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- formatdb is a discontinued software tool that was used in molecular bioinformatics to format protein or nucleotide databases for BLAST. It has been replaced by and the NCBI "strongly encourage[s]" users to stop using formatdb. formatdb must be used in order to format protein or nucleotide source databases before these databases can be searched by BLAST. The source database may be in either FASTA or ASN.1 format. Although the FASTA format is most often used as input to formatdb, the use of ASN.1 is advantageous for those who are using ASN.1 as the common source for other formats such as the GenBank report. The opposite of operation of formatdb, extracting sequences from a blast formatted database, can be achieved by using the program, which comes in the same package. In the BLAST+ version, formatdb has been succeeded by . (en)
- Formatdb es una herramienta software de bioinformática molecular para formatear bases de datos de proteínas o nucleótidos para que puedan ser utilizadas por BLAST. Según su página man (manual de algunos comandos o aplicaciones Unix), formatdb debe usarse para formatear estas bases de datos antes de que puedan ser analizadas por BLAST. La base de datos fuente debería estar bien en formato FASTA, bien en formato ASN.1. Aunque el formato FASTA es el usado más a menudo como entrada de formatdb, el uso de ASN.1 tiene ventajas para aquellos que lo estén utilizando como fuente común para otros formatos, tales como el informe (report) de GenBank. Según el NCBI, este programa está desactualizado ya que ha sido reemplazado por makeblastdb. (es)
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- Formatdb es una herramienta software de bioinformática molecular para formatear bases de datos de proteínas o nucleótidos para que puedan ser utilizadas por BLAST. Según su página man (manual de algunos comandos o aplicaciones Unix), formatdb debe usarse para formatear estas bases de datos antes de que puedan ser analizadas por BLAST. La base de datos fuente debería estar bien en formato FASTA, bien en formato ASN.1. Aunque el formato FASTA es el usado más a menudo como entrada de formatdb, el uso de ASN.1 tiene ventajas para aquellos que lo estén utilizando como fuente común para otros formatos, tales como el informe (report) de GenBank. (es)
- formatdb is a discontinued software tool that was used in molecular bioinformatics to format protein or nucleotide databases for BLAST. It has been replaced by and the NCBI "strongly encourage[s]" users to stop using formatdb. The opposite of operation of formatdb, extracting sequences from a blast formatted database, can be achieved by using the program, which comes in the same package. In the BLAST+ version, formatdb has been succeeded by . (en)
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- Formatdb (es)
- Formatdb (en)
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