| dbo:abstract
|
- التسلسل المتناظر (بالإنجليزية: Palindromic sequence) هو تسلسل حمض نووي في جزيء دنا أو رنا مزدوج السلاسل حين يُقرأ في إحدى السلسلتين من النهاية 5' إلى 3' يكون مطابقا تماما للتسلسل الذي يُقرأ من النهاية 5' إلى 3' في السلسلة المكلمة التي يشكل معها اللولب المزدوج. هذا تعريف القراءة المقلوبة المتماثلة ومنه فإن وجود هذا التسلسل يعتمد على كون تسلسل السلسلة المكملة مماثلا عكسيا بالنسبة للتسلسل. معنى القراءة المقلوبة المتماثلة في سياق الجينات يختلف قليلا عن مفهومه المستخدم في الكلمات والجمل. بما أن اللولب المزدوج مشكَّلٌ من سلسلتي نوكليوتيدات متضادتا الاتجاه، ولأن النوكليوتيدات تترابط دائما بنفس الطريقة (A-T وG-C)، يقال عن تسلسل نوكليوتيدات (سلسلة واحدة) أنه متناظر إذا كان مماثلا للتسلسل المكمل له، مثال: تسلسل الدنا 5'-ACCTAGGT-3' متناظر لأن تسلسله المكمل هو 3'-TGGATCCA-5' وقراءته في الإتجاه العكسي 5' إلى 3' يعطي نفس التسلسل الأصلي. يمكن لتسلسل نوكليوتيدات متناظر تشكيل حلقة جذعية، التناظر في الدنا توجد في معظم الجينومات أو مجموعات تعليمات جينية. أنماط التناظر تنتج بواسطة ترتيب النوكليوتيدات الذي يحدد المركبات الكيميائية (بروتينات)، -والتي كنتيجة لتلك التعليمات الجينية- تنتجها الخلايا. تمت دراسة هذه التسلسللات المتناظرة بشكل خاص في الكروموسومات البكتيرية وما يسمى العناصر البكتيرية المزيقة المبعثرة (BIMEs) المتناثرة فيها. اكتشف حديثا في مشروع تحديد تسلسل جينوم أن كمية كبيرة من التسلسلات في الكروموسومين إكس و واي متناظرة. تسمح بنية التسلسل المتناظر للكروموسوم واي بترميم نفسه بالانحناء في المنتصف إن كان أحد الجانبين متضررا. تظهر التسلسلات المتناظرة بتواتر كذلك في البروتينات ، لكن دورها في البروتينات لا يعرف بشكل واضح. اقتُرح حديثا أن وجودها في البيبتيدات قد يكون له علاقة بانتشار المناطق قليلة التعقيد في البروتينات ، لأن التسلسللات المتناظرة متعلقة في العادة بالتسلسلات منخفظة التعقيد. وقد يتعلق انتشارها كذلك بميول هذه التسلسلات لتشكيل بنية لولب ألفا ، أو تشكيل مركبات بروتين-بروتين. (ar)
- Palindrom je v genetice sekvence nukleové kyseliny (DNA nebo RNA, která je stejná, pokud se čte od 5' konce k 3' konci jednoho vlákna a od 5' konce k 3' konci na komplementárním vlákně (viz direkcionalita a příklad v textu)). Sekvence rozeznávaná restrikčními endonukleázami jsou často palindromické. Příklad palindromické sekvence: 5'- G A A T T C -3' 3'- C T T A A G -5' Jako palindrom se někdy nepřesně označuje také invertovaná repetice (inverted repeat, z angl. inverted–obrácený a repeat-opakování), někdy zkráceně IR, tedy sekvence nukleotidů (v DNA či RNA), která je komplementární k jiné sekvenci, ale pořadí bází je zrcadlově obrácené. Příkladem je řetězec: ---CCTGCXXXXXXXGCAGG--- který může vytvářet následující podoby: ---C G--- C G T A G C C G X X X X X X X Invertované repetice je možné najít na koncích řetězce transpozonů, v určité části plastidové DNA, ale také v místech, kde může docházet k párování bází mezi řetězci. (cs)
- Als Palindromische Sequenz wird in der Genetik eine (kurze) Basensequenz von DNA oder RNA bezeichnet, die gegenläufig bei komplementärer Basenpaarung die gleiche Basenfolge ergibt. Da in einem Doppelstrang von Nukleinsäuren die einander gegenüberliegenden Stränge gegenläufig orientiert (antiparallel) sind, können palindromische Sequenzen von Einzelsträngen mit anderen gleicher Nukleotidsequenz komplementär paaren und doppelsträngige Bereiche ausbilden, beispielsweise so den Stamm einer Haarnadelstruktur bilden (siehe Bild), in DNA wie in RNA. Solche Nukleotidsequenzen gleichen einander und stellen jeweils Zeichenketten dar, die bei Umkehrung der Leserichtung je das reverse Komplement angeben. Sie ähneln damit einem Ausdruck, der von vorn wie von hinten gelesen gleich ist, und werden daher palindromisch genannt. Die folgende Basenfolge ist zum Beispiel eine palindromische Sequenz: 5'-GAATTC-3'3'-CTTAAG-5' Die