im Nasslabor, jedoch in aller Regel von spürbar geringerer Genauigkeit. Die Vorhersage findet auf Basis der bereits bekannten chemischen und räumlichen Struktur der beiden Ausgangsmoleküle statt. Die Struktur und die frei werdende Bindungsenergie des Komplexes, der aus den beiden Molekülen gebildet wird, ist vor der Berechnung unbekannt. Als Lösung erhält man eine möglichst gute Näherung der Komplexstruktur und je nach Methode auch eine Abschätzung der Bindungsenergie des Komplexes. Die beteiligten Moleküle sind in der Regel hochkomplex, weswegen eine A-priori-Berechnung des gebundenen Zustandes derzeit aufgrund der dafür notwendigen enormen Rechenkapazitäten nicht möglich ist. Daher verwenden alle relevanten Algorithmen starke bis sehr starke Näherungen der zugrundeliegenden Physik bzw. Chemie, um eine gute Abschätzung des Bindungsmodus zu berechnen. Es gibt verschiedene Ansätze, um die Komplexität des Problems im Zaum zu halten. Der einfachste strukturelle Ansatz ist das starre Docking, das auf der vereinfachenden Annahme aufbaut, dass sich die beteiligten Moleküle während des Bindungsvorgangs räumlich nicht verändern. Weiterhin gibt es Ansätze, die einen der Bindungspartner starr halten, während der zweite (teil-)flexibel modelliert wird. Letzteres findet häufig beim Ligandendocking Anwendung, da hier kleine, wirkstoffähnliche Moleküle betrachtet werden, deren vergleichsweise geringe räumliche Komplexität eine flexible Betrachtung handhabbar macht. Da es sich um dreidimensionale Objekte handelt, ist die gegenseitige Positionierung und Orientierung der Moleküle im gebundenen Zustand, d. h. im Zustand der geringsten Energie, von Interesse. Zusätzlich können die Moleküle selbst beim Prozess Änderungen in ihrer Konformation erfahren. Die Parameter dieses unbekannten Endzustands könnten zwar auch experimentell bestimmt werden, dies ist jedoch zu aufwändig; daher werden computergestützte Methoden verwendet, um die des biochemischen Komplexes zu berechnen und dabei realen Verhältnissen möglichst nahezukommen. Docking unterteilt sich je nach Art der Bindungspartner in die Untergebiete
* Protein-Protein Docking,
* und
* Docking von DNA bzw. RNA. Diese Unterteilung ist notwendig, da die Eigenschaften der jeweils am Komplex beteiligten Bindungspartner die Verwendung spezieller Algorithmen verlangen. (de)
- In the field of molecular modeling, docking is a method which predicts the preferred orientation of one molecule to a second when a ligand and a target are bound to each other to form a stable complex. Knowledge of the preferred orientation in turn may be used to predict the strength of association or binding affinity between two molecules using, for example, scoring functions. The associations between biologically relevant molecules such as proteins, peptides, nucleic acids, carbohydrates, and lipids play a central role in signal transduction. Furthermore, the relative orientation of the two interacting partners may affect the type of signal produced (e.g., agonism vs antagonism). Therefore, docking is useful for predicting both the strength and type of signal produced. Molecular docking is one of the most frequently used methods in structure-based drug design, due to its ability to predict the binding-conformation of small molecule ligands to the appropriate target binding site. Characterisation of the binding behaviour plays an important role in rational design of drugs as well as to elucidate fundamental biochemical processes. (en)
