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- Die serielle Analyse der Genexpression (SAGE, von engl. Serial Analysis of Gene Expression) ist eine effektive Methode zur Identifizierung von cDNAs, durch Sequenzierung sogenannter tags, die mittels des Enzyms Reverse Transkriptase aus mRNA-Molekülen gewonnen wurden. Die Methode wurde 1995 von Victor Velculescu in den Labors von Keneth W. Kinzler und Bert Vogelstein an der Johns Hopkins University entwickelt. SAGE wurde entwickelt, da die damals vorherrschenden Methoden zur Untersuchung der Genexpression, wie Northern Blot, RT-PCR und EST-Sequenzierung nur die Untersuchung weniger Gene erlaubten. SAGE beruht darauf, dass eine Nucleotidsequenz von 10 bp an einer definierten Stelle der mRNA theoretisch über 1.000.000 (410) Transkripte unterscheidet. Während die ursprüngliche SAGE-Methode lediglich Tags mit 10–14 bp hervorbrachte, entstehen bei der aktuellen Variante SuperSAGE Tags mit einer Länge von 26 bis 28 bp. Dies ermöglicht eine vielfach bessere Zuordnung zu bekannten Gensequenzen, erlaubt das Design von spezifischen Primern z. B. für RACE-PCR und eröffnet neue Analyse-Möglichkeiten, z. B. die gleichzeitige Analyse mehrerer Organismen. Aufgrund der längeren Tags empfiehlt sich SuperSAGE auch zur Analyse von Organismen mit unbekannten Genomen und zur Entdeckung neuer Gene und Transkript-Varianten. Mit SAGE und seinen Varianten kann das Transkriptom einer Zelle, eines Gewebes oder eines Organs zu einem beliebigen Entwicklungs- oder Krankheitsstadium umfassend analysiert werden. SAGE und seine Varianten ermöglichen die Analyse einer sehr großen Menge von Genen. Ferner kann die Anzahl der genspezifischen mRNA-Moleküle relativ gut bestimmt werden; SAGE ist also eine quantifizierende Methode. Gegenüber dem Microarray-Verfahren, welches als Closed System nur bekannte und gespottete Gene detektieren kann, bietet SAGE als Open System den Vorteil, dass auch noch unbekannte Gene, oder Gene, von denen nicht erwartet wurde, sie vorzufinden, detektiert und ausgewertet werden können. Ein Nachteil der Methode sind die, im Vergleich zu Microarrays, hohen Kosten. Dieser Nachteil schmilzt aber durch die sinkenden Kosten der Next Generation Sequencing. Außerdem beschränkt sich der Nachweis auf poly-A-Transkripte und auf cDNAs die durch die gewählten, häufig schneidenden Restriktionsenzyme geschnitten werden. (de)
- El Análisis en Serie de la Expresión Génica (o SAGE, Serial Analysis of Gene Expression) es una técnica de la Biología Molecular que permite conocer y cuantificar la expresión de los genes en la célula, mediante la medición de los ARNm que están presentes en esta en un momento determinado. Esto permite crear perfiles de expresión de cada célula en determinadas situaciones, ya sea en circunstancias normales de la célula o en momentos en que se ve afectada por alguna enfermedad. De esta manera se pueden comparar estos perfiles y determinar que genes están siendo apagados o activados, y así determinar cual puede ser la causa de esto. La base de la técnica está en el uso de "tags" de ADNc que son pequeños fragmentos de ARNm que han sido transformadas a ADNc. En la técnica original, pequeñas secuencias de 8 a 14 pb son extraídas de cada ADNc (transcrito) para ser sequenciadas. En SuperSAGE, su más avanzada versión se obtienen "tags" de 26 pb, mucho más precisos y versátiles. Estos "tags" representan a un ARNm presente en la célula en un momento determinado. De esta manera se puede realizar una secuenciación de estas pequeñas hebras, diferenciando a un ARNm de otro, utilizando las bases de datos de secuencias de ARNm, y de esta manera se puede saber la cantidad de ARNm (expresión) que hay y a qué proteína codifica, identificándose su importancia. De esta manera se permite un análisis rápido de la expresión, conservándose un alto nivel de precisión. La técnica fue desarrollada por el Dr. Victor Velculescu del Centro de Oncología de la Johns Hopkins University, y se presentó el 20 de octubre de 1995 en la revista Science. SuperSAGE, su más avanzada versión, ha sido desarrollada por Hideo Matsumura et al. en el 2003 en la revista PNAS. Otras variantes de la técnica, como el LongSAGE o el MicroSAGE, aunque éstas sólo presentan pequeñas variaciones al SAGE tradicional en donde el tamaño del "tag" es todavía pequeño: SAGE 14 pb y LongSAGE 18 pb. SuperSAGE, con "tags" de 26 pb, permite óptima anotación, y análisis de nuevos transcriptos en conjunción con técnicas como extensión hacia los extremos (3'-y 5'-RACE). (es)
