Orientations of Proteins in Membranes (OPM) database provides spatial positions of membrane protein structures with respect to the lipid bilayer. Positions of the proteins are calculated using an implicit solvation model of the lipid bilayer. The results of calculations were verified against experimental studies of spatial arrangement of transmembrane and peripheral proteins in membranes.
| Attributes | Values |
|---|
| rdf:type
| |
| rdfs:label
| - قاعدة بيانات توجهات البروتينات في الأغشية (ar)
- OPM (base de données) (fr)
- Orientations of Proteins in Membranes database (ja)
- Orientations of Proteins in Membranes database (en)
|
| rdfs:comment
| - قاعدة بيانات توجهات البروتينات في الأغشية (بالإنجليزية: Orientations of Proteins in Membranes database) (مختصرها: OPM) هي قاعدة بيانات توفر الحالات الحيزية للبروتين الغشائية وبنية البروتينات مع مراعاة الدهن ثنائي الطبقة. تحسب حالات البروتين بواسطة للدهن ثنائي الطبقة ويتم التحقق من نتائج الحسابات مقارنة بالدراسات التجريبية من الترتيب الحيزي في البروتينات عبر الغشائية والبروتينات الغشائية المحيطية في الأغشية. (ar)
- Orientations of Proteins in Membranes (OPM) database provides spatial positions of membrane protein structures with respect to the lipid bilayer. Positions of the proteins are calculated using an implicit solvation model of the lipid bilayer. The results of calculations were verified against experimental studies of spatial arrangement of transmembrane and peripheral proteins in membranes. (en)
- OPM, de l'anglais Orientations of Proteins in Membranes, est une base de données bio-informatique qui donne la position relative des protéines membranaires par rapport à la bicouche lipidique. La position des protéines est calculée à l'aide du modèle de (en) de la bicouche lipidique. Les résultats de ces calculs sont vérifiés à l'aide de données expérimentales sur l'arrangement des protéines transmembranaires et périphériques. (fr)
- Orientations of Proteins in Membranes (OPM) databaseは、脂質二重膜に対する膜タンパク質構造の空間的位置を提供する。タンパク質の位置は脂質二重膜の陰溶媒和モデルを使って計算される。計算の結果は膜中の膜貫通タンパク質およびの空間的配置の実験的な研究に対して検証された。 タンパク質構造は蛋白質構造データバンクから取られる。OPMは膜会合型タンパク質のファミリーおよびスーパーファミリーへの構造的部類、、膜結合状態におけるタンパク質の四次構造、ならびにそれぞれのタンパク質の輸送先の膜の種類も提供する。計算された膜境界をダミー原子として含む座標ファイルがダウンロード可能である。ウェブサイトではJmolを使って膜境界平面付きのタンパク質構造の可視化ができる。 (ja)
|
| foaf:homepage
| |
| dc:description
| - The database provides spatial arrangement ofproteinsin thelipid bilayer
|
| dcterms:subject
| |
| Wikipage page ID
| |
| Wikipage revision ID
| |
| Link from a Wikipage to another Wikipage
| |
| Link from a Wikipage to an external page
| |
| sameAs
| |
| webapp
| |
| dbp:wikiPageUsesTemplate
| |
| description
| - The database provides spatial arrangement of proteins in the lipid bilayer (en)
|
| format
| |
| license
| |
| Organism
| |
| released
| |
| scope
| - Protein structures from the PDB (en)
|
| title
| - Orientations of Proteins in Membranes (en)
|
| url
| |
| version
| |
| Center
| |
| has abstract
| - قاعدة بيانات توجهات البروتينات في الأغشية (بالإنجليزية: Orientations of Proteins in Membranes database) (مختصرها: OPM) هي قاعدة بيانات توفر الحالات الحيزية للبروتين الغشائية وبنية البروتينات مع مراعاة الدهن ثنائي الطبقة. تحسب حالات البروتين بواسطة للدهن ثنائي الطبقة ويتم التحقق من نتائج الحسابات مقارنة بالدراسات التجريبية من الترتيب الحيزي في البروتينات عبر الغشائية والبروتينات الغشائية المحيطية في الأغشية. تؤخذ هياكل البروتينات من بنك بيانات البروتين. توفر قاعدة بيانات توجهات البروتينات في الأغشية أيضاً التصنيف الهيكلي للبروتينات المرتبطة بالغشاء في أسر وأسر عليا والبناء الرباعي للبروتينات في حالة غشاء مرتبط ونوع الغشاء الحيوي المقصود لكل بروتين. يمكن تحميل الملفات المنسقة مع حدود الأغشية المحسوبة. الموقع يسمح مشاهدة صورة تركيبية الهياكل البروتينات خلال الأغشية مع طبقات الحدود بواسطة جمول (Jmol) (MDL Chime) ووبمول (WebMol). كانت قاعدة البيانات تستخدم على نطاق واسع في الدراسات التجريبية والنظرية للبروتينات المرتبطة بالأغشية. ومع ذلك، لا تضمن هياكل العديد من البروتينات المرتبطة بالأغشية في قاعدة البيانات إذا أنها لا يمكن توقعها حسابياً. هذا هو الحال عندما تكون جميع أجزاء البروتينات المرتكزة في الأغشية (مثلاً حينما يكون ألفا لولب مزدوج الألفة أو معرضة لأجزاء غير القطبية أو ) مفقودة في الهياكل التجريبية. (ar)
