About: MetaCyc

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The MetaCyc database is one of the largest metabolic pathways and enzymes databases currently available. The data in the database is manually curated from the scientific literature, and covers all domains of life. MetaCyc has extensive information about chemical compounds, reactions, metabolic pathways and enzymes. The data have been curated from more than 58,000 publications.

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  • La base de dades MetaCyc és una de les bases de dades de vies metabòliques i enzims més grans disponibles actualment. Les dades de la base de dades estan seleccionades manualment a partir de la literatura científica i cobreixen tots els dominis de la vida. MetaCyc té una àmplia informació sobre compostos químics, reaccions, vies metabòliques i enzims. Les dades han estat seleccionades a partir de més de 58.000 publicacions. MetaCyc ha estat dissenyat per a diversos tipus d'usos. Sovint s'utilitza com una extensa enciclopèdia en línia del metabolisme. A més, MetaCyc s'utilitza com a conjunt de dades de referència per predir computacionalment la xarxa metabòlica dels organismes a partir dels seus genomes seqüenciats; s'ha utilitzat per realitzar prediccions de vies per a milers d'organismes, inclosos els de la (col·lecció de bases de dades BioCyc). MetaCyc també s'utilitza en investigacions sobre enginyeria metabòlica i metabolòmica. MetaCyc inclou petites revisions de vies i enzims que proporcionen informació de fons, així com referències bibliogràfiques rellevants. També proporciona dades extenses sobre enzims individuals, que descriuen la seva estructura de subunitats, cofactors, activadors i inhibidors, l'especificitat del substrat i, quan estiguin disponibles, constants cinètiques. Les dades de MetaCyc sobre metabòlits inclouen estructures químiques, energia de formació estàndard predita i enllaços a bases de dades externes. Les reaccions de MetaCyc es presenten en una pantalla visual que inclou les estructures de tots els components. Les reaccions són equilibrades i inclouen números EC, direcció de reacció, assignacions predicades d'àtoms que descriuen la correspondència entre àtoms dels compostos reactius i els compostos del producte i energia lliure de Gibbs calculada. Es pot fer clic a tots els objectes de MetaCyc i permeten accedir fàcilment a objectes relacionats. Per exemple, a la pàgina de L-lisina es mostren totes les reaccions en què participa la L-lisina, així com els enzims que les catalitzen i les vies en què es produeixen aquestes reaccions. (ca)
  • ميتاسيك (بالإنجليزية: MetaCyc)‏ هي قاعدة بيانات تحتوي على معلومات شاملة عن المسارات الأيضية والإنزيمات من العديد من الكائنات الحية. ميتاسيك تخزن المسارات الأيضية الموصوفة تجريبياً. يمكن أن تكون ميتاسيك بمثابة البيانات المرجعية المحددة للمسارات الأيضية المتوقعة حسابياً لكائنات حية من تسلسل الجينوم الخاص بها، واستخدمت لتنبؤ مسار الآلاف من الكائنات الحية، بما في ذلك تلك الموجودة في مجموعة قاعدة معطيات BioCyc. تحتوي ميتاسيك على بيانات واسعة النطاق على لكل إنزيم، لتصف بنية وحداته الثانوية والعوامل المساعدة المحفزات خصوصية الركيزة وفي بعض الحالات الثوابت الحركية. كما يوفر مراجع التعليق والمصادر. (ar)
  • La base de datos MetaCyz contiene una amplia información sobre rutas metabólicas y enzimas de muchos organismos. MetaCyc almacena rutas metabólicas determinadas experimentalmente.​​ MetaCyc puede servir como datos de referencia establecidos para la predicción computacional de las rutas metabólicas de organismos a partir de sus genomas, y ha sido utilizado para realizar predicciones de las rutas metabólicas para cientos de organismos. MetaCyc contiene una amplia información sobre cada enzima, describiendo su estructura subunitaria, cofactores, activadores e inhibidores, especificidad de sustrato, y, en algunos casos, las constantes cinéticas.También proporciona referencias de comentarios y literatura. (es)
  • The MetaCyc database is one of the largest metabolic pathways and enzymes databases currently available. The data in the database is manually curated from the scientific literature, and covers all domains of life. MetaCyc has extensive information about chemical compounds, reactions, metabolic pathways and enzymes. The data have been curated from more than 58,000 publications. MetaCyc has been designed for multiple types of uses. It is often used as an extensive online encyclopedia of metabolism. In addition, MetaCyc is used as a reference data set for computationally predicting the metabolic network of organisms from their sequenced genomes; it has been used to perform pathway predictions for thousands of organisms, including those in the