| dbo:abstract
|
- A primer dimer (PD) is a potential by-product in the polymerase chain reaction (PCR), a common biotechnological method. As its name implies, a PD consists of two primer molecules that have attached (hybridized) to each other because of strings of complementary bases in the primers. As a result, the DNA polymerase amplifies the PD, leading to competition for PCR reagents, thus potentially inhibiting amplification of the DNA sequence targeted for PCR amplification. In quantitative PCR, PDs may interfere with accurate quantification. (en)
- Dimeryzacja starterów, parowanie starterów, żargonowo primer-dimer – potoczne określenie używane w biologii molekularnej odnoszące się do samoistnego (spowodowanego całkowitą lub częściową komplementarnością) tworzenia „dimerów” pary starterów w danej reakcji łańcuchowej polimerazy. Parowanie starterów tworzy dwuniciowy produkt (DNA) i tym samym uniemożliwia lub utrudnia poprawne oddziaływanie starterów z matrycowym DNA. Dana para ma tendencję do tworzenia dimerów, gdy startery mają komplementarną sekwencję, i tendencja ta jest tym wyższa, im niższa jest temperatura hybrydyzacji (annealingu) i im dłuższa sekwencja komplementarna. Także użycie matryc TempliPhi podczas sekwencjonowania stosunkowo często powoduje, z nieznanej przyczyny, problem dimeryzacji. Powstawanie dimerów starterów w trakcie łańcuchowej reakcji polimerazy zmniejsza jej wydajność, a także zwiększa liczbę produktów nieswoistych reakcji, gdyż sparowane z sobą startery stają się matrycą dla polimerazy DNA, konkurując w ten sposób z poprawnym matrycowym DNA. W skrajnych wypadkach może to zupełnie uniemożliwić poprawne przeprowadzenie reakcji. Komplikacja wykrywana jest podczas elektroforetycznego rozdzielania produktów reakcji w żelu – uzyskuje się słabo widoczne prążki dla swoistych produktów reakcji (lub nie otrzymuje się ich wcale) i dodatkowo prążek lub prążki dla produktów nieswoistych. Rozwiązać problem może modyfikacja warunków temperaturowych reakcji, jednak czasem należy przeprojektować startery (zmienić ich sekwencję). (pl)
|
| dbo:thumbnail
| |
| dbo:wikiPageExternalLink
| |
| dbo:wikiPageID
| |
| dbo:wikiPageLength
|
- 13582 (xsd:nonNegativeInteger)
|
| dbo:wikiPageRevisionID
| |
| dbo:wikiPageWikiLink
| |
| dbp:wikiPageUsesTemplate
| |
| dcterms:subject
| |
| rdf:type
| |
| rdfs:comment
|
- A primer dimer (PD) is a potential by-product in the polymerase chain reaction (PCR), a common biotechnological method. As its name implies, a PD consists of two primer molecules that have attached (hybridized) to each other because of strings of complementary bases in the primers. As a result, the DNA polymerase amplifies the PD, leading to competition for PCR reagents, thus potentially inhibiting amplification of the DNA sequence targeted for PCR amplification. In quantitative PCR, PDs may interfere with accurate quantification. (en)
- Dimeryzacja starterów, parowanie starterów, żargonowo primer-dimer – potoczne określenie używane w biologii molekularnej odnoszące się do samoistnego (spowodowanego całkowitą lub częściową komplementarnością) tworzenia „dimerów” pary starterów w danej reakcji łańcuchowej polimerazy. Parowanie starterów tworzy dwuniciowy produkt (DNA) i tym samym uniemożliwia lub utrudnia poprawne oddziaływanie starterów z matrycowym DNA. Rozwiązać problem może modyfikacja warunków temperaturowych reakcji, jednak czasem należy przeprojektować startery (zmienić ich sekwencję). (pl)
|
| rdfs:label
|
- Primer dimer (en)
- Dimeryzacja starterów (pl)
|
| owl:sameAs
| |
| prov:wasDerivedFrom
| |
| foaf:depiction
| |
| foaf:isPrimaryTopicOf
| |
| is dbo:wikiPageRedirects
of | |
| is dbo:wikiPageWikiLink
of | |
| is rdfs:seeAlso
of | |
| is foaf:primaryTopic
of | |
