| dbo:abstract
|
- Una repetició inversa (IR, de l'anglès inverted repeat) és una seqüència de nucleòtids que és el complement invers d'una altra seqüència que es troba riu avall. Per exemple, 5'---GACTGC....GCAGTC---3'. Quan no hi ha nucleòtids entre la seqüència i el seu complement riu avall és anomenat palíndrom. Els inverted repeats defineixen els marges dels transposons. Els inverted repeats també són indicadors de regions capaces d'autoaparellar-se (regions amb una sola seqüència en la que els parells de bases es poden aparellar entre ells). A tall d'exemple:
* original: GACTGC
* complement: CTGACG
* complement invers: GCAGTC (llegit al revés) (ca)
- تسلسل الغرز (بالإنجليزية: insertion sequence) واختصارا (IS) هو تسلسل دنا قصير يتصرف كينقول بسيط. لدى تسلسلات الغرز ميزتان أساسيتان: فهي صغيرة مقارنة بأنواع الينقولات الأخرى (طولها في العادة حوالي 700 إلى 2500 زوج قاعدي) ولا تشفِّـر سوى البروتينات التي لها علاقة بنشاط الانتقال (ومنه فهي مختلفة عن أنواع الينقولات الأخرى التي تحمل معها جينات إضافية مثل جينات مقاومة المضادات الحيوية). البروتينات التي تشفرها هذه التسلسلات في العادة هي: ترانسبوزاز وهو محفز يسمح لتسلسل الغرز بالانتقال، وكذلك بروتين منظم يقوم إما بحث أو تثبيط عملية الانتقال. تُحاط منطقة التشفير على طرفيها في تسلسل الغرز عادة ، على سبيل المثال التسلسل المقلوب المعروف 'IS911' الذي طوله 1250 زوج قاعدي يحوي على طرفيه إعادة مقلوبة طول كل واحدة منهما 69 زوج قاعدي وتحوي منطقته المشفِّرة على جينين متداخلين جزئيا 'orfA' و'orfAB' يشفران الترانسبوزاز (OrfAB) والبروتين المنظِّم (OrfA). يمكن أن تسمى تسلسلات غرز معينة تبعا للهيئة ISn حيث n عبارة عن رقم (مثال IS1 ،IS2 ،IS3 ،IS10 ،IS50 ،IS911 ،IS26 الخ)، لكن ليست هذه هي الطريقة الوحيدة للتسمية. رغم أن تسلسلات الغرز تتعلق بجينومات بدائيات النوى إلا أن بعض تسلسللات دنا حقيقيات النوى التي تنتمي إلى عائلة الينقولات Tc1/mariner يمكن أن تُعتبَر تسلسلات غرز. بالإضافة إلى وجودها مستقلة، يمكن لتسلسلات الغرز أن تظهر كأجزاء من ، يتكون مركب الينقول من سلسلتي غرز جناحيتين، جين إضافي أو أكثر مثل جين مقاومة المضادات الحيوية (كمثال: Tn5، )، في حين يوجد نوع آخر من الينقولات يسمى وحدة ينقولات لا تحمل في أطرافها تسلسلات غرز كمثال Tn7. لا يعتمد مركب الينقول على تسلسلات الغرز الجناحية لأنتاج إنزيم الريزولفاز، الريزولفاز جزء من جينوم المركب ويقص عند الإعادات المقلوبة الجناحية. (ar)
- Insertionssequenzen (Insertionssequenz oder IS-Element) sind kurze, bewegliche DNA-Stücke bei Bakterien, Archaea und einigen Bakteriophagen mit sich gegenläufig wiederholenden Endsequenzen (engl. inverted repeats), welche sich in DNA einfügen können. Insertionssequenzen sind eine Form eigennütziger DNA. (de)
- Insertion element (also known as an IS, an insertion sequence element, or an IS element) is a short DNA sequence that acts as a simple transposable element. Insertion sequences have two major characteristics: they are small relative to other transposable elements (generally around 700 to 2500 bp in length) and only code for proteins implicated in the transposition activity (they are thus different from other transposons, which also carry accessory genes such as antibiotic resistance genes). These proteins are usually the transposase which catalyses the enzymatic reaction allowing the IS to move, and also one regulatory protein which either stimulates or inhibits the transposition activity. The coding region in an insertion sequence is usually flanked by inverted repeats. For example, the well-known IS911 (1250 bp) is flanked by two 36bp inverted repeat extremities and the coding region has two genes partially overlapping orfA and orfAB, coding the transposase (OrfAB) and a regulatory protein (OrfA). A particular insertion sequence may be named according to the form ISn, where n is a number (e.g. IS1, IS2, IS3, IS10, IS50, IS911, IS26 etc.); this is not the only naming scheme used, however. Although insertion sequences are usually discussed in the context of prokaryotic genomes, certain eukaryotic DNA sequences belonging to the family of Tc1/mariner transposable elements may be considered to be, insertion sequences. In addition to occurring autonomously, insertion sequences may also occur as parts of composite transposons; in a composite transposon, two insertion sequences flank one or more accessory genes, such as an antibiotic resistance gene (e.g. Tn10, Tn5). Nevertheless, there exist another sort of transposons, called unit transposons, that do not carry insertion sequences at their extremities (e.g. Tn7). A complex transposon does not rely on flanking insertion sequences for resolvase. The resolvase is part of the tns genome and cuts at flanking inverted repeats. Transposition frequency of IS elements is dependent of multiple parameters, including culture growth phase, medium composition, oxygen tension, growth scale, and structural conformation of target sites (e.g.: curvature, presence of certain motifs, DNA composition).. Recombination between genomic IS sites can enable bacteria to adapt to new environments, making IS elements an important mechanism for evolution in bacteria. (en)
