| dbo:abstract
|
- Un fagemidi és una barreja entre un fag filamentós (l'exemple típic són els ) i un plasmidi. compost per un plasmidi al qual se li ha incorporat l'origen de replicació d'un fag filamentós (fags d'àcid desoxiribonucleic (ADN) monocatenari), com ara el fag M13 o F1. D'aquesta manera manté totes les utilitats dels plasmidis però a més té la capacitat de produir ADN monocatenari. L'obtenció d'ADN monobri ha estat molt important per a les tècniques de seqüenciació tot i que actualment es realitzen igualment amb ADN bicatenari. Així les aplicacions de l'ADN monocatenari es concentren actualment en la seva ocupació com ara sondes i en assajos de mutagènesi. Generalment es manegen com plasmidis, podent créixer-los en gran quantitat com a ADN bicatenari. Quan es desitja obtenir ADN monocatenari es coinfecta el cultiu bacterià amb un fag filamentós auxiliar, preferiblement defectiu. La proteïna II del fag reconeix la "regió intergènica" (origen de replicació de fag filamentós) inserida en el plasmidi, talla el bri (+) i la replica en "cercle-rodant". L'ADN monobri es recobreix de proteïnes i surt per extrusió (és un paràsit cel·lular, no un fag lític) de la cèl·lula. L'avantatge que això comporta per a la mutagènesi, rau en el fet que el té capacitat per produir un miler de còpies sense lisar la cèl·lula. En aquest sentit és molt menys agressiu que els fags lambda. D'aquesta manera es pot clonar material genètic amb una elevada eficiència. El problema que tenen per a la seva confecció és que en ser el genoma de l'M13 salvatge tan optimitzat no es pot treure gaire elements o el resultat no serà viable. Així doncs, s'ha modificat una única zona d' que no era imprescindible. S'hi ha posat l' (té el pèptid de la) i cal utilitzar el vector amb una soca que tingui l'altre tros del gen perquè s'hi puguin diferenciar les colònies per color.
* infectades sense l'element d'inserció = blau.
* infectades amb l'element d'inserció = blanc, perquè l'insert trenca el marc de lectura del pèptid α. En el seu cicle hi ha la forma dsDNA (en la replicació) i (en empaquetar). Òbviament només es pot treballar amb la segona forma, ja que la primera no disposa d'enzims de restricció per aplicar-hi. Alguns vectors derivats són l' i l' que tenen afegit un linker amb llocs de clonatge múltiples. La soca a utilitzar ha de ser Pro-F+lacZ'pro+: se li ha tret el gen de la prolina del seu lloc i se l'ha posat en el plasmidi F, donant lloc al plasmidi F'. A més en aquest plasmidi s'hi ha posat el gen lacZ' (el de les β-galactosidasa). Es posa els bacteris en medi màxim (sense Pro) i només creixen les F+ perquè són les que poden sintetitzar Pro. A més, com que tenen el gen lacZ' permetrà un cop feta la infecció, veure quines colònies tenen l'insert i quines no com ja s'ha explicat abans. (ca)
- Faĝemidoj estas hibridaj molekuloj, trajte troviĝanta inter plasmido kaj faĝo. Ili estas dufadenaj DNA-molekuloj cirklaj, kiujn oni povas unufadenigi laŭkondiĉe. Ili posedas replik-originejon, almenaŭ antibiotikan rezistigan genon, tranĉejaron kaj sinsekvon devenantan el la M13-faĝo enhavanta la replikekejon kiu ebligas havigi la unufadenan formon (per kuninfekto per help-faĝo). Ĝenerale, promotoroj rekonitaj de estis enplasmidigitaj dekstre kaj/aŭ maldekstre de la tranĉejaro, por produkti RNA-n per envitra transskribado. Tiu DNA-fragmentoj ĉirkaŭ 4 kb-jn povas envehikliĝi sed foje eblas integri insertaĵon 10 kb-jn grandan. (eo)
- Ein Phagemid bzw. Phasmid ist in der Molekularbiologie ein Plasmid, welches einen Replikationsursprung zur einzelsträngigen Replikation von f1-Phagen trägt. (de)
- Un fagémido, fagómido o fásmido es un tipo de vector de clonación empleado en biotecnología, compuesto por un plásmido al que se le ha incorporado el origen de replicación de un fago filamentoso (fagos de ácido desoxirribonucleico (ADN) monocatenario), tales como el fago M13 o F1. De este modo mantiene todas las utilidades de los plásmidos pero además tiene la capacidad de producir ADN monocatenario. La obtención de ADN monohebra ha sido muy importante para las técnicas de secuenciación aunque en la actualidad se realizan igualmente con ADN bicatenario. Así las aplicaciones del ADN monocatenario se concentran actualmente en su empleo como sondas y en ensayos de mutagénesis. Generalmente se manejan como plásmidos, pudiendo crecerlos en gran cantidad como ADN bicatenario. Cuando se desea obtener ADN monocatenario se coinfecta el cultivo bacteriano con un fago filamentoso auxiliar, preferiblemente defectivo. La proteína II del fago reconoce la "región intergénica" (origen de replicación de fago filamentoso) insertada en el plásmido, corta la hebra (+) y la replica en "círculo-rodante". El ADN monohebra se recubre de proteínas y sale por extrusión (es un parásito celular, no un fago lítico) de la célula. (es)