- Acoplamiento molecular o Docking (del inglés, anclarse). En el campo del Modelado molecular, este es un método que predice la conformación preferida de una molécula, al estar unida a otra, con el fin de formar un complejo estable. El conocimiento de la orientación preferida a su vez puede ser usada para predecir la fuerza de la asociación o la afinidad de enlace entre dos moléculas, usando por ejemplo, las funciones de puntuación (o funciones de scoring) La asociación entre moléculas biológicamente relevantes, tales como proteínas, ácidos nucleicos, carbohidratos y lípidos juega un papel central en la transducción de señal. Por tanto, la orientación relativa del dúo interactuante puede afectar el tipo de señal producida (ejemplo, agonismos contra antagonismo). Por lo que el acoplamiento molecular gana importancia al predecir la fuerza y el tipo de señal producida. El acoplamiento molecular es usado para predecir la orientación del enlace de una molécula pequeña, que serán candidatos a fármacos, con la proteína que será donde ejercerán su acción, con lo que se podrá predecir la afinidad y la actividad de la molécula pequeña. Y es por eso que este método tiene un rol muy importante en el diseño racional de fármacos. Dada la importancia biológica y farmacéutica, se han hecho grandes esfuerzos buscando mejorar el método usado para predecir el acoplamiento molecular (es)
- Dalam ilmu biologi molekuler dan bioinformatika, docking merupakan salah satu metode yang dapat memprediksi interaksi antar molekul, dapat berupa protein termasuk enzim, DNA, karbohidrat, lemak terhadap substrat, tetapi lebih banyak yang mengeksplorasi terhadap enzim. Hasil yang diharapkan adalah dapat memprediksi interaksi yang stabil dan bersifat spontan, dapat dilihat melalui derajat yang semakin negatif.Saat ini docking sudah digunakan dalam mendesain obat-obatan maupun , dan digunakan sebagai tahap seleksi awal dari banyak substrat sehingga pada saat percobaan pada laboratorium basah akan semakin mudah karena jumlah sampel uji semakin sedikit, walaupun dapat terjadi ketidaksesuaian antara hasil bioinformatika dengan laboratorium basah (false positive atau false negative). (in)
- Dans le domaine de la modélisation moléculaire, l’amarrage (en anglais docking) est une méthode qui calcule l'orientation préférée d'une molécule vers une seconde lorsqu'elles sont liées pour former un complexe stable. Connaître l'orientation préférée sert à prévoir la solidité de l'union entre deux molécules. Les associations entre des molécules d'importance biologique, telles que les protéines, les acides nucléiques, les glucides et les matières grasses jouent un rôle essentiel dans la transduction de signal. D'ailleurs, l'orientation relative des deux molécules associées peuvent avoir un effet sur le genre de signal produit (ex. antagoniste ou agoniste). Des études d'amarrage sont donc utiles pour calculer la force et le genre de signal produit. Dans la mise au point de nouveaux médicaments, l'amarrage sert souvent à déterminer l'orientation de petites molécules liées à leurs protéines ciblées afin de calculer leurs affinité et niveau d'activité. Ainsi, l'amarrage joue un rôle important dans la conception de nouveaux médicaments. En raison de sa valeur biologique et pharmaceutique, on s'est efforcé d'améliorer les méthodes qui calculent l'amarrage moléculaire. (fr)
- Il docking molecolare, nel campo della modellistica molecolare, è un metodo che predice l'orientamento preferito di una molecola verso una seconda quando queste si legano fra di loro per formare un complesso stabile. La conoscenza dell'orientamento preferito può essere utilizzata per predire la forza di un'associazione o di un legame proteina-ligando tra due molecole utilizzando per esempio le . Le associazioni tra molecole biologicamente rilevanti come proteine, acidi nucleici, carboidrati e lipidi giocano un ruolo centrale nella trasduzione del segnale. Il relativo orientamento delle due molecole che interagiscono può influenzare il tipo di segnale prodotto (ad esempio agonista verso antagonista). Il docking è quindi utile per predire sia la forza che il tipo di segnale prodotto. Il docking è usato frequentemente per predire l'orientamento del legame di una farmacologicamente attiva alla sua proteina bersaglio, così da poter prevedere l'affinità e l'attività di questa molecola. Il docking quindi gioca un ruolo importante nella . Dato il significato biologico e farmaceutico del docking molecolare, sono stati fatti considerevoli sforzi per migliorare i metodi utilizzati per predire il docking. (it)
