| rdfs:comment
| - PHYLogeny Inference Package (PHYLIP) is a free computational phylogenetics package of programs for inferring evolutionary trees (phylogenies). It consists of 65 portable programs, i.e., the source code is written in the programming language C. As of version 3.696, it is licensed as open-source software; versions 3.695 and older were proprietary software freeware. Releases occur as source code, and as precompiled executables for many operating systems including Windows (95, 98, ME, NT, 2000, XP, Vista), Mac OS 8, Mac OS 9, OS X, Linux (Debian, Red Hat); and FreeBSD from FreeBSD.org.Full documentation is written for all the programs in the package and is included therein. The programs in the phylip package were written by Professor Joseph Felsenstein, of the Department of Genome Sciences and (en)
- PHYLIP jest bezpłatnym pakietem w którego skład wchodzi około 30 programów obejmujących większość aspektów analizy filogenetycznej. Posiada on wersje dostępne na wielu platformach komputerowych, w tym: Mac, DOS, UNIX, VAX / VMS i inne. Metody dostępne w pakiecie obejmują parsymonię, i , w tym metodę bootstrap i . PHYLIP obsługuje następujące typy danych: sekwencje molekularne, częstotliwość występowania genów, i , i . (pl)
- PHYLIP (PHYLogeny Inference Package) é um pacote de programas de filogenética computacional, de licença livre, para inferência de árvores evolucionárias (filogenias). O nome é um acrônimo para PHYLogeny Inference Package. É constituído por 35 programas portáveis, ou seja, o código-fonte é escrito em C e executáveis pré-compilados estão disponíveis para Windows(95/98/NT/2000/me/XP), Mac OS 8 and 9, Mac OS X, e sistemas Linux. (pt)
- PHYLIP (PHYLogeny Inference Package) — программное обеспечение для построения филогенетических деревьев. Пакет состоит из 35 программ, которые не имеют графического интерфейса. Входящие данные представлены в собственном формате PHYLIP. Файл outtree, содержащий дерево, представлен в универсальном Ньюик-формате. С сентября 1980 года, момента первого выхода программы, имеет более 28000 официально зарегистрированных пользователей. (ru)
- PHYLIP (PHYLogeny Inference Package) — програмне забезпечення для побудови філогенетичних дерев. Пакет складається з 35 програм, які не мають графічного інтерфейсу. Вхідні дані представлено у власному форматі PHYLIP. Файл outtree, що містить дерево, представлений в універсальному Ньюїк-форматі. З вересня 1980 року, моменту першого виходу програми, має понад 28000 офіційно зареєстрованих користувачів. (uk)
|
| has abstract
| - PHYLogeny Inference Package (PHYLIP) is a free computational phylogenetics package of programs for inferring evolutionary trees (phylogenies). It consists of 65 portable programs, i.e., the source code is written in the programming language C. As of version 3.696, it is licensed as open-source software; versions 3.695 and older were proprietary software freeware. Releases occur as source code, and as precompiled executables for many operating systems including Windows (95, 98, ME, NT, 2000, XP, Vista), Mac OS 8, Mac OS 9, OS X, Linux (Debian, Red Hat); and FreeBSD from FreeBSD.org.Full documentation is written for all the programs in the package and is included therein. The programs in the phylip package were written by Professor Joseph Felsenstein, of the Department of Genome Sciences and the Department of Biology, University of Washington, Seattle. Methods (implemented by each program) that are available in the package include parsimony, distance matrix, and likelihood methods, including bootstrapping and consensus trees. Data types that can be handled include molecular sequences, gene frequencies, restriction sites and fragments, distance matrices, and discrete characters. Each program is controlled through a menu, which asks users which options they want to set, and allows them to start the computation. The data is read into the program from a text file, which the user can prepare using any word processor or text editor (but this text file cannot be in the special format of the word processor, it must instead be in flat ASCII or text only format). Some sequence analysis programs such as the ClustalW alignment program can write data files in the PHYLIP format. Most of the programs look for the data in a file called infile . If the phylip programs do not find this file, they then ask the user to type in the file name of the data file. (en)
