About: Shotgun sequencing     Goto   Sponge   NotDistinct   Permalink

An Entity of Type : yago:WikicatBiologicalTechniquesAndTools, within Data Space : dbpedia.org associated with source document(s)

In genetics, shotgun sequencing, also known as shotgun cloning, is a method used for sequencing long DNA strands. It is named by analogy with the rapidly expanding, quasi-random firing pattern of a shotgun. In shotgun sequencing, DNA is broken up randomly into numerous small segments, which are sequenced using the chain termination method to obtain reads. Multiple overlapping reads for the target DNA are obtained by performing several rounds of this fragmentation and sequencing. Computer programs then use the overlapping ends of different reads to assemble them into a continuous sequence.

AttributesValues
rdf:type
rdfs:label
  • Shotgun sequencing
  • Shotgun Sequencing
  • ショットガン・シークエンシング法
  • Метод дробовика
  • Sequenciamento Shotgun
  • 霰彈槍定序法
rdfs:comment
  • Shotgun Sequencing (engl.) bzw. Schrotschusssequenzierung ist in der Molekularbiologie eine Methode zur Sequenzierung langer DNA-Stränge. Sie wurde von 1979 bis 1981 entwickelt. Hierbei wird die DNA mehrfach kopiert und die Kopien werden zufällig in zahlreiche kleine Fragmente von 300–1000 Basenpaare fragmentiert, die anschließend sequenziert werden. Die Fragmente werden mit Methoden aus der Bioinformatik auf Überlappungen untersucht und automatisiert zu einer Konsensus-Sequenz mit möglichst wenigen Lücken zusammengesetzt.
  • 霰彈槍定序法(Shotgun sequencing,又称鸟枪法)是一种广泛使用的为长DNA测序的方法,比傳統的定序法快速,但精確度較差。曾經使用於塞雷拉基因組(Celera Genomics)公司所主持的人類基因組計畫。 霰彈槍測序法的思想是將基因組打斷為數百萬個DNA片段,然後用一定的演算法將片斷的序列信息重新整合在一起,從而得到整個基因組序列。為了提高這一方法的效率,1980年代,測序和片斷信息整合達到了自動化。這一方法雖然已被用於序列長達6百萬個鹼基對的細菌基因組測序,但對於人類基因組中3千萬個鹼基對的序列測定,這一技術能否成功在當時還未有定論。 霰彈槍定序法是一個與生物技術相關的小作品。你可以通过編輯或修訂擴充其內容。
  • In genetics, shotgun sequencing, also known as shotgun cloning, is a method used for sequencing long DNA strands. It is named by analogy with the rapidly expanding, quasi-random firing pattern of a shotgun. In shotgun sequencing, DNA is broken up randomly into numerous small segments, which are sequenced using the chain termination method to obtain reads. Multiple overlapping reads for the target DNA are obtained by performing several rounds of this fragmentation and sequencing. Computer programs then use the overlapping ends of different reads to assemble them into a continuous sequence.
  • ショットガン・シークエンシング法 は長いDNAの塩基配列の決定に対して適用される配列決定手法。 まず長い配列を短いランダムな断片としてクローニングし、最初にそれらの配列を決定する。このとき一本の長いDNA鎖から沢山のコピーを取り、断片同士がオーバーラップするようにしておく。最終的に、これらのオーバーラップ部分についてコンピュータ上でアライメントを行い、元の長い塩基配列を決定する。 簡略化した例として2本の断片の場合を以下に示す。 元の配列 : XXXAGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTAXXXX第1回のショットガン配列 : XXXAGCATGCTGCAG TCATGCTTAGGCTAXXXX第2回のショットガン配列 : TTAGGCTAXXXX XXXAGCATGCTGCAGTCATGC再構築された配列 : XXXAGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTAXXXX
  • Em genética, o Sequenciamento Shotgun ou Sequenciação Shotgun, também conhecido como Clonagem Shotgun, é um método usado para sequenciamento de fitas longas de DNA. É batizado por analogia com o padrão de fogo de rápida expansão, quase aleatório de uma caçadeira (em inglês: shotgun). O sequenciamento Shotgun foi uma das tecnologias precursoras que foi responsável por possibilitar o seqüenciamento do genoma completo.