- 分子モデリングの分野では、ドッキング（英: Docking）は、安定なタンパク質複合体を形成するために互いに結合したときに、ある分子の第2の分子に対する好ましい配向を予測する方法である。好ましい配向の知識を使用すれば、例えばスコアリング関数を使用して、2つの分子間の会合の強さや結合親和性を予測することができる。 タンパク質、ペプチド、核酸、炭水化物、脂質などの生物学的に関連する分子間の関連付けは、シグナル伝達において中心的な役割を果たしている。さらに、相互作用する2つのパートナーの相対的な配向は、生成されるシグナルの種類（例えば、アゴニスト対アンタゴニスト）に影響を与える可能性がある。したがって、ドッキングは、生成されるシグナルの強度と種類の両方を予測するのに有用である。 分子ドッキングは、低分子リガンドの適切なターゲット結合部位への結合コンホメーションを予測できるため、構造に基づいた医薬品設計 (structure-based drug design; SBDD) において最も頻繁に使用される手法の一つである。結合挙動の特性評価は、基本的な生化学的プロセスを解明するだけでなく、薬剤の合理的な設計においても重要な役割を果たしている。 (ja)
- Dokowanie molekularne (ang. molecular docking) – metoda komputerowa pozwalająca na predykcję preferowanej pozycji ligandu po związaniu się z makromolekułą (np. białkiem) w jej miejscu wiążącym w celu utworzenia stabilnego kompleksu oraz interpretację występujących interakcji pomiędzy związanym ligandem a makrocząsteczką. (pl)
- Op het gebied van moleculair modelleren is docking een methode om de geprefereerde oriëntatie van een molecuul te voorspellen wanneer deze gebonden is aan en een stabiel complex vormt met een ander molecuul. Kennis van die voorkeursoriëntatie kan vervolgens gebruikt worden om de sterkte van de bindings affiniteit tussen de twee moleculen te bepalen, bijvoorbeeld met behulp van scoringsfuncties. De associaties tussen biologisch relevante moleculen zoals eiwitten, peptiden, nucleïnezuren, koolhydraten en lipiden spelen een centrale rol bij signaaltransductie. Bovendien kan de oriëntatie van twee gebonden moleculen het type signaal dat wordt geproduceerd beïnvloeden (bijvoorbeeld agonisme versus antagonisme). Daarom is docking een nuttig middel voor het voorspellen van zowel de sterkte als het type signaal dat wordt geproduceerd. Moleculair docking is een van de meest gebruikte methodes bij het ontwerpen van geneesmiddelen op basis van structuur, vanwege het vermogen om de bindingsconformatie te voorspellen van kleine molecuulliganden aan de beoogde bindingslocatie. (nl)
- A Docagem Molecular, também conhecida como Acoplamento molecular, Ancoragem molecular ou Docking, no campo da modelagem molecular, é um método que prevê a orientação preferencial de uma molécula a uma segunda, quando ligados entre si para formar um complexo estável. O conhecimento da orientação preferida por sua vez pode ser utilizado para prever a força de associação ou a afinidade de ligação entre duas moléculas, por exemplo, utilizando funções de scoring ou funções de pontuação. As associações entre as moléculas biologicamente relevantes, tais como proteínas, ácidos nucleicos, hidratos de carbono e lípidos, desempenham um papel central na transdução de sinal. (pt)
- Молекуля́рный до́кинг (англ. Molecular docking) — метод молекулярного моделирования, позволяющий предсказать наиболее выгодную для образования устойчивого комплекса ориентацию и конформацию одной молекулы (лиганда) в сайте связывания другой (рецептора). Данные о положении и конформации партнеров используются для предсказания силы взаимодействия посредством так называемых оценочных функций. В случае, если лиганд является макромолекулой, докинг называют макромолекулярным. (ru)
- Молекулярний докінг (або молекулярне стикування) — це метод молекулярного моделювання, який дозволяє передбачити найбільш вигідну для утворення стійкого комплексу орієнтацію і положення однієї молекули по відношенню до іншої. (uk)
