| dbpprop:abstract
|
- In a "relaxed" double-helical segment of DNA, the two strands twist around the helical axis once every 10.4-10.5 base pairs of sequence. Adding or subtracting twists, as some enzymes can do, imposes strain. If a DNA segment under twist strain were to be closed into a circle by joining its two ends and then it is allowed to move freely, the circular DNA would contort into new shape, such as a simple figure-eight. Such a contortion is a supercoil. The simple figure eight is the simplest supercoil, and is the shape a circular DNA assumes to accommodate one too many or one too few helical twists. The two lobes of the figure eight will appear rotated either clockwise or counterclockwise with respect to one another, depending on whether the helix is over or underwound. For each additional helical twist being accommodated, the lobes will show one more rotation about their axis. The noun form "supercoil" is rarely used in the context of DNA topology. Instead, global contortions of a circular DNA, such as the rotation of the figure-eight lobes above, are referred to as writhe. The above example illustrates that twist and writhe are interconvertible. "Supercoiling" is an abstract mathematical property, and represents the sum of twist and writhe. The twist is the number of helical turns in the DNA and the writhe is the number of times the double helix crosses over on itself (these are the supercoils). The relationship of twist, writhe, and supercoiling is expressed as the equation: <math>S = T + W</math> Extra helical twists are positive and lead to positive supercoiling, while subtractive twisting causes negative supercoiling. Many topoisomerase enzymes sense supercoiling and either generate or dissipate it as they change DNA topology. DNA of most organisms is negatively supercoiled. In part because chromosomes may be very large, segments in the middle may act as if their ends are anchored. As a result, they may be unable to distribute excess twist to the rest of the chromosome or to absorb twist to recover from underwinding--the segments may become supercoiled, in other words. In response to supercoiling, they will assume an amount of writhe, just as if their ends were joined. Supercoiled DNA forms two structures; a plectoneme or a toroid, or a combination of both. A negatively supercoiled DNA molecule will produce either a one-start left-handed helix, the toroid, or a two-start right-handed helix with terminal loops, the plectoneme. Plectonemes are typically more common in nature, and this is the shape most bacterial plasmids will take. For larger molecules it is common for hybrid structures to form - a loop on a toroid can extend into a plectoneme. If all the loops on a toroid extend then it becomes a branch point in the plectonemic structure.
- Supercoiled DNA ist ein Synonym für ein geschlossenes, ringförmiges DNA-Molekül, welches extrem gepackt als spiralisierte Helix im Zellkern vorliegt. Geometrisch sitzt noch eine Dimension Spiralisation auf der Spirale auf, die auch praktisch nachzuweisen ist. Natürlich vorkommende ringförmige DNA-Moleküle liegen in superhelikaler Form vor. Superhelikalität entsteht durch die Einführung von helikalen Windungen. Die Verdrillung der DNA wird durch Ausbildung einer Supercoil-Struktur ausgeglichen. Da die Gesamtlänge der DNA einer Zelle oft ein Tausendfaches des Durchmessers der Zelle beträgt, ist das Supercoiling essentiell für die Funktionsfähigkeit einiger Lebewesen.
- L'ADN superenrotllat és una molècula d'ADN bicatenari que està retorçada o girada sobre si mateixa, de manera que l'eix de la doble hèlix pròpia de l'ADN no segueix una corba plana sinó que forma una altra hèlix (la superhèlix). El concepte d'ADN superenrotllat apareix com a resultat de l'anàlisi topològic de la molècula d'ADN. Una molècula amb la mateixa seqüència pot estar en estat relaxat o en diferents estats d'enrotllament. Aquestes molècules reben el nom de topoisòmers, car són idèntiques excepte en la seva topologia. Les molècules poden sofrir superenrotllament tant positiu com negatiu, depenent del sentit de la torsió. Per tal que el superenrotllament es mantingui, cal que la molècula estigui topològicament restringida; és el que passa amb un ADN bicatenari circular tancat covalentment. Un ADN bicatenari lineal pot estar restringit quan està unit a proteïnes o a causa de la gran longitud de la seva cadena. La generació de superenrotllament és la conseqüència d'una tensió estructural en la pròpia molècula. In vivo, el procés està regulat pels enzims topoisomerases. Una manera de distingir entre topoisòmers és realitzar una correguda electroforètica, car les diferents conformacions posseeixen volums diferents, per la qual cosa migren a diferent velocitat en el gel d'electroforesi; l'ADN superenrotllat és més compacte i migra una distància superior a la de l'ADN relaxat.
