| dbo:abstract
|
- مُسلسِل الحمض النووي هو أداة علمية تُستخدم لأتمتة عملية تسلسل الحمض النووي، فعند أخذ عينة من الحمض النووي يعمل مسلسل الحمض النووي لتحديد ترتيب القواعد النووية الأربعة: الغوانين، السيتوزين، الأدينين والثايمين، ثم يُعبر عن هذه القراءة بسلسلة نصية مكتوبة، يمكن كذلك اعتبار بعض متواليات الحمض النووي أدوات بصرية لأنها تحلل الإشارات الضوئية الناشئة عن الفلوروكرومات المرتبطة بالنيوكليوتيدات التي تدخل في تركيبها. قدم ليود سميث أول مسلسل آلي للحمض النووي الآلي في عام 1987. استُخدمت طريقة سانغر لعملية التسلسل، وهي تقنية شكلت أساس الجيل الأول من مسلسلات الحمض النووي، وساهمت في إكمال مشروع الجينوم البشري في عام 2001. يعتبر الجيل الأول من أجهزة تسلسل الحمض النووي أنظمة فصل كهربائي آلية تكشف عن هجرة أجزاء الحمض النووي الموسومة، ولذلك يمكن استخدامها في التنميط الجيني للواسمات الجينية عندما يلزم تحديد طول جزء أو أجزاء الحمض النووي فقط. حفز مشروع الجينوم البشري تطوير تقنيات أرخص وأكثر إنتاجية ودقة تُعرف باسم مسلسلات الجيل التالي للجينوم البشري. زادت مسلسلات الجيل التالي من معدل تسلسل الحمض النووي بشكل كبير، مقارنة بطريقة سانغر القديمة، إذ يمكن تحضير عينات الحمض النووي تلقائيًا في أقل من 90 دقيقة، ويمكن ترتيب تسلسل الجينوم البشري في غضون أيام فقط. ظهرت حديثًا مسلسلات الحمض النووي من الجيل الثالث مثل سمارت وأكسفورد نانوبور، ويمكن لهذه المسلسلات قياس إضافة النيوكليوتيدات إلى جزيئات الحمض النووي في نفس الوقت. توجد العديد من القيود التي تحد من إمكانيات مسلسلات الحمض النووي، وهذا ما يجعل القراءات التي تقوم بها قصيرة مقارنة بطول الجينوم، ولذلك يجب تجميع هذه القراءات معًا. قد تحتوي البيانات أيضًا على أخطاء ناجمة عن القيود في تقنية تسلسل الحمض النووي أو بسبب أخطاء أثناء تضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل. يستخدم مصنعو مسلسل الحمض النووي عددًا من الطرق المختلفة لاكتشاف قواعد الحمض النووي الموجودة، ويكون للبروتوكولات المطبقة في منصات التسلسل المختلفة تأثير في البيانات النهائية التي أنشأت، ولذلك تكون مقارنة جودة البيانات والتكلفة عبر التقنيات المختلفة مهمة صعبة للغاية. يوفر كل مُصنع طرقه الخاصة للإبلاغ عن أخطاء التسلسل والنتائج النهائية، ومع ذلك لا يمكن دائمًا مقارنة الأخطاء والنتائج بين الأنظمة الأساسية المختلفة بشكل مباشر، نظرًا لأن هذه الأنظمة تعتمد على أساليب مختلفة لتسلسل الحمض النووي، ولذلك يعتمد اختيار أفضل مسلسل للحمض النووي على الأهداف المتوقعة للتجربة والنتائج المتاحة. (ar)
- A DNA sequencer is a scientific instrument used to automate the DNA sequencing process. Given a sample of DNA, a DNA sequencer is used to determine the order of the four bases: G (guanine), C (cytosine), A (adenine) and T (thymine). This is then reported as a text string, called a read. Some DNA sequencers can be also considered optical instruments as they analyze light signals originating from fluorochromes attached to nucleotides. The first automated DNA sequencer, invented by Lloyd M. Smith, was introduced by Applied Biosystems in 1987. It used the Sanger sequencing method, a technology which formed the basis of the "first generation" of DNA sequencers and enabled the completion of the human genome project in 2001. This first generation of DNA sequencers are essentially automated electrophoresis systems that detect the migration of labelled DNA fragments. Therefore, these sequencers can also be used in the genotyping of genetic markers where only the length of a DNA fragment(s) needs to be determined (e.g. microsatellites, AFLPs). The Human Genome Project spurred the development of cheaper, high throughput and more accurate platforms known as Next Generation Sequencers (NGS) to sequence the human genome. These include the 454, SOLiD and Illumina DNA sequencing platforms. Next generation sequencing machines have increased the rate of DNA sequencing substantially, as compared with the previous Sanger methods. DNA samples can be prepared automatically in as little as 90 mins, while a human genome can be sequenced at 15 times coverage in a matter of days. More recent, third-generation DNA sequencers such as PacBio SMRT and Oxford Nanopore measure the addition of nucleotides to a single DNA molecule in real time. Both technologies offer the possibility of sequencing long molecules, compared to short-read technologies such as Illumina SBS or MGI Tech's DNBSEQ. Because of limitations in DNA