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T-coffee تي-كوفي T-Coffee T-Coffee T-Coffee T-Coffee T-Coffee T-Coffee T-Coffee
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تي-كوفي T-coffee (بالإنجليزية: Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation)‏هو مجموعة من الأدوات للحوسبة تتيح مقارنة عدة سلاسل بيولوجية؛ مثل: (بروتينات,DNA,RNA).يتم استخدامه لتحديد الاماكن المهمة في السلسلة ومناطق المحاذاة، ولإيجاد الاحماض الامينية التي لا تسمح بحدوث الطفرات، لديه ميزات متقدمة لتقييم نوعية المقارنة و القدرة على تحديد حدوث (motifs(Mocca,و كل ذلك يتم بتحديد السلسلة اولا من برمجية FASTA و هي الأكثر استخداماً.وهناك خاصية هامة يوفرها وهي قدرته على الجمع بين أساليب مختلفة وأنواع البيانات المختلفة.له العديد من التطبيقات :Expresso and 3D-Coffee, R-Coffee , M-coffee, Pro-coffee و غيرها. T-Coffee (中文直翻:茶與咖啡) (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) (以樹形基礎的一致性做多重序列比對) 是利用漸進似演算法來作多重序列比對的軟體 。 它利用兩兩序列比對所產生的資訊來進行多重序列比對。 在最新的版本 (3D-Coffee) 中，亦可結合結構的資訊來作多重序列比對。 此外，該軟體可以評估比對結果的品質及找出在比對中所出現特殊的模板 (Mocca)。 預設比對結果輸出的格式為 aln (Clustal), 但也可產生其他 PIR, MSF, FASTA ... 等格式。 常用的輸入格式多有支援 。 Το T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) είναι ένα πρόγραμμα που χρησιμοποιείται για πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών και βασίζεται σε μια προοδευτική μέθοδο στοίχισης των ακολουθιών. Αρχικά πραγματοποιεί όλες τις κατα ζεύγη στοιχίσεις και τα αποτελέσματα συνδυάζονται σε μια αρχική βιβλιοθήκη. Στη συνέχεια σε ένα βήμα επέκτασης της βιβλιοθήκης, καθορίζεται πώς τα ζεύγη καταλοίπων στοιχίζονται σε σχέση με τα άλλα κατάλοιπα. Τέτοιες τριπλέτες χρησιμοποιούνται για να βρεθεί πόσο καλά οι ακολουθίες στοιχίζονται δεδομένων των υπολοίπων (σε αντίθεση με τον έλεχγο δύο ακολουθιών απομονωμένα). Τέλος κατασκευάζεται η τελική στοίχιση, προδευτικά με βάση τις πληροφορίες της βιβλιοθήκης. Το Τ-Coffee μπορεί επίσης να συνδυάσει προηγούμενες πολλαπλές στοιχίσεις ακολο T-Coffee (del inglés Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation, función objetivo de coherencia basada en árbol para evaluación de alineamientos) es un software para el alineamiento múltiple de secuencias que utiliza un enfoque progresivo, basado en métodos de consistencia, es decir, que sea capaz de generar alineamientos múltiples que representen con la mayor fidelidad el alineamiento de las secuencias por parejas. Genera una biblioteca de alineamientos de pares para guiar el alineamiento múltiple de secuencias. Puede combinar, también, alineamientos múltiples obtenidos previamente y, en las últimas versiones, puede usar información estructural de archivos PDB (3D-Coffee). Tiene características avanzadas para evaluar la calidad de los alineamientos, así como alguna T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function for Alignment Evaluation) is a multiple sequence alignment software using a progressive approach. It generates a library of pairwise alignments to guide the multiple sequence alignment. It can also combine multiple sequences alignments obtained previously and in the latest versions can use structural information from PDB files (3D-Coffee). It has advanced features to evaluate the quality of the alignments and some capacity for identifying occurrence of motifs (Mocca). It produces alignment in the aln format (Clustal) by default, but can also produce PIR, MSF, and FASTA format. The most common input formats are supported (FASTA, PIR). T-COFFEE (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) è un programma di bioinformatica utilizzato per l'allineamento multiplo di sequenza basato su un approccio progressivo. L'algoritmo di T-Coffee crea un insieme di allineamenti di coppia per ogni possibile paio di sequenze fornite come input, tale insieme (chiamato library) viene usato per guidare il processo di allineamento multiplo. T-Coffee può essere inoltre utilizzato per combinare allineamenti multipli ottenuti precedentemente con altri programmi. La versione più recente dell'algoritmo di T-Coffee è in grado di utilizzare le informazioni di strutturali disponibili tramite PDB. Tra le sue caratteristiche avanzate c'è la possibilità di valutare la qualità degli allineamenti e la capacità di identificare la pre T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) és una aplicació bioinformàtica utilitzada per a l'alineament múltiple de seqüències que utilitza un algorisme progressiu avaluat mitjançant la consistència emprant una llibreria d'alineaments.Aquesta eina incorpora altres funcionalitats com són la combinació de múltiples alineaments generats per diferents aplicacions M-Coffee,la utilització de plantilles per dur a terme un alineament més acurat, que poden ser l'estructura en format d'arxiu PDB d'una o més proteïnes de l'alineament 3D-Coffee/Expresso, el pèrfil d'una seqüència generat mitjançant la combinació d'ella amb altres seqüències homòlogues PSI-Coffee o l'estructura secundària d'ARN no codificants R-Coffee. T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) ist ein Programm aus dem Bereich der Bioinformatik. Es dient zum Erstellen eines Multiplen Sequenzalignments. Das Programm verfolgt dabei einen progressiven Ansatz. Es generiert eine Sammlung von paarweisen Alignments, die das Multiple Sequenzalignment führen. Außerdem kann es vorherberechnete Alignments kombinieren, sowie Struktur-Informationen aus PDB-Dateien verwenden (3D-Coffee). Es beinhaltet Features um die Qualität von Alignments zu evaluieren und eine gewisse Fähigkeit zur Identifikation von Motiven (Mocca). Standardmäßig werden Alignments im aln-Format (Clustal) ausgegeben, aber es können auch verschiedene weitere Formate verwendet werden, wie PIR, MSF und FASTA. Die häufigsten Eingabeformate (FASTA, PIR T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) é um software de alinhamento múltiplo de sequências que usa uma abordagem progressiva. Ele gera uma biblioteca de alinhamentos em pares para guiar o alinhamento múltiplo de seqüências. Ele também pode combinar alinhamentos múltiplos de seqüências obtidos anteriormente e nas versões mais recentes pode usar informações estruturais a partir de arquivos do PDB (3D Coffee). Possui recursos avançados para avaliar a qualidade dos alinhamentos e alguma capacidade de identificar a ocorrência de motivos (Mocca). Ele produz alinhamentos no formato ALN (Clustal) por default, mas pode produzir alinhamentos nos formatosPIR, MSF e FASTA. Os formatos de entrada mais comuns são suportados ( FASTA, ).