- El ADN superenrollado es una molécula de ADN bicatenario que está retorcida o girada sobre sí misma, de tal modo que el eje de la doble hélice propia del ADN no sigue una curva plana sino que forma otra hélice, una superhélice. El concepto de ADN superenrollado aparece como resultado del análisis topológico de la molécula de ADN. Una molécula con la misma secuencia puede estar en estado relajado o en diferentes estados de enrollamiento. Estas moléculas se conocen como topoisómeros, ya que son idénticas excepto en lo relativo a su topología. Las moléculas pueden sufrir superenrollamiento tanto positivo como negativo, dependiendo del sentido de la torsión. Para que el superenrollamiento se mantenga, la molécula debe estar topológicamente restringida; así ocurre con un ADN bicatenario circular cerrado covalentemente. Un ADN bicatenario lineal puede estar restringido cuando está unido a proteínas o debido a la elevada longitud de su cadena. La generación de superenrollamientos se da como consecuencia de una tensión estructural en la propia molécula. In vivo el proceso está regulado por las enzimas topoisomerasas. Una forma de distinguir entre topoisómeros es realizar una corrida electroforética, ya que las distintas conformaciones poseen volumen diferente y por ello migran a diferente velocidad en el gel de electroforesis: el ADN superenrollado es más compacto y migra una distancia mayor que el ADN relajado.
- Il genoma umano è formato da DNA che, tutto insieme, contiene all’incirca 3,2 Gbp, divisi in 24 parti di lunghezza varia (il più lungo 245 Mbp, il più corto 47 Mbp). Considerando che la catena del DNA è larga da 2,2 a 2,4 nm e che tra il centro di un nucelotide ed il centro del successivo ci sono 0,33 – 0,34 nm, il genoma umano sarebbe lungo (doppia elica sovrapposta) 1,1 m. Mentre il nucleo è una struttura alquanto sferica che ha un diametro di 8 µm (7 300 000 volte meno). Però non è impossibile che il DNA ci stia dentro perché è estremamente sottile e ha un volume di circa 900 ym, mentre il volume del nucleo e circa 2,1 fm. Affinché, però il DNA stia nel nucleo è necessario che lo stesso si pieghi, si ripieghi, si ammassi, si stratifichi per accorciarsi ispessendosi, alla stregua di quanto faccia l’intestino tenue nella cavità addominale.
- O ADN superenrolado é uma molécula de ADN bicatenário que está retorcida ou sofre giros sobre si mesma, de tal modo que o eixo da dupla hélice própria do ADN não segue uma curva plana mas que forma outra hélice, una superhélice. O conceito de ADN superenrolado aparece como resultado da análise topológica da molécula de ADN. Uma molécula com a mesma sequência pode estar em estado relaxado ou em diferentes estados de enrolamento. Estas moléculas conhecem-se como topoisómeros, já que são idênticas excepto no que é relativo à sua topologia. As moléculas podem sofrer superenrolamento tanto positivo como negativo, dependendo do sentido da torsão. Para que o superenrolamento se mantenha, a molécula deve estar topologicamente restringida; assim ocorre com um ADN bicatenário circular fechado covalentemente. Um ADN bicatenário linear pode estar restringido quando está unido a proteínas ou devido ao elevado comprimento da sua cadeia. A geração de superenrolamentos dá-se como consequência de uma tensão estrutural na própria molécula. In vivo o processo é regulado pelas enzimas topoisomerases. Uma forma de distinguir entre topoisómeros é realizar uma electroforese, já que as distintas conformações possuem volumes diferente e migram a diferente velocidades no gel de electroforese: o ADN superenrolado é mais compacto e migra uma distância maior que o ADN relaxado.