- L'analyse en série de l'expression des gènes (en anglais, Serial Analysis of Gene Expression ou SAGE) est une technique de biologie moléculaire permettant l'analyse de la population en ARNm d'un échantillon donné (organisme, cellules, tissus, etc.). La méthode originelle a été mise au point, et publiée en 1995, par le Dr Victor Velculescu du centre d'oncologie de l'université Johns-Hopkins. La méthode SAGE est basée sur l'isolation de séquences spécifiques (étiquettes) de chaque ARN, la production des ADN complémentaires (ADNc) correspondant, la production d'une molécule d'ADN synthétique comportant tous ces ADNc, puis le séquençage de cette molécule. Depuis, différentes variations du protocole ont été mises au point, notamment le LongSAGE, permettant l'analyse d'étiquettes plus longues. (fr)
- Serial Analysis of Gene Expression (SAGE) is a transcriptomic technique used by molecular biologists to produce a snapshot of the messenger RNA population in a sample of interest in the form of small tags that correspond to fragments of those transcripts. Several variants have been developed since, most notably a more robust version, LongSAGE, RL-SAGE and the most recent SuperSAGE. Many of these have improved the technique with the capture of longer tags, enabling more confident identification of a source gene. (en)
- SAGE法 (Serial Analysis of Gene Expression) とは、対象とする細胞や組織における mRNA の発現状況を把握する、いわゆる遺伝子発現プロファイリングのための分子生物学的手法である。 この技術はジョンズ・ホプキンス大学のがんセンターに勤務していた Victor Velculescu 博士によって開発され、1995年にサイエンス誌に掲載された。それ以降幾つかの派生的手法が報告されているが、有名な改良版としては LongSAGE や SuperSAGE などが挙げられる。特に後者は 25-27 塩基対の長いタグを用いることで、遺伝子の正確なアノテーションやゲノムからの新規遺伝子のより確実な発見を可能にする技術である。 (ja)
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- L'analyse en série de l'expression des gènes (en anglais, Serial Analysis of Gene Expression ou SAGE) est une technique de biologie moléculaire permettant l'analyse de la population en ARNm d'un échantillon donné (organisme, cellules, tissus, etc.). La méthode originelle a été mise au point, et publiée en 1995, par le Dr Victor Velculescu du centre d'oncologie de l'université Johns-Hopkins. La méthode SAGE est basée sur l'isolation de séquences spécifiques (étiquettes) de chaque ARN, la production des ADN complémentaires (ADNc) correspondant, la production d'une molécule d'ADN synthétique comportant tous ces ADNc, puis le séquençage de cette molécule. Depuis, différentes variations du protocole ont été mises au point, notamment le LongSAGE, permettant l'analyse d'étiquettes plus longues. (fr)
- Serial Analysis of Gene Expression (SAGE) is a transcriptomic technique used by molecular biologists to produce a snapshot of the messenger RNA population in a sample of interest in the form of small tags that correspond to fragments of those transcripts. Several variants have been developed since, most notably a more robust version, LongSAGE, RL-SAGE and the most recent SuperSAGE. Many of these have improved the technique with the capture of longer tags, enabling more confident identification of a source gene. (en)
- SAGE法 (Serial Analysis of Gene Expression) とは、対象とする細胞や組織における mRNA の発現状況を把握する、いわゆる遺伝子発現プロファイリングのための分子生物学的手法である。 この技術はジョンズ・ホプキンス大学のがんセンターに勤務していた Victor Velculescu 博士によって開発され、1995年にサイエンス誌に掲載された。それ以降幾つかの派生的手法が報告されているが、有名な改良版としては LongSAGE や SuperSAGE などが挙げられる。特に後者は 25-27 塩基対の長いタグを用いることで、遺伝子の正確なアノテーションやゲノムからの新規遺伝子のより確実な発見を可能にする技術である。 (ja)
- Die serielle Analyse der Genexpression (SAGE, von engl. Serial Analysis of Gene Expression) ist eine effektive Methode zur Identifizierung von cDNAs, durch Sequenzierung sogenannter tags, die mittels des Enzyms Reverse Transkriptase aus mRNA-Molekülen gewonnen wurden. Die Methode wurde 1995 von Victor Velculescu in den Labors von Keneth W. Kinzler und Bert Vogelstein an der Johns Hopkins University entwickelt. Mit SAGE und seinen Varianten kann das Transkriptom einer Zelle, eines Gewebes oder eines Organs zu einem beliebigen Entwicklungs- oder Krankheitsstadium umfassend analysiert werden. (de)
- El Análisis en Serie de la Expresión Génica (o SAGE, Serial Analysis of Gene Expression) es una técnica de la Biología Molecular que permite conocer y cuantificar la expresión de los genes en la célula, mediante la medición de los ARNm que están presentes en esta en un momento determinado. Esto permite crear perfiles de expresión de cada célula en determinadas situaciones, ya sea en circunstancias normales de la célula o en momentos en que se ve afectada por alguna enfermedad. De esta manera se pueden comparar estos perfiles y determinar que genes están siendo apagados o activados, y así determinar cual puede ser la causa de esto. (es)
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