MDGRAPE-3 is an ultra-high performance petascale supercomputer system developed by the RIKEN research institute in Japan. It is a special purpose system built for molecular dynamics simulations, especially protein structure prediction. MDGRAPE-3 consists of 201 units of 24 custom MDGRAPE-3 chips (4808 total), plus additional Dual-Core Intel Xeon processors which serve as host machines.

PropertyValue
dbpprop:abstract
  • MDGRAPE-3 is an ultra-high performance petascale supercomputer system developed by the RIKEN research institute in Japan. It is a special purpose system built for molecular dynamics simulations, especially protein structure prediction. MDGRAPE-3 consists of 201 units of 24 custom MDGRAPE-3 chips (4808 total), plus additional Dual-Core Intel Xeon processors which serve as host machines. In June 2006 RIKEN announced its completion, achieving the PetaFLOPS level of floating point arithmetic performance. This was more than three times faster than the 2006 version of the IBM Blue Gene/L system, which then led the TOP500 list of supercomputers at 0.28 PetaFLOPS. Because it's not a general-purpose machine capable of running the LINPACK benchmark, MDGRAPE-3 does not qualify for the TOP500 list.
  • MDGRAPE-3 ist ein Supercomputer, der vom Forschungsinstitut RIKEN in Japan hergestellt wurde. Das System wurde speziell für Moleküldynamik-Simulationen entworfen, genauer für die Berechnung von Proteinstrukturen. MDGRAPE-3 besteht aus 201 Einheiten mit jeweils 24 MDGRAPE-3-Chips (insgesamt 4824) und zusätzlichen Dual-Core-Intel-Xeon-Prozessoren (Codename „Dempsey“), die als Host-Maschinen dienen. Im Juni 2006 verkündete RIKEN die Fertigstellung des Systems, das eine Billiarde Gleitkommaoperationen pro Sekunde (1 Petaflop/s) durchführen kann. Das ist vergleichbar mit der Schnelligkeit des IBM Roadrunner, der die TOP500-Liste der schnellsten Supercomputer vom November 2008 anführt. Da MDGRAPE-3 kein System für allgemeine Berechnungen ist, sondern spezielle Aufgaben bearbeitet, konnte er sich wegen der Inkompablität zu LINPACK nicht für die TOP500-Liste qualifizieren. Deshalb wird das System oft als ein Beispiel für die negativen Aspekte LINPACKs genannt.
  • El MDGRAPE-3 (Molecular Dynamics GRAvity PipE) se trata de un supercomputador desarrollado por el instituto japonés RIKEN destinado a realizar simulaciones de dinámica molecular y de predicción de estructura de proteínas, situado en el Genomics Sciences Center. Gracias a esta especialización el sistema es capaz de alcanzar velocidades del orden del PetaFlop; tres veces más rápido que Blue Gene.
  • RIKEN MDGRAPE-3 est un superordinateur développé par l'institut de recherche japonais RIKEN. Il est composé de 201 unités de 24 puces MDGRAPE-3 (soit 4808 au total), ainsi que de processeurs intel Dual-Core Xeon (dits "Dempsey") qui servent de machines-hôtes. En juin 2006, RIKEN a annoncé l'achèvement de la construction de cet ordinateur qui atteint le PetaFLOPS (10 opérations à virgule flottante par seconde), soit trois fois la puissance du superordinateur le plus rapide du moment, le BlueGene/L d'IBM. Cependant, RIKEN MDGRAPE-3 n'étant pas capable de lancer le benchmark LinPack, il ne peut pas être classé dans le TOP500. Cet ordinateur est utilisé pour la prédiction des structures spatiales des protéines, dans le domaine pharmaceutique.
  • MDGRAPE-3とは、理研の分子動力学シミュレーション専用の超高速計算機（スーパーコンピュータ）である。理研とインテル、日本SGIが共同開発した。分子動力学シミュレーションを飛躍的に加速する。 MDGRAPE-3チップは、1チップで165GFlopsの計算速度を実現する。MDGRAPE-3を用いることで、たんぱく質や新規材料等の分子動力学シミュレーションの他に、線結晶解析での構造因子計算、渦法やSPH法による流体計算、電磁気計算、境界要素法などの計算を加速できる。
  • MDGrape-3 — суперкомпьютер предназначенный для решения задач молекулярной динамики, а именно моделирования сворачивания белков. На момент ввода в работу обладал рекордной теоретической производительностью в 1000 триллионов операций в секунду.
dbpprop:forProperty
  • Gravity Pipe
  • the astronomical supercomputer also known as GRAPE
dbpprop:given
  • Bjorn
dbpprop:hasPhotoCollection
dbpprop:issue
  • 6 (xsd:integer)
dbpprop:journal
  • Popular Science
dbpprop:page
  • 24 (xsd:integer)
dbpprop:reference
dbpprop:surname
  • Carey
dbpprop:title
  • Overachievers We Love - Faster
dbpprop:volume
  • 269 (xsd:integer)
dbpprop:wikiPageUsesTemplate
dbpprop:year
  • 2006 (xsd:integer)
rdf:type
rdfs:comment
  • MDGRAPE-3 is an ultra-high performance petascale supercomputer system developed by the RIKEN research institute in Japan. It is a special purpose system built for molecular dynamics simulations, especially protein structure prediction. MDGRAPE-3 consists of 201 units of 24 custom MDGRAPE-3 chips (4808 total), plus additional Dual-Core Intel Xeon processors which serve as host machines.
  • MDGRAPE-3 ist ein Supercomputer, der vom Forschungsinstitut RIKEN in Japan hergestellt wurde. Das System wurde speziell für Moleküldynamik-Simulationen entworfen, genauer für die Berechnung von Proteinstrukturen. MDGRAPE-3 besteht aus 201 Einheiten mit jeweils 24 MDGRAPE-3-Chips (insgesamt 4824) und zusätzlichen Dual-Core-Intel-Xeon-Prozessoren (Codename „Dempsey“), die als Host-Maschinen dienen.
  • El MDGRAPE-3 (Molecular Dynamics GRAvity PipE) se trata de un supercomputador desarrollado por el instituto japonés RIKEN destinado a realizar simulaciones de dinámica molecular y de predicción de estructura de proteínas, situado en el Genomics Sciences Center. Gracias a esta especialización el sistema es capaz de alcanzar velocidades del orden del PetaFlop; tres veces más rápido que Blue Gene.
  • RIKEN MDGRAPE-3 est un superordinateur développé par l'institut de recherche japonais RIKEN. Il est composé de 201 unités de 24 puces MDGRAPE-3 (soit 4808 au total), ainsi que de processeurs intel Dual-Core Xeon (dits "Dempsey") qui servent de machines-hôtes.
  • MDGrape-3 — суперкомпьютер предназначенный для решения задач молекулярной динамики, а именно моделирования сворачивания белков. На момент ввода в работу обладал рекордной теоретической производительностью в 1000 триллионов операций в секунду.
rdfs:label
  • RIKEN MDGRAPE-3
  • MDGRAPE-3
  • MDGRAPE-3
  • RIKEN MDGRAPE-3
  • MDGRAPE-3
  • MDGrape-3
owl:sameAs
skos:subject
foaf:page
is dbpprop:redirect of
is owl:sameAs of