| dbo:abstract
|
- إنزيم BamHI (من باسيلوس أميلولي) (Bacillus amyloli) هو أحد أنواع النوكلِياز الداخِلِيَّة المقيدة من النوع الثاني، لها القدرة على تمييز التسلسلات القصيرة (6 b.p.) من الحمض النووي وتحديدًا شقهم لموقع الهدف. يركز هذا العرض على علاقات الوظيفة البنيوية لإنزيم BamHI كما وصفه نيومان (Newman) وآخرون. (1995). يلتزم BamHI بتمييز التسلسل '5-GGATCC-3' واختراق هذه التسلسلات فقط بعد الغوانين 5 في كل جديلة. تنتج هذه الانقسام عن «نهايات مثبتة» بطول 4 b.p.. في نموذجها غير المقيد، تعرض BamHI الورقة الوسطى بي المستقرة بين اللوالب. BamHI جزيء فريد من نوعه للغاية حيث أنه يخضع لسلسلة من التغيرات المتعلقة بتكوين الجزيء غير التقليدية عند تمييز الحمض النووي. يسمح ذلك للحمض النووي بالحفاظ على تكوينه الطبيعي B-DNA دون تشويه لتسهيل ربط الإنزيم. BamHI مركب مزدوج متماثل. يكون الحمض النووي مقيدًا في الشق الكبير الموجود بين المركبات المزدوجة؛ يُقيد الإنزيم بطريقة «كروس» تخصص كل وحدة فرعية لإنزيم BamHI غالبية اتصالاتها بالعمود الفقري بالفوسفات لموقع نصف الحمض النووي ولكن تتم اتصالات قاعدة الاقتران بين كل وحدة فرعية لإنزيم BamHI والقواعد النيتروجينية في الأخدود الرئيسي لموقع نصف الحمض النووي. يلتزم البروتين بالقواعد عن طريق الروابط الهيدروجينية المباشرة أو الروابط الهيدروجينية بين البروتين وكل مجموعة مانحة أو قابلة للرابطة الهيدروجينية في الأخدود العظيم. تتكون اتصالات الأخدود العظيم عن طريق الذرات المستقلة في النهاية الأمينية لحزمة الحلزون 4. تمثل هذه الحزمة واجهة المركب المزدوج BamHI، ومن المعتقد أن العزم ثنائي الأقطاب لذرات NH2-الطرفية في هذه الحزمة قد يساهم في تحقيق الثبات الكهروإستاتيكي. مواقع التمييز بين BamHI والحمض النووي الدنا يتميز إنزيم BamHI بالقدرة على تكوين أعداد كبيرة من مناطق التلامس مع الحمض النووي. يساعد الربط الهيدروجيني بواسطة الماء بجانب تفاعلات السلسلة الرئيسية والسلسلة الجانبية في ربط سلسلة تمييز BamHI. في الأخدود الرئيسي، تحدث غالبية اتصالات الإنزيم أو الحمض النووي في النهاية الأمينية لتوازي حزمة الحلزون 4 وتتكون من a4 وa6 من كل وحدة فرعية. على الرغم من أن a 6 من كل وحدة فرعية لا تدخل الأخدود الرئيسي للحمض النووي، لذا تتفاعل حلقاتها السابقة مع النهايات الخارجية لموقع التمييز. على النقيض من ذلك، لا تدخل a 4 من كل وحدة فرعية الأخدود الرئيسي في مركز تسلسل التمييز. وتتكون من إجمالي 18 رابطًا بين الإنزيم والحمض النووي عبر سلسلة تمييز قاعدة الاقتران 6 (12 مباشرة و6 روابط بواسطة الماء). وعلى النحو المبين بالأعلى، تربط الوحدات الفرعية L وR بواسطة طرق متعددة، حيث تحتك الوحدة الفرعية R لإنزيم BamHI بموقع نصف الحمض النووي الأيمن لسلسلة التمييز. يعد ربط كل وحدة BamHI مماثلًا تمامًا لشريكها المتناظر. يحتوي موقع التمييز لإنزيم BamHI على تسلسل متناوب يمكن تخفيضه للنصف لتيسير إظهار الروابط. بنهاية عام 2010، كان هناك 5 بنى كريستالية لإنزيم BamH1 في بنك بيانات البروتين (ar)
- BamHI (pronounced "Bam H one") (from Bacillus amyloliquefaciens) is a type II restriction endonuclease, having the capacity for recognizing short sequences (6 bp) of DNA and specifically cleaving them at a target site. This exhibit focuses on the structure-function relations of BamHI as described by Newman, et al. (1995). BamHI binds at the recognition sequence 5'-GGATCC-3', and cleaves these sequences just after the 5'-guanine on each strand. This cleavage results in sticky ends which are 4 bp long. In its unbound form, BamHI displays a central b sheet, which resides in between α-helices. BamHI undergoes a series of unconventional conformational changes upon DNA recognition. This allows the DNA