- Una secuencia de inserción (o IS por sus siglas en inglés) es una secuencia de ADN de un transposón. Las secuencias de inserción tienen dos características principales: son pequeñas en relación con otros transposón (generalmente alrededor de 700 a 2500 pb de longitud) y solo codifican proteínas implicadas en la actividad de transposición (por lo tanto, son diferentes de otros transposones, que también llevan genes accesorios como como genes de resistencia a antibióticos). Estas proteínas suelen ser la transposasa que cataliza la reacción enzimática que permite el movimiento del la secuencia de inserción, y también una proteína reguladora que estimula o inhibe la actividad de transposición. La región de codificación en una secuencia de inserción suele estar flanqueada por repeticiones invertidas. Por ejemplo, la conocida secuencia de inserción 911 (1250 pb) está flanqueado por dos extremos repetidos invertidos de 36 pb y la región codificante tiene dos genes que se superponen parcialmente, orfA y orfAB, que codifican la transposasa (OrfAB) y una proteína reguladora (OrfA). Una secuencia de inserción particular puede nombrarse de acuerdo con la forma I, donde n es un número (por ejemplo, IS 1, IS 2, IS 3, IS 10, IS 50, IS 911, IS 26 etc.); sin embargo, este no es el único esquema de nomenclatura utilizado. Aunque las secuencias de inserción se discuten normalmente en el contexto de los genomas procariotas, ciertas secuencias de ADN eucariota que pertenecen a la familia de transposones Tc1/ mariner pueden considerarse secuencias de inserción. Además de ocurrir de forma autónoma, las secuencias de inserción también pueden ocurrir como partes de transposones compuestos; en un transposón compuesto, dos secuencias de inserción flanquean uno o más genes accesorios, como un gen de resistencia a antibióticos (p. ej ., Tn10, Tn5). Sin embargo, existen otro tipo de transposones, llamados transposones unitarios, que no llevan secuencias de inserción en sus extremos (por ejemplo, Tn 7). Un transposón complejo no se basa en secuencias de inserción flanqueantes para la resolvasa. La es parte del genoma tns y corta en las repeticiones invertidas flanqueantes. La frecuencia de transposición de los elementos IS depende de múltiples parámetros, incluida la fase de crecimiento del cultivo, la composición del medio, la tensión de oxígeno, la escala de crecimiento y la conformación estructural de los sitios objetivo (p. ej., curvatura, presencia de ciertos motivos, composición del ADN. (es)
- Une séquence d'insertion, ou IS (pour insertion sequence en anglais), est une courte séquence d'ADN fonctionnant comme un élément transposable simple. Ces séquences sont caractérisées par leur petite taille — généralement de 700 à 2 500 paires de bases — et n'encodent que des protéines impliquées dans les activités de transposition, contrairement aux autres éléments transposables, qui peuvent porter des gènes complémentaires, tels que ceux conférant aux bactéries une résistance aux antibiotiques. Les protéines codées par une séquence d'insertion sont généralement la transposase, qui catalyse le déplacement de cet élément, et une protéine régulatrice, qui stimule ou inhibe la transposition. Les séquences d'insertion sont souvent désignée par un nom de la forme ISn, où n est un entier naturel écrit en italique, bien qu'il existe également d'autres façons de les nommer. Ces séquences concernent avant tout les génomes de procaryotes, cependant certaines séquences d'éléments transposables de la famille Tc1/mariner chez les eucaryotes peuvent également être considérés comme des séquences d'insertion. La région codante d'une séquence d'insertion est généralement encadrée par des répétitions inversées. Ainsi la séquence d'insertion IS911, de 1 250 bp, est encadrée par deux répétitions inversées de 36 bp entre lesquelles se trouvent deux gènes en chevauchement partiel orfA et orfB qui encodent une transposase (OrfAB) et une protéine régulatrice (OrfA). Certaines séquences d'insertion peuvent entrer dans la composition d'un transposon composite, dans lequel elles encadrent un ou plusieurs gènes complémentaires, par exemple des gènes de résistance aux antibiotiques tels que (en) ou la transposase T5 ; ceci n'est cependant pas obligatoire, et il existe également des transposons simples, comme le transposon Tn7, qui ne possèdent pas de séquence d'insertion à leurs extrémités. Par ailleurs, la résolvase des transposons composites ne requiert pas la présence des éléments d'insertion pour fonctionner et est encodée par le transposon lui-même, qu'il clive au niveau des répétitions inversées.