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T-Coffee (中文直翻:茶與咖啡) (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) (以樹形基礎的一致性做多重序列比對) 是利用漸進似演算法來作多重序列比對的軟體 。 它利用兩兩序列比對所產生的資訊來進行多重序列比對。 在最新的版本 (3D-Coffee) 中，亦可結合結構的資訊來作多重序列比對。 此外，該軟體可以評估比對結果的品質及找出在比對中所出現特殊的模板 (Mocca)。 預設比對結果輸出的格式為 aln (Clustal), 但也可產生其他 PIR, MSF, FASTA ... 等格式。 常用的輸入格式多有支援 。 Το T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) είναι ένα πρόγραμμα που χρησιμοποιείται για πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών και βασίζεται σε μια προοδευτική μέθοδο στοίχισης των ακολουθιών. Αρχικά πραγματοποιεί όλες τις κατα ζεύγη στοιχίσεις και τα αποτελέσματα συνδυάζονται σε μια αρχική βιβλιοθήκη. Στη συνέχεια σε ένα βήμα επέκτασης της βιβλιοθήκης, καθορίζεται πώς τα ζεύγη καταλοίπων στοιχίζονται σε σχέση με τα άλλα κατάλοιπα. Τέτοιες τριπλέτες χρησιμοποιούνται για να βρεθεί πόσο καλά οι ακολουθίες στοιχίζονται δεδομένων των υπολοίπων (σε αντίθεση με τον έλεχγο δύο ακολουθιών απομονωμένα). Τέλος κατασκευάζεται η τελική στοίχιση, προδευτικά με βάση τις πληροφορίες της βιβλιοθήκης. Το Τ-Coffee μπορεί επίσης να συνδυάσει προηγούμενες πολλαπλές στοιχίσεις ακολουθιών και οι τελευταίες εκδόσεις του μπορούν να ενσωματόσουν και δομικές πληροφορίες από αρχεία PDB (3D-Coffee). Χρησιμοποιεί προηγμένες μεθόδους για να αξιολογήσει την ποιότητα των στοιχίσεων και πάρεχει επιπλέον την δυνατότητα να χρησιμοποιηθεί και για εύρεση μοτίβων (Mocca). Η μορφή των στοιχίσεων που παράγει κανονικά είναι, αλλά μπορεί επίσης να παράγει πολλαπλές στοιχίσεις σε μορφή , , και . Το Τ-Coffee υποστηρίζει, επίσης, τις πιο διαδεδομένες μορφές αρχείων εισόδου (FASTA, PIR). T-COFFEE (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) è un programma di bioinformatica utilizzato per l'allineamento multiplo di sequenza basato su un approccio progressivo. L'algoritmo di T-Coffee crea un insieme di allineamenti di coppia per ogni possibile paio di sequenze fornite come input, tale insieme (chiamato library) viene usato per guidare il processo di allineamento multiplo. T-Coffee può essere inoltre utilizzato per combinare allineamenti multipli ottenuti precedentemente con altri programmi. La versione più recente dell'algoritmo di T-Coffee è in grado di utilizzare le informazioni di strutturali disponibili tramite PDB. Tra le sue caratteristiche avanzate c'è la possibilità di valutare la qualità degli allineamenti e la capacità di identificare la presenza di motivi. I risultati sono generati in format ALN (Clustal) per default, ma sono inoltre supportati i seguenti formati di output: PIR, MSF e FASTA. Come input sono accettati i più comuni formati per l'allineamento multiplo di sequenze: (FASTA, PIR). T-Coffee (del inglés Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation, función objetivo de coherencia basada en árbol para evaluación de alineamientos) es un software para el alineamiento múltiple de secuencias que utiliza un enfoque progresivo, basado en métodos de consistencia, es decir, que sea capaz de generar alineamientos múltiples que representen con la mayor fidelidad el alineamiento de las secuencias por parejas. Genera una biblioteca de alineamientos de pares para guiar el alineamiento múltiple de secuencias. Puede combinar, también, alineamientos múltiples obtenidos previamente y, en las últimas versiones, puede usar información estructural de archivos PDB (3D-Coffee). Tiene características avanzadas para evaluar la calidad de los alineamientos, así como algunas capacidades para identificar la ocurrencia de motivos (Mocca). Por defecto, el alineamiento lo produce en el formato "aln" de Clustal, aunque también puede generar formatos PIR, MSF y FASTA. Los ficheros de entrada siempre están bajo el formato FASTA. Nótese que lo que T-Coffee denomina formato "Clustal" es lo bastante diferente del formato de salida de ClustalW/X como para que muchos programas que