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- Eine Topologically associating domain (TAD, engl. „topologisch assoziierte Domäne“) ist eine selbst-interagierende genomische Region, d. h. DNA-Sequenzen innerhalb einer TAD wechselwirken physikalisch häufiger miteinander als mit Sequenzen außerhalb der TAD. Diese dreidimensionalen Chromosomenstrukturen sind bei Tieren sowie bei einigen Pflanzen, Pilzen und Bakterien vorhanden. TADs können in der Größe von Tausenden bis Millionen von DNA-Basen variieren. Die Funktionen von TADs sind nicht vollständig verstanden, aber in einigen Fällen führt die Störung von TADs zu Krankheiten, da die Veränderung der 3D-Organisation des Chromosoms die Genregulation stört. Die Mechanismen der TAD-Bildung sind ebenfalls komplex und noch nicht vollständig geklärt, obwohl eine Reihe von Proteinkomplexen und DNA-Elementen mit TAD-Grenzen assoziiert sind. (de)
- Un dominio asociado topológicamente o TAD (por sus siglas en inglés: Topologically Associated Domain) es una región genómica que interactúa consigo misma, lo que significa que las secuencias de ADN dentro de un TAD interactúan físicamente entre sí con más frecuencia que con secuencias fuera del TAD. El tamaño medio de un TAD en células de ratón es de 880 kb, y tienen tamaños similares en especies no mamíferas. Los límites a ambos lados de estos dominios se conservan entre diferentes tipos de células de mamíferos e incluso entre especies y están altamente enriquecidos con el factor de unión a CCCTC (CTCF) y sitios de unión a cohesina. Además, algunos tipos de genes (como los genes de transferencia de ARN y los genes de mantenimiento) aparecen cerca de los límites de TAD con más frecuencia de lo que cabría esperar al azar. Las funciones de los TAD no se comprenden completamente y todavía es un tema de debate. La mayoría de los estudios indican que los TAD regulan la expresión génica al limitar la interacción potenciador-promotor a cada TAD, sin embargo, un estudio reciente desacopla la organización del TAD y la expresión génica. La alteración de los límites del TAD se asocia con una amplia gama de enfermedades como el cáncer, una variedad de malformaciones de las extremidades como la sinpolidactilia, el síndrome de Cooks y el síndrome F, y el número de trastornos como el cuerpo calloso hipoplásico y la leucodistrofia desmielinizante de inicio en la edad adulta. Los mecanismos subyacentes a la formación de TAD también son complejos y aún no se han aclarado por completo, aunque varios complejos de proteínas y elementos de ADN están asociados con los límites de TAD. Sin embargo, el modelo de esposas y el modelo de extrusión de bucle se describen para describir la formación de TAD con la ayuda de CTCF y proteínas de cohesina. Además, se ha propuesto que la rigidez de los límites del TAD en sí misma podría causar el aislamiento del dominio y la formación del TAD. (es)
- A topologically associating domain (TAD) is a self-interacting genomic region, meaning that DNA sequences within a TAD physically interact with each other more frequently than with sequences outside the TAD. The median size of a TAD in mouse cells is 880 kb, and they have similar sizes in non-mammalian species. Boundaries at both side of these domains are conserved between different mammalian cell types and even across species and are highly enriched with CCCTC-binding factor (CTCF) and cohesin. In addition, some types of genes (such as transfer RNA genes and housekeeping genes) appear near TAD boundaries more often than would be expected by chance. The functions of TADs are not fully understood and are still a matter of debate. Most of the studies indicate TADs regulate gene expression by limiting the enhancer-promoter interaction to each TAD, however, a recent study uncouples TAD organization and gene expression. Disruption of TAD boundaries are found to be associated with wide range of diseases such as cancer, variety of limb malformations such as synpolydactyly, Cooks syndrome, and F-syndrome, and number of brain disorders like Hypoplastic corpus callosum and Adult-onset demyelinating leukodystrophy. The mechanisms underlying TAD formation are also complex and not yet fully elucidated, though a number of protein complexes and DNA elements are associated with TAD boundaries. However, the handcuff model and the loop extrusion model describe the TAD formation by the aid of CTCF and cohesin proteins. Furthermore, it has been proposed that the stiffness of TAD boundaries itself could cause the domain insulation and TAD formation. (en)
