An amplicon sequence variant (ASV) is any one of the inferred single DNA sequences recovered from a high-throughput analysis of marker genes. Because these analyses, also called "amplicon reads," are created following the removal of erroneous sequences generated during PCR and sequencing, using ASVs makes it possible to distinguish sequence variation by a single nucleotide change. The uses of ASVs include classifying groups of species based on DNA sequences, finding biological and environmental variation, and determining ecological patterns.
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| - Amplicon sequence variant (en)
- Variante de secuencia de amplicón (es)
- Variant de séquence d'amplicon (fr)
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| - An amplicon sequence variant (ASV) is any one of the inferred single DNA sequences recovered from a high-throughput analysis of marker genes. Because these analyses, also called "amplicon reads," are created following the removal of erroneous sequences generated during PCR and sequencing, using ASVs makes it possible to distinguish sequence variation by a single nucleotide change. The uses of ASVs include classifying groups of species based on DNA sequences, finding biological and environmental variation, and determining ecological patterns. (en)
- Una variante de secuencia de amplicón (o ASV por las siglas en inglés de "Amplicon Variant Sequence") es cualquiera de las secuencias individuales de ADN derivadas de un análisis de alto rendimiento de genes marcadores. Los análisis de alto rendimiento de genes marcadores modelan variantes de comunidades a partir de "lecturas de amplicón". Estos análisis realizan correcciones de falsas asignaciones mediante la eliminación de secuencias erróneas generadas durante la PCR y la secuenciación, por lo que son también llamados eliminadores de ruido o "denoisers". El uso de estos análisis permite distinguir entre variantes de secuencia con la precisión de hasta un solo cambio de nucleótido, según algunos softwares . (es)
- Variant de séquence d'amplicon (VSA ou ASV en anglais pour amplicon sequence variant, plus couramment utilisé) est un terme utilisé pour désigner des séquences d'ADN individuelles récupérées à partir d'une analyse de gène marqueur à haut débit à la suite de l'élimination de séquences parasites générées pendant l'amplification par PCR et le séquençage qui s'ensuit. Les ASV sont donc des séquences déduites d'origine biologique véritable. Le terme a été introduit pour faire la distinction entre, d'une part, les méthodes traditionnelles qui délimitent les unités taxonomiques opérationnelles (ou OTUs en anglais, plus couramment utilisé) générées en regroupant (clustering) des séquences basées sur un seuil de similarité partagé, et d'autre part, les nouvelles méthodes alternatives qui traitent d (fr)
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| - An amplicon sequence variant (ASV) is any one of the inferred single DNA sequences recovered from a high-throughput analysis of marker genes. Because these analyses, also called "amplicon reads," are created following the removal of erroneous sequences generated during PCR and sequencing, using ASVs makes it possible to distinguish sequence variation by a single nucleotide change. The uses of ASVs include classifying groups of species based on DNA sequences, finding biological and environmental variation, and determining ecological patterns. ASVs were first described in 2013, by Eren and colleagues. Before that, for many years the standard unit for marker-gene analysis was the operational taxonomic unit (OTU), which is generated by clustering sequences based on a threshold of similarity. There are two approaches to developing OTUs:
* de-novo OTUs, for which the clustering is based on similarities between sequencing reads, and
* closed-reference OTUs, for which the clustering is performed against a reference database of sequences. Compared to ASVs, OTUs reflect a coarser notion of similarity. Though there is no single threshold, the most commonly chosen value is 3%, which means these units share 97% of the DNA sequence. ASV methods on the other hand are able to resolve sequence differences by as little as a single nucleotide change, thus avoiding similarity-based operational clustering units altogether. Therefore, ASVs represent a finer distinction between sequences. ASVs are also referred to as exact sequence variants (ESVs), zero-radius OTUs (zOTUs), sub-OTUs (sOTUs), haplotypes, or oligotypes. (en)
- Una variante de secuencia de amplicón (o ASV por las siglas en inglés de "Amplicon Variant Sequence") es cualquiera de las secuencias individuales de ADN derivadas de un análisis de alto rendimiento de genes marcadores. Los análisis de alto rendimiento de genes marcadores modelan variantes de comunidades a partir de "lecturas de amplicón". Estos análisis realizan correcciones de falsas asignaciones mediante la eliminación de secuencias erróneas generadas durante la PCR y la secuenciación, por lo que son también llamados eliminadores de ruido o "denoisers". El uso de estos análisis permite distinguir entre variantes de secuencia con la precisión de hasta un solo cambio de nucleótido, según algunos softwares . Los usos de las Variantes de secuencia de amplicón incluyen: 1.
* La clasificación de grupos de especies en función de las secuencias de ADN. 2.
* La búsqueda de variaciones biológicas y variaciones ambientales. 3.
* La determinación de patrones ecológicos. (es)
- Variant de séquence d'amplicon (VSA ou ASV en anglais pour amplicon sequence variant, plus couramment utilisé) est un terme utilisé pour désigner des séquences d'ADN individuelles récupérées à partir d'une analyse de gène marqueur à haut débit à la suite de l'élimination de séquences parasites générées pendant l'amplification par PCR et le séquençage qui s'ensuit. Les ASV sont donc des séquences déduites d'origine biologique véritable. Le terme a été introduit pour faire la distinction entre, d'une part, les méthodes traditionnelles qui délimitent les unités taxonomiques opérationnelles (ou OTUs en anglais, plus couramment utilisé) générées en regroupant (clustering) des séquences basées sur un seuil de similarité partagé, et d'autre part, les nouvelles méthodes alternatives qui traitent des séquences individuelles sans besoin de clustering. Les méthodes ASV sont capables de traiter des séquences qui diffèrent même d'un nucléotide et évitent le regroupement basé sur la similitude ; pour ces raisons, les ASV sont également appelés variants de séquence exacte (ESVs pour exact sequence variants) ou OTU à rayon nul (zOTUs pour zero-radius OTUs). (fr)
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