| dbo:abstract
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- Svírací protein (též svorkový protein, používají se i angl. DNA clamp či sliding clamp) je protein, který upevňuje DNA polymerázu k řetězci DNA a tím zvyšuje replikace (a tedy i délku řetězce DNA, jež je DNA polymeráza schopná naráz replikovat). Bez svíracího proteinu by byla tato polymeráza schopna vytvářet jen několik desítek nukleotidů dlouhé fragmenty DNA, zatímco s ním zvládá i tisíce nukleotidů „na jeden zátah“ (bez disociace z vlákna). Jsou to dimerní nebo trimerní proteiny, které se napříč třemi doménami života poměrně liší, jiné nacházíme u bakterií, jiné u eukaryot či archebakterií nebo třeba u . V rámci replikace DNA se rozlišuje tzv. vedoucí a zpožďující se vlákno. Vedoucí (leading) vlákno je asociováno se svíracím proteinem po poměrně dlouhou dobu, zatímco zpožďující se (lagging) vlákno se musí vždy po dokončení daného Okazakiho fragmentu ze svíracího proteinu uvolnit a celý komplex se znovu sestavuje na následujícím RNA primeru. (cs)
- رابط الدنا وتعرف أيضا بالكتيلة المنزلقة هي بروتين مطوي يخدم كعامل محفز للتقدمية (بالإنجليزية: Processivity) في عملية تضاعف الدنا. بما أن بروتين الكتيلة هو عنصر حرج في (بالإنجليزية: DNA polymerase III holoenzyme) فإنه يقوم يربط بوليميراز الدنا مما يمنع الإنزيم من التفكك من خيط الدنا القالب. إن تفاعلات البروتين-بروتين البوليميرازية الكتيلية هي أقوى وأكثر تحديدا من التفاعلات المباشرة بين البوليميرزات وخيط الدنا القالب ويزيد حضور الكتيلة المنزلقة من عدد النيوكليوتيدات التي يمكن للبوليميراز أن يضيفها إلى الخيط المتنامي لكل حدث ترابط يحصل. إن وجود كتيلة الدنا يمكن أن يزيد من معدل تخليق الدنا إلى 1,000 طية مقارنة بالبوليميرات غير التقدمية. (ar)
- Eine DNA-Klammer (englisch DNA clamp, sliding clamp) ist eine Proteinstruktur in manchen DNA-bindenden Proteinen, die einer Bindung eines DNA-modifizierenden Enzyms an die DNA während der DNA-Replikation dient. Die DNA-Klammer besteht aus mehreren Proteinen mit ungefähr keilförmigen Aufbau mit Proteindomänen zur sequenzunabhängigen DNA-Bindung und zur Multimerisierung, sodass sich die typische Ringform ergibt. Als notwendiger Bestandteil eines Proteinkomplexes mit der DNA-Polymerase III bindet es die Polymerase an die DNA. Die Wechselwirkungen zwischen der Polymerase und der DNA-Klammer sowie die Wechselwirkungen zwischen DNA-Klammer und DNA sind stärker als zwischen der Polymerase und der DNA. DNA-Klammern können gentechnisch im Zuge eines Proteindesigns an thermostabile DNA-Polymerasen angehängt werden. Solche Fusionsproteine besitzen eine erhöhte Anzahl synthetisierter Nukleinbasen in einem Lauf (erhöhte Prozessivität) und eine erhöhte Syntheserate und werden daher zur Polymerasekettenreaktion eingesetzt. Die DNA-Klammer kann die Syntheserate um den Faktor 1000 erhöhen. (de)
- A DNA clamp, also known as a sliding clamp, is a protein complex that serves as a processivity-promoting factor in DNA replication. As a critical component of the DNA polymerase III holoenzyme, the clamp protein binds DNA polymerase and prevents this enzyme from dissociating from the template DNA strand. The clamp-polymerase protein–protein interactions are stronger and more specific than the direct interactions between the polymerase and the template DNA strand; because one of the rate-limiting steps in the DNA synthesis reaction is the association of the polymerase with the DNA template, the presence of the sliding clamp dramatically increases the number of nucleotides that the polymerase can add to the growing strand per association event. The presence of the DNA clamp can increase the rate of DNA synthesis up to 1,000-fold compared with a nonprocessive polymerase. (en)