meisten der DNA-bindenden und modifizierenden Proteine erkennen kurze palindromische Sequenzen und führen ihre Aktivitäten symmetrisch an beiden Strängen aus. Das oben gezeigte Beispiel ist die Erkennungssequenz für ein bekanntes Restriktionsenzym, EcoRI. EcoRI erkennt diese Sequenz innerhalb eines DNA-Doppelstranges und schneidet beide DNA-Stränge jeweils zwischen den Nukleobasen G(uanin) und A(denin).Das kürzeste Sequenzpalindrom mit einer wichtigen Funktion ist das CpG-Dinukleotid, bedeutend in der epigenetischen DNA-Methylierung von CpG-Inseln. (de)
- Una secuencia palindrómica, o palíndromo, es una secuencia de ácido nucleico (ADN o ARN) que es lo mismo si se lee de 5' (5-prima) a 3' (3-prima) en un filamento o de 5' a 3' en el , con el cual forma una doble hélice. Puesto que una doble hélice está formada por dos hebras pares de nucleótidos que corren en direcciones opuestas en el sentido de 5' a 3' y los nucleótidos par siempre de la misma manera (adenina (A) con timina (T) para el ADN, con uracilo (U) por ARN; Citosina (C) con guanina (G)), una secuencia de nucleótidos (monocatenario) se dice que es un palíndromo si es igual a su complemento inversa. Por ejemplo, la secuencia de ADN ACCTAGGT es palindrómica porque su complemento del nucleótido-por-nucleótido es TGGATCCA, e invirtiendo el orden de los nucleótidos en el complemento da la secuencia original. Una secuencia de nucleótidos palindrómica puede formar una horquilla. Los motivos palindrómicos de ADN se encuentran en la mayoría de los genomas o conjuntos de instrucciones genéticas. Los motivos están hechos por el orden de los nucleótidos que especifican los complejos (proteínas), y como resultado de las instrucciones genéticas, la célula debe producir. Han sido investigado especialmente en los cromosomas bacterianos y en los llamados «elementos mosaico dispersos bacterianos» (BIMEs, del inglés Bacterial Interspersed Mosaic Elements), dispersas sobre ellos. Recientemente un proyecto de investigación de secuenciación del genoma descubrió que muchas de las bases en el cromosoma Y se ordenan como palíndromos.[cita requerida] La estructura de un palíndromo permite al cromosoma Y de repararse al doblarse a la mitad si una de las partes está dañada. Palíndromos también parecen ser encontrados con frecuencia en las proteínas, pero su papel en la función de la proteína no se conoce claramente. Recientemente se sugirió que la existencia de la prevalencia de palíndromos en péptidos podría estar relacionada con la prevalencia de las regiones de baja complejidad en proteínas, como palíndromos se asocian con frecuencia a las secuencias de baja complejidad. Su prevalencia puede también estar relacionada con una propensión de formación alfa helicoidal de estas secuencias, o en la formación de complejos de proteína/proteína. (es)
- Une séquence palindromique est une séquence d'acide nucléique — ADN ou ARN — identique lorsqu'elle est lue dans le sens 5' → 3' sur un brin ou dans le sens 5' → 3' sur le brin complémentaire. C'est par exemple le cas de la séquence suivante, qui est reconnue par l'enzyme appelée EcoRI, une enzyme de restriction d'E. coli : 5’-GAATTC-3’3’-CTTAAG-5’ La définition d'un palindrome en génétique est différente de la définition classique s'appliquant aux signes. En effet, selon cette dernière, un palindrome est une suite de signes présentant une symétrie, ce qui est bien illustré en latin par le carré Sator : SATOR AREPO TENET OPERA ROTAS. En revanche, les acides nucléiques sont constitués de nucléotides pour l'ARN et de désoxynucléotides pour l'ADN susceptibles de s'apparier en formant des paires de bases complémentaires : par