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- DOPE, or Discrete Optimized Protein Energy, is a statistical potential used to assess homology models in protein structure prediction. DOPE is based on an improved reference state that corresponds to noninteracting atoms in a homogeneous sphere with the radius dependent on a sample native structure; it thus accounts for the finite and spherical shape of the native structures. It is implemented in the popular homology modeling program MODELLER and used to assess the energy of the protein model generated through many iterations by MODELLER, which produces homology models by the satisfaction of spatial restraints. The models returning the minimum molpdfs can be chosen as best probable structures and can be further used for evaluating with the DOPE score. Like the current version of the MODELLER software, DOPE is implemented in Python and is run within the MODELLER environment. The DOPE method is generally used to assess the quality of a structure model as a whole. Alternatively, DOPE can also generate a residue-by-residue energy profile for the input model, making it possible for the user to spot the problematic region in the structure model. (en)
- DOPEあるいはDiscrete Optimized Protein Energyは、タンパク質構造予測においてを評価するために使われるである。DOPEは標本の天然構造に依存した半径を持つ均一な球中の相互作用していない原子に対応する改良基準状態に基づく。したがって、DOPEは 天然構造の有限ば球形から成る。人気のあるホモロジーモデリングプログラムMODELLERに実装されている。MODELLERによって多数の繰り返しにより生成されたタンパク質モデルのエネルギーを評価するために使われる。これによって空間的拘束を満足するホモロジーモデルが生み出される。最小のmolpdf（MODELLER objective function）を返すモデルを最も良い推定構造として選ぶことができ、さらにDOPE scoreを使って評価するために使うことができる。現行バージョンのMODELLERソフトウェアと同様に、DOPEはPythonで実装されており、MODELLER環境内で動作する。DOPE法は一般的に全体的な構造モデルの品質を評価するために使うことができる。別法として、DOPEは入力モデルの残基毎のエネルギープロファイルを生成することもでき、これによってユーザーは構造モデル中の問題のある領域の見当を付けることができる。 (ja)
- DOPE, o Discrete Optimized Protein Energy, è un utilizzato per valutare il modello di omologia in previsione della risoluzione della struttura delle proteine. DOPE si basa su un miglioramento dello stato di riferimento che corrisponde agli atomi non interagenti in una sfera omogenea con il raggio dipendente dalla struttura nativa di un campione; rappresenta dunque la forma sferica e finita delle strutture native. È incluso nel popolare software modellazione per omologia Modeller e utilizzato per valutare l'energia del modello di proteina generata attraverso molte iterazioni da Modeller, che produce modelli di omologia tenendo conto dei vincoli spaziali. I modelli restituendo il valore minimo di molpdfs possono essere scelti come le migliori probabili strutture e possono essere ulteriormente utilizzate per valutarle con il punteggio di DOPE. Come la versione attuale del software Modeller, DOPE è implementato in Python ed è gestito all'interno dell'ambiente Modeller. Il metodo DOPE viene generalmente utilizzato per valutare la qualità di un modello di struttura nel suo complesso. In alternativa, DOPE può anche generare un profilo energetico residuo-per-residuo per il modello di input, rendendo possibile all'utente l'individuazione della regione problematica nel modello di struttura. (it)
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- DOPEあるいはDiscrete Optimized Protein Energyは、タンパク質構造予測においてを評価するために使われるである。DOPEは標本の天然構造に依存した半径を持つ均一な球中の相互作用していない原子に対応する改良基準状態に基づく。したがって、DOPEは 天然構造の有限ば球形から成る。人気のあるホモロジーモデリングプログラムMODELLERに実装されている。MODELLERによって多数の繰り返しにより生成されたタンパク質モデルのエネルギーを評価するために使われる。これによって空間的拘束を満足するホモロジーモデルが生み出される。最小のmolpdf（MODELLER objective function）を返すモデルを最も良い推定構造として選ぶことができ、さらにDOPE scoreを使って評価するために使うことができる。現行バージョンのMODELLERソフトウェアと同様に、DOPEはPythonで実装されており、MODELLER環境内で動作する。DOPE法は一般的に全体的な構造モデルの品質を評価するために使うことができる。別法として、DOPEは入力モデルの残基毎のエネルギープロファイルを生成することもでき、これによってユーザーは構造モデル中の問題のある領域の見当を付けることができる。 (ja)
- DOPE, or Discrete Optimized Protein Energy, is a statistical potential used to assess homology models in protein structure prediction. DOPE is based on an improved reference state that corresponds to noninteracting atoms in a homogeneous sphere with the radius dependent on a sample native structure; it thus accounts for the finite and spherical shape of the native structures. It is implemented in the popular homology modeling program MODELLER and used to assess the energy of the protein model generated through many iterations by MODELLER, which produces homology models by the satisfaction of spatial restraints. The models returning the minimum molpdfs can be chosen as best probable structures and can be further used for evaluating with the DOPE score. Like the current version of the MODELL (en)
- DOPE, o Discrete Optimized Protein Energy, è un utilizzato per valutare il modello di omologia in previsione della risoluzione della struttura delle proteine. DOPE si basa su un miglioramento dello stato di riferimento che corrisponde agli atomi non interagenti in una sfera omogenea con il raggio dipendente dalla struttura nativa di un campione; rappresenta dunque la forma sferica e finita delle strutture native. È incluso nel popolare software modellazione per omologia Modeller e utilizzato per valutare l'energia del modello di proteina generata attraverso molte iterazioni da Modeller, che produce modelli di omologia tenendo conto dei vincoli spaziali. I modelli restituendo il valore minimo di molpdfs possono essere scelti come le migliori probabili strutture e possono essere ulteriormen (it)
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- Discrete optimized protein energy (en)
- Discrete optimized protein energy (it)
- Discrete optimized protein energy (ja)
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