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- En el camp de la simulació molecular, l'acoblament molecular (o docking) és un mètode que prediu l'orientació i la conformació preferida que adopta una molècula en interaccionar amb una altra. L'acoblament es fa servir freqüentment per predir com una molècula petita s'uneix de forma no covalent a una proteïna i també l'afinitat i l'activitat de la molècula petita. Per aquesta utilitat, l'acoblament molecular té un paper molt important en la indústria farmacèutica com a eina per a desenvolupar un disseny racional de molècules actives. (ca)
- Dalam ilmu biologi molekuler dan bioinformatika, docking merupakan salah satu metode yang dapat memprediksi interaksi antar molekul, dapat berupa protein termasuk enzim, DNA, karbohidrat, lemak terhadap substrat, tetapi lebih banyak yang mengeksplorasi terhadap enzim. Hasil yang diharapkan adalah dapat memprediksi interaksi yang stabil dan bersifat spontan, dapat dilihat melalui derajat yang semakin negatif.Saat ini docking sudah digunakan dalam mendesain obat-obatan maupun , dan digunakan sebagai tahap seleksi awal dari banyak substrat sehingga pada saat percobaan pada laboratorium basah akan semakin mudah karena jumlah sampel uji semakin sedikit, walaupun dapat terjadi ketidaksesuaian antara hasil bioinformatika dengan laboratorium basah (false positive atau false negative). (in)
- 分子モデリングの分野では、ドッキング（英: Docking）は、安定なタンパク質複合体を形成するために互いに結合したときに、ある分子の第2の分子に対する好ましい配向を予測する方法である。好ましい配向の知識を使用すれば、例えばスコアリング関数を使用して、2つの分子間の会合の強さや結合親和性を予測することができる。 タンパク質、ペプチド、核酸、炭水化物、脂質などの生物学的に関連する分子間の関連付けは、シグナル伝達において中心的な役割を果たしている。さらに、相互作用する2つのパートナーの相対的な配向は、生成されるシグナルの種類（例えば、アゴニスト対アンタゴニスト）に影響を与える可能性がある。したがって、ドッキングは、生成されるシグナルの強度と種類の両方を予測するのに有用である。 分子ドッキングは、低分子リガンドの適切なターゲット結合部位への結合コンホメーションを予測できるため、構造に基づいた医薬品設計 (structure-based drug design; SBDD) において最も頻繁に使用される手法の一つである。結合挙動の特性評価は、基本的な生化学的プロセスを解明するだけでなく、薬剤の合理的な設計においても重要な役割を果たしている。 (ja)
- Dokowanie molekularne (ang. molecular docking) – metoda komputerowa pozwalająca na predykcję preferowanej pozycji ligandu po związaniu się z makromolekułą (np. białkiem) w jej miejscu wiążącym w celu utworzenia stabilnego kompleksu oraz interpretację występujących interakcji pomiędzy związanym ligandem a makrocząsteczką. (pl)
- Молекуля́рный до́кинг (англ. Molecular docking) — метод молекулярного моделирования, позволяющий предсказать наиболее выгодную для образования устойчивого комплекса ориентацию и конформацию одной молекулы (лиганда) в сайте связывания другой (рецептора). Данные о положении и конформации партнеров используются для предсказания силы взаимодействия посредством так называемых оценочных функций. В случае, если лиганд является макромолекулой, докинг называют макромолекулярным. (ru)
- Молекулярний докінг (або молекулярне стикування) — це метод молекулярного моделювання, який дозволяє передбачити найбільш вигідну для утворення стійкого комплексу орієнтацію і положення однієї молекули по відношенню до іншої. (uk)
- الالتحام الجزيئي (بالإنجليزية: molecular docking) في مجال النمذجة الجزئية هي طريقة تتنبأ بالاتجاه المفضل لأحد الجزيئين بالنسبة للثاني عند ارتباطهما ببعضهما لتشكيل مركب. معرفة الاتجاه المفضل قد تُستخدم في التنبؤ بقوة الاقتران أو ألفة الارتباط بين الجزيئات باستخدام دوال الحرز مثلا. يلعب الارتباط بين الجزيئات الحيوية ذات الصلة مثل البروتينات، الببتيدات، الأحماض النووية، السكريات والليبيدات دورا رئيسا في توصيل الإشارة. فضلا عن ذلك، يمكن أن يؤثر الاتجاه النسبي للجزيئين المتآثرين على نوع الإشارة الناتجة (كمثال: ناهضة ومناهضة) وعليه فإن الالتحام مفيد في التنبؤ بكل من قوة ونوع الإشارة المنتجة. (ar)