conséquent, une séquence génétique est dite palindromique lorsqu'elle possède une symétrie avec sa séquence complémentaire et non avec elle-même ; ainsi, la séquence ACCTAGGT sera dite palindromique, bien qu'elle ne soit pas elle-même symétrique, car elle est symétrique de la séquence TGGATCCA, qui lui est complémentaire. Cette particularité a pour effet de favoriser la formation de structures dites « en épingle à cheveux », ou tige-boucle : les séquences complémentaires et symétriques s'apparient en formant une tige hélicoïdale avec une boucle autour du point de symétrie de la séquence palindromique. On trouve de telles séquences palindromiques dans la plupart des génomes. On trouve également des séquences palindromiques dans les protéines. Il s'agit alors de symétries de la structure secondaire, et donc de la séquence en acides aminés. Leur rôle reste cependant peu clair. Il a été récemment suggéré que l'existence de séquences palindromiques dans les protéines soit reliée à la présence de régions de faible complexité, dans la mesure où les palindromes semblent associés aux régions peu complexes. Elles pourraient également être reliées aux hélices α ou à la formation de complexes protéine/protéine. (fr)
- A palindromic sequence is a nucleic acid sequence in a double-stranded DNA or RNA molecule whereby reading in a certain direction (e.g. 5' to 3') on one strand is identical to the sequence in the same direction (e.g. 5' to 3') on the complementary strand. This definition of palindrome thus depends on complementary strands being palindromic of each other. The meaning of palindrome in the context of genetics is slightly different from the definition used for words and sentences. Since a double helix is formed by two paired antiparallel strands of nucleotides that run in opposite directions, and the nucleotides always pair in the same way (adenine (A) with thymine (T) in DNA or uracil (U) in RNA; cytosine (C) with guanine (G)), a (single-stranded) nucleotide sequence is said to be a palindrome if it is equal to its reverse complement. For example, the DNA sequence ACCTAGGT is palindromic because its nucleotide-by-nucleotide complement is TGGATCCA, and reversing the order of the nucleotides in the complement gives the original sequence. A palindromic nucleotide sequence is capable of forming a hairpin. The stem portion of the hairpin is a pseudo-double stranded portion since the entire hairpin is a part of same (single) strand of nucleic acid. Palindromic motifs are found in most genomes or sets of genetic instructions. They have been specially researched in bacterial chromosomes and in the so-called Bacterial Interspersed Mosaic Elements (BIMEs) scattered over them. In 2008, a genome sequencing project discovered that large portions of the human X and Y chromosomes are arranged as palindromes. A palindromic structure allows the Y chromosome to repair itself by bending over at the middle if one side is damaged. Palindromes also appear to be found frequently in the peptide sequences that make up proteins, but their role in protein function is not clearly known. It has been suggested that the existence of palindromes in peptides might be related to the prevalence of low-complexity regions in proteins, as palindromes are frequently associated with low-complexity sequences. Their prevalence may also be related to the propensity of such sequences to form alpha helices or protein/protein complexes. (en)