* (en) Structure schématique d'un transposon composite, montrant les séquences d'insertion inversées encadrant les gènes structurels. (fr)
- In genetica dei procarioti, si definiscono sequenze di inserzione (denominate anche sequenze IS, elementi IS o, semplicemente, IS) delle sequenze di DNA capaci di spostarsi autonomamente da un punto all'altro del genoma, fenomeno noto come trasposizione, o più in generale come . Fanno parte degli elementi trasponibili dei procarioti, insieme ai trasposoni, ai quali, funzionalmente, assomigliano. Si differenziano però da questi ultimi per la complessità strutturale. Le sequenze IS sono rinvenute principalmente nei procarioti; alcune sequenze di DNA eucariotico, tuttavia, possono essere considerate delle IS. (it)
- 挿入配列（そうにゅうはいれつ、英: Insertion element、insertion sequence element、IS element）は、単純な転移因子として働く短いDNA配列である。挿入配列は2つの大きな特徴を有する。挿入配列はその他の転移因子（一般的に長さおよそ700から2500 bp）と比較して小さく、転移活性に関わるタンパク質のみをコードしている（したがって挿入配列はその他のトランスポゾンとは異なる。他のトランスポゾンは遺伝子といったアクセサリー遺伝子を持っている）。これらのタンパク質は大抵、ISの移動を許す酵素反応を触媒すると、転移活性を刺激または阻害する一つの制御タンパク質である。挿入配列中のコード領域は大抵に守られている。例えば、よく知られているIS911 (1250 bp) は2つの36bp逆向き反復端によって守られており、コード領域は部分的に重なり合った2つの遺伝子orfAおよびorfAB（トランスポザーゼOrfABおよび制御タンパク質OrfAをそれぞれコードする）を持つ。個別の挿入配列はISn（nは数字）という形式にしたがって命名される（例: IS1、IS2、IS3、IS10、IS50、IS911、IS26など）。しかしながら、これが使用されている唯一の命名体系ではない。挿入配列は大抵原核生物ゲノムとの関連で議論されるものの、Tc1/mariner転移因子のファミリーに属する任意の真核生物DNA配列は挿入配列であると見なすことができる。 自律的に存在することに加えて、挿入配列はの一部としても存在しうる。複合トランスポゾン中で、2つの挿入配列は抗生物質耐性遺伝子（例: 、Tn5）といった1つ以上のアクセサリー遺伝子の側面に位置する。にもかかわらず、端に挿入配列を持たないユニットトランスポゾンと呼ばれる別の種類のトランスポゾンも存在する（例: Tn7）。 複合トランスポゾンはレゾルバーゼのために側面に位置している挿入配列に頼らない。レゾルバーゼはtnsゲノムの一部であり、側面に位置する逆向き反復配列の位置で切断する。 IS因子の転移頻度は、培養物の増殖期や培地組成、酸素圧、増殖スケール、標的部位の構造形態（例えば湾曲、任意のモチーフの存在、DNA組成）を組む複数のパラメータに左右される 。 (ja)
- Инсерционная последовательность (IS, IS-элемент, англ. Insertion sequence) — короткий фрагмент ДНК, простой мобильный генетический элемент. Инсерционные последовательности обладают двумя важными характеристиками — они мало похожи на другие мобильные элементы (около 700—2500 нуклеотидов) и кодируют лишь белки, вовлечённые в процесс транспозиции (в отличие от транспозонов, кодирующих ещё и некоторые вспомогательные гены, например, гены резистентности к антибиотикам). Эти белки обычно представлены транспозазой, которая катализирует ферментативную реакцию, позволяющую IS элементу перемещаться, а также регуляторный белок, который стимулирует или ингибирует активность транспозиции. Кодирующий район в IS элементе обычно фланкирован обращёнными повторами. IS-элементы могут быть частью сложных транспозонов (см. например, Tn10), в которых два IS фланкируют вспомогательные гены (например, гены резистентности к антибиотикам). (ru)
- IS-елементи або інсерційні елементи (від англ. insertion sequences) — короткі ділянки ДНК, що діють як прості мобільні генетичні елементи. IS-елементи мають дві головні характеристики: вони менші за решту типів мобільних генетичних елементів (зазвичай від 700 до 2500 пар основ завдовжки) та кодують лише білки, залучені в процес транспозиції (на відміну від транспозонів, що зазвичай несуть допоміжні гени, корисні для організму-хазяїна, такі як гени резистентності). Цими білками зазвичай є , яка каталізує процес транспозиції даного IS-елементу, і регуряторний білок, що стимулює або інгібує цю активність. По боках кодуючої ділянки IS-елементу зазвичай розташовуються . Наприклад, відомий IS911 (1250 пар основ) обрамлений двома інвертованими повторами 36 пар основ завдовжки, між якими знаходяться гени orfA і orfAB, що майже