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- A short tandem repeat (STR) in DNA occurs when a pattern of two or more nucleotides are repeated and the repeated sequences are directly adjacent to each other. The pattern can range in length from 2 to 10 base pairs (bp) (for example n in a genomic region) and is typically in the non-coding intron region. By identifying repeats of a specific sequences, it is possible to create a genetic profile of an individual. There are currently over 10,000 published STR sequences in the human genome. STR analysis has become the prevalent analysis method for determining genetic profiles in forensic cases.
- Short tandem repeats sind repetitive DNA-Elemente und gehören zu den Satelliten-DNAs. Als Short tandem repeats wird in der Genetik die Wiederholung kurzer Basenpaar-Muster hintereinander in einem DNA-Strang bezeichnet. Diese Muster bestehen aus 2-6 Basenpaaren und werden entsprechend ihrer Länge nach der biochemischem Nomenklatur wie folgt eingeteilt: 2 Basenpaare (bp) - dimerer STR 3 bp - trimerer STR 4 bp - tetramerer STR 5 bp - pentamerer STR 6 bp - hexamerer STR Die Anzahl der Muster-Wiederholungen spielt in der Benennung keine Rolle.
- SSR (Short Sequence Repeat) o STR (Short Tandem Repeat) por sus siglas en inglés. Los SSR, llamados microsatélites en castellano son secuencias de ADN en las que un fragmento (cuyo tamaño va desde una hasta seis pares de bases) se repite de manera consecutiva. La variación en el número de repeticiones crea diferentes alelos los cuales se distinguen entre sí por la longitud total del fragmento. Un microsatélite esta típicamente conformado por un motivo repetitivo, en el cual se encuentra contenido la secuencia repetida, y dos regiones flanqueantes, las cuales se encuentran a ambos lados del motivo repetitivo. Sin embargo en algunos casos, pueden haber dos motivos repetitivos o más dentro de un microsatélite. Para que un microsatélite sea considerado útil como marcador molecular, toda la variación de la secuencia o polimorfismo debe hallarse dentro del motivo repetitivo, y por el contrario, las regiones flanqueantes deben estar altamente conservadas al punto de no presentar ninguna variación de secuencia. Partiendo de esta hipótesis se diseñan primers o iniciadores (también llamados cebadores) es decir, fragmentos de ADN que tienen la misma secuencia que los extremos de las regiones flanquentes para poder amplificar (o producir un alto número de copias) un microsatélite a través de una PCR. Los fragmentos así producidos son separados de acuerdo a su longitud en pares de base a través de una electroforésis en gel de agarosa. Partiendo de la hipótesis de que en microsatélite sólo varía el número de repeticiones dentro del motivo repetitivo, fragmentos que tienen el mismo tamaño, así determinado por la PAGE, tienen la misma secuencia, de manera que todos los fragmentos de un mismo tamaño representarían un alelo. Estos alelos se herederían de manera codominante, es decir, que en cada locus un individuo podría presentar uno o más alelos, dependiendo del número de juegos de cromosomas que posea. Por ejemplo, los humanos somos diploides, es decir, poseemos dos juegos completos de cromosomas y por lo tanto para un locus microsatélite podemos presentar un alelo (si ambos progenitores nos transmitieron alelos de la misma secuencia y tamaño) o dos alelos (si cada progenitos nos heredó un alelo de tamaño diferente). Se ha probado que los microsatélites son versátiles marcadores moleculares, particularmente para los análisis poblacionales, pero no por ello se encuentran ausentes de limitaciones. Los microsatélites desarrollados para unas especies particulares pueden con frecuencia ser aplicadas a especies emparentadas, pero el porcentaje de loci que se amplifican satisfactoriamente puede disminuir cuando aumenta la distancia genética.
- Short tandem repeats(STR’s) zijn vaak 2, 3 of 4 nucleotiden lang (di, tri en tetranucleotiden repeats) en worden gemiddeld 10 tot 100 keer herhaald. Ze komen voor in de intronen of in het junk-DNA. De STR’s worden dus niet vertaald naar eiwitten, maar horen wel aanwezig te zijn voor het functioneren van een gen. Als STR’s te lang of te kort zijn kan dit een ziekte of aandoening ten gevolgen hebben doordat de functie van het gen dat in de buurt ligt verstoord wordt. De eerst gevonden en meest voorkomende repeat is: CA CA CA. Deze komt om de paar duizend basenparen voor. STR’s zijn zeer polymorf en het aantal repeats in een bepaalde STR verschilt van persoon tot persoon. Dit komt doordat er gemakkelijk een repeat bij gemaakt kan worden of dat er een verwijderd wordt. STR’s worden dan ook gebruikt bij vaderschapstests en bij de identificatie van personen, omdat iedereen een uniek profiel heeft van de lengte van verschillende STR’s. Er komen verschillende soorten STR’s voor van simpel CA CA CA tot zeer complex GTACATG GTACATG GTACAGT.
- Короткий тандемный повтор (буквальный перевод англ. short tandem repeat, STR) — повтор двух или более пар непосредственно примыкающих друг к другу нуклеотидов в последовательности ДНК. Длина короткого тандемного повтора обычно составляет от 2 до 10 пар оснований (например, n) и обычно находится в некодирующей интронной области, то есть является мусорной ДНК. Выявление коротких тандемных повторов используют при создании генетического профиля человека. К настоящему моменту опубликовано свыше десяти тысяч последовательностей коротких тандемных повторов в геноме человека. Анализ STR стал преобладающим аналитическим методом определения генетического профиля в патологической анатомии.
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- A short tandem repeat (STR) in DNA occurs when a pattern of two or more nucleotides are repeated and the repeated sequences are directly adjacent to each other. The pattern can range in length from 2 to 10 base pairs (bp) (for example n in a genomic region) and is typically in the non-coding intron region. By identifying repeats of a specific sequences, it is possible to create a genetic profile of an individual. There are currently over 10,000 published STR sequences in the human genome.
- Short tandem repeats sind repetitive DNA-Elemente und gehören zu den Satelliten-DNAs. Als Short tandem repeats wird in der Genetik die Wiederholung kurzer Basenpaar-Muster hintereinander in einem DNA-Strang bezeichnet.
- SSR (Short Sequence Repeat) o STR (Short Tandem Repeat) por sus siglas en inglés. Los SSR, llamados microsatélites en castellano son secuencias de ADN en las que un fragmento (cuyo tamaño va desde una hasta seis pares de bases) se repite de manera consecutiva. La variación en el número de repeticiones crea diferentes alelos los cuales se distinguen entre sí por la longitud total del fragmento.
- Short tandem repeats(STR’s) zijn vaak 2, 3 of 4 nucleotiden lang (di, tri en tetranucleotiden repeats) en worden gemiddeld 10 tot 100 keer herhaald. Ze komen voor in de intronen of in het junk-DNA. De STR’s worden dus niet vertaald naar eiwitten, maar horen wel aanwezig te zijn voor het functioneren van een gen. Als STR’s te lang of te kort zijn kan dit een ziekte of aandoening ten gevolgen hebben doordat de functie van het gen dat in de buurt ligt verstoord wordt.
- Короткий тандемный повтор (буквальный перевод англ. short tandem repeat, STR) — повтор двух или более пар непосредственно примыкающих друг к другу нуклеотидов в последовательности ДНК.
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