  • Метод дробовика (англ. Shotgun sequencing или шотган-секвенирование/клонирование) — метод, используемый для секвенирования длинных участков ДНК. Суть метода состоит в получении случайной массированной выборки клонированных фрагментов ДНК данного организма, на основе которых может быть составлена его геномная библиотека. Метод дробовика применяли для получения первых полных геномов организмов.
sameAs
dct:subject
Wikipage page ID
Wikipage revision ID
Link from a Wikipage to another Wikipage
Link from a Wikipage to an external page
foaf:isPrimaryTopicOf
prov:wasDerivedFrom
has abstract
  • In genetics, shotgun sequencing, also known as shotgun cloning, is a method used for sequencing long DNA strands. It is named by analogy with the rapidly expanding, quasi-random firing pattern of a shotgun. The chain termination method of DNA sequencing (or "Sanger sequencing" for its developer Frederick Sanger) can only be used for fairly short strands of 100 to 1000 base pairs. Longer sequences are subdivided into smaller fragments that can be sequenced separately, and subsequently they are re-assembled to give the overall sequence. Two principal methods are used for this: primer walking (or "chromosome walking") which progresses through the entire strand piece by piece, and shotgun sequencing, which is a faster but more complex process that uses random fragments. In shotgun sequencing, DNA is broken up randomly into numerous small segments, which are sequenced using the chain termination method to obtain reads. Multiple overlapping reads for the target DNA are obtained by performing several rounds of this fragmentation and sequencing. Computer programs then use the overlapping ends of different reads to assemble them into a continuous sequence. Shotgun sequencing was one of the precursor technologies that was responsible for enabling full genome sequencing.
  • Shotgun Sequencing (engl.) bzw. Schrotschusssequenzierung ist in der Molekularbiologie eine Methode zur Sequenzierung langer DNA-Stränge. Sie wurde von 1979 bis 1981 entwickelt. Hierbei wird die DNA mehrfach kopiert und die Kopien werden zufällig in zahlreiche kleine Fragmente von 300–1000 Basenpaare fragmentiert, die anschließend sequenziert werden. Die Fragmente werden mit Methoden aus der Bioinformatik auf Überlappungen untersucht und automatisiert zu einer Konsensus-Sequenz mit möglichst wenigen Lücken zusammengesetzt.
  • ショットガン・シークエンシング法 は長いDNAの塩基配列の決定に対して適用される配列決定手法。 まず長い配列を短いランダムな断片としてクローニングし、最初にそれらの配列を決定する。このとき一本の長いDNA鎖から沢山のコピーを取り、断片同士がオーバーラップするようにしておく。最終的に、これらのオーバーラップ部分についてコンピュータ上でアライメントを行い、元の長い塩基配列を決定する。 簡略化した例として2本の断片の場合を以下に示す。 元の配列 : XXXAGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTAXXXX第1回のショットガン配列 : XXXAGCATGCTGCAG TCATGCTTAGGCTAXXXX第2回のショットガン配列 : TTAGGCTAXXXX XXXAGCATGCTGCAGTCATGC再構築された配列 : XXXAGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTAXXXX 実際に適用する際は数千から数百万件の配列を扱うことになり、またデータ中には転写やシークエンシングなどのエラーも入ってくる。このため実際のプロジェクトでこれらのアライメントの計算を行うには膨大な計算機資源が要求される。 2000年にはショットガン・シークエンシング法は、セレラ・ジェノミクス社によってヒトのゲノム(ヒトゲノム計画)にも適用されており、そこではヒトのDNAを正確にアライメントするために幾つものスーパーコンピュータが数ヶ月にも亘ってフル稼働したとされる。
  • 霰彈槍定序法(Shotgun sequencing,又称鸟枪法)是一种广泛使用的为长DNA测序的方法,比傳統的定序法快速,但精確度較差。曾經使用於塞雷拉基因組(Celera Genomics)公司所主持的人類基因組計畫。 霰彈槍測序法的思想是將基因組打斷為數百萬個DNA片段,然後用一定的演算法將片斷的序列信息重新整合在一起,從而得到整個基因組序列。為了提高這一方法的效率,1980年代,測序和片斷信息整合達到了自動化。這一方法雖然已被用於序列長達6百萬個鹼基對的細菌基因組測序,但對於人類基因組中3千萬個鹼基對的序列測定,這一技術能否成功在當時還未有定論。 霰彈槍定序法是一個與生物技術相關的小作品。你可以通过編輯或修訂擴充其內容。