to maintain its normal B-DNA conformation without distorting to facilitate enzyme binding. BamHI is a symmetric dimer. DNA is bound in a large cleft that is formed between dimers; the enzyme binds in a "crossover" manner. Each BamHI subunit makes the majority of its backbone contacts with the phosphates of a DNA half site but base pair contacts are made between each BamHI subunit and nitrogenous bases in the major groove of the opposite DNA half site. The protein binds the bases through either direct hydrogen bonds or water-mediated H-bonds between the protein and every H-bond donor/acceptor group in the major groove. Major groove contacts are formed by atoms residing on the amino-terminus of a parallel 4 helix bundle. This bundle marks the BamHI dimer interface, and it is thought that the dipole moments of the NH2-terminal atoms on this bundle may contribute to electrostatic stabilization. (en)
- BamHI (auch BamI) ist ein Enzym, das in der Molekularbiologie zur zielgerichteten Spaltung von DNA verwendet wird. Dieses Enzym gehört zur Familie der Typ-II-Restriktionsenzymen und wurde 1975 erstmals aus dem Bakterium Bacillus amyloliquefaciens gewonnen. BamHI besitzt eine molare Masse von etwa 25 kDa. Die Anwesenheit von Magnesiumionen ist für die enzymatische Aktivität essentiell. Nach Dimerisierung schneidet das Enzym doppelsträngige DNA innerhalb der palindromischen Erkennungssequenz unter Bildung eines 5'-Überhangs wie folgt: Diese Ausbildung eines vier Nukleinbasen umfassenden 5'-Überhangs (sticky ends) durch BamHI wird in der Molekularbiologie bei der erleichterten Verkettung (Ligation) von DNA-Fragmenten ausgenutzt. BamHI ist relativ hitzestabil und zeigt unter bestimmten Bedingungen eine verminderte Selektivität für die Erkennungssequenz (Star-Aktivität). (de)
- BamHI bakterioak ekoizten duen II motako errestrikzio entzima bat da, 6 base pare-tako DNA labur zehatz batzuk ezagutu eta mozketa egiten duena. BamHI-k 5'-GGATCC-3' sekuentzia bat lotzen du, eta sekuentzia hau, 5 '-guaninetik aurrera mozten du. Mozketaren produktu modura mutur itsaskorrak utziz, 4 bp luze direnak. BamHI-k, bere forma askean, bat erakusten du erdian, artean dagoena. BamHI konformazio aldaketa ez-konbentzionalak jasaten ditu DNAren ezagupena eta gero. Honek aukera ematen dio DNAri bere ohiko konformazioari eusteko distortsiorik gabe entzimak lotura egin dezan. BamHI dimero simetrikoa da. DNA, dimeroan sortzen den arrakala batean lotzen da, entzima, berriz, modu "gurutzatuan" lotzen da. Entzimak baseak hidrogeno zubien edo uraren bitarteko hidrogeno zubien bidez lotzen ditu, hidrogeno zubiak osa ditzakeen ildo nagusiko talde bakoitzarekin. (eu)
- BamHI (EC 3.1.21.4) es una enzima de restricción de tipo II producida por el microorganismo Bacillus amyloliquefaciens que posee una diana de restricción en el ADN de cadena doble dependiente de una secuencia no metilada, palindrómica y asimétrica, sobre la cual su actividad catalítica hidrolasa genera extremos cohesivos.La diana de restricción puede representarse según este diagrama: (es)
