| dbo:abstract
|
- Chromatin Interaction Analysis by Paired-End Tag Sequencing (ChIA-PET or ChIA-PETS) is a technique that incorporates chromatin immunoprecipitation (ChIP)-based enrichment, , Paired-End Tags, and High-throughput sequencing to determine de novo long-range chromatin interactions genome-wide. Genes can be regulated by regions far from the promoter such as regulatory elements, insulators and boundary elements, and transcription-factor binding sites (TFBS). Uncovering the interplay between regulatory regions and gene coding regions is essential for understanding the mechanisms governing gene regulation in health and disease (Maston et al., 2006). ChIA-PET can be used to identify unique, functional chromatin interactions between distal and proximal regulatory transcription-factor binding sites and the promoters of the genes they interact with. ChIA-PET can also be used to unravel the mechanisms of genome control during processes such as cell differentiation, proliferation, and development. By creating ChIA-PET interactome maps for DNA-binding regulatory proteins and promoter regions, we can better identify unique targets for therapeutic intervention (Fullwood & Yijun, 2009). (en)
- ChIA-PET法（英: Chromatin Interaction Analysis by Paired-End Tag Sequencing、ペアエンドタグの配列解析によるクロマチン相互作用解析）は、クロマチン免疫沈降 (ChIP)を元にした濃縮、 (訳語未定), (ペアエンドタグ), および (DNAシークエンシングおよび遺伝子参照) の組み合わせによって、染色体に含まれるDNA塩基配列の相互作用を全染色体にわたって決定するために開発された手法(Fullwood & Yijun, 2009)である。 遺伝子は、プロモーターなどの制御領域、インシュレーターなどの境界領域や転写因子結合領域(TFBS)など離れた領域からの制御も受けるばあいもある。制御領域と遺伝子本体の領域の動的相互作用を明らかにすることには、医学などの立場からみると遺伝子の働きの制御の本質的に重要な部分を理解する事になるという重要性がある(Maston et al., 2006)(訳注: 原文は、"Uncovering the interplay between regulatory regions and gene coding regions is essential for understanding the mechanisms governing gene regulation in health and disease")。 ChIA-PETは、染色体上での近接遠隔を問わない、TFBSやプロモーターと遺伝子本体の、他の手法では出来ない機能的な相互作用の同定が可能である。 ChIA-PETはまた、細胞の(分化), (細胞分裂), and 胚発生などの過程で働いている機構を明らかにする場合にも用いる事ができる。DNA結合性転写因子タンパクやプロモーター領域に対してChIA-PET マップを作成する事で、治療介入(therapeutic intervention)においてより良い標的を見つける事が可能である(Fullwood & Yijun, 2009)。 (ja)
- Chromatin Interaction Analysis by Paired-End Tag Sequencing (ChIA-PET) — молекулярно-биологический метод, позволяющий определять взаимодействия (пространственную близость) участков хроматина, расположенных на значительном удалении друг от друга в геноме. Такие взаимодействия представляют интерес для определения регуляторных элементов. Регуляторные элементы в клетках могут находиться на значительном расстоянии от промотора регулируемого гена (например, цис-регуляторные элементы, транс-регуляторные элементы, инсуляторы, энхансеры). Для понимания механизмов таких взаимодействий необходимо знать пространственное расположение участков хроматина друг относительно друга, что этот метод и позволяет определить de novo. В свою очередь, полученная информация важна для понимания механизмов регуляции экспрессии генов. ChIA-PET основан на применении ChIР, 3С (Определение конформации хромосом) и секвенировании спаренных концов(англ. Paired-end tag), для чего используется высокопроизводительное секвенирование и дальнейшая компьютерная обработка результатов. (ru)
|
| rdfs:comment
|
- Chromatin Interaction Analysis by Paired-End Tag Sequencing (ChIA-PET or ChIA-PETS) is a technique that incorporates chromatin immunoprecipitation (ChIP)-based enrichment, , Paired-End Tags, and High-throughput sequencing to determine de novo long-range chromatin interactions genome-wide. (en)
- ChIA-PET法（英: Chromatin Interaction Analysis by Paired-End Tag Sequencing、ペアエンドタグの配列解析によるクロマチン相互作用解析）は、クロマチン免疫沈降 (ChIP)を元にした濃縮、 (訳語未定), (ペアエンドタグ), および (DNAシークエンシングおよび遺伝子参照) の組み合わせによって、染色体に含まれるDNA塩基配列の相互作用を全染色体にわたって決定するために開発された手法(Fullwood & Yijun, 2009)である。 遺伝子は、プロモーターなどの制御領域、インシュレーターなどの境界領域や転写因子結合領域(TFBS)など離れた領域からの制御も受けるばあいもある。制御領域と遺伝子本体の領域の動的相互作用を明らかにすることには、医学などの立場からみると遺伝子の働きの制御の本質的に重要な部分を理解する事になるという重要性がある(Maston et al., 2006)(訳注: 原文は、"Uncovering the interplay between regulatory regions and gene coding regions is essential for understanding the mechanisms governing gene regulation in health and disease")。 ChIA-PETは、染色体上での近接遠隔を問わない、TFBSやプロモーターと遺伝子本体の、他の手法では出来ない機能的な相互作用の同定が可能である。 (ja)
- Chromatin Interaction Analysis by Paired-End Tag Sequencing (ChIA-PET) — молекулярно-биологический метод, позволяющий определять взаимодействия (пространственную близость) участков хроматина, расположенных на значительном удалении друг от друга в геноме. Такие взаимодействия представляют интерес для определения регуляторных элементов. Регуляторные элементы в клетках могут находиться на значительном расстоянии от промотора регулируемого гена (например, цис-регуляторные элементы, транс-регуляторные элементы, инсуляторы, энхансеры). Для понимания механизмов таких взаимодействий необходимо знать пространственное расположение участков хроматина друг относительно друга, что этот метод и позволяет определить de novo. В свою очередь, полученная информация важна для понимания механизмов регуляции э (ru)
|
