The Bioclipse project is a Java-based, open source, visual platform for chemo- and bioinformatics based on the Eclipse Rich Client Platform (RCP). It recently gained scripting functionality. Like any RCP application, Bioclipse uses a plugin architecture that inherits basic functionality and visual interfaces from Eclipse, such as help system, software updates, preferences, cross-platform deployment etc.

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  • The Bioclipse project is a Java-based, open source, visual platform for chemo- and bioinformatics based on the Eclipse Rich Client Platform (RCP). It recently gained scripting functionality. Like any RCP application, Bioclipse uses a plugin architecture that inherits basic functionality and visual interfaces from Eclipse, such as help system, software updates, preferences, cross-platform deployment etc. Via its plugins, Bioclipse provides functionality for chemo- and bioinformatics, and extension points that easily can be extended by other, possibly proprietary, plugins to provide additional functionality. The first stable release of Bioclipse includes a Chemistry Development Kit (CDK) plugin to provide a chemoinformatic backend, a Jmol plugin for 3D-visualization of molecules, and a BioJava plugin for sequence analysis. Bioclipse is developed as a collaboration between the Proteochemometric Group, Dept. of Pharmaceutical Biosciences, Uppsala University, Sweden, the Steinbeck Group at the European Bioinformatics Institute, and the Analytical Chemistry Department at Leiden University, but also includes extensions developed at other academic institutes. The development is backed up by the International Bioclipse Association.
  • Bioclipse è un progetto open source basato su Java, una piattaforma visuale per la chemioinformatica e la bioinformatica basata su Eclipse Rich Client Platform (RCP). Recentemente è stata aggiunta una funzionalità di scripting. Bioclipse utilizza, come qualsiasi applicazione RCP, una architettura plugin che eredita la funzionalità basilare e le interfacce grafiche da Eclipse, come il sistema di guida, gli aggiornamenti software, le preferenze, la disponibilità multipiattaforma ecc. Tramite questi plugin, Bioclipse fornisce le funzionalità adatte alla chemioinformatica e alla bioinformatica, e punti di estensione che possono facilmente essere estesi da terzi, come i proprietari, in modo da aggiungere funzionalità supplementari. La prima versione stabile di Bioclipse include un plugin CDK in modo da fornire un back end di chemioinformatica, un plugin Jmol per la visualizzazione 3D, e un plugin BioJava per l'analisi delle sequenze. Bioclipse è stato sviluppato dalla collaborazione tra il Proteochemometric group dell'Università di Uppsala, lo Steinbeck Research Group dell'EBI, e il Dipartimento di Chimica Analitica dell'Università di Leida, ma include estensioni sviluppate anche da altri istituti accademici. Lo sviluppo è sostenuto dalla International Bioclipse Association.
  • Bioclipse est un projet développé en Java et open source. Il s'agit d'une plate-forme de visualisation pour la chemo- et la bio-informatique basée sur la plateforme client riche Eclipse. Bioclipse utilise une architecture à base de plugins qui hérite des fonctionnalités de base et des interfaces graphiques d'Eclipse, tels que le système d'aide, l'interface de mise à jour du logiciel, la gestion des préférences, le déployement multiplate-forme, etc. Grâce à ces plugins, Bioclipse fournit de nombreuses fonctions pour la chémo- et la bio-informatique, et propose des possibilités d'extension qui permettent d'ajouter facilement de nouvelles fonctionnalités. La première version stable de Bioclipse inclut un plugin CDK (back-end de chemo-informatique), un plugin Jmol pour la visualisation 3D et un plugin BioJava pour l'analyse de séquences. Bioclipse est développé par un consortium de laboratoires : Proteochemometric Group Chemoinformatics and Metabolism Team Division of Analytical Biosciences Ces développements ont été enrichies par de nombreuses contributions d'autres laboratoires académiques.
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  • Bioclipse è un progetto open source basato su Java, una piattaforma visuale per la chemioinformatica e la bioinformatica basata su Eclipse Rich Client Platform (RCP). Recentemente è stata aggiunta una funzionalità di scripting. Bioclipse utilizza, come qualsiasi applicazione RCP, una architettura plugin che eredita la funzionalità basilare e le interfacce grafiche da Eclipse, come il sistema di guida, gli aggiornamenti software, le preferenze, la disponibilità multipiattaforma ecc.
  • Bioclipse est un projet développé en Java et open source. Il s'agit d'une plate-forme de visualisation pour la chemo- et la bio-informatique basée sur la plateforme client riche Eclipse. Bioclipse utilise une architecture à base de plugins qui hérite des fonctionnalités de base et des interfaces graphiques d'Eclipse, tels que le système d'aide, l'interface de mise à jour du logiciel, la gestion des préférences, le déployement multiplate-forme, etc.
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