- BamHI (Bam « H » un) est une enzyme de restriction produite par la souche bactérienne Bacillus amyloliquefaciens, reconnaissant des courtes séquence d'ADN (6 paires de bases) et réalisant leur clivage de manière spécifique sur un site cible. L'enzyme génère des extremités cohésives aux extrémités 5' de l'ADN. Son site de reconnaissance est le suivant : 5'-GGATCC-3' 3'-CCTAGG-5' Elle réalise le clivage de la façon suivante : G G A T C CC C T A G G La plupart du temps, les sites de restriction sont palindromiques, c’est-à-dire que la séquence d'ADN est la même lorsqu'on la lit du sens 5' vers 3'. (fr)
- BamHI (uttalas ”Bam H ett”) är ett typ II-restriktionsenzym som finns i Bacillus amyloliquefaciens. BamHI binder vid igenkänningssekvensen 5'-GGATCC-3', och klyver dessa sekvenser strax efter 5'-guaninen på varje sträng. Denna klyvning resulterar i klibbiga ändar som är 4 baspar långa. I sin obundna form visar BamHI ett centralt b-ark, som ligger mellan α-helices. BamHI genomgår en serie okonventionella konformationsförändringar vid DNA-igenkänning. Detta gör att DNA kan behålla sin normala B-DNA-konformation utan att förvränga sig för att underlätta enzymbindning. BamHI är en symmetrisk dimer. DNA är bundet i en stor klyfta som bildas mellan dimerer där enzymet binder på ett "crossover"-sätt. Varje BamHI-underenhet gör majoriteten av sina ryggradskontakter med fosfaterna på en DNA-halvplats men basparkontakter görs mellan varje BamHI-underenhet och kvävebaser i huvudspåret på motsatt DNA-halvplats. Proteinet binder baserna genom antingen direkta vätebindningar eller vattenmedierade H-bindningar mellan proteinet och varje H-bindningsgivare/acceptorgrupp i huvudspåret. Större spårkontakter bildas av atomer som ligger på amino-terminalen i en parallell 4 helixbunt. Denna bunt markerar BamHI-dimergränssnittet, och man tror att dipolmomenten hos NH2-terminala atomer på denna bunt kan bidra till elektrostatisk stabilisering. (sv)
- BamHI é uma enzima de restrição, derivada de Bacillus amyloliquefaciens. A sua é (G'GATCC), e deixa uma . (pt)
- BamHI（亦可寫作BamH1）是一種常用的II型限制性核酸內切酶。BamHI最早取自（Bacillus amyloliquefaciens）中。 (zh)
|
| dbo:symbol
| |
| dbo:thumbnail
| |
| dbo:wikiPageExternalLink
| |
| dbo:wikiPageID
| |
| dbo:wikiPageLength
|
- 9263 (xsd:nonNegativeInteger)
|
| dbo:wikiPageRevisionID
| |
| dbo:wikiPageWikiLink
| |
| dbp:caption
|
- Restriction endonuclease BamHI bound to a non-specific DNA. (en)
|
| dbp:interpro
| |
| dbp:name
| |
| dbp:pfam
| |
| dbp:pfamClan
| |
| dbp:scop
| |
| dbp:symbol
| |
| dbp:wikiPageUsesTemplate
| |
| dcterms:subject
| |
| gold:hypernym
| |
| rdf:type
| |
| rdfs:comment
|
- BamHI (EC 3.1.21.4) es una enzima de restricción de tipo II producida por el microorganismo Bacillus amyloliquefaciens que posee una diana de restricción en el ADN de cadena doble dependiente de una secuencia no metilada, palindrómica y asimétrica, sobre la cual su actividad catalítica hidrolasa genera extremos cohesivos.La diana de restricción puede representarse según este diagrama: (es)
- BamHI (Bam « H » un) est une enzyme de restriction produite par la souche bactérienne Bacillus amyloliquefaciens, reconnaissant des courtes séquence d'ADN (6 paires de bases) et réalisant leur clivage de manière spécifique sur un site cible. L'enzyme génère des extremités cohésives aux extrémités 5' de l'ADN. Son site de reconnaissance est le suivant : 5'-GGATCC-3' 3'-CCTAGG-5' Elle réalise le clivage de la façon suivante : G G A T C CC C T A G G La plupart du temps, les sites de restriction sont palindromiques, c’est-à-dire que la séquence d'ADN est la même lorsqu'on la lit du sens 5' vers 3'. (fr)