- A phagemid or phasmid is a DNA-based cloning vector, which has both bacteriophage and plasmid properties. These vectors carry, in addition to the origin of plasmid replication, an origin of replication derived from bacteriophage. Unlike commonly used plasmids, phagemid vectors differ by having the ability to be packaged into the capsid of a bacteriophage, due to their having a genetic sequence that signals for packaging. Phagemids are used in a variety of biotechnology applications; for example, they can be used in a molecular biology technique called "Phage Display". (en)
- Fagmid jest typem wektora wykorzystywanego w klonowaniu odkryty jako połączenie helper faga M13 i plazmidu do produkcji mniejszej wersji wirusa. Przykładem jest PRS314 o wielkości 4.78 kb. (pl)
- Fagomídeos são vetores de clonagem constituídos por DNA, os quais apresentam propriedades tanto de bacteriófago quanto de plasmídeo. Este vetores carregam, além da origem de replicação plasmidial, uma origem de replicação derivada de bacteriófago. Diferem de plasmídeos comuns por terem a capacidade de serem empacotados em capsídeos de fagos, em função de possuírem também uma sequência gênica de sinalização para empacotamento. Fagomídeos são utilizados em uma técnica de biologia molecular chamada "Phage Display". (pt)
- Фазмиды (от греч. φάγος — пожирающий и англ. plasmid, от греч. πλάσμα — нечто образованное, сформированное) — молекулярные векторы, являющиеся искусственными гибридами между фагом и плазмидой. Фазмиды после встройки чужеродной ДНК могут в одних условиях развиваться как фаги, а в других как плазмиды. Фазмида представляют собой плазмиду, которая содержит точку начала репликации f1 из . Она может быть использована для клонирования вектора в комбинации с . Фазмида может реплицироваться как плазмида, а также может быть упакована в виде одноцепочечной ДНК в вирусные частицы. Фазмиды содержат для двухцепочечной репликации, а также f1 Ori для включения одноцепочечной репликации и упаковки в фаговые частицы. Многие часто используемые плазмиды содержат f1 Ori и, таким образом являются фазмидами. Подобно плазмидам их используют для клонирования фрагментов ДНК при помощи таких методов как трансформация и электропорация. Тем не менее инфекция бактериального хозяина, содержащей фазмиду с фагом-помощником, например VCSM13 или М13К07, который обеспечивает необходимые вирусные компоненты для того, чтобы одноцепочечной ДНК (оцДНК) — реплицировалась и упаковывалась в фаговые частицы. Фаг-помощник инфицирует бактерию, сначала прикрепляясь её пилям, а затем, после присоединения, транспортирует свой геном в цитоплазму клетки-хозяина. Внутри клетки геном фага инициирует выработку фазмидной одноцепочечной ДНК в цитоплазме. Эта фазмидная ДНК затем упаковывают в фаговые частицы. Фаговые частицы, содержащие оцДНК, высвобождаются из бактериальной клетки во внеклеточную среду. Нитевидные фаги тормозят рост бактерий, но, в отличие от фага λ и обычно не вызывают лизис. Фаги-помощники, как правило, разработаны таким образом, что упаковка ДНК в них идёт менее эффективно (за счёт дефектного сайта начала репликации), чем упаковка фазмид так, чтобы полученные фаговые частицы содержат преимущественно фазмидную ДНК. Инфекция нитевидного фага F1 требует наличие пилей, таким образом, для получения фаговых частиц могут быть использованы только бактериальные хозяева, содержащие F-плазмиду или её производные. До разработки циклического секвенирования фазмиды использовались для получения одноцепочечной ДНК-матрицы. Сегодня фазмиды по-прежнему используются для создания шаблонов для сайт-специфичного мутагенеза. Детальная характеристика жизненного цикла нитевидного фага и структурные особенности привели к развитию технологии фагового дисплея, в которой ряд пептидов и белков можно экспрессировать в виде слитых белков оболочки фага на поверхности вирусной частицы. Экспрессируемые пептиды и полипептиды, встроены в соответствующую кодирующую область ДНК в фага и поэтому этот метод пригоден для изучения белок-белковых взаимодействий и других комбинаций лиганд/рецепторов. (ru)