- DNA süpersarımı, bir ucu sabitlenmiş bir DNA molekülünün serbest ucunun molekülün uzun ekseni etrafında döndürülmesidir. DNA'nın "gevşemiş" çift sarmalında iki iplikçik sarmal ekseni etrafında her 10,4-10,5 baz çiftinde bir tam dönüş yapar. İkili sarmala burulma eklenmesi veya eksiltilmesi (bazı enzimler tarafından yapılabildiği gibi), DNA'nın yapısına bir gerilim uygular. Eğer burulma gerilimi altında olan bir DNA parçasının iki ucu birleştirilerek bir halka yaratılır ve sonra serbestçe hareket etmesine izin verilirse, halkasal DNA burkularak yeni bir şekil alır, örneğin 8 sayısı şekli gibi. Bu burkulmaya süpersarım veya süper sarılma (İng. supercoiling) denir. Bu burkulmanın sonucu olarak DNA'nın bazı bölgelerinde molekül kendi etrafında sarılarak bir süpersarmal oluşturur. Sekiz şekli, en basit süpersarımdır ve halkasal DNA'nın, bir fazla veya bir eksik burulmayı, yapısıyla bağdaştırmak için aldığı biçimdir. Sekiz şeklinin iki halkası birbirine göre ya saat yönünde veya ters saat yönünde dönmüş olur, sarmalın fazla veya eksik burgulu olmasına bağlı olarak. Bağdaştırılan her bir ekstra sarmal burulması sonucunda halkalar eksenleri etrafında bir dönüş daha yaparlar. Süpersarim terimi DNA topolojisi bağlamında ender kullanılır. Onun yerine, halkasal DNA'nın global katlanmasına, örneğin yukarıda anlatılan sekiz-şeklinin halkalarının dönmelerine bir burkulma (İn. writhe; üst ve alt geçit sayıları arasındaki fark) denir. Yukarıdaki örnek burulma ve burkulmanın birbirine dönüşür olduğunu gösterir. Süper sarılma soyut bir matematiksel özelliktir ve burma ve burkulmaların toplamına karşılık gelir. Burulma, DNA'daki sarmal dönmelerin sayısıdır, burkulma ise ikili sarmalın kendi üzerinde geçit yapma sayısıdır (bunlar süpersarımlardır). Burulma, burkulma ve süpersarım arasındaki ilişki asağıdaki denklem ile ifade edilebilir: S=T+W (T=twist, burulma; W=writhe, burkulma) Ekstra sarmal burulmalar pozitiftir, ve pozitif süpersarıma yola açar, burulmayı azaltmak ise negatif süpersarıma neden olur. Çoğu topoizomeraz enzimi süpersarımı algılama yeteneğine sahiptir, süpersarım yaratırarak ya da yok ederek DNA'nın topolojisini değiştirirler. Çoğu organizmanın DNA'sı süpersarımlıdır. Ökaryot kromozomları plazmit gibi halkasal olmamalarına rağmen süpersarımlıdır. Bunun nedeni kromozomların belli bölgelerinin çekirdek membranına bağlanıp orada sabitlenmiş olmalarıdır. Bu yüzden topoizomeraz enzimlerinin uyguladığı burma etkisi dağılmaz. Süpersarılmanın sonucu olarak kromozomlar bir miktar burkulma gösterir, sanki molekülün uçları birleşikmiş gibi. Süpersarımlı DNA iki yapı oluşturur: çubuksu (İng. plectoneme) veya simitsi (İng. toroid) veya ikisinin bir bileşimi. Negatif süpersarımlı bir DNA molekülü ya tek başlangıçlı bir sol-elli sarmal, yani simitsi yapı, oluşturur, ya da iki başlangıçlı, uçları halkalı sağ-elli bir sarmal, yani çubuksu yapı oluşturur. Çubuksular doğada daha yaygındırlar ve bu şekil, çoğu bakteri plazmitinde görülen yapıdır. Daha büyük moleküllerde melez yapıların oluşması sıradandır, bir simitsideki ilmik bir çubuksu yapıya dönüşebilir.