- En biologie moléculaire, on appelle clamp à ADN un motif structurel caractéristique de certaines protéines et enzymes intervenant dans la réplication de l'ADN et favorisant la promotion et la processivité de ce processus. Constituant indispensable du réplisome formé par l'holoenzyme de l'ADN polymérase III chez les bactéries, le clamp se lie à l'ADN polymérase et l'empêche de se dissocier du brin d'ADN à répliquer. Les interactions clamp-polymérase sont plus intenses et plus spécifiques que les interactions directes entre la polymérase et le brin d'ADN modèle. Cette dernière étant l'un des paramètres limitants de la synthèse de l'ADN, la présence d'une telle pince à ADN accroît considérablement le nombre de nucléotides qu'une polymérase est susceptible d'ajouter à un brin d'ADN en croissance avant de se dissocier du brin modèle, jusqu'à trois ordres de grandeur (facteur 1000) par rapport à une polymérase non processive. Le clamp est constitué d'un ensemble d'hélices α et de feuillets β assemblés en formant une structure polymérique qui encercle complètement la double hélice d'ADN pendant que la polymérase ajoute des nucléotides sur le brin en cours de croissance. Cette structure s'assemble sur l'ADN au niveau de la fourche de réplication et glisse le long de l'ADN au fur et à mesure que la polymérase progresse, une couche de molécules d'eau située entre l'ADN et la protéine facilitant la progression de l'ensemble. La double hélice d'ADN ne peut se dégager du clamp sans dissocier celui-ci en monomères. On trouve de tels clamps chez les bactéries, les archées, les eucaryotes et certains virus. Chez les bactéries, il s'agit d'un homodimère constitué de deux sous-unités β de l'ADN polymérase III, de sorte qu'on l'appelle clamp β. Chez les archées et les eucaryotes, il s'agit d'un trimère constitué de trois molécules de PCNA. Le phage T4 utilise également un clamp, appelé gp45, qui est un trimère dont la structure est semblable à celle du PCNA mais dont la séquence est cependant différente à la fois du PCNA et du clamp β. Les clamps sont chargés sur l'ADN à répliquer par des protéines spécialisées appelées « chargeurs de clamp », qui assurent également leur désassemblage une fois la réplication terminée. Les sites de liaison pour ces protéines d'initiation se superposent aux sites de liaison avec l'ADN polymérase, de sorte que le clamp ne peut se lier en même temps au chargeur de clamp et à la polymérase. C'est la raison pour laquelle le clamp ne peut être désassemblé par le chargeur de clamp tant qu'il demeure lié à la polymérase. Les clamps peuvent également se lier à d'autres facteurs intervenant dans l'homéostase génomique, tels que les facteurs d'assemblage des nucléosomes, les ADN ligases des fragments d'Okazaki et les protéines de réparation de l'ADN. Toutes ces protéines partagent un site de liaison sur le clamp qui se superpose à celui du chargeur de clamp, de sorte que le clamp ne peut être dissocié tant que l'une de ces enzymes demeure active sur l'ADN. Le fonctionnement du chargeur de clamp requiert l'hydrolyse d'une molécule d'ATP pour refermer le clamp autour de l'ADN. (fr)
- DNAクランプ（DNA clamp）又はスライディングクランプ（sliding clamp）とは、DNA複製を進行させる機能を持つタンパク質複合体である。DNAポリメラーゼホロ酵素の重要な構成要素の1つとしてクランプタンパク質はDNAポリメラーゼに結合し、このDNAポリメラーゼがDNA合成のために鋳型DNAと結合している際に鋳型鎖から解離することを防ぐ。クランプ-ポリメラーゼタンパク質間相互作用は、ポリメラーゼと鋳型DNA鎖の間の直接的な相互作用よりも強力かつ特異的である。ポリメラーゼとDNA鎖の結合はDNA合成反応の律速段階の一つであるため、DNAクランプにより解離と再結合の必要性が無くなることで、DNAクランプが存在しない場合と比較して最大1,000倍ほどDNA合成速度が上がる。 (ja)
- Con il termine DNA clamp o sliding clamp, vengono identificate una serie di proteine che assolvono la funzione di fattori di promozione o di fattori di processamento nella replicazione del DNA. Queste proteine mantengono le DNA polimerasi agganciate al filamento di DNA da replicare, con un modello di funzionamento che viene definito a pinza scorrevole. Struttura proteica della pinza scorrevole di PCNA umana vista in sezione trasversale: estremità N-terminale = blu, estremità C-terminale = rosso; DNA complessato in doppia elica = magentaStruttura proteica della pinza scorrevole di PCNA umana vista lateralmente: estremità N-terminale = blu, estremità C-terminale = rosso; DNA complessato in doppia elica = magenta Tali proteine risultano particolarmente