- PHYLIP (PHYLogeny Inference Package) é um pacote de programas de filogenética computacional, de licença livre, para inferência de árvores evolucionárias (filogenias). O nome é um acrônimo para PHYLogeny Inference Package. É constituído por 35 programas portáveis, ou seja, o código-fonte é escrito em C e executáveis pré-compilados estão disponíveis para Windows(95/98/NT/2000/me/XP), Mac OS 8 and 9, Mac OS X, e sistemas Linux. A documentação completa é escrito para todos os programas do pacote e faz parte do pacote. O autor deste pacote é , Professor no Departamento de Ciências Genômicas e do Departamento de Biologia da Universidade de Washington, Seattle. Métodos (implementados para cada programa) que estão disponíveis no pacote incluem máxima parcimônia, matriz de distâncias e da máxima verossimilhança, incluindo calcular apoio estatístico para clados (bootstrapping) e árvores de consenso. Os tipos de dados que podem ser manuseados incluem , freqüências gênicas, e fragmentos, matrizes de distância, e caracteres discretos. O PHYLIP é um programa a partir de linha de comando e não tem uma interface do tipo aponte-clique. Cada programa é controlado através de um menu, que pede aos usuários quais as opções que deseja definir, e permite-lhes iniciar o cálculo. Os dados são lidos no programa a partir de um arquivo de texto, que o usuário pode preparar utilizando qualquer processador de texto ou editor de texto (mas é importante que este arquivo de texto não esteja em um formato especial do processador de texto— ele deve ser em vez disso estar em Flat ASCII ou Formato somente texto). Alguns programas de análise de sequência, como o programa de alinhamento ClustalW podem gravar arquivos de dados no formato PHYLIP. A maioria dos programas procuram os dados em um arquivo chamado infile— se eles não encontram esse arquivo, pedem então que o usuário digite o nome do arquivo de dados. A saída é escrita em arquivos com nomes como outfile e outtree. Árvores gravadas em outtree estão no , um padrão informal acordado em 1986 por autores dos principais pacotes de filogenia. (pt)
- PHYLIP jest bezpłatnym pakietem w którego skład wchodzi około 30 programów obejmujących większość aspektów analizy filogenetycznej. Posiada on wersje dostępne na wielu platformach komputerowych, w tym: Mac, DOS, UNIX, VAX / VMS i inne. Kod źródłowy jest napisany w języku programowania C. Od wersji 3.696 jest licencjonowany jako oprogramowanie typu open-source; wersje 3.695 i starsze były prawnie zastrzeżonym oprogramowaniem. Wszystkie programy w pakiecie zawierają pełną dokumentację. Autorem pakietu jest profesor z Wydziału Nauk Genomu i Wydziału Biologii Uniwersytetu Waszyngtońskiego w Seattle. Metody dostępne w pakiecie obejmują parsymonię, i , w tym metodę bootstrap i . PHYLIP obsługuje następujące typy danych: sekwencje molekularne, częstotliwość występowania genów, i , i . PHYLIP jest programem z prostym interfejsem korzystającym z wiersza poleceń. Programy w obrębie pakietu wywoływane są przez wpisanie ich nazwy do wiersza poleceń. Większość programów szuka danych w pliku o nazwie „infile”, jeśli go nie znajdą, program poprosi o wpisanie nazwy pliku do odczytu. Musi to być plik tekstowy w kompatybilnym formacie (np. format ASCII – bez specjalnego formatowania). Dane wyjściowe są zapisywane na plikach o nazwach „outfile” i „outtree”. Drzewa filogenetyczne w pliku „outtree” zapisywane są w . Niektóre programy do analizy sekwencji, jak na przykład ClustalW, mogą zapisywać pliki danych bezpośrednio w formacie PHYLIP. Programy wchodzące w skład pakietu: protpars, dnapars, dnapenny, dnamove, dnacomp, dnaml, dnamlk, proml, promlk, restml, dnainvar, dnadist, protdist, restdist, seqboot, fitch, kitsch, neighbor, contml, contrast, gendist, pars, mix, penny, move, dollop, dolpenny, dolmove, clique, factor, drawgram, drawtree, consense, treedist, retree. (pl)
|
![[RDF Data]](/fct/images/sw-rdf-blue.png)
![[cxml]](/fct/images/cxml_doc.png)
![[csv]](/fct/images/csv_doc.png)
![[text]](/fct/images/ntriples_doc.png)
![[turtle]](/fct/images/n3turtle_doc.png)
![[ld+json]](/fct/images/jsonld_doc.png)
![[rdf+json]](/fct/images/json_doc.png)
![[rdf+xml]](/fct/images/xml_doc.png)
![[atom+xml]](/fct/images/atom_doc.png)
![[html]](/fct/images/html_doc.png)