BioCyc Database Collection. MetaCyc is also used in metabolic engineering and metabolomics research. MetaCyc includes mini reviews for pathways and enzymes that provide background information as well as relevant literature references. It also provides extensive data on individual enzymes, describing their subunit structure, cofactors, activators and inhibitors, substrate specificity, and, when available, kinetic constants. MetaCyc data on metabolites includes chemical structures, predicted Standard energy of formation, and links to external databases. Reactions in MetaCyc are presented in a visual display that includes the structures of all components. The reactions are balanced and include EC numbers, reaction direction, predicted atom mappings that describe the correspondence between atoms in the reactant compounds and the product compounds, and computed Gibbs free energy. All objects in MetaCyc are clickable and provide easy access to related objects. For example, the page for L-lysine lists all of the reactions in which L-lysine participates, as well as the enzymes that catalyze them and pathways in which these reactions take place. (en)
  • La base de données MetaCyc contient un grand nombre d'informations sur le métabolisme et les enzymes de nombreux êtres vivants : structure des enzymes, cofacteurs, activateurs et inhibiteurs, spécificités de substrat, et, dans certains cas, constantes cinétiques. Elle fournit également des commentaires et des références dans la littérature. MetaCyc recueille essentiellement des données expérimentales sur les voies métaboliques. MetaCyc est utilisée comme jeu de données de référence en vue de prédire le métabolisme d'êtres vivants en fonction du séquençage de leur génome ; cela a été notamment le cas de centaines d'organismes, y compris ceux du . (fr)
  • MetaCycは、様々な生物の代謝経路、酵素に関する広範な情報を収録したデータベースである。MetaCycは、実験的に確認された代謝経路を収めている。 MetaCycは、ゲノム配列からその生物の代謝経路を計算で予測するための参照データセットとして用いることができ、実際にに収録されているものも含め、数千に及ぶ生物の代謝経路の予測に用いられた。 MetaCycは、サブユニットの構造、補因子、アクチベーターとインヒビター、基質特異性、時には速度定数等、個々の酵素の広範なデータを含む。さらに文献情報も提供される。 (ja)
  • MetaCyc is een omvangrijke databases omtrent enzymen en metabolisme. De gegevens in de database zijn handmatig geselecteerd uit primaire wetenschappelijke literatuur en omvatten alle domeinen van het leven. MetaCyc heeft uitgebreide informatie over biochemische verbindingen, reacties, metabole routes en enzymen. De database is samengesteld aan de hand van meer dan 58.000 publicaties. MetaCyc wordt vaak gebruikt als een uitgebreide internetencyclopedie over het metabolisme. De database vormt een belangrijke bron van informatie voor het computationeel voorspellen van stofwisselingsnetwerken op basis van het genoom, voor metabolic engineering en ander metabolomica-onderzoek. (nl)
  • MetaCyc는 대사 경로 및 효소에 대한 현재 사용가능한 가장 큰 데이터베이스 중 하나이다. 데이터베이스의 데이터는 과학 문헌으로부터 수동으로 선별되며, 생물의 모든 역을 다룬다. MetaCyc는 화합물, 반응, 대사 경로, 효소에 대한 광범위한 정보를 가지고 있다. 데이터는 58,000개 이상의 출판물로부터 선별되었다. (ko)
  • MetaCyc - dostępna w Internecie, naukowo opracowana baza danych szlaków metabolicznych organizmów żywych. Zawiera informacje dotyczące ponad 1100 szlaków metabolicznych, występujących u ponad 1500 różnych organizmów opartych na sprawdzonych danych z literatury naukowej. Ta naukowa baza danych została zapoczątkowana w 1999 roku przez Petera Karpa ze Stanford Research Institute. MetaCyc przedstawia także dane nt. związków chemicznych, enzymów i genów. Ma wiele zastosowań naukowych w naukach biologicznych. Informacje o enzymach zawierają informacje o ich budowie, kofaktorach, aktywatorach i inhibitorach, substratowej specyficzności i niekiedy także o stałych kinetycznych. MetaCyc w mniejszym stopniu zajmuje się metabolizmem człowieka, a przede wszystkim dotyczy szlaków metabolicznych organizmów roślinnych i drobnoustrojów. Nie daje także podstaw do połączenia danych związanych ze szlakami metabolicznymi ze schorzeniami i zaburzeniami oraz zmianami w stężeniach metabolitów w tkankach czy komórkach. (pl)
  • A base de dados MetaCyc contém vasta informação relativa às vias metabólicas e enzimas de diversos organismos. As vias metabólicas armazenadas são determinadas experimentalmente. A MetaCyc oferece dados de referência para previsões computacionais das vias metabólicas dos organismos a partir dos seus genomas sequenciados, e tem sido usado na previsão de vias para milhares de organismos, nos quais se incluem aqueles na base de dados BioCyc. A Metacyc contém ainda vasta informação relativa a enzimas individuais, descrevendo a sua estrutura subunitária, cofactores, activadores e inibidores, especificidade de substrato e, nalguns casos, as suas constantes cinéticas. (pt)