importanti nel funzionamento dell'oloenzima DNA polimerasi III; si legano formando una specie di morsetto o pinza scorrevole fra il DNA e la polimerasi, impedendo alla polimerasi di staccarsi dal filamento di DNA stampo. Le interazioni proteina-proteina pinza scorrevole-polimerasi sono più forti e maggiormente specifiche rispetto alle interazioni dirette tra la polimerasi e il filamento di DNA stampo; la presenza della pinza scorrevole aumenta notevolmente il numero di nucleotidi che la polimerasi può aggiungere e quindi la velocità di replicazione del filamento di DNA. La presenza della pinza può aumentare il tasso di sintesi del DNA fino a 1.000 volte rispetto ad una polimerasi priva del clamp. (it)
- Белки́ скользя́щего зажима, или скользя́щий зажи́м (англ. DNA clamp) — белки, которые выполняют функцию усилителя процессивности при репликации ДНК. Белки скользящего зажима являются важным компонентом холофермента ДНК-полимеразы III и предотвращают диссоциацию фермента от матрицы ДНК. Так как лимитирующей стадией в реакции синтеза ДНК является связывание ДНК-полимеразы с матрицей, присутствие белка скользящего зажима значительно увеличивает количество присоединяемых к растущей цепи нуклеотидов за один акт присоединения фермента к матрице. Это объясняется тем, что белок-белковое взаимодействие сильнее и является более специфическим, чем взаимодействие полимеразы и матрицы ДНК. Белки скользящего зажима увеличивают скорость синтеза ДНК до тысячи раз в сравнении с непроцессивной полимеразой. (ru)
- DNA夾（英語：DNA clamp，又称滑动压板、滑行夹）是一種蛋白質的三級結構，為DNA複製過程中的-啟動因子（processivity-promoting factor），是DNA聚合酶III全酶的必要組成，可避免DNA聚合酶（DNA polymerase)與DNA模板分離，並提升DNA合成速率。 (zh)
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- Crystallographic structure of the dimeric DNA polymerase beta subunit from E. coli. (en)
- The assembled human DNA clamp, a trimer of the human protein PCNA. (en)
- Crystallographic structure of the trimeric gp45 sliding clamp from bacteriophage T4. (en)
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- DNA polymerase III, beta chain, (en)
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- Gp45 sliding clamp, C-terminal (en)
- Gp45 sliding clamp, N-terminal (en)
- Herpes DNA replication accessory factor (en)
- Herpesvirus polymerase accessory protein (en)
- N-terminal (en)
- Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain (en)
- Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain (en)
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- رابط الدنا وتعرف أيضا بالكتيلة المنزلقة هي بروتين مطوي يخدم كعامل محفز للتقدمية (بالإنجليزية: Processivity) في عملية تضاعف الدنا. بما أن بروتين الكتيلة هو عنصر حرج في (بالإنجليزية: DNA polymerase III holoenzyme) فإنه يقوم يربط بوليميراز الدنا مما يمنع الإنزيم من التفكك من خيط الدنا القالب. إن تفاعلات البروتين-بروتين البوليميرازية الكتيلية هي أقوى وأكثر تحديدا من التفاعلات المباشرة بين البوليميرزات وخيط الدنا القالب ويزيد حضور الكتيلة المنزلقة من عدد النيوكليوتيدات التي يمكن للبوليميراز أن يضيفها إلى الخيط المتنامي لكل حدث ترابط يحصل. إن وجود كتيلة الدنا يمكن أن يزيد من معدل تخليق الدنا إلى 1,000 طية مقارنة بالبوليميرات غير التقدمية. (ar)
- DNAクランプ（DNA clamp）又はスライディングクランプ（sliding clamp）とは、DNA複製を進行させる機能を持つタンパク質複合体である。DNAポリメラーゼホロ酵素の重要な構成要素の1つとしてクランプタンパク質はDNAポリメラーゼに結合し、このDNAポリメラーゼがDNA合成のために鋳型DNAと結合している際に鋳型鎖から解離することを防ぐ。クランプ-ポリメラーゼタンパク質間相互作用は、ポリメラーゼと鋳型DNA鎖の間の直接的な相互作用よりも強力かつ特異的である。ポリメラーゼとDNA鎖の結合はDNA合成反応の律速段階の一つであるため、DNAクランプにより解離と再結合の必要性が無くなることで、DNAクランプが存在しない場合と比較して最大1,000倍ほどDNA合成速度が上がる。 (ja)
- Белки́ скользя́щего зажима, или скользя́щий зажи́м (англ. DNA clamp) — белки, которые выполняют функцию усилителя процессивности при репликации ДНК. Белки скользящего зажима являются важным компонентом холофермента ДНК-полимеразы III и предотвращают диссоциацию фермента от матрицы ДНК. Так как лимитирующей стадией в реакции синтеза ДНК является связывание ДНК-полимеразы с матрицей, присутствие белка скользящего зажима значительно увеличивает количество присоединяемых к растущей цепи нуклеотидов за один акт присоединения фермента к матрице. Это объясняется тем, что белок-белковое взаимодействие сильнее и является более специфическим, чем взаимодействие полимеразы и матрицы ДНК. Белки скользящего зажима увеличивают скорость синтеза ДНК до тысячи раз в сравнении с непроцессивной полимеразой. (ru)