- BamHI é uma enzima de restrição, derivada de Bacillus amyloliquefaciens. A sua é (G'GATCC), e deixa uma . (pt)
- BamHI（亦可寫作BamH1）是一種常用的II型限制性核酸內切酶。BamHI最早取自（Bacillus amyloliquefaciens）中。 (zh)
- إنزيم BamHI (من باسيلوس أميلولي) (Bacillus amyloli) هو أحد أنواع النوكلِياز الداخِلِيَّة المقيدة من النوع الثاني، لها القدرة على تمييز التسلسلات القصيرة (6 b.p.) من الحمض النووي وتحديدًا شقهم لموقع الهدف. يركز هذا العرض على علاقات الوظيفة البنيوية لإنزيم BamHI كما وصفه نيومان (Newman) وآخرون. (1995). يلتزم BamHI بتمييز التسلسل '5-GGATCC-3' واختراق هذه التسلسلات فقط بعد الغوانين 5 في كل جديلة. تنتج هذه الانقسام عن «نهايات مثبتة» بطول 4 b.p.. في نموذجها غير المقيد، تعرض BamHI الورقة الوسطى بي المستقرة بين اللوالب. BamHI جزيء فريد من نوعه للغاية حيث أنه يخضع لسلسلة من التغيرات المتعلقة بتكوين الجزيء غير التقليدية عند تمييز الحمض النووي. يسمح ذلك للحمض النووي بالحفاظ على تكوينه الطبيعي B-DNA دون تشويه لتسهيل ربط الإنزيم. BamHI مركب مزدوج متماثل. يكون الحمض النووي مقيدًا في الشق الكبير الموجود (ar)
- BamHI (auch BamI) ist ein Enzym, das in der Molekularbiologie zur zielgerichteten Spaltung von DNA verwendet wird. Dieses Enzym gehört zur Familie der Typ-II-Restriktionsenzymen und wurde 1975 erstmals aus dem Bakterium Bacillus amyloliquefaciens gewonnen. BamHI besitzt eine molare Masse von etwa 25 kDa. Die Anwesenheit von Magnesiumionen ist für die enzymatische Aktivität essentiell. Nach Dimerisierung schneidet das Enzym doppelsträngige DNA innerhalb der palindromischen Erkennungssequenz unter Bildung eines 5'-Überhangs wie folgt: (de)
- BamHI (pronounced "Bam H one") (from Bacillus amyloliquefaciens) is a type II restriction endonuclease, having the capacity for recognizing short sequences (6 bp) of DNA and specifically cleaving them at a target site. This exhibit focuses on the structure-function relations of BamHI as described by Newman, et al. (1995). BamHI binds at the recognition sequence 5'-GGATCC-3', and cleaves these sequences just after the 5'-guanine on each strand. This cleavage results in sticky ends which are 4 bp long. In its unbound form, BamHI displays a central b sheet, which resides in between α-helices. (en)
- BamHI bakterioak ekoizten duen II motako errestrikzio entzima bat da, 6 base pare-tako DNA labur zehatz batzuk ezagutu eta mozketa egiten duena. BamHI-k 5'-GGATCC-3' sekuentzia bat lotzen du, eta sekuentzia hau, 5 '-guaninetik aurrera mozten du. Mozketaren produktu modura mutur itsaskorrak utziz, 4 bp luze direnak. BamHI-k, bere forma askean, bat erakusten du erdian, artean dagoena. (eu)
- BamHI (uttalas ”Bam H ett”) är ett typ II-restriktionsenzym som finns i Bacillus amyloliquefaciens. BamHI binder vid igenkänningssekvensen 5'-GGATCC-3', och klyver dessa sekvenser strax efter 5'-guaninen på varje sträng. Denna klyvning resulterar i klibbiga ändar som är 4 baspar långa. I sin obundna form visar BamHI ett centralt b-ark, som ligger mellan α-helices. (sv)
|
| rdfs:label
|
- BamHI (en)
- BamHI (ar)
- BamHI (de)
- BamHI (eu)
- BamHI (es)
- BamHI (fr)
- BamHI (pt)
- BamHI (sv)
- BamHI (zh)
|
| owl:sameAs
| |
| prov:wasDerivedFrom
| |
| foaf:depiction
| |
| foaf:isPrimaryTopicOf
| |
| is dbo:wikiPageRedirects
of | |
| is dbo:wikiPageWikiLink
of | |
| is foaf:primaryTopic
of | |
