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- Die BTO (BRENDA Tissue Ontology) ist eine Enzyklopädie, die Begriffe und Bezeichnungen für Gewebe, Organe, anatomische Strukturen, Pflanzenteile, Zellkulturen, Zelltypen und Zelllinien in Organismen aus allen taxonomischen Gruppen (Tieren, Pflanzen, Pilzen und Einzellern), aus denen die Enzyme isoliert bzw. in denen sie nachgewiesen wurden, beschreibt. Die BTO ist eine der ersten gewebespezifischen Ontologien im Bereich der Lebenswissenschaften, die sich nicht auf einen Organismus oder eine Organismengruppe konzentriert und somit einen leichten Zugang zu den umfassenden Informationen ermöglicht. Sie wird von anderen Datenbanken als Datenquelle verwendet oder in deren Suchfunktionen integriert, beispielsweise vom Ontology Lookup Service und MIRIAM Registry des EBI-EMBL oder von der TissueDistributionDB mit einer Tissue Synonym Library am Deutschen Krebsforschungszentrum Heidelberg oder auf den Webseiten des Bioportal (National Center for Biomedical Ontology, Stanford, USA). Die Nutzer der BTO kommen aus den Bereichen Medizin und Pharmazie, die sich mit dem Vorkommen und histologischen Nachweis von krankheitsrelevanten Enzymen in Geweben beschäftigen, die eine wichtige Rolle in der Diagnose und Behandlung sowie in der Medikamentenentwicklung spielen. In der biochemischen und biotechnologischen Forschung dient der gewebespezifische Nachweis von Enzymen dazu, um Stoffwechselvorgänge, Regulationen und Funktionen besser verstehen zu können. Mit Hilfe von strukturiertem und kontrolliertem Vokabular sind Ontologien ein wichtiges Werkzeug, um die evolutionären Zusammenhänge bildlich darzustellen und miteinander zu verknüpfen. Die Entwicklung der BTO begann 2003 mit dem Ziel, die biochemischen und molekularbiologischen Enzymdaten von BRENDA („BRaunschweig ENzyme DAtabase“) mit einer hierarchischen und standardisierten Sammlung an gewebespezifischen Begriffen zu verbinden. Die enzymspezifischen Daten und Informationen in BRENDA werden von Biochemikern, Biologen und Chemikern manuell aus wissenschaftlicher Literatur annotiert. Derzeit (Stand Oktober 2021) enthält die BTO 6.512 Begriffe, denen 6.214 Synonyme und 5.512 Definitionen zugeordnet sind; jeder Begriff ist jeweils mindestens einer Literaturstelle und einem Enzym zugeordnet. Die sogenannten Terme (= Begriffe) sind nach den allgemeinen Kategorien, Regeln und Formaten des Gene Ontology Konsortiums (GO,) klassifiziert. Die Terme werden nicht als klassische Hierarchie, sondern in Form eines gerichteten azyklischen Graphen (DAG, directed acyclic graph) dargestellt und mit Hilfe des Editors (Bearbeitungsprogramms) OBO-Edit erstellt. Von jeder Ebene der Hierarchie ist ein direkter Zugriff auf die funktionellen Enzymdaten in BRENDA möglich. Viele Enzyme werden gewebespezifisch exprimiert, so dass die BTO geeignet ist, diese voneinander zu unterscheiden. (de)
- The BTO (BRENDA Tissue Ontology) represents a comprehensive structured encyclopedia. It provides terms, classifications, and definitions of tissues, organs, anatomical structures, plant parts, cell cultures, cell types, and cell lines of organisms from all taxonomic groups (animals, plants, fungis, protozoon) as enzyme sources. The information is connected to the functional data in the BRENDA ("BRaunschweig ENzyme DAtabase“) enzyme information system. BTO is one of the first tissue-specific ontologies in life sciences, not restricted to a specific organism or a specific organism group providing a user-friendly access to the wide range of tissue and cell-type information. Databases, such as Ontology Lookup Service or ses, such as MIRIAM Registry or of the EBI-EMBL, the TissueDistributionDB, including the Tissue Synonym Library of the German Cancer Research Center (DKFZ) in Heidelberg or the Bioportal platform of the National Center for Biomedical Ontology in Stanford, USA rely on BTO and implement the encyclopedia as an essential repository of information into their respective platform. BTO enables users from medical research and pharmaceutical sciences to search for the occurrence and histological detection of disease-related enzymes in tissues, which play an important role in diagnosis, therapies, and drug development. In biochemistry and biotechnology the organism-specific tissue terms linked to enzyme functional data are an important resource for the understanding of the metabolism and regulation in life sciences. Ontologies represent classification systems that provide controlled and structured vocabularies. They are important tools to illustrate and to link evolutionary correlations. Development of BTO started in 2003, aimed to connect the biochemical and molecular biological enzyme data of BRENDA with a hierarchical and standardized collection of tissue-specific terms. The functional enzyme data and information in BRENDA have been manually annotated and structured by experts from biochemistry, biology, and chemistry. By October 2022, the BTO contained over 6,527 terms, linked to 6,065 synonyms and 5,474 definitions. The terms are classified under generic categories, rules, and formats of the Gene Ontology Consortium (GO,), organized as a directed acyclic graph (DAG) created using the open-source OBO-Edit. All terms from each level are directly connected the enzyme data in BRENDA. BTO is a suitable tool to distinguish between different enzymes which are expressed in a tissue-specific manner. (en)
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- Die BTO (BRENDA Tissue Ontology) ist eine Enzyklopädie, die Begriffe und Bezeichnungen für Gewebe, Organe, anatomische Strukturen, Pflanzenteile, Zellkulturen, Zelltypen und Zelllinien in Organismen aus allen taxonomischen Gruppen (Tieren, Pflanzen, Pilzen und Einzellern), aus denen die Enzyme isoliert bzw. in denen sie nachgewiesen wurden, beschreibt. (de)
- The BTO (BRENDA Tissue Ontology) represents a comprehensive structured encyclopedia. It provides terms, classifications, and definitions of tissues, organs, anatomical structures, plant parts, cell cultures, cell types, and cell lines of organisms from all taxonomic groups (animals, plants, fungis, protozoon) as enzyme sources. The information is connected to the functional data in the BRENDA ("BRaunschweig ENzyme DAtabase“) enzyme information system. (en)
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