- Суперскрученість ДНК — топологічна характеристика молекул ДНК. У «розслабленому» стані подвійної спіралі фрагменту ДНК, два ланцюжка, з яких він складається, обертаються навколо осі спіралі один раз на кожні 10,4 пар основ нуклеотидної послідовності ДНК. Проте, такий стан не є звичайним в живих клітинах, оскільки в процесі використання ДНК деякі ферменти додають або прибирають витки. Якщо фрагмент ДНК, кінці якого обернуті один навколо одного, замкнути у коло, а потім дозволити йому рухатися вільно, кільцева ДНК отримала би нову форму, наприклад форму цифри вісім. Така зміна форми у порівнянні із круговою і є суперскрученістю. Форма цифри вісім є найпростішим прикладом суперскрученості, і є формою, яку кругова ДНК приймає при додаванні одного витка навколо осі спіралі. Дві частини цифри вісім можіть обертатися або за годинниковою стрілкою, або проти годинникової стрілки одна щодо другої, залежно від того, чи спіраль закручена праворуч (надлишково закручена) або ліворуч (недозакручена). При додаванні кожного додаткового обороту навколо осі спіралі, частини молекули ДНК покажуть на один оборот більше. Із малюнку можна побачити, що існують два типи суперскручіності, які, проте, топологічно рівнозначні: оборот ланцюжків в молекулі один навколо одного (Twist) і перехрещення дволанцюжкових молекул (Writhe). Формально суперскрученість є абстрактною математичною властивістю, що представляє собою суму оборотів ланцюжків і перехрещень молекули: S = T + W. Додаткові обороти, в порівнянні із звичайним правим обертанням B-форми ДНК, приводять до позитивної суперскрученості, віднімання оборотів — до негативної. Багато ферментів-топоізомераз додають або прибирають витки, чим змінюють топологію ДНК. ДНК більшості організмів мають негативну суперскрученість. Хоча ДНК багатьох організмів лінійні, вони також негативно суперскручені, зокрема тому, що хромосоми найчастіше дуже великі і обертаються настільки повільно, що для ділянок в центрі здається, що кінці хромосом закріплені. В результаті, вони, можливо, не в змозі поширювати додаткові супервитки на всю хромосому, але центральна частина хромосом може бути так саме суперскручена, як і кругові молекули ДНК.
- DNA超螺旋（英語：DNA supercoil）指雙螺旋環狀DNA扭轉後再進一步地扭轉，產生的結構類似橡皮筋被扭轉之後的樣子。與DNA雙螺旋的旋轉方向相同的扭轉稱為正超螺旋；反之稱為負超螺旋。是一種三級構造。 扭轉（T；twist）纏繞（W；writhe）與超螺旋（S；supercoiling）之間的關係可寫成： S = T + W 所謂twist是指一般的雙螺旋程度；writhe指第一次扭轉；supercoiling是扭轉再扭轉。
|
| rdfs:comment
|
- In a "relaxed" double-helical segment of DNA, the two strands twist around the helical axis once every 10.4-10.5 base pairs of sequence. Adding or subtracting twists, as some enzymes can do, imposes strain. If a DNA segment under twist strain were to be closed into a circle by joining its two ends and then it is allowed to move freely, the circular DNA would contort into new shape, such as a simple figure-eight. Such a contortion is a supercoil.
