An Operational Taxonomic Unit (OTU) is an operational definition used to classify groups of closely related individuals. The term was originally introduced in 1963 by and Robert R. Sokal and Peter H. A. Sneath in the context of numerical taxonomy, where an "Operational Taxonomic Unit" is simply the group of organisms currently being studied. In this sense, an OTU is a pragmatic definition to group individuals by similarity, equivalent to but not necessarily in line with classical Linnaean taxonomy or modern evolutionary taxonomy.
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| - Unidad taxonómica operativa (es)
- Unité taxonomique opérationnelle (fr)
- OTU (ja)
- Operational taxonomic unit (en)
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| - En biologie, une Unité Taxonomique Opérationnelle (abrégée en OTU, d'après l'anglais Operational Taxonomic Unit), est une définition opérationnelle utilisée pour regrouper des individus phylogénétiquement proches. (fr)
- En los análisis filogenéticos, una unidad taxonómica operativa (UTO), también conocida por la sigla OTU —del inglés Operational Taxonomic Unit— es una unidad de clasificación seleccionada por el investigador que la utiliza para individualizar a objetos de su estudio, ya sea una especie u otro taxón de cualquier categoría, una morfoespecie, una población, y hasta un individuo, y de este modo poder ordenarlos en una clasificación y en la construcción de un árbol filogenético, sin juzgar si se corresponden a una entidad biológica particular. (es)
- An Operational Taxonomic Unit (OTU) is an operational definition used to classify groups of closely related individuals. The term was originally introduced in 1963 by and Robert R. Sokal and Peter H. A. Sneath in the context of numerical taxonomy, where an "Operational Taxonomic Unit" is simply the group of organisms currently being studied. In this sense, an OTU is a pragmatic definition to group individuals by similarity, equivalent to but not necessarily in line with classical Linnaean taxonomy or modern evolutionary taxonomy. (en)
- OTU (Operational Taxonomic Unit)は、近縁な個体をひとまとめに分類するための操作上の単位である。この用語は、1963年にRobert R. SokalとPeter H. A. Sneathによって導入され、この時点ではOTUは単に研究の対象となる生物のグループを意味している。この意味で、OTUは生物を個体の類似性に基づいて分類する実用的な定義であり、古典的なリンネ式分類法や現代的な進化分類法と同等だが、必ずしも一致するとは限らない。 しかし、今日ではOTUという用語は一般に異なる使われ方をしている。この文脈におけるOTUは元々mOTU (molecular OTU) と呼ばれていたもので、特定のマーカー遺伝子のDNA配列類似性によってまとめられる一群の生物種の集合を意味し、この生物の分類群に含まれる生物は未培養や未知のものを含む。言い換えれば、OTUは、目視可能な生物に利用できるような生物学的分類が行えない場合に、微生物などを分類するために用いられる各種分類学的レベルでの「種」の実用的な代用品であると言える。近年においてOTUは最も一般的な多様性の単位であり、特に16S （原核生物の場合）または （真核生物の場合 ）遺伝子配列のデータセットを分析する場合に多用されてきた。 (ja)
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| - En los análisis filogenéticos, una unidad taxonómica operativa (UTO), también conocida por la sigla OTU —del inglés Operational Taxonomic Unit— es una unidad de clasificación seleccionada por el investigador que la utiliza para individualizar a objetos de su estudio, ya sea una especie u otro taxón de cualquier categoría, una morfoespecie, una población, y hasta un individuo, y de este modo poder ordenarlos en una clasificación y en la construcción de un árbol filogenético, sin juzgar si se corresponden a una entidad biológica particular. Suele ser aplicado cuando están disponibles datos de secuencias de ADN, o únicamente sus rasgos morfológicos. Es empleado tanto en taxonomía zoológica como botánica para aproximarse a la sistemática de un grupo que presenta indicios de diversidad críptica o subestimada, para taxones que poseen un amplio rango de variación morfológica, con límites frecuentemente sobrepuestos, en los que es muy difícil establecer caracteres diagnósticos para delimitar sus componentes, así como en géneros en donde las especies