| dbo:abstract
|
- In molecular modelling, docking is a method which predicts the preferred orientation of one molecule to another when bound together in a stable complex. In the case of protein docking, the search space consists of all possible orientations of the protein with respect to the ligand. Flexible docking in addition considers all possible conformations of the protein paired with all possible conformations of the ligand. With present computing resources, it is impossible to exhaustively explore these search spaces; instead, there are many strategies which attempt to sample the search space with optimal efficiency. Most docking programs in use account for a flexible ligand, and several attempt to model a flexible protein receptor. Each "snapshot" of the pair is referred to as a pose. (en)
- 分子モデリングの分野では、ドッキング (docking)とは、ある分子が他の分子に対して安定した複合体 (英語版) で結合したときに、優先的な配向を予測する方法である。タンパク質ドッキングの場合、探索空間はリガンドに対するタンパク質のすべての可能な配向で構成される。加えて、柔軟なドッキングでは、リガンドの可能なすべての立体配座と対になったタンパク質のすべての可能な立体配座を考慮する。 現在の計算機資源では、これらの探索空間を網羅的に探索することは不可能であり、その代わりに、最適な効率で探索空間をサンプリングしようとする多くの戦略がある。現在使用されているほとんどのドッキングプログラムは、柔軟性のあるリガンドを考慮しており、いくつかは柔軟性のあるタンパク質受容体をモデル化しようとしている。ペアの各スナップショットは「ポーズ」と呼ばれる。 (ja)
|
| dbo:wikiPageID
| |
| dbo:wikiPageLength
|
- 8671 (xsd:nonNegativeInteger)
|
| dbo:wikiPageRevisionID
| |
| dbo:wikiPageWikiLink
| |
| dbp:wikiPageUsesTemplate
| |
| dcterms:subject
| |
| gold:hypernym
| |
| rdf:type
| |
| rdfs:comment
|
- 分子モデリングの分野では、ドッキング (docking)とは、ある分子が他の分子に対して安定した複合体 (英語版) で結合したときに、優先的な配向を予測する方法である。タンパク質ドッキングの場合、探索空間はリガンドに対するタンパク質のすべての可能な配向で構成される。加えて、柔軟なドッキングでは、リガンドの可能なすべての立体配座と対になったタンパク質のすべての可能な立体配座を考慮する。 現在の計算機資源では、これらの探索空間を網羅的に探索することは不可能であり、その代わりに、最適な効率で探索空間をサンプリングしようとする多くの戦略がある。現在使用されているほとんどのドッキングプログラムは、柔軟性のあるリガンドを考慮しており、いくつかは柔軟性のあるタンパク質受容体をモデル化しようとしている。ペアの各スナップショットは「ポーズ」と呼ばれる。 (ja)
- In molecular modelling, docking is a method which predicts the preferred orientation of one molecule to another when bound together in a stable complex. In the case of protein docking, the search space consists of all possible orientations of the protein with respect to the ligand. Flexible docking in addition considers all possible conformations of the protein paired with all possible conformations of the ligand. (en)
|
| rdfs:label
|
- ドッキングのための配座空間の探索 (ja)
- Searching the conformational space for docking (en)
|
| owl:sameAs
| |
| prov:wasDerivedFrom
| |
| foaf:isPrimaryTopicOf
| |
| is dbo:wikiPageRedirects
of | |
| is dbo:wikiPageWikiLink
of | |
| is foaf:primaryTopic
of | |