sequencer technology, the reads of many of these technologies are short, compared to the length of a genome therefore the reads must be assembled into longer contigs. The data may also contain errors, caused by limitations in the DNA sequencing technique or by errors during PCR amplification. DNA sequencer manufacturers use a number of different methods to detect which DNA bases are present. The specific protocols applied in different sequencing platforms have an impact in the final data that is generated. Therefore, comparing data quality and cost across different technologies can be a daunting task. Each manufacturer provides their own ways to inform sequencing errors and scores. However, errors and scores between different platforms cannot always be compared directly. Since these systems rely on different DNA sequencing approaches, choosing the best DNA sequencer and method will typically depend on the experiment objectives and available budget. (en)
- (DNA)-Sequenzierautomaten, auch DNA-Sequenziergeräte, DNA-Sequenzierer oder DNA-Sequenzer, sind Laborgeräte zur automatischen Auswertung von DNA-Sequenzierungen. Sequenzierautomaten übernehmen dabei entweder die Auftrennung und Analyse der bei der Didesoxymethode nach Sanger entstehenden Fragmente oder die vollständige Durchführung von Next-Generation-Sequencing-Verfahren. (de)
- Un séquenceur d'ADN est un appareil conçu pour effectuer le séquençage de l'ADN de manière automatique. Un séquenceur détermine l'ordre des bases nucléiques d'un échantillon d'ADN et le présente, après traitement, sous forme d'une suite de lettres appelée read ou lecture où chaque lettre représente un nucléotide. En augmentant la productivité des agents humains, ces appareils rendent possibles les grands projets de séquençage tels ceux qui visent à déchiffrer des génomes entiers. Certains séquenceurs dont le fonctionnement s'appuie sur l'analyse des signaux lumineux émis par des fluorochromes fixés aux nucléotides peuvent être considérés comme des appareils optiques. Le principe de la réaction de séquençage utilisée dans ces appareils est dérivé de celui de la méthode de Sanger. Il se fonde toujours sur l'utilisation de didésoxyribonucléotides (dd-NTP), mais optimisée par l'utilisation de marqueurs fluorescents à la place de marqueurs radioactifs. Les séquenceurs les plus performants sont capables de lire jusqu'à 384 échantillons marqués à la fluorescence d'un coup (run) et réaliser jusqu'à 24 runs en une journée. Ces instruments n'effectuent que la séparation des brins et la lecture des pics ; les réactions de séquençage, la purification et la resuspension dans un tampon approprié doivent se faire séparément, le plus souvent à la main. L'amplitude du signal de fluorescence est liée au nombre de brins d'ADN présents dans le mélange réactionnel. Si la quantité initiale d'ADN est petite, le signal sera faible. Cependant, les propriétés de la PCR permettent d'augmenter le signal en augmentant le nombre de cycles dans le programme de la PCR. (fr)
- Секвенсор ДНК (секвенатор) — научный прибор или устройство, с помощью которого выполняется автоматизированное определение последовательности нуклеотидов в цепи ДНК — секвенирования. В секвенатор загружается образец ДНК, результатом его работы является набор последовательностей оснований аденина, тимина, гуанина, цитозина, обычно сохраняемых как текстовые строки с буквами A, T, G, C (так называемые «риды»). Первые автоматизированные секвенаторы были представлены Applied Biosystems в 1987 и использовали метод Сэнгера. Этот метод лежит в основе секвенаторов первого поколения. С его помощью был завершен проект «Геном человека» в 2001 году (полное чтение генома человека). Установки первого поколения представляли собой автоматизацию электрофорезных систем, которые определяли миграцию меченых фрагментов ДНК в геле, разделяя их по массе (длине). Проект «Геном человека» породил развитие более дешёвых высокопроизводительных точных систем секвенирования, получивших название Next Generation Sequencers (NGS, секвенсор следующего поколения). Среди таких систем: 454, SOLiD, Illumina DNA. Такие секвенсоры на порядки ускорили процесс