hibridan abundantemente, generando individuos o poblaciones con características intermedias. Es una unidad muy utilizada en la investigación de la diversidad microbiana y en cepas bacterianas. El número definido de OTU puede resultar sobrestimado debido a errores en la secuenciación del ADN. También tiene una aplicación en taxonomía de la escuela escuela fenética, la cual hace base en la diferenciación morfológica observable entre los taxones sin tener en cuenta la posible relación filogenética en virtud del conocimiento incompleto que sobre la real evolución de los organismos esta presentaría. (es)
- En biologie, une Unité Taxonomique Opérationnelle (abrégée en OTU, d'après l'anglais Operational Taxonomic Unit), est une définition opérationnelle utilisée pour regrouper des individus phylogénétiquement proches. (fr)
- An Operational Taxonomic Unit (OTU) is an operational definition used to classify groups of closely related individuals. The term was originally introduced in 1963 by and Robert R. Sokal and Peter H. A. Sneath in the context of numerical taxonomy, where an "Operational Taxonomic Unit" is simply the group of organisms currently being studied. In this sense, an OTU is a pragmatic definition to group individuals by similarity, equivalent to but not necessarily in line with classical Linnaean taxonomy or modern evolutionary taxonomy. Nowadays, however, the term "OTU" is commonly used in a different context and refers to clusters of (uncultivated or unknown) organisms, grouped by DNA sequence similarity of a specific taxonomic marker gene (originally coined as mOTU; molecular OTU). In other words, OTUs are pragmatic proxies for "species" (microbial or metazoan) at different taxonomic levels, in the absence of traditional systems of biological classification as are available for macroscopic organisms. For several years, OTUs have been the most commonly used units of diversity, especially when analysing small subunit 16S (for prokaryotes) or 18S rRNA (for eukaryotes) marker gene sequence datasets. Sequences can be clustered according to their similarity to one another, and operational taxonomic units are defined based on the similarity threshold (usually 97% similarity; however also 100% similarity is common, also known as single variants) set by the researcher. It remains debatable how well this commonly-used method recapitulates true microbial species phylogeny or ecology. Although OTUs can be calculated differently when using different algorithms or thresholds, recent research by Schmidt et al. (2014) demonstrated that microbial OTUs were generally ecologically consistent across habitats and several OTU clustering approaches. The number of OTUs defined may be inflated due to errors in DNA sequencing. (en)
- OTU (Operational Taxonomic Unit)は、近縁な個体をひとまとめに分類するための操作上の単位である。この用語は、1963年にRobert R. SokalとPeter H. A. Sneathによって導入され、この時点ではOTUは単に研究の対象となる生物のグループを意味している。この意味で、OTUは生物を個体の類似性に基づいて分類する実用的な定義であり、古典的なリンネ式分類法や現代的な進化分類法と同等だが、必ずしも一致するとは限らない。 しかし、今日ではOTUという用語は一般に異なる使われ方をしている。この文脈におけるOTUは元々mOTU (molecular OTU) と呼ばれていたもので、特定のマーカー遺伝子のDNA配列類似性によってまとめられる一群の生物種の集合を意味し、この生物の分類群に含まれる生物は未培養や未知のものを含む。言い換えれば、OTUは、目視可能な生物に利用できるような生物学的分類が行えない場合に、微生物などを分類するために用いられる各種分類学的レベルでの「種」の実用的な代用品であると言える。近年においてOTUは最も一般的な多様性の単位であり、特に16S （原核生物の場合）または （真核生物の場合 ）遺伝子配列のデータセットを分析する場合に多用されてきた。 DNA配列は他のDNA配列と互いの類似性に基づいてクラスタリングすることができる。OTUは個々の研究者が設定する類似性の閾値に応じて定義され、一般には97％の類似度を示す配列が同一のOTUに属するものとして扱われる。ただし、100％一致する配列のみを同一のものとして扱うこともあり、これはとも呼ばれる。微生物種の系統や生態を、一般的に使用されるこの方法がどれだけうまく再現するかについては議論の余地がある。OTUは、異なるアルゴリズムまたはしきい値を使用する複数の方法で得られるが、Schmidtら (2014) による最近の研究によると、微生物のOTUは一般に、生息環境やOTUの取得におけるクラスタリング手法によらず、生態を矛盾なく反映するとされる。なお、OTUの数はDNAシーケンシングにおけるエラーによって過剰に見積もられる可能性がある。 (ja)
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