- Фазмі́ди (англ. Phagmides) — генетичні вектори, створені на базі ДНК з вставленою з бактеріальних плазмід. Також це облігатні внутрішньоклітинні мутуалісти та коменсали бактерій, які являють собою одноланцюгові кільцеві ДНК плазміди. Фазміди асоційовані із багатьма бактеріофагами, з якими гібридизуються. Вони здатні вмонтовуватись у геном бактерії-, реплікуватися разом з ним, захоплювати його окремі гени і запаковуватись у капсид бактеріофагів, з якими передаються до інших бактерій. (uk)
|
| rdfs:comment
|
- Ein Phagemid bzw. Phasmid ist in der Molekularbiologie ein Plasmid, welches einen Replikationsursprung zur einzelsträngigen Replikation von f1-Phagen trägt. (de)
- A phagemid or phasmid is a DNA-based cloning vector, which has both bacteriophage and plasmid properties. These vectors carry, in addition to the origin of plasmid replication, an origin of replication derived from bacteriophage. Unlike commonly used plasmids, phagemid vectors differ by having the ability to be packaged into the capsid of a bacteriophage, due to their having a genetic sequence that signals for packaging. Phagemids are used in a variety of biotechnology applications; for example, they can be used in a molecular biology technique called "Phage Display". (en)
- Fagmid jest typem wektora wykorzystywanego w klonowaniu odkryty jako połączenie helper faga M13 i plazmidu do produkcji mniejszej wersji wirusa. Przykładem jest PRS314 o wielkości 4.78 kb. (pl)
- Fagomídeos são vetores de clonagem constituídos por DNA, os quais apresentam propriedades tanto de bacteriófago quanto de plasmídeo. Este vetores carregam, além da origem de replicação plasmidial, uma origem de replicação derivada de bacteriófago. Diferem de plasmídeos comuns por terem a capacidade de serem empacotados em capsídeos de fagos, em função de possuírem também uma sequência gênica de sinalização para empacotamento. Fagomídeos são utilizados em uma técnica de biologia molecular chamada "Phage Display". (pt)
- Фазмі́ди (англ. Phagmides) — генетичні вектори, створені на базі ДНК з вставленою з бактеріальних плазмід. Також це облігатні внутрішньоклітинні мутуалісти та коменсали бактерій, які являють собою одноланцюгові кільцеві ДНК плазміди. Фазміди асоційовані із багатьма бактеріофагами, з якими гібридизуються. Вони здатні вмонтовуватись у геном бактерії-, реплікуватися разом з ним, захоплювати його окремі гени і запаковуватись у капсид бактеріофагів, з якими передаються до інших бактерій. (uk)
- Un fagemidi és una barreja entre un fag filamentós (l'exemple típic són els ) i un plasmidi. compost per un plasmidi al qual se li ha incorporat l'origen de replicació d'un fag filamentós (fags d'àcid desoxiribonucleic (ADN) monocatenari), com ara el fag M13 o F1. D'aquesta manera manté totes les utilitats dels plasmidis però a més té la capacitat de produir ADN monocatenari. El problema que tenen per a la seva confecció és que en ser el genoma de l'M13 salvatge tan optimitzat no es pot treure gaire elements o el resultat no serà viable. (ca)
- Faĝemidoj estas hibridaj molekuloj, trajte troviĝanta inter plasmido kaj faĝo. Ili estas dufadenaj DNA-molekuloj cirklaj, kiujn oni povas unufadenigi laŭkondiĉe. Ili posedas replik-originejon, almenaŭ antibiotikan rezistigan genon, tranĉejaron kaj sinsekvon devenantan el la M13-faĝo enhavanta la replikekejon kiu ebligas havigi la unufadenan formon (per kuninfekto per help-faĝo). Ĝenerale, promotoroj rekonitaj de estis enplasmidigitaj dekstre kaj/aŭ maldekstre de la tranĉejaro, por produkti RNA-n per envitra transskribado. (eo)
- Un fagémido, fagómido o fásmido es un tipo de vector de clonación empleado en biotecnología, compuesto por un plásmido al que se le ha incorporado el origen de replicación de un fago filamentoso (fagos de ácido desoxirribonucleico (ADN) monocatenario), tales como el fago M13 o F1. De este modo mantiene todas las utilidades de los plásmidos pero además tiene la capacidad de producir ADN monocatenario. (es)
- Фазмиды (от греч. φάγος — пожирающий и англ. plasmid, от греч. πλάσμα — нечто образованное, сформированное) — молекулярные векторы, являющиеся искусственными гибридами между фагом и плазмидой. Фазмиды после встройки чужеродной ДНК могут в одних условиях развиваться как фаги, а в других как плазмиды. (ru)
|