- 回文配列（パリンドローム配列）とは、二本鎖DNA分子またはRNA分子内の核酸配列であり、片方の一本鎖における特定の方向（例えば5 'から3'）での塩基配列の読み取りが、もう片方の相補鎖における同じ方向での読み取りと一致する配列である。例えば、DNAの二重らせんにおける片方の配列の一部配列がACCTAGGTの場合、もう片方の配列はTGGATCCAとなるが、この配列を逆から読むと片方の配列と同じとなり、回文配列といえる。 回文構造のヌクレオチド配列は ヘアピンを形成することができる。回文モチーフは、ほとんどのゲノムまたは一連の遺伝的指令で見つかっている。回文配列については、真正細菌の染色体および、これに散在するBacterial Interspersed Mosaic Element（BIME）に存在するものが研究されてきた。2008年、ゲノムシーケンスプロジェクトにより、ヒトX染色体およびY染色体の大部分が回文配列であることが判明した。回文構造により、Y染色体は中央で自身を折れ曲がらせることができ、片側が損傷した場合に自己修復することを可能にする。 回文配列は、タンパク質を構成するペプチド配列においても頻繁に見られる が、それらの役割はわかっていない。タンパク質中の回文配列はしばしば低複雑性領域と関連しており、また、回文配列はアルファヘリックス またはタンパク質/タンパク質複合体を形成させる傾向がある。 (ja)
- Una sequenza palindromica è una regione della struttura primaria del DNA costituita da due successioni di basi ripetute ed invertite.Ciò significa che, lette in direzione 5'-3' e in direzione 3'-5' mostrano una perfetta complementarità e risultano palindrome. Ad esempio, l'enzima di restrizione del batterio escherichia coli, taglia in presenza del sito di restrizione GAATTC (5'-3') che letto in direzione 3'-5' resta uguale (CTTAAG). La seconda sequenza, se letta a partire da destra, è identica alla prima.Sono sequenze auto-complementari lungo una catena e pertanto sono in grado dare appaiamenti intracatena formando strutture a forcina (it)
- Uma sequência palindrômica é uma sequência de ácidos nucleicos em uma molécula de DNA ou RNA de fita dupla que apresenta simetria dupla, isto é, em que a leitura em uma certa direção (por exemplo, 5' → 3') em uma fita é idêntica à sequência na mesma direção (por exemplo, 5' → 3') na fita complementar. O significado de um palíndromo no contexto da genética é um pouco diferente da definição utilizada para palavras e sentenças. Como a fita dupla é formada por duas fitas pareadas antiparalelas de nucleotídeos que correm na direção oposta, e os nucleotídeos sempre se pareiam da mesma forma (adenina (A) com timina (T) no DNA ou uracila (U) no RNA; citosina (C) com guanina (G)), uma sequência nucleotídica de fita simples é considerada um palíndromo se ela é igual ao seu complemento reverso. Por exemplo, a sequência de DNA ACCTAGGT é palindrômica porque seu complemento de nucleotídeo a nucleotídeo é TGGATCCA e, invertendo a ordem dos nucleotídeos no complemento, obtém-se a sequência original. As sequências palindrômicas são autocomplementares dentro de cada cadeia e, consequentemente, têm potencial para formar estruturas cruciformes (em formato de cruz) ou em grampo (hairpin). A porção da haste do grampo é uma porção de pseudo-fita dupla, pois todo o grampo é parte da mesma fita (única) de ácido nucleico. As palindrômicas são encontradas na maioria dos genomas ou conjuntos de instruções genéticas. Os palíndromos foram especialmente pesquisados em cromossomos bacterianos e nos chamados Elementos Bacterianos de Mosaico Intercalado (BIMEs, do inglês Bacterial Interspersed Mosaic Elements) espalhados sobre eles. Em 2008, um projeto de sequenciamento do genoma descobriu que grandes porções dos cromossomos X e Y humanos são organizados como palíndromos. Uma estrutura palindrômica permite que o cromossomo Y se repare curvando-se no meio se um lado estiver danificado. Os palíndromos também parecem ocorrer com frequência nas sequências de peptídeos que constituem as proteínas, mas seu papel nas funções das proteínas ainda não foi esclarecido. Foi sugerido que a existência de palíndromos em peptídeos pode estar relacionada à prevalência de regiões de baixa complexidade em proteínas, uma vez que palíndromos estão frequentemente associados às sequências de baixa complexidade. Sua prevalência também pode estar relacionada à propensão de tais sequências para formar alfa-hélices ou complexos de proteína/proteína. (pt)
|
| rdfs:comment
|