чтения ДНК-кодов по сравнению с более ранним методом Сэнгера. Подготовка образцов ДНК для таких установок автоматизирована и занимает порядка полутора часов. На 15-кратное чтение генома размером с человеческий уходит лишь несколько дней. Более новые секвенсоры относятся к третьему поколению (например, SMRT и Oxford Nanopore) и работают путем измерения в реальном времени индивидуальных нуклеотидов одиночных молекул ДНК (при добавлении нуклеотидов либо при протаскивании цепочки через нанопоровую белковую структуру). Современные[когда?] секвенсоры[какие?] имеют оптические системы, с помощью которых фиксируются сигналы — красители-терминаторы (англ. dye-terminators) — флюорохромов, имеющих различную длину волны и соответственно цвет, присоединяются к определённому нуклеотиду в ДНК (зеленый — аденин, красный — тимин, черный — гуанин, синий — цитозин). (ru)
- Секвена́тор ДНК (іноді сиквенатор) — це пристрій, за допомогою якого виконується автоматизоване визначення послідовності нуклеотидів в ланцюгу ДНК — секвенування. Сучасні секвенатори мають оптичні системи, за допомогою яких фіксуються сигнали — барвників-термінаторів (англ. dye-terminators) — , що мають різну довжину хвилі та відповідно колір, приєднуються до певного нуклеотиду в ДНК (зелений — аденін, червоний — тимін, чорний — гуанін, синій — цитозин). (uk)
|
| rdfs:comment
|
- (DNA)-Sequenzierautomaten, auch DNA-Sequenziergeräte, DNA-Sequenzierer oder DNA-Sequenzer, sind Laborgeräte zur automatischen Auswertung von DNA-Sequenzierungen. Sequenzierautomaten übernehmen dabei entweder die Auftrennung und Analyse der bei der Didesoxymethode nach Sanger entstehenden Fragmente oder die vollständige Durchführung von Next-Generation-Sequencing-Verfahren. (de)
- Секвена́тор ДНК (іноді сиквенатор) — це пристрій, за допомогою якого виконується автоматизоване визначення послідовності нуклеотидів в ланцюгу ДНК — секвенування. Сучасні секвенатори мають оптичні системи, за допомогою яких фіксуються сигнали — барвників-термінаторів (англ. dye-terminators) — , що мають різну довжину хвилі та відповідно колір, приєднуються до певного нуклеотиду в ДНК (зелений — аденін, червоний — тимін, чорний — гуанін, синій — цитозин). (uk)
- مُسلسِل الحمض النووي هو أداة علمية تُستخدم لأتمتة عملية تسلسل الحمض النووي، فعند أخذ عينة من الحمض النووي يعمل مسلسل الحمض النووي لتحديد ترتيب القواعد النووية الأربعة: الغوانين، السيتوزين، الأدينين والثايمين، ثم يُعبر عن هذه القراءة بسلسلة نصية مكتوبة، يمكن كذلك اعتبار بعض متواليات الحمض النووي أدوات بصرية لأنها تحلل الإشارات الضوئية الناشئة عن الفلوروكرومات المرتبطة بالنيوكليوتيدات التي تدخل في تركيبها. (ar)
- A DNA sequencer is a scientific instrument used to automate the DNA sequencing process. Given a sample of DNA, a DNA sequencer is used to determine the order of the four bases: G (guanine), C (cytosine), A (adenine) and T (thymine). This is then reported as a text string, called a read. Some DNA sequencers can be also considered optical instruments as they analyze light signals originating from fluorochromes attached to nucleotides. (en)
- Un séquenceur d'ADN est un appareil conçu pour effectuer le séquençage de l'ADN de manière automatique. Un séquenceur détermine l'ordre des bases nucléiques d'un échantillon d'ADN et le présente, après traitement, sous forme d'une suite de lettres appelée read ou lecture où chaque lettre représente un nucléotide. En augmentant la productivité des agents humains, ces appareils rendent possibles les grands projets de séquençage tels ceux qui visent à déchiffrer des génomes entiers. Certains séquenceurs dont le fonctionnement s'appuie sur l'analyse des signaux lumineux émis par des fluorochromes fixés aux nucléotides peuvent être considérés comme des appareils optiques. (fr)
- Секвенсор ДНК (секвенатор) — научный прибор или устройство, с помощью которого выполняется автоматизированное определение последовательности нуклеотидов в цепи ДНК — секвенирования. В секвенатор загружается образец ДНК, результатом его работы является набор последовательностей оснований аденина, тимина, гуанина, цитозина, обычно сохраняемых как текстовые строки с буквами A, T, G, C (так называемые «риды»). (ru)
|