перекриваються та кодують транспозазу (OrfAB) і регуляторний білок (OrfA). Найчастіше IS-елементи називають у формі ISn, де n — натуральне число (тобто IS1, IS2, IS3, IS10, IS50, IS911 тощо); прое існують і інші схеми найменування. Хоча переважна більшість IS-елементів знайдена в геномах прокаріотів, кілька еукаріотичних послідовностей родини мобільших генетичних елементів Tc1/mariner можуть розглядатися як IS-елементи. IS-елементи можуть траплятися як поодинці, так і у складі композитних (складних) транспозонів; в такому випадку два IS-елементиобрамляють один або більше допоміжніх генів, наприклад генів резистентності (наприклад, , ). Це не є єдиними типом транспозонів, існують і одиничні транспозони, що не містять IS-елементів (наприклад, ). (uk)
|
| rdfs:comment
|
- Insertionssequenzen (Insertionssequenz oder IS-Element) sind kurze, bewegliche DNA-Stücke bei Bakterien, Archaea und einigen Bakteriophagen mit sich gegenläufig wiederholenden Endsequenzen (engl. inverted repeats), welche sich in DNA einfügen können. Insertionssequenzen sind eine Form eigennütziger DNA. (de)
- تسلسل الغرز (بالإنجليزية: insertion sequence) واختصارا (IS) هو تسلسل دنا قصير يتصرف كينقول بسيط. لدى تسلسلات الغرز ميزتان أساسيتان: فهي صغيرة مقارنة بأنواع الينقولات الأخرى (طولها في العادة حوالي 700 إلى 2500 زوج قاعدي) ولا تشفِّـر سوى البروتينات التي لها علاقة بنشاط الانتقال (ومنه فهي مختلفة عن أنواع الينقولات الأخرى التي تحمل معها جينات إضافية مثل جينات مقاومة المضادات الحيوية). البروتينات التي تشفرها هذه التسلسلات في العادة هي: ترانسبوزاز وهو محفز يسمح لتسلسل الغرز بالانتقال، وكذلك بروتين منظم يقوم إما بحث أو تثبيط عملية الانتقال. (ar)
- Una repetició inversa (IR, de l'anglès inverted repeat) és una seqüència de nucleòtids que és el complement invers d'una altra seqüència que es troba riu avall. Per exemple, 5'---GACTGC....GCAGTC---3'. Quan no hi ha nucleòtids entre la seqüència i el seu complement riu avall és anomenat palíndrom. Els inverted repeats defineixen els marges dels transposons. Els inverted repeats també són indicadors de regions capaces d'autoaparellar-se (regions amb una sola seqüència en la que els parells de bases es poden aparellar entre ells). A tall d'exemple: (ca)
- Insertion element (also known as an IS, an insertion sequence element, or an IS element) is a short DNA sequence that acts as a simple transposable element. Insertion sequences have two major characteristics: they are small relative to other transposable elements (generally around 700 to 2500 bp in length) and only code for proteins implicated in the transposition activity (they are thus different from other transposons, which also carry accessory genes such as antibiotic resistance genes). These proteins are usually the transposase which catalyses the enzymatic reaction allowing the IS to move, and also one regulatory protein which either stimulates or inhibits the transposition activity. The coding region in an insertion sequence is usually flanked by inverted repeats. For example, the w (en)
- Una secuencia de inserción (o IS por sus siglas en inglés) es una secuencia de ADN de un transposón. Las secuencias de inserción tienen dos características principales: son pequeñas en relación con otros transposón (generalmente alrededor de 700 a 2500 pb de longitud) y solo codifican proteínas implicadas en la actividad de transposición (por lo tanto, son diferentes de otros transposones, que también llevan genes accesorios como como genes de resistencia a antibióticos). Estas proteínas suelen ser la transposasa que cataliza la reacción enzimática que permite el movimiento del la secuencia de inserción, y también una proteína reguladora que estimula o inhibe la actividad de transposición. La región de codificación en una secuencia de inserción suele estar flanqueada por repeticiones inver (es)