- Dokování je v oblasti molekulárního modelování in silico metodou, která předpovídá preferovanou orientaci jedné molekuly k druhé při vzájemné vazbě (dochází ke stavbě komplexu). Znalost preferované orientace může být použita k predikci síly asociace molekul, popř. mezi těmito molekulami. Tuto předpověď lze kvantifikovat pomocí skórovací funkce. Asociace mezi biologicky aktivními molekulami, jako jsou proteiny, peptidy, nukleové kyseliny, sacharidy a lipidy hraje významnou roli především při přenosu signálu. Kromě toho může interakce dvou interagujících partnerů ovlivnit typ produkovaného signálu (agonismus vs. antagonismus). Dokování je tedy důležité i z pohledu predikce produkovaného signálu. (cs)
- Molekulares Docking (kurz Docking, dt.: Ankuppeln, Einpassen) ist ein bioinformatisches/chemoinformatisches Verfahren, mit dem der Bindungsmodus und idealerweise auch die Bindungsenergie zweier aneinanderbindender Biomoleküle vorhergesagt wird. Docking wird typischerweise in der molekularbiologischen und der pharmazeutischen Forschung eingesetzt. Ein Hauptanwendungsgebiet ist die Suche nach Wirkstoffkandidaten für ein pharmazeutisch relevantes Problem. Mit Hilfe von Dockingmethoden können große Substanzmengen virtuell auf Bindung an ein Zielmolekül getestet werden. Diese in silico Bindungsstudien sind deutlich schneller und kostengünstiger als vergleichbare Verfahren im Nasslabor, jedoch in aller Regel von spürbar geringerer Genauigkeit. (de)
- In the field of molecular modeling, docking is a method which predicts the preferred orientation of one molecule to a second when a ligand and a target are bound to each other to form a stable complex. Knowledge of the preferred orientation in turn may be used to predict the strength of association or binding affinity between two molecules using, for example, scoring functions. (en)
- Acoplamiento molecular o Docking (del inglés, anclarse). En el campo del Modelado molecular, este es un método que predice la conformación preferida de una molécula, al estar unida a otra, con el fin de formar un complejo estable. El conocimiento de la orientación preferida a su vez puede ser usada para predecir la fuerza de la asociación o la afinidad de enlace entre dos moléculas, usando por ejemplo, las funciones de puntuación (o funciones de scoring) (es)
- Dans le domaine de la modélisation moléculaire, l’amarrage (en anglais docking) est une méthode qui calcule l'orientation préférée d'une molécule vers une seconde lorsqu'elles sont liées pour former un complexe stable. Connaître l'orientation préférée sert à prévoir la solidité de l'union entre deux molécules. (fr)
- Il docking molecolare, nel campo della modellistica molecolare, è un metodo che predice l'orientamento preferito di una molecola verso una seconda quando queste si legano fra di loro per formare un complesso stabile. La conoscenza dell'orientamento preferito può essere utilizzata per predire la forza di un'associazione o di un legame proteina-ligando tra due molecole utilizzando per esempio le . (it)
- Op het gebied van moleculair modelleren is docking een methode om de geprefereerde oriëntatie van een molecuul te voorspellen wanneer deze gebonden is aan en een stabiel complex vormt met een ander molecuul. Kennis van die voorkeursoriëntatie kan vervolgens gebruikt worden om de sterkte van de bindings affiniteit tussen de twee moleculen te bepalen, bijvoorbeeld met behulp van scoringsfuncties. (nl)
- A Docagem Molecular, também conhecida como Acoplamento molecular, Ancoragem molecular ou Docking, no campo da modelagem molecular, é um método que prevê a orientação preferencial de uma molécula a uma segunda, quando ligados entre si para formar um complexo estável. O conhecimento da orientação preferida por sua vez pode ser utilizado para prever a força de associação ou a afinidade de ligação entre duas moléculas, por exemplo, utilizando funções de scoring ou funções de pontuação. (pt)
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