soportan el formato de Clustal no puedan leerlo; afortunadamente, ClustalX puede importar salidas de T-Coffee, por lo que una sencilla solución para este punto en cuestión es importar la salida de T-Coffee en ClustalX y re-exportarla. T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) ist ein Programm aus dem Bereich der Bioinformatik. Es dient zum Erstellen eines Multiplen Sequenzalignments. Das Programm verfolgt dabei einen progressiven Ansatz. Es generiert eine Sammlung von paarweisen Alignments, die das Multiple Sequenzalignment führen. Außerdem kann es vorherberechnete Alignments kombinieren, sowie Struktur-Informationen aus PDB-Dateien verwenden (3D-Coffee). Es beinhaltet Features um die Qualität von Alignments zu evaluieren und eine gewisse Fähigkeit zur Identifikation von Motiven (Mocca). Standardmäßig werden Alignments im aln-Format (Clustal) ausgegeben, aber es können auch verschiedene weitere Formate verwendet werden, wie PIR, MSF und FASTA. Die häufigsten Eingabeformate (FASTA, PIR) werden ebenfalls unterstützt. T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function for Alignment Evaluation) is a multiple sequence alignment software using a progressive approach. It generates a library of pairwise alignments to guide the multiple sequence alignment. It can also combine multiple sequences alignments obtained previously and in the latest versions can use structural information from PDB files (3D-Coffee). It has advanced features to evaluate the quality of the alignments and some capacity for identifying occurrence of motifs (Mocca). It produces alignment in the aln format (Clustal) by default, but can also produce PIR, MSF, and FASTA format. The most common input formats are supported (FASTA, PIR). T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) é um software de alinhamento múltiplo de sequências que usa uma abordagem progressiva. Ele gera uma biblioteca de alinhamentos em pares para guiar o alinhamento múltiplo de seqüências. Ele também pode combinar alinhamentos múltiplos de seqüências obtidos anteriormente e nas versões mais recentes pode usar informações estruturais a partir de arquivos do PDB (3D Coffee). Possui recursos avançados para avaliar a qualidade dos alinhamentos e alguma capacidade de identificar a ocorrência de motivos (Mocca). Ele produz alinhamentos no formato ALN (Clustal) por default, mas pode produzir alinhamentos nos formatosPIR, MSF e FASTA. Os formatos de entrada mais comuns são suportados ( FASTA, ). T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) és una aplicació bioinformàtica utilitzada per a l'alineament múltiple de seqüències que utilitza un algorisme progressiu avaluat mitjançant la consistència emprant una llibreria d'alineaments.Aquesta eina incorpora altres funcionalitats com són la combinació de múltiples alineaments generats per diferents aplicacions M-Coffee,la utilització de plantilles per dur a terme un alineament més acurat, que poden ser l'estructura en format d'arxiu PDB d'una o més proteïnes de l'alineament 3D-Coffee/Expresso, el pèrfil d'una seqüència generat mitjançant la combinació d'ella amb altres seqüències homòlogues PSI-Coffee o l'estructura secundària d'ARN no codificants R-Coffee. تي-كوفي T-coffee (بالإنجليزية: Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation)‏هو مجموعة من الأدوات للحوسبة تتيح مقارنة عدة سلاسل بيولوجية؛ مثل: (بروتينات,DNA,RNA).يتم استخدامه لتحديد الاماكن المهمة في السلسلة ومناطق المحاذاة، ولإيجاد الاحماض الامينية التي لا تسمح بحدوث الطفرات، لديه ميزات متقدمة لتقييم نوعية المقارنة و القدرة على تحديد حدوث (motifs(Mocca,و كل ذلك يتم بتحديد السلسلة اولا من برمجية FASTA و هي الأكثر استخداماً.وهناك خاصية هامة يوفرها وهي قدرته على الجمع بين أساليب مختلفة وأنواع البيانات المختلفة.له العديد من التطبيقات :Expresso and 3D-Coffee, R-Coffee , M-coffee, Pro-coffee و غيرها.
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