- Une séquence d'insertion, ou IS (pour insertion sequence en anglais), est une courte séquence d'ADN fonctionnant comme un élément transposable simple. Ces séquences sont caractérisées par leur petite taille — généralement de 700 à 2 500 paires de bases — et n'encodent que des protéines impliquées dans les activités de transposition, contrairement aux autres éléments transposables, qui peuvent porter des gènes complémentaires, tels que ceux conférant aux bactéries une résistance aux antibiotiques. Les protéines codées par une séquence d'insertion sont généralement la transposase, qui catalyse le déplacement de cet élément, et une protéine régulatrice, qui stimule ou inhibe la transposition. (fr)
- In genetica dei procarioti, si definiscono sequenze di inserzione (denominate anche sequenze IS, elementi IS o, semplicemente, IS) delle sequenze di DNA capaci di spostarsi autonomamente da un punto all'altro del genoma, fenomeno noto come trasposizione, o più in generale come . Fanno parte degli elementi trasponibili dei procarioti, insieme ai trasposoni, ai quali, funzionalmente, assomigliano. Si differenziano però da questi ultimi per la complessità strutturale. (it)
- 挿入配列（そうにゅうはいれつ、英: Insertion element、insertion sequence element、IS element）は、単純な転移因子として働く短いDNA配列である。挿入配列は2つの大きな特徴を有する。挿入配列はその他の転移因子（一般的に長さおよそ700から2500 bp）と比較して小さく、転移活性に関わるタンパク質のみをコードしている（したがって挿入配列はその他のトランスポゾンとは異なる。他のトランスポゾンは遺伝子といったアクセサリー遺伝子を持っている）。これらのタンパク質は大抵、ISの移動を許す酵素反応を触媒すると、転移活性を刺激または阻害する一つの制御タンパク質である。挿入配列中のコード領域は大抵に守られている。例えば、よく知られているIS911 (1250 bp) は2つの36bp逆向き反復端によって守られており、コード領域は部分的に重なり合った2つの遺伝子orfAおよびorfAB（トランスポザーゼOrfABおよび制御タンパク質OrfAをそれぞれコードする）を持つ。個別の挿入配列はISn（nは数字）という形式にしたがって命名される（例: IS1、IS2、IS3、IS10、IS50、IS911、IS26など）。しかしながら、これが使用されている唯一の命名体系ではない。挿入配列は大抵原核生物ゲノムとの関連で議論されるものの、Tc1/mariner転移因子のファミリーに属する任意の真核生物DNA配列は挿入配列であると見なすことができる。 (ja)
- Инсерционная последовательность (IS, IS-элемент, англ. Insertion sequence) — короткий фрагмент ДНК, простой мобильный генетический элемент. Инсерционные последовательности обладают двумя важными характеристиками — они мало похожи на другие мобильные элементы (около 700—2500 нуклеотидов) и кодируют лишь белки, вовлечённые в процесс транспозиции (в отличие от транспозонов, кодирующих ещё и некоторые вспомогательные гены, например, гены резистентности к антибиотикам). Эти белки обычно представлены транспозазой, которая катализирует ферментативную реакцию, позволяющую IS элементу перемещаться, а также регуляторный белок, который стимулирует или ингибирует активность транспозиции. (ru)
- IS-елементи або інсерційні елементи (від англ. insertion sequences) — короткі ділянки ДНК, що діють як прості мобільні генетичні елементи. IS-елементи мають дві головні характеристики: вони менші за решту типів мобільних генетичних елементів (зазвичай від 700 до 2500 пар основ завдовжки) та кодують лише білки, залучені в процес транспозиції (на відміну від транспозонів, що зазвичай несуть допоміжні гени, корисні для організму-хазяїна, такі як гени резистентності). Цими білками зазвичай є , яка каталізує процес транспозиції даного IS-елементу, і регуряторний білок, що стимулює або інгібує цю активність. По боках кодуючої ділянки IS-елементу зазвичай розташовуються . (uk)
|
