| dbo:abstract
|
- El peak calling (en català: identificació de pics o, literalment, crida de pics) és un mètode computacional que permet identificar els llocs d'unió de proteïnes putatives. En concret, aquest mètode permet identificar àrees del genoma enriquides amb lectures alineades després d'haver fet una seqüenciació per immunoprecipitació de cromatina (ChIP-seq, de Chromatin Immunoprecipitation sequencing) o de DNA metilat (MeDIP-seq, de Methylated DNA Immunoprecipitation sequencing). (ca)
- Peak calling is a computational method used to identify areas in a genome that have been enriched with aligned reads as a consequence of performing a ChIP-sequencing or MeDIP-seq experiment. These areas are those where a protein interacts with DNA. When the protein is a transcription factor, the enriched area is its transcription factor binding site (TFBS). Popular software programs include MACS. Wilbanks and colleagues is a survey of the ChIP-seq peak callers, and Bailey et al. is a description of practical guidelines for peak calling in ChIP-seq data. Peak calling may be conducted on transcriptome/exome as well to RNA epigenome sequencing data from MeRIPseq or for detection of post-transcriptional RNA modification sites with software programs, such as exomePeak.Many of the peak calling tools are optimised for only some kind of assays such as only for transcription-factor ChIP-seq or only for DNase-seq. However new generation of peak callers such as DFilter are based on generalised optimal theory of detection and has been shown to work for nearly all kinds for tag profile signals from next-gen sequencing data. It is also possible to do more complex analysis using such tools like combining multiple ChIP-seq signal to detect regulatory sites. In the context of ChIP-exo, this process is known as 'peak-pair calling'. Differential peak calling is about identifying significant differences in two ChIP-seq signals. One can distinguish between one-stage and two-stage differential peak callers. One stage differential peak callers work in two phases: first, call peaks on individual ChIP-seq signals and second, combine individual signals and apply statistical tests to estimate differential peaks. DBChIP and MAnorm are examples for one stage differential peak callers. Two stage differential peak callers segment two ChIP-seq signals and identify differential peaks in one step. They take advantage of signal segmentation approaches such as Hidden Markov Models. Examples for two-stage differential peak callers are ChIPDiff, ODIN. and THOR.Differential peak calling can also be applied in the context of analyzing RNA-binding protein binding sites. (en)
- Поиск пиков (англ. Peak calling) — это компьютерный метод поиска областей генома, обогащённых выровненными ридами из данных ChiP-Seq эксперимента. Такие области называют пиками, поскольку они являются локальными максимумами покрытия генома ридами (то есть количества прочтений, выровненных в данной позиции). Определённые таким образом регионы считаются местами связывания белка, с которым проводился опыт. Если речь идёт о транскрипционном факторе, то обогащённые области по сути являются сайтами связывания транскрипционного фактора. Определение областей пиков является важным шагом любого Chip-Seq эксперимента, поскольку именно на этом этапе происходит интерпретация данных — нужно отличить шумы от сигнала. (ru)
- Peak calling是一种用于鉴定经染色质免疫沉淀-测序或MeDIP-测序实验后所得到的比对读段富集在基因组哪些区域中的一种计算方法。当免疫沉淀的蛋白质是一种转录因子时，那么DNA的富集区域就是这种它的（TFBS）。主流的Peak calling软件有MACS等。 Peak calling可应用于转录组/外显组测序，亦可用于对或的RNA表观基因组测序数据进行分析；利用如exomePeak等的软件程序，可检测出转录后RNA修饰位点。 (zh)
|
| dbo:wikiPageExternalLink
| |
| dbo:wikiPageID
| |
| dbo:wikiPageLength
|
- 8474 (xsd:nonNegativeInteger)
|
| dbo:wikiPageRevisionID
| |
| dbo:wikiPageWikiLink
| |
| dbp:wikiPageUsesTemplate
| |
| dcterms:subject
| |
| gold:hypernym
| |
| rdf:type
| |
| rdfs:comment
|
- El peak calling (en català: identificació de pics o, literalment, crida de pics) és un mètode computacional que permet identificar els llocs d'unió de proteïnes putatives. En concret, aquest mètode permet identificar àrees del genoma enriquides amb lectures alineades després d'haver fet una seqüenciació per immunoprecipitació de cromatina (ChIP-seq, de Chromatin Immunoprecipitation sequencing) o de DNA metilat (MeDIP-seq, de Methylated DNA Immunoprecipitation sequencing). (ca)
- Поиск пиков (англ. Peak calling) — это компьютерный метод поиска областей генома, обогащённых выровненными ридами из данных ChiP-Seq эксперимента. Такие области называют пиками, поскольку они являются локальными максимумами покрытия генома ридами (то есть количества прочтений, выровненных в данной позиции). Определённые таким образом регионы считаются местами связывания белка, с которым проводился опыт. Если речь идёт о транскрипционном факторе, то обогащённые области по сути являются сайтами связывания транскрипционного фактора. Определение областей пиков является важным шагом любого Chip-Seq эксперимента, поскольку именно на этом этапе происходит интерпретация данных — нужно отличить шумы от сигнала. (ru)
- Peak calling是一种用于鉴定经染色质免疫沉淀-测序或MeDIP-测序实验后所得到的比对读段富集在基因组哪些区域中的一种计算方法。当免疫沉淀的蛋白质是一种转录因子时，那么DNA的富集区域就是这种它的（TFBS）。主流的Peak calling软件有MACS等。 Peak calling可应用于转录组/外显组测序，亦可用于对或的RNA表观基因组测序数据进行分析；利用如exomePeak等的软件程序，可检测出转录后RNA修饰位点。 (zh)
- Peak calling is a computational method used to identify areas in a genome that have been enriched with aligned reads as a consequence of performing a ChIP-sequencing or MeDIP-seq experiment. These areas are those where a protein interacts with DNA. When the protein is a transcription factor, the enriched area is its transcription factor binding site (TFBS). Popular software programs include MACS. Wilbanks and colleagues is a survey of the ChIP-seq peak callers, and Bailey et al. is a description of practical guidelines for peak calling in ChIP-seq data. (en)
|
| rdfs:label
|
- Peak calling (ca)
- Peak calling (en)
- Поиск пиков в данных ChiP-Seq (ru)
- Peak calling (zh)
|
| owl:sameAs
| |
| prov:wasDerivedFrom
| |
| foaf:isPrimaryTopicOf
| |
| is dbo:wikiPageWikiLink
of | |
| is foaf:primaryTopic
of | |