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  • MetaCyc (en)
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  • R. Caspi, H. Foerster, C.A. Fulcher, L.A. Mueller, Peter Karp (en)
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  • Caspi et al. (en)
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  • Database of metabolic pathways and enzymes (en)
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  • ميتاسيك (بالإنجليزية: MetaCyc)‏ هي قاعدة بيانات تحتوي على معلومات شاملة عن المسارات الأيضية والإنزيمات من العديد من الكائنات الحية. ميتاسيك تخزن المسارات الأيضية الموصوفة تجريبياً. يمكن أن تكون ميتاسيك بمثابة البيانات المرجعية المحددة للمسارات الأيضية المتوقعة حسابياً لكائنات حية من تسلسل الجينوم الخاص بها، واستخدمت لتنبؤ مسار الآلاف من الكائنات الحية، بما في ذلك تلك الموجودة في مجموعة قاعدة معطيات BioCyc. تحتوي ميتاسيك على بيانات واسعة النطاق على لكل إنزيم، لتصف بنية وحداته الثانوية والعوامل المساعدة المحفزات خصوصية الركيزة وفي بعض الحالات الثوابت الحركية. كما يوفر مراجع التعليق والمصادر. (ar)
  • MetaCycは、様々な生物の代謝経路、酵素に関する広範な情報を収録したデータベースである。MetaCycは、実験的に確認された代謝経路を収めている。 MetaCycは、ゲノム配列からその生物の代謝経路を計算で予測するための参照データセットとして用いることができ、実際にに収録されているものも含め、数千に及ぶ生物の代謝経路の予測に用いられた。 MetaCycは、サブユニットの構造、補因子、アクチベーターとインヒビター、基質特異性、時には速度定数等、個々の酵素の広範なデータを含む。さらに文献情報も提供される。 (ja)
  • MetaCyc는 대사 경로 및 효소에 대한 현재 사용가능한 가장 큰 데이터베이스 중 하나이다. 데이터베이스의 데이터는 과학 문헌으로부터 수동으로 선별되며, 생물의 모든 역을 다룬다. MetaCyc는 화합물, 반응, 대사 경로, 효소에 대한 광범위한 정보를 가지고 있다. 데이터는 58,000개 이상의 출판물로부터 선별되었다. (ko)
  • La base de dades MetaCyc és una de les bases de dades de vies metabòliques i enzims més grans disponibles actualment. Les dades de la base de dades estan seleccionades manualment a partir de la literatura científica i cobreixen tots els dominis de la vida. MetaCyc té una àmplia informació sobre compostos químics, reaccions, vies metabòliques i enzims. Les dades han estat seleccionades a partir de més de 58.000 publicacions. (ca)
  • La base de datos MetaCyz contiene una amplia información sobre rutas metabólicas y enzimas de muchos organismos. MetaCyc almacena rutas metabólicas determinadas experimentalmente.​​ MetaCyc puede servir como datos de referencia establecidos para la predicción computacional de las rutas metabólicas de organismos a partir de sus genomas, y ha sido utilizado para realizar predicciones de las rutas metabólicas para cientos de organismos. (es)
  • The MetaCyc database is one of the largest metabolic pathways and enzymes databases currently available. The data in the database is manually curated from the scientific literature, and covers all domains of life. MetaCyc has extensive information about chemical compounds, reactions, metabolic pathways and enzymes. The data have been curated from more than 58,000 publications. (en)
  • La base de données MetaCyc contient un grand nombre d'informations sur le métabolisme et les enzymes de nombreux êtres vivants : structure des enzymes, cofacteurs, activateurs et inhibiteurs, spécificités de substrat, et, dans certains cas, constantes cinétiques. Elle fournit également des commentaires et des références dans la littérature. MetaCyc recueille essentiellement des données expérimentales sur les voies métaboliques. (fr)
  • MetaCyc - dostępna w Internecie, naukowo opracowana baza danych szlaków metabolicznych organizmów żywych. Zawiera informacje dotyczące ponad 1100 szlaków metabolicznych, występujących u ponad 1500 różnych organizmów opartych na sprawdzonych danych z literatury naukowej. Ta naukowa baza danych została zapoczątkowana w 1999 roku przez Petera Karpa ze Stanford Research Institute. MetaCyc przedstawia także dane nt. związków chemicznych, enzymów i genów. Ma wiele zastosowań naukowych w naukach biologicznych. (pl)
  • A base de dados MetaCyc contém vasta informação relativa às vias metabólicas e enzimas de diversos organismos. As vias metabólicas armazenadas são determinadas experimentalmente. A MetaCyc oferece dados de referência para previsões computacionais das vias metabólicas dos organismos a partir dos seus genomas sequenciados, e tem sido usado na previsão de vias para milhares de organismos, nos quais se incluem aqueles na base de dados BioCyc. (pt)
  • MetaCyc is een omvangrijke databases omtrent enzymen en metabolisme. De gegevens in de database zijn handmatig geselecteerd uit primaire wetenschappelijke literatuur en omvatten alle domeinen van het leven. MetaCyc heeft uitgebreide informatie over biochemische verbindingen, reacties, metabole routes en enzymen. De database is samengesteld aan de hand van meer dan 58.000 publicaties. (nl)
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  • MetaCyc (pl)
  • MetaCyc (pt)
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