- DNA夾（英語：DNA clamp，又称滑动压板、滑行夹）是一種蛋白質的三級結構，為DNA複製過程中的-啟動因子（processivity-promoting factor），是DNA聚合酶III全酶的必要組成，可避免DNA聚合酶（DNA polymerase)與DNA模板分離，並提升DNA合成速率。 (zh)
- Svírací protein (též svorkový protein, používají se i angl. DNA clamp či sliding clamp) je protein, který upevňuje DNA polymerázu k řetězci DNA a tím zvyšuje replikace (a tedy i délku řetězce DNA, jež je DNA polymeráza schopná naráz replikovat). Bez svíracího proteinu by byla tato polymeráza schopna vytvářet jen několik desítek nukleotidů dlouhé fragmenty DNA, zatímco s ním zvládá i tisíce nukleotidů „na jeden zátah“ (bez disociace z vlákna). Jsou to dimerní nebo trimerní proteiny, které se napříč třemi doménami života poměrně liší, jiné nacházíme u bakterií, jiné u eukaryot či archebakterií nebo třeba u . (cs)
- A DNA clamp, also known as a sliding clamp, is a protein complex that serves as a processivity-promoting factor in DNA replication. As a critical component of the DNA polymerase III holoenzyme, the clamp protein binds DNA polymerase and prevents this enzyme from dissociating from the template DNA strand. The clamp-polymerase protein–protein interactions are stronger and more specific than the direct interactions between the polymerase and the template DNA strand; because one of the rate-limiting steps in the DNA synthesis reaction is the association of the polymerase with the DNA template, the presence of the sliding clamp dramatically increases the number of nucleotides that the polymerase can add to the growing strand per association event. The presence of the DNA clamp can increase the (en)
- Eine DNA-Klammer (englisch DNA clamp, sliding clamp) ist eine Proteinstruktur in manchen DNA-bindenden Proteinen, die einer Bindung eines DNA-modifizierenden Enzyms an die DNA während der DNA-Replikation dient. Die DNA-Klammer besteht aus mehreren Proteinen mit ungefähr keilförmigen Aufbau mit Proteindomänen zur sequenzunabhängigen DNA-Bindung und zur Multimerisierung, sodass sich die typische Ringform ergibt. (de)
- En biologie moléculaire, on appelle clamp à ADN un motif structurel caractéristique de certaines protéines et enzymes intervenant dans la réplication de l'ADN et favorisant la promotion et la processivité de ce processus. Constituant indispensable du réplisome formé par l'holoenzyme de l'ADN polymérase III chez les bactéries, le clamp se lie à l'ADN polymérase et l'empêche de se dissocier du brin d'ADN à répliquer. Les interactions clamp-polymérase sont plus intenses et plus spécifiques que les interactions directes entre la polymérase et le brin d'ADN modèle. Cette dernière étant l'un des paramètres limitants de la synthèse de l'ADN, la présence d'une telle pince à ADN accroît considérablement le nombre de nucléotides qu'une polymérase est susceptible d'ajouter à un brin d'ADN en croissan (fr)
- Con il termine DNA clamp o sliding clamp, vengono identificate una serie di proteine che assolvono la funzione di fattori di promozione o di fattori di processamento nella replicazione del DNA. Queste proteine mantengono le DNA polimerasi agganciate al filamento di DNA da replicare, con un modello di funzionamento che viene definito a pinza scorrevole. (it)
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- رابط الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين (ar)
- Svírací protein (cs)
- DNA-Klammer (de)
- DNA clamp (en)
- DNA clamp (it)
- Clamp (ADN) (fr)
- DNAクランプ (ja)
- Белки скользящего зажима (ru)
- DNA夾 (zh)
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- proliferating cell nuclear antigen (en)
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