About: Pan-genome     Goto   Sponge   NotDistinct   Permalink

An Entity of Type : owl:Thing, within Data Space : dbpedia.org associated with source document(s)
QRcode icon
http://dbpedia.org/describe/?url=http%3A%2F%2Fdbpedia.org%2Fresource%2FPan-genome

In the fields of molecular biology and genetics, a pan-genome (pangenome or supragenome) is the entire set of genes from all strains within a clade. More generally, it is the union of all the genomes of a clade. The pan-genome can be broken down into a "core pangenome" that contains genes present in all individuals, a "shell pangenome" that contains genes present in two or more strains, and a "cloud pangenome" that contains genes only found in a single strain. Some authors also refer to the cloud genome as "accessory genome" containing 'dispensable' genes present in a subset of the strains and strain-specific genes. Note that the use of the term 'dispensable' has been questioned, at least in plant genomes, as accessory genes play "an important role in genome evolution and in the complex in

AttributesValues
rdfs:label
  • Pangenoma (es)
  • Pangénome (fr)
  • 범유전체학 (ko)
  • Pan-genome (en)
  • Pangenom (pl)
  • Пангеном (ru)
  • 泛基因组 (zh)
rdfs:comment
  • 범유전체학은 한 종의 한 개체만의 유전체를 해석하는 것이 아니라 흙이나, 갯벌, 바닷물, 강물등의 복합적인 환경에서 그속에 포함된 모든 생물종들의 유전자를 모두 서열해석하고 분석하는 유전체의 한 분야이다.기존의 생물종다양성을 연구하는 배양법에서 벗어나, PCR과 같은 증폭기술로 무작위로 대량으로 서열해석을 하는 것을 기본으로 한다. 한 인구집단내의 전체 유전체도 범유전체의 일종이다. 최근에 각 마다의 집단유전체를 해독하고, 각 집단내의 유전체 전체 변이를 데이터베이스화하는 연구가 활발하다. 예를 들어 한국인 표준게놈의 41명의 유전체의 합은 일종의 한국인 범유전체이다. (ko)
  • Pan-genom supergenom – termin z dziedziny genetyki i biologii molekularnej wprowadzony w 2005 roku przez Tettelin i współpracowników. Oznacza pełny zestaw genów danego gatunku; składa się z genów rdzeniowych, które są obecne u wszystkich osobników, oraz genów zmiennych, które są obecne tylko u niektórych osobników. Jest to narzędzie służące do wizualizacji podobieństw i różnic między blisko spokrewnionymi osobnikami w obrębie gatunku lub rodzaju, badania zmienności genomu w konkretnym gatunku, ustalenia stopnia poziomego transferu genów (HGT), a także do zrozumienia różnic fenotypowych. Badaniem pan-genomów zajmuje się pangenomika. (pl)
  • 泛基因组是为描述一個物種基因组而提出的概念,指同一细菌物种中所有菌株中所有基因的集合,而不单纯以某个菌株为一个物种的全基因组。會需要使用泛基因組的原因是水平基因轉移造成不同菌株之間所擁有的基因相差甚大。 (zh)
  • En el campo de la genómica, el término pangenoma se refiere al conjunto completo de genes de todas las cepas que forman un clado filogenético. En otras palabras, un pangenoma es la unión de todos los genomas de los organismos que pertenecen a un mismo clado​​​​. El campo de estudio del pangenoma se llama ‘pangenómica’​. La finalidad de los estudios pangenómicos es comprender la diversidad de la totalidad de los genes codificados en un grupo de organismos cercanos filogenéticamente. Para ello, mediante el uso de herramientas bioinformáticas especializadas, se clasifican cada uno de los genes presentes en cada uno de los genomas analizados en grupos o familias de genes ortólogos. El total de familias de genes identificados en esta comparación determina el tamaño del pangenoma de los organism (es)
  • In the fields of molecular biology and genetics, a pan-genome (pangenome or supragenome) is the entire set of genes from all strains within a clade. More generally, it is the union of all the genomes of a clade. The pan-genome can be broken down into a "core pangenome" that contains genes present in all individuals, a "shell pangenome" that contains genes present in two or more strains, and a "cloud pangenome" that contains genes only found in a single strain. Some authors also refer to the cloud genome as "accessory genome" containing 'dispensable' genes present in a subset of the strains and strain-specific genes. Note that the use of the term 'dispensable' has been questioned, at least in plant genomes, as accessory genes play "an important role in genome evolution and in the complex in (en)
  • Le pangénome décrit la gamme complète de gènes dans une espèce. Il s'agit d'un sur-ensemble de tous les gènes de toutes les souches d'une espèce. L'importance du pangénome se pose dans un contexte évolutif, en particulier en rapport avec la métagénomique, mais est également utilisé dans un contexte plus large de la génomique. (fr)
  • Пангено́м, также супрагеном (англ. pan-genome, pangenome, supragenome) — совокупность всех генов рассматриваемой группы организмов (как правило, монофилетической), для которой возможно генетическое разнообразие между близкородственными штаммами или экотипами (Рис. 1). Пангеном объединяет набор генов всех штаммов, составляющих кладу: вид, род или таксон более высокого порядка. Традиционно понятие пангенома применяется к видам бактерий и архей. (ru)
foaf:depiction
  • http://commons.wikimedia.org/wiki/Special:FilePath/BPGA_analysis_of_Streptococcus_agalactiae.png
  • http://commons.wikimedia.org/wiki/Special:FilePath/Characteristics_of_open_and_closed_pangenomes.png
  • http://commons.wikimedia.org/wiki/Special:FilePath/Example_of_Anvi’o_software_output.png
  • http://commons.wikimedia.org/wiki/Special:FilePath/Pangenome_analysis_with_BPGA_software.png
  • http://commons.wikimedia.org/wiki/Special:FilePath/Parts_of_the_pangenome.png
  • http://commons.wikimedia.org/wiki/Special:FilePath/Streptococcus_pneumoniae_pan-genome_Donati_2011.jpg
  • http://commons.wikimedia.org/wiki/Special:FilePath/Supergenome_and_metapangenome.png
dcterms:subject
Wikipage page ID
Wikipage revision ID
Link from a Wikipage to another Wikipage
Link from a Wikipage to an external page
sameAs
Faceted Search & Find service v1.17_git139 as of Feb 29 2024


Alternative Linked Data Documents: ODE     Content Formats:   [cxml] [csv]     RDF   [text] [turtle] [ld+json] [rdf+json] [rdf+xml]     ODATA   [atom+xml] [odata+json]     Microdata   [microdata+json] [html]    About   
This material is Open Knowledge   W3C Semantic Web Technology [RDF Data] Valid XHTML + RDFa
OpenLink Virtuoso version 08.03.3330 as of Mar 19 2024, on Linux (x86_64-generic-linux-glibc212), Single-Server Edition (61 GB total memory, 46 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software