- Una sequenza palindromica è una regione della struttura primaria del DNA costituita da due successioni di basi ripetute ed invertite.Ciò significa che, lette in direzione 5'-3' e in direzione 3'-5' mostrano una perfetta complementarità e risultano palindrome. Ad esempio, l'enzima di restrizione del batterio escherichia coli, taglia in presenza del sito di restrizione GAATTC (5'-3') che letto in direzione 3'-5' resta uguale (CTTAAG). La seconda sequenza, se letta a partire da destra, è identica alla prima.Sono sequenze auto-complementari lungo una catena e pertanto sono in grado dare appaiamenti intracatena formando strutture a forcina (it)
- التسلسل المتناظر (بالإنجليزية: Palindromic sequence) هو تسلسل حمض نووي في جزيء دنا أو رنا مزدوج السلاسل حين يُقرأ في إحدى السلسلتين من النهاية 5' إلى 3' يكون مطابقا تماما للتسلسل الذي يُقرأ من النهاية 5' إلى 3' في السلسلة المكلمة التي يشكل معها اللولب المزدوج. هذا تعريف القراءة المقلوبة المتماثلة ومنه فإن وجود هذا التسلسل يعتمد على كون تسلسل السلسلة المكملة مماثلا عكسيا بالنسبة للتسلسل. (ar)
- Palindrom je v genetice sekvence nukleové kyseliny (DNA nebo RNA, která je stejná, pokud se čte od 5' konce k 3' konci jednoho vlákna a od 5' konce k 3' konci na komplementárním vlákně (viz direkcionalita a příklad v textu)). Sekvence rozeznávaná restrikčními endonukleázami jsou často palindromické. Příklad palindromické sekvence: 5'- G A A T T C -3' 3'- C T T A A G -5' ---CCTGCXXXXXXXGCAGG--- který může vytvářet následující podoby: ---C G--- C G T A G C C G X X X X X X X (cs)
- Als Palindromische Sequenz wird in der Genetik eine (kurze) Basensequenz von DNA oder RNA bezeichnet, die gegenläufig bei komplementärer Basenpaarung die gleiche Basenfolge ergibt. Da in einem Doppelstrang von Nukleinsäuren die einander gegenüberliegenden Stränge gegenläufig orientiert (antiparallel) sind, können palindromische Sequenzen von Einzelsträngen mit anderen gleicher Nukleotidsequenz komplementär paaren und doppelsträngige Bereiche ausbilden, beispielsweise so den Stamm einer Haarnadelstruktur bilden (siehe Bild), in DNA wie in RNA. 5'-GAATTC-3'3'-CTTAAG-5' (de)
- Una secuencia palindrómica, o palíndromo, es una secuencia de ácido nucleico (ADN o ARN) que es lo mismo si se lee de 5' (5-prima) a 3' (3-prima) en un filamento o de 5' a 3' en el , con el cual forma una doble hélice. (es)
- Une séquence palindromique est une séquence d'acide nucléique — ADN ou ARN — identique lorsqu'elle est lue dans le sens 5' → 3' sur un brin ou dans le sens 5' → 3' sur le brin complémentaire. C'est par exemple le cas de la séquence suivante, qui est reconnue par l'enzyme appelée EcoRI, une enzyme de restriction d'E. coli : 5’-GAATTC-3’3’-CTTAAG-5’ (fr)
- A palindromic sequence is a nucleic acid sequence in a double-stranded DNA or RNA molecule whereby reading in a certain direction (e.g. 5' to 3') on one strand is identical to the sequence in the same direction (e.g. 5' to 3') on the complementary strand. This definition of palindrome thus depends on complementary strands being palindromic of each other. (en)
- 回文配列（パリンドローム配列）とは、二本鎖DNA分子またはRNA分子内の核酸配列であり、片方の一本鎖における特定の方向（例えば5 'から3'）での塩基配列の読み取りが、もう片方の相補鎖における同じ方向での読み取りと一致する配列である。例えば、DNAの二重らせんにおける片方の配列の一部配列がACCTAGGTの場合、もう片方の配列はTGGATCCAとなるが、この配列を逆から読むと片方の配列と同じとなり、回文配列といえる。 回文構造のヌクレオチド配列は ヘアピンを形成することができる。回文モチーフは、ほとんどのゲノムまたは一連の遺伝的指令で見つかっている。回文配列については、真正細菌の染色体および、これに散在するBacterial Interspersed Mosaic Element（BIME）に存在するものが研究されてきた。2008年、ゲノムシーケンスプロジェクトにより、ヒトX染色体およびY染色体の大部分が回文配列であることが判明した。回文構造により、Y染色体は中央で自身を折れ曲がらせることができ、片側が損傷した場合に自己修復することを可能にする。 (ja)
- Uma sequência palindrômica é uma sequência de ácidos nucleicos em uma molécula de DNA ou RNA de fita dupla que apresenta simetria dupla, isto é, em que a leitura em uma certa direção (por exemplo, 5' → 3') em uma fita é idêntica à sequência na mesma direção (por exemplo, 5' → 3') na fita complementar. (pt)
|