- Orientations of Proteins in Membranes (OPM) database provides spatial positions of membrane protein structures with respect to the lipid bilayer. Positions of the proteins are calculated using an implicit solvation model of the lipid bilayer. The results of calculations were verified against experimental studies of spatial arrangement of transmembrane and peripheral proteins in membranes. Proteins structures are taken from the Protein Data Bank. OPM also provides structural classification of membrane-associated proteins into families and superfamilies, membrane topology, quaternary structure of proteins in membrane-bound state, and the type of a destination membrane for each protein. The coordinate files with calculated membrane boundaries are downloadable. The site allows visualization of protein structures with membrane boundary planes through Jmol. The database was widely used in experimental and theoretical studies of membrane-associated proteins. However, structures of many membrane-associated proteins are not included in the database if their spatial arrangement in membrane can not be computationally predicted from the three-dimensional structure. This is the case when all membrane-anchoring parts of the proteins (amphiphilic alpha helices, exposed nonpolar residues, or lipidated amino acid residues) are missing in the experimental structures. The database also does not include lower resolution structures with only main chain atoms provided by the Protein Data Bank. The calculated spatial arrangements of the lower resolution protein structures in the lipid bilayer can be found in other resources, such as PDBTM. (en)
- OPM, de l'anglais Orientations of Proteins in Membranes, est une base de données bio-informatique qui donne la position relative des protéines membranaires par rapport à la bicouche lipidique. La position des protéines est calculée à l'aide du modèle de (en) de la bicouche lipidique. Les résultats de ces calculs sont vérifiés à l'aide de données expérimentales sur l'arrangement des protéines transmembranaires et périphériques. Les structures des protéines sont issues de Protein Data Bank. OPM classifie également les protéines associées aux membranes en familles, superfamilles, (en), structures quaternaires des protéines lorsqu'elles sont liées aux membranes, et types de membranes de destination. Les fichiers de coordonnées avec les limites de membrane calculées sont téléchargeables. OPM permet de visualiser les structures protéiques avec les plans limites des membranes avec Jmol, (en), WebMol et (en). OPM a été largement utilisée dans de nombreuses études expérimentales et théoriques sur les protéines associées aux membranes. Cependant, les structures de nombreuses protéines associées aux membranes ne figurent pas dans cette base de données si elles ne peuvent pas être prédites par le calcul. C'est notamment le cas lorsque tous les points d'ancrage de la protéine avec les membranes (hélices α amphiphiles, résidus apolaires exposés ou résidus d'acides aminés liés à un lipide) sont absents des structures expérimentales. (fr)
- Orientations of Proteins in Membranes (OPM) databaseは、脂質二重膜に対する膜タンパク質構造の空間的位置を提供する。タンパク質の位置は脂質二重膜の陰溶媒和モデルを使って計算される。計算の結果は膜中の膜貫通タンパク質およびの空間的配置の実験的な研究に対して検証された。 タンパク質構造は蛋白質構造データバンクから取られる。OPMは膜会合型タンパク質のファミリーおよびスーパーファミリーへの構造的部類、、膜結合状態におけるタンパク質の四次構造、ならびにそれぞれのタンパク質の輸送先の膜の種類も提供する。計算された膜境界をダミー原子として含む座標ファイルがダウンロード可能である。ウェブサイトではJmolを使って膜境界平面付きのタンパク質構造の可視化ができる。 本データベースは膜結合タンパク質の実験的ならびに理論的研究において広く使われた。しかしながら、膜結合タンパク質の膜中での空間的配置が3次元構造から計算的に予測できない場合、それらの多くのタンパク質の構造はデータベースに含まれていない。実験から得られた構造がタンパク質の全ての膜アンカーリング部位（両親媒性αヘリックス、露出した非極性残基、あるいは）を欠いている時にこれがあてはまる。また、本データベースは蛋白質構造データバンクによって主鎖原子のぎあ提供されている低解像度構造も含まない。脂質二重膜中における低解像度タンパク質構造の計算された空間的配置はPDBTMといったその他の情報源で見ることができる。 (ja)
|
| curation
| |
| download
| |
| pmid
| |
| prov:wasDerivedFrom
| |
| page length (characters) of wiki page
| |
| title
| - Orientations of Proteins in Membranes (en)
|
| foaf:isPrimaryTopicOf
| |
| is Link from a Wikipage to another Wikipage
of | |
![[RDF Data]](/fct/images/sw-rdf-blue.png)
![[cxml]](/fct/images/cxml_doc.png)
![[csv]](/fct/images/csv_doc.png)
![[text]](/fct/images/ntriples_doc.png)
![[turtle]](/fct/images/n3turtle_doc.png)
![[ld+json]](/fct/images/jsonld_doc.png)
![[rdf+json]](/fct/images/json_doc.png)
![[rdf+xml]](/fct/images/xml_doc.png)
![[atom+xml]](/fct/images/atom_doc.png)
![[html]](/fct/images/html_doc.png)