- Supercoiled DNA ist ein Synonym für ein geschlossenes, ringförmiges DNA-Molekül, welches extrem gepackt als spiralisierte Helix im Zellkern vorliegt. Geometrisch sitzt noch eine Dimension Spiralisation auf der Spirale auf, die auch praktisch nachzuweisen ist. Natürlich vorkommende ringförmige DNA-Moleküle liegen in superhelikaler Form vor. Superhelikalität entsteht durch die Einführung von helikalen Windungen.
- L'ADN superenrotllat és una molècula d'ADN bicatenari que està retorçada o girada sobre si mateixa, de manera que l'eix de la doble hèlix pròpia de l'ADN no segueix una corba plana sinó que forma una altra hèlix (la superhèlix). El concepte d'ADN superenrotllat apareix com a resultat de l'anàlisi topològic de la molècula d'ADN. Una molècula amb la mateixa seqüència pot estar en estat relaxat o en diferents estats d'enrotllament.
- El ADN superenrollado es una molécula de ADN bicatenario que está retorcida o girada sobre sí misma, de tal modo que el eje de la doble hélice propia del ADN no sigue una curva plana sino que forma otra hélice, una superhélice. El concepto de ADN superenrollado aparece como resultado del análisis topológico de la molécula de ADN. Una molécula con la misma secuencia puede estar en estado relajado o en diferentes estados de enrollamiento.
- Il genoma umano è formato da DNA che, tutto insieme, contiene all’incirca 3,2 Gbp, divisi in 24 parti di lunghezza varia (il più lungo 245 Mbp, il più corto 47 Mbp). Considerando che la catena del DNA è larga da 2,2 a 2,4 nm e che tra il centro di un nucelotide ed il centro del successivo ci sono 0,33 – 0,34 nm, il genoma umano sarebbe lungo (doppia elica sovrapposta) 1,1 m. Mentre il nucleo è una struttura alquanto sferica che ha un diametro di 8 µm (7 300 000 volte meno).
- O ADN superenrolado é uma molécula de ADN bicatenário que está retorcida ou sofre giros sobre si mesma, de tal modo que o eixo da dupla hélice própria do ADN não segue uma curva plana mas que forma outra hélice, una superhélice. O conceito de ADN superenrolado aparece como resultado da análise topológica da molécula de ADN. Uma molécula com a mesma sequência pode estar em estado relaxado ou em diferentes estados de enrolamento.
- DNA süpersarımı, bir ucu sabitlenmiş bir DNA molekülünün serbest ucunun molekülün uzun ekseni etrafında döndürülmesidir. DNA'nın "gevşemiş" çift sarmalında iki iplikçik sarmal ekseni etrafında her 10,4-10,5 baz çiftinde bir tam dönüş yapar. İkili sarmala burulma eklenmesi veya eksiltilmesi (bazı enzimler tarafından yapılabildiği gibi), DNA'nın yapısına bir gerilim uygular.
- Суперскрученість ДНК — топологічна характеристика молекул ДНК. У «розслабленому» стані подвійної спіралі фрагменту ДНК, два ланцюжка, з яких він складається, обертаються навколо осі спіралі один раз на кожні 10,4 пар основ нуклеотидної послідовності ДНК.
- DNA超螺旋（英語：DNA supercoil）指雙螺旋環狀DNA扭轉後再進一步地扭轉，產生的結構類似橡皮筋被扭轉之後的樣子。與DNA雙螺旋的旋轉方向相同的扭轉稱為正超螺旋；反之稱為負超螺旋。是一種三級構造。 扭轉（T；twist）纏繞（W；writhe）與超螺旋（S；supercoiling）之間的關係可寫成： S = T + W 所謂twist是指一般的雙螺旋程度；writhe指第一次扭轉；supercoiling是扭轉再扭轉。
|
![[RDF Data]](/statics/sw-cube.png)