- Топологі́чно-асоційо́вані доме́ни, ТАД (англ. topologically associating domains, TAD) — структурні ділянки геному що перебувають у близькій просторовій взаємодії одна до одної. Топологічно-асоційовані домени було знайдено за допомогою методик Hi-C: фіксація конформації хромосоми з детальним секвенуванням. Ця методика встановила, що деякі регіони ДНК в геномі людини та миші мають багато контактів між собою в межах цих регіонів, а по краям розташовані ділянки, які не контактують одна з одною. Такі ділянки, розподілені за контактним принципом, назвали топологічно-асоційованими доменами. (uk)
- 拓扑结构域（英語：Topological domains）或称为拓扑相关结构域（Topologically associating domains，简称TAD）是染色质亚结构的学术名称。类似的定义还包括接触结构域（Contact domain）、DNA环结构域（DNA Loop domain）、等。这一结构最先通过高通量染色质三维构象捕获技术（Hi-C）被发现，之后又被显微成像技术确认。拓扑结构域目前在细菌、真菌、动物和一些植物中都有所发现，一般其尺度约在千到百万DNA碱基。 尽管对拓扑结构域的功能理解尚不明朗，目前学界认为这是染色质施行诸如转录、复制、表观遗传修饰等功能的基本单位。一些证据表明，当拓扑结构域边界被破坏后，较大规模的基因表达会受到影响。 (zh)
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- Топологі́чно-асоційо́вані доме́ни, ТАД (англ. topologically associating domains, TAD) — структурні ділянки геному що перебувають у близькій просторовій взаємодії одна до одної. Топологічно-асоційовані домени було знайдено за допомогою методик Hi-C: фіксація конформації хромосоми з детальним секвенуванням. Ця методика встановила, що деякі регіони ДНК в геномі людини та миші мають багато контактів між собою в межах цих регіонів, а по краям розташовані ділянки, які не контактують одна з одною. Такі ділянки, розподілені за контактним принципом, назвали топологічно-асоційованими доменами. (uk)
- 拓扑结构域（英語：Topological domains）或称为拓扑相关结构域（Topologically associating domains，简称TAD）是染色质亚结构的学术名称。类似的定义还包括接触结构域（Contact domain）、DNA环结构域（DNA Loop domain）、等。这一结构最先通过高通量染色质三维构象捕获技术（Hi-C）被发现，之后又被显微成像技术确认。拓扑结构域目前在细菌、真菌、动物和一些植物中都有所发现，一般其尺度约在千到百万DNA碱基。 尽管对拓扑结构域的功能理解尚不明朗，目前学界认为这是染色质施行诸如转录、复制、表观遗传修饰等功能的基本单位。一些证据表明，当拓扑结构域边界被破坏后，较大规模的基因表达会受到影响。 (zh)
- Un dominio asociado topológicamente o TAD (por sus siglas en inglés: Topologically Associated Domain) es una región genómica que interactúa consigo misma, lo que significa que las secuencias de ADN dentro de un TAD interactúan físicamente entre sí con más frecuencia que con secuencias fuera del TAD. El tamaño medio de un TAD en células de ratón es de 880 kb, y tienen tamaños similares en especies no mamíferas. Los límites a ambos lados de estos dominios se conservan entre diferentes tipos de células de mamíferos e incluso entre especies y están altamente enriquecidos con el factor de unión a CCCTC (CTCF) y sitios de unión a cohesina. Además, algunos tipos de genes (como los genes de transferencia de ARN y los genes de mantenimiento) aparecen cerca de los límites de TAD con más frecuenc (es)
- Eine Topologically associating domain (TAD, engl. „topologisch assoziierte Domäne“) ist eine selbst-interagierende genomische Region, d. h. DNA-Sequenzen innerhalb einer TAD wechselwirken physikalisch häufiger miteinander als mit Sequenzen außerhalb der TAD. Diese dreidimensionalen Chromosomenstrukturen sind bei Tieren sowie bei einigen Pflanzen, Pilzen und Bakterien vorhanden. TADs können in der Größe von Tausenden bis Millionen von DNA-Basen variieren. (de)
- A topologically associating domain (TAD) is a self-interacting genomic region, meaning that DNA sequences within a TAD physically interact with each other more frequently than with sequences outside the TAD. The median size of a TAD in mouse cells is 880 kb, and they have similar sizes in non-mammalian species. Boundaries at both side of these domains are conserved between different mammalian cell types and even across species and are highly enriched with CCCTC-binding factor (CTCF) and cohesin. In addition, some types of genes (such as transfer RNA genes and housekeeping genes) appear near TAD boundaries more often than would be expected by chance. (en)
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- Topologically associating domain (de)
- Dominios asociados topológicamente (es)
- Topologically associating domain (en)
- Топологічно-асоційовані домени (uk)
- 拓扑结构域 (zh)
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