  • Em genética, o Sequenciamento Shotgun ou Sequenciação Shotgun, também conhecido como Clonagem Shotgun, é um método usado para sequenciamento de fitas longas de DNA. É batizado por analogia com o padrão de fogo de rápida expansão, quase aleatório de uma caçadeira (em inglês: shotgun). O método de terminação de cadeia de sequenciamento de DNA (ou "Método de Sanger" por ter sido desenvolvido por Frederick Sanger) só pode ser usado para cadeias muito curtas de 100 a 1000 pares de bases. Sequências mais longas são subdivididas em fragmentos menores, que podem ser sequenciados em separado, e, subsequentemente, elas são re-montadas para compor a sequência global. Dois métodos principais são usados para isso: primer walking (ou "chromosome walking") que progride através de toda a cadeia, pedaço por pedaço, e a Sequenciação Shotgun, que é um processo mais rápido, mas mais complexo que utiliza fragmentos aleatórios. Na Sequenciação Shotgun,o DNA é dividido aleatoriamente em numerosos pequenos segmentos, que são sequenciados utilizando o método de terminação de cadeia para obter leituras. Múltiplas leituras sobrepostas para o DNA-alvo são obtidas através da realização de várias rodadas desta fragmentação, e seqüenciamento. Programas de computador, em seguida, usam as extremidades sobrepostas de diferentes leituras para reuni-las em uma sequência contínua. O sequenciamento Shotgun foi uma das tecnologias precursoras que foi responsável por possibilitar o seqüenciamento do genoma completo.
  • Метод дробовика (англ. Shotgun sequencing или шотган-секвенирование/клонирование) — метод, используемый для секвенирования длинных участков ДНК. Суть метода состоит в получении случайной массированной выборки клонированных фрагментов ДНК данного организма, на основе которых может быть составлена его геномная библиотека. Поскольку обычные методы секвенирования могут быть применимы только к коротким отрезкам ДНК (100-1000 пар оснований), более длинные последовательности можно разделить на фрагменты, а затем собрать заново, чтобы получить полную последовательность большого участка ДНК. Для этого используются два основных метода: хромосомная ходьба (англ. chromosome walking), который позволяет определить шаг за шагом последовательность большого участка ДНК, и данный метод, который намного быстрее, но и сложнее, так как используются случайные фрагменты ДНК, которые затем необходимо собрать вместе (с помощью специального программного обеспечения). При секвенировании методом дробовика ДНК случайным образом фрагментируется на мелкие участки, которые затем секвенируют обычными методами, например, методом секвенирования нового поколения. Полученные перекрывающиеся случайные фрагменты ДНК затем собирают с помощью специальных программ в одну целую большую последовательность, однако, при сборке некоторые затруднения представляют повторенные последовательности ДНК. Метод дробовика применяли для получения первых полных геномов организмов.
http://purl.org/voc/vrank#hasRank
http://purl.org/li...ics/gold/hypernym
is Link from a Wikipage to another Wikipage of
Faceted Search & Find service v1.17_git39 as of Aug 09 2019


Alternative Linked Data Documents: PivotViewer | iSPARQL | ODE     Content Formats:       RDF       ODATA       Microdata      About   
This material is Open Knowledge   W3C Semantic Web Technology [RDF Data] Valid XHTML + RDFa
OpenLink Virtuoso version 07.20.3232 as of Aug 9 2019, on Linux (x86_64-generic-linux-glibc25), Single-Server Edition (61 GB